XLOC_035528 (cdkn2c)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_035528
gene name cdkn2c
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 16407884 ~ 16414886 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00069687
AAAAAGGAGTGATGTCAAACAGCAGCAGACTCTCTGACAAACTCAGCTGTCTTATAAACAGCGTATTGAACTCCCGAGAGCCATCAGAAGAGGATAAACCGAAGCCAGCGATGTAACCATTCTGCAGAGGTCGTGGAAGAAGCTCGGAATGACTACATCTGCGAATACCACGAACGCATCGCAGCTCTTCAGCCCATTGCACCTGCATATTATCAGAGGACATATGAAAGGGAAGTTTGCCTCTCGGATCCGATCATTTTCATGTGACTACTGCAAATCTGTTTGAATGCGAGAGATCGAGTATCTGGACTAAGACCACAGTACATTCATGCCATTTTTGGGCACGGGCGTCGATCGCAGAAAAGAGGATGtttcttttgtttaattgttCTTGATCGTTCTTATTTTGATTAGAGATGGCTCCGCATCTCTGTTTTCTCCACTGGTTCCGATGGCTTCAGTAGGACGATGTTAGCCTAATGTGGGTGGACCTTGGCGCATCTCCAACGGATATTTTTTAGGGGGGCTGGAGGATCGGACTATTTACTACTGCTTTGTAGTGCTTTTTCCATATCTCCACCAGCGgacatttttattaacaaaatcAGAGATATTCTACTTTCCTTTGTCAGGATATAATGGCCGAGGACACTGCTTTAGACAGGCTGAGCACTGCAGCTGCGATTGGGGATCTGATGGAAGTTGAGCAGACACTTCAAAGCAACGTGAACGTTAACGAGAAGAATAAATATGGCAGGACAGCACTGCAGGTGATGAAACTTGGCTGCCCGAGCATCGCGGAGACCCTTTTACAAGCTGGCGCAGACCCAAACGTGCGCGACCCCATACTAGGACTGACCGTCATCCACGATGCAGCGCGTGACGGATATCTGGACACCCTGCACGTGCTCGCGCAGAACGGTGCTGATGTCAATCTCCTAGACAACGACGGCAACCTGCCTCTGCATCTGGCGGCGCGCGAAGGACACTTGGATGTCGTGCAGTTTCTCGTAACGCATTGCGTGACGCAGCCTTTTCTGGCTAACGCAAAAGGGTACACACCTCGTGACCTGGCGTTTATGCACCAAAAACACAGAACTGTGGAGTGGTTGGAGAGCATTGCGTCTTTACAATCCAGCCAGAGATTGTGACTGTGGGCCTGCGTGTAGCAGAGGTAGCGGATCAATGCTGAATTAGCGCTTTATTGCAATTGCAGAATATTCAGCCAACTACCTCTTATTGCAGTGTAAAATATTGGGCTCAGgggcttgtttgtttgtttgtttgtttgtttttgtgggtGAAGAATAATTAACATTTCCGATGACTTATGgctcttaacttttttttttgtcaacggGATATTTTTCAGGTCACCTCCATTTTAGATTTGTATATAGCATACGTTTCTCTAACTTTCGAGCTCATGTTTGTTCTATGGGTGCTGTTTcataacaaacacaaaaaattaaatgtagaTTAATTGAGATTGTCAAAAACAAAGTAATTGCACTATATAAAATCAGCACCCTGCCATGAGTTTTGCTGTGTTTAGTTTTGTCACAGTCAACTTGCACTTTTGCTTGTAATTAATGCCTTTTTAACTGTTGTTTAACTGTGAAGGATTGTCTTTTTATCgcttttgaaaatattaaaatcttgCCAAATAACCAAAGACAACTGTTGAAACGGTTTCAGTATGTGTTTAACTCTGGCCTTGTGTCACTGGAATTCGGGTGGGCCTAAAACACCTTTATGTGactattaaaatatttgaatttgA
>TCONS_00069688
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Function

symbol description
cdkn2c Is expressed in digestive system. Orthologous to human CDKN2C (cyclin dependent kinase inhibitor 2C).

GO: NA

KEGG:

id description
ko04110 Cell cycle
ko05202 Transcriptional misregulation in cancer
ko05166 Human T-cell leukemia virus 1 infection
ko04934 Cushing syndrome
ko01522 Endocrine resistance

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-081104-145 Is expressed in digestive system. Orthologous to human CDKN2C (cyclin dependent kinase inhibitor 2C).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000057610

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00069687 False 1783 mRNA 0.44 3 16407884 16412129
TCONS_00069688 True 4413 mRNA 0.36 2 16408385 16414886

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_035527 NA coding upstream 142073 16259586 ~ 16265811 (+)
XLOC_035526 elavl4 coding upstream 290772 16004154 ~ 16117112 (+)
XLOC_035525 BX510319.1 coding upstream 928077 15476625 ~ 15479807 (+)
XLOC_035524 dnttip2 coding upstream 1121575 15277874 ~ 15286309 (+)
XLOC_035523 gclm coding upstream 1130632 15269423 ~ 15277252 (+)
XLOC_035529 NA coding downstream 149067 16563953 ~ 16582042 (+)
XLOC_035530 NA coding downstream 155450 16570336 ~ 16577809 (+)
XLOC_035531 NA coding downstream 194792 16609678 ~ 16613471 (+)
XLOC_035532 si:ch211-198n5.11 coding downstream 262008 16676894 ~ 16688511 (+)
XLOC_035533 NA coding downstream 304221 16719107 ~ 16721376 (+)
XLOC_035515 CR450798.1 non-coding upstream 1601594 14806174 ~ 14806290 (+)
XLOC_035513 NA non-coding upstream 1755234 14612986 ~ 14652650 (+)
XLOC_035512 NA non-coding upstream 1846454 14558645 ~ 14561430 (+)
XLOC_035537 CR925863.1 non-coding downstream 357288 16772174 ~ 16810253 (+)

Expression


Co-expression Network