XLOC_035459


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_035459
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 9854738 ~ 9860610 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00072143
CTGAAATGGATGTTTTCAGTGCATTCGATTGCTGCTCTCAGGTCCTGGACTCTTTCTGCACCTCCCTGACCTCCTATAAGGTATGAAATGCATCTTTACAACAGAGAAACACTTTAAAAGCTTTCCCAGTAAAGTCAGTGATGCTCTCAGTTCAGCTCGGTTTTACGGCTCTGCTCTGATACATTTCAGACTGTGAGCTGGCAGTGCGTATATGTTGTTTTTAATACCTTATATAGTGCAAACTGGTATTATTTTATTGCTATAATGAAGTGTTTTGCTATGCAGTGGGTGTATTTAAATATAGGTGTAAGCTCAGATTGATTTGGTGTACATTTAGAGCGCATTTTTAACGTATTACAGTATTTTGGCTTCCGTCGTGGAGTGAAATATTGCAGTAAAGTGCAGAGACCTGCAGGAAAGCTTTTCCCCATCTTCTTCAATCATTCATAGAAAGACTCCAGAAGTATGACGCAACGGCTCGCACTGTAATTCCAGCCACTCCGACAATAATTCATCTCTCCATGTGTGCAGTAAGTAACTCGATGTTGTGTTTTTCCTCTTTCTGTTTTGTTGGAAATTTATCCTCATTGCTTTAAAGTCTTGTTGTGGGTTTGAAGGGATATTTTCGATGACTTTTTTGATGAATGTTGCAGTGAGTGCagtcttttaaagggatagttcacccaaaaatttaaatgagcTTTTTATTTGGTCAATTTTAGCCCATTTAGGGTTAAATTACTTTTTGGTAATGCTGTTGCATTTGCTGGGGGTGTGGGTTAAAAGTAATGATGTTGTAAACCATGTTCAGTTCCCTGCATTCTCAATGCATCGTCAGAAACCTGAGGTTTTATTTTCGTGCTGCCAGTaccatttatattgtttttactgTACAAGTAGCTTTTGTCTTGCATTTTATGAAGCACTAAGGACCACgacttcagctcaaaatatcttctatgaAGGTGCAATAGGAGATTACCTGTGTGGTAATGTTAGCCTGTTAGCACTGAAAGCTTACTTCCCACCATGCACAATACCAATTAGCTCGGACTAGACAACATCGTCTCGTTGTGGATTTGAACGATATTTTCGATGACTTTTTAATGCATGTTGGAGTGAGCTCTGTCTTTTAAAGGGGTTAATGcacccaaaaatgataattaGCTTTTTATTTACTCGCTTACAGGCAATTAcagttaactttttttaatactTCGTTTGCTGAAGCTGTGGGTTAaaagtaataatgttgtaaattttGTTCTGTTCCAGGCATTCTCAATGTATCGCCAAAAGCCTCagatattttttttgtcttgcctgcacagtttattttgttttttctctccAAGCGCCAGTAGCCCTTTGACCTGCATTTTAAGAATCACCCAGGATCACGacttcagctaaaaatcttcctTGAAGGTGCAATAGAAGATAATGCTAACGTTAGCCTGTTAGCACTGAAAGCTTACTTCTCACCCTGCAAATCaccattttttaaagttttttaaagggattgttcacccaaaaatgaaaattagctttttattTGCTCACTTTCAAGCTATTTAGGTTGACATTTTTCTTAAATATCGTGGCATTTGCTGAGGATGTGGGATAAACGTAAAAATGTTATAAACTATGTTCAGTTCTGTGCATTCTCAATGTATCGTCAGAAGCCTCAGGTATTATTTTCGTGTTGCCTGTACAGCTTATATTGTTTTTACTGTCCAAGTGCCAGTAGCTCTTGATTTTGACTCTTTGACTTTAACTCTTTGTCTTTGACTTGATTTTATGAAGCAACTTGAGCCACGACTTCAGCTAAAAAACTTTTTTGAAGGTGCAATAGGAGATAATGCTAACTTTAGCCTGCTAGCACCTAAAGTTTACATCCCACCTTGCAAATCACCATTCGACGTGCACTGGACAACATCACTGCAttaaagtcttgttgttgatttGATCGGATATTTTCGATGACTTTTTGATGAATGTTGCAGTGAGCCctgtcatttaaagggatagttcacccaaaaatgaaaatgagcttttcgtTCGCTCACTTCCAGGCTAGTTAAGGTAACTTTTTTAATACTCTGGCATTTTCTGAAGCTGTGGGTTAAAAGTAATAATGTCATAAACTATGTTTAATTTCTTGCATCCTCAATGTATCGTCAGAAGCCCCAGGTATTGTTTTCGTGTTACCTGTACAGTTTATATTGCATATTGAAGTACTTGGCATCACTTTATATTGTGGGCTTAATTACTGTGTACGaatatttaaatgtatcaaaTAGTGCAGTTTACATATTATGTATGTTTTAATGTTGTACTTGATTTGCATAAACAGGTAATTGCATCTGTAATTagttttgtaattacattgttgacCCATCCTGTACACCTAAACAACCCTTAAACCTCCTCATACCAACAAACCTGTCCCCAGCCTATTTTCTCCTCAGTACTAACATcataaatgttgtgaaatatatatataactatatggATACATTGTACTTACTTTTTTTTGATTGAAGTTAAGGCCAATAACTATAACTTTGAACAAGTATTTgctaaaaaaaagacatttccaAAATATCCTGTAGATACATCTGACTTGAATATGTCCAAACAATAACACATGTCTTGATTTAAGTATAAAAGGACTAAAGGTTTGCATACTGTTAAAAATGCAGACGTATGAATGAGATCATTTTCATCAAATATATGTATATGCTACAGAACAAAGCTGATTTTTAATAACTGAGCCGTTAGCATCACATTTTTGTGGTCTTTTTTTAGTGTTAATTACCTCTGCTTGTTTCATATAAGACTGAAAGTCTTCCCAATTTAGGATGACATGGTGGTGAGTGTGtgatgtcagaattttatttttgggtgactttTACTTGCACAAACTTTTGCGAATCTGTCACGCTGTGACTGTACAAGCAGACAGATTGGGTAATTAGAGTtagaaaatacacaaaacaagccaaattaatataacattatgtaatttattaataagaCAGCATGCCAAAGGCGATAATATGGTGAGCGAATAATCAATCAatgaggaaaaaagaaaagaaaattaccccataatttacCCGCCCTCAAGCCATCCACAGCTTTTAGTTTGTTCATGCCATTCATGCAATTAACTActagcctattattaagatattaactgttcattagtagttgaTCTAATTTTGCATCtataatcctacccaaaacctaaacccaacttctaccttactaactattaataaaaaaccttaaaaaataatcaaaagctTATTAGTAGTTAATAAACTAGTAATGGTTCGTTAATACCGTGAATTGTGACATAAGCTAAAGTTTTACCCAAATTTCTTCTGTGAGACGTATACAgtcagcaccatttatcttgctctatATGTATTTATAGAACTGTATGTATAACTTTGCAGTAAAATATACagcaattttcacaatgcaaattcaaaataaagtgacacACTGCATAAATACAGTTCATACtgcagttaaatactgtgtcataTACCAAAATCGTTAACAGTGCAGACACCGAAATTCAGTGAGTTTGAGTTTATAAataagggcagcacggtggctcagtggttagcattgtcgcctcacagcaagaaggttgctggttcgagtcctagatGGGCCAGTTGGCAATGTGTGTTGTATAGGGCTGGACAGTATGGGCAAAAAATCATATCCTGGTATTAAGGAGGAATGACTGTATACGATATATATccggtattttcccataaatggttacttgagagCTAAAACCTTTAgtaaaactttaataaacattttttgagcaaaatataattcaaacacagaGGTTTCTCTCCCTgtaattatcatcattataattatcattCTTATATTCTCATTTGGTTAAAGAGTAGCTAACAGCaagatattaaaatagaaaaagaaatgtTTGGCAGACAAATGctgtgcaaatgtttttttttattaagttttaataaTCGTTTAAAACTGTTTGTATTCTAGGCAAAcacacaaatcaaatcaaatcttcCAGTTAAggggctaaaataaataaatcatttaaacagaataaataaatagataaataaatacaatgattaGAATATAATCGGAATTGAAGTCAATATGCAATAACAGACCAGAACGCAGAGCTAAGTGtgttataatgtaaatgtaaagacgAGACCGTCATGTAATAAATACTGCACTCATAATCAGTGAATATAAGGTGGTTTCACTTTCAAAATGCGGTATAAATTTGTCCCGTTTTGGcgttttttaaattcttttgaacacattcaggtgctgcttgtcaattttaCAAGGCTTCTACGTTTGTTTTTGCTGTCAACTGCAAAAGAAATGATTGATAATAAACCGCTGTGACAGCTGCAAGCGCTATGTGACATGCTTGCACGCAAGGGGGAGTCAGATTTCGATACAACACCGGCACTGCATGCTCCTCCATGTCGCGTGTGATGATGGGTCATTCTTGAACAGTTTGTTCATATttaacaaatcttttgtatgactcaagGAGAGAATCATTCATTCGAACAAGCGCACATTTGTGCAAGAGGAGTGGAGTGGTCTGGACGTGTGGCCTCAAACCTTATTGATAAGAACGATATTGGATAATTCCACAATGCTTTGGGGAATCATATCAATATATCCCCAGAACTCAATATACCGCCCAGCCCTAGTGTGCAGTTTGCATCTTCTTCTCATGTTTGCCAGGGATTCCTCCGAgtgctttggttttccccacagtccaaagaaatgcactataggtgaattggaatagctgaattgtccatagtgtatgaatgctTCCCagtatgggttgcggctgaaagggcatccactgcataaaaaatatgccgGAATacttgttggttcattccactgtggcaacctctgataaatcagtgaCTAaagcgaaggaaaatgaatgaatgaatttgaaaaTAAGAAATACTTTTGTTACAGTGACTCATCATTTCACTCCTTAAGGCAGGGAtgaccaaactcggtcctagagggacCAAAAAATTAAGTTCCAACCccagtcagacacacctgggctagctaatcaagctcatactatgctttctagaaacatctctgcaggtgtgtttaggcaagttggagctaaaatcttcaggacatcggccctccaggaccaagtttggacacccctgccttaggtGTCAAAGGCATCAACCCTTTTGTGGCATATGGGTTAGTTCCTTGTCAGATTTATGCAGTTTTTGGAGCTTCAAAAACTATACAACTATATTACACGGCATTGAAAAGCCTGGGTGATCTTTAAAAGTACTTCGTCTGACAGAAGAAAGTCATACTGATGAGTTAATTATGGggcaattttcctttttttgggtgaactagtccTTTAATGTGAACATTCTGACCATTTCAGAGATGTCCCATACAACTCAAAGCAAATATAAACTGACATCCATTTTTTTTATCCAACCTACTTGTGGTTTTCCACCTCATTGCTTCATCACCCTCAGTGATTTATTGATGTTATCATGCAGATCTGCTCATGCTCTGCCACCCTTGTGTTCTCCATGTCCTAATTTGATTCTAATAAGCCACAATAGATAACATCTAAAATCTCACAAATTactgtgtgtttgattttctgGATGCACAATAACACCAGCACAGCTTTGTTctctttatttttaaactaaccTCTTCCTGTTTTGTTCCCAGGATTCCTTTTGTAGACTCCGAGTGTAACACATCCATCGATTGGAGGATCCAGGAATCAATTCTGCCATCTTCTTGGCTTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00072143 True 5873 lncRNA 0.36 1 9854738 9860610

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_035458 NA coding upstream 58309 9794868 ~ 9796429 (+)
XLOC_035457 gripap1 coding upstream 62468 9699111 ~ 9792270 (+)
XLOC_035456 mon1ba coding upstream 154098 9684479 ~ 9700640 (+)
XLOC_035455 pnck coding upstream 687623 9149436 ~ 9167115 (+)
XLOC_035454 BX284664.1 coding upstream 743548 9111072 ~ 9111190 (+)
XLOC_035460 kcnd1 coding downstream 5741 9866351 ~ 9986978 (+)
XLOC_035461 CT573497.1 coding downstream 33062 9893672 ~ 9893788 (+)
XLOC_035462 si:dkey-8e10.2 coding downstream 141195 10001805 ~ 10013552 (+)
XLOC_035463 CU928205.1 coding downstream 207662 10068272 ~ 10074129 (+)
XLOC_035464 NA coding downstream 307915 10168525 ~ 10173228 (+)
XLOC_035442 CU928118.1 non-coding upstream 1533142 8321482 ~ 8321596 (+)
XLOC_035435 NA non-coding upstream 2004944 7824772 ~ 7849794 (+)
XLOC_035432 CR385024.1 non-coding upstream 2202768 7644265 ~ 7651970 (+)
XLOC_035465 NA non-coding downstream 343483 10204093 ~ 10248143 (+)
XLOC_035468 NA non-coding downstream 600384 10460994 ~ 10463748 (+)

Expression


Co-expression Network