XLOC_036458


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_036458
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 24856986 ~ 24909039 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00072462
GAGAGGTAAGCACGCGGATATTTTCATTACCGCGTAACGTAAAAATGCCGTTACTGTTCGCGAAAAATATACAGACCTTTTTCAGACAGTGTTACTTTACGTGCTTATAGAAAATAACTTCTACACACGAGAATCTACACaggaaaacatttaaaagacattCGGCTGGAAACGTTTGGAGCTCAGTTACCTTGGGTGTGAACATGTGAGCGATGCCGTCTACAGCTCCTTTAAGAAACAGTCCTCTCACCAGGAAGCAGAAGAGCACCACGTAAGGAAACAGAGAGCTGAAATACATCACCTGCACAAATACAGCATGACAATTACAATTGgGCTGGACGCTCCAATGCCACCAAGTCGAGGACAAACATAATTCCACACGCCGATGCTTCCTCGACGGATCCTCTGGCCGACCGCCAGCTCCAGGAAGAAGAGTGGGATGCCAATAAGGATAAGAAGAATGAAGTATGGGACAAGACCATCAAAGGACCATCACAAGCTGAGTCTGAACTTTTACACCCACTGTGAAATTTTGCAGTGTTGAAGTCCCAAACAGCTTGTCCGGGCGGCAGGCCAGTCAGTTCAACGTCATTATTATGAAGAGGATTATATTTCAGTAGGGAGCAAACTAGACCTGAAGAATGCTGCTCACCCTGTGCTCAGTCAGTCCCAATTTGCTGTGTATTAAGCACAAGGGCGCTGATCACTCATAATGCAGTGAACGTGCTCAGTCAGCTGATGCCGAGGAATTCAACAAACACAAGCAAATACGAGCCTCTCTGCTGGTGGTTACATTTTCACCATTTTAGCCatgattataatatataatgcaGATCAGATCATTTCTTTATTAGTAATAGTCCATATAGATAAATATCCTGGTGAGCCAACGGCACATTATAATGTGAAATGCACATATTTTATCTGTCCGGGTTGCTAGGCAATGGTGCTTGATGAAATTCTCACATCTCTGCTTCCTGTGAACCTGCATGCTCACTATATGAGAACAGTGAGTGGCAGCTCGTCTGTTCACTACTCcaaattttaaaatacacaagacGGATCATGAGAATCACAGTTCAAATTTAGCAAGCAGTCTCTCCATACCATATTTACTATTCAGAAAATGGCTAAAATGACATGGTGATGATGTGAACTCGATTTTGGACTGTTGCAAAGATAATCATGGGAATTATGCGGACAGACAATCTCTCATCTTTTAGAATATTTTAATTTGAAGAAGAATATGAATAGtactctttctgtctctctctctcacactctctctctctctctctctctctctctctctctgtatgtgtgtcattgtttatttttacattactgtaatttTTTCACTACGATAATTGCTTAAGTGAGCATATACTGTGAAGAAAAAATTTGCCCACACATTGccagaacaaaataaagaaaaacaaactggTGTCAGAGATTATATAAGCCTCTCTGGGTGgttgacacaaaaaaaaagacatttgggAAATTAACTAGATGTTCTTCAgtgcattttattatttgatttttagtAAAACTTAAAATGAATAGTATGCTTTCTAAAAATACTGGGTTGATTCaacccaaaacaaaaactgggttaacatttttttattaaaaacttaatCCGATGATTTAGTTTGTCCATTTTTTCTTAAATTTGCTTTAAAACAACCTACTATTCATAGTatatattactgttttatttaaagagcacctattttacccctttaacAGGATTTAAGATGCGtttttttgtgtctccagaatgtgtctgtaaagtttcagctctaaaCACCCATCacattggaattttctgctctgaacacattgtagctgtttttgtt
>TCONS_00072463
CGGTACCAGAATGAACTTCTTTTACTCACCATCAGGCTGGACGCTCCAATGCCACCAAGTCGAGGACAAACATAATTCCACACGCCGATGCTTCCTCGACGGATCCTCTGGCCGACCGCCAGCTCCAGGAAGAAGAGTGGGATGCCAATAAGGATAAGAAGAATGAAGTATGGGACAAGCAGATGGTTTCTGCTATAGGCTAATGAAAGCCTGAGCCTCGGcagacatgaatgaatgaacggacAGACAACAGAATAAAACAGCAAGTCACGCCGTTGACGTCAAAGCAGCTCCATGGTGACGAAGAGTTTGGTCTGAGCAAAAGCAGCGTCTGTTTGAAGTCAAAGAACAATCCTGAAATAACCTCTTTTGTAGACTCCGAGTGCACATTGCTGGCAGATGACCATAAATTCATCCTCTCGGGAGCATACAAGTGTAATTAGAGCCAGGGATGATCACAGAACAGCCTTTCCTTGGCCTCTGTTTATGAAGAATGACTGCTTGTTATCAGTTTGATTATAgcttttcttttgtgttctgtGGTGCTTTTTGTCTGCGCTTTATTTATGCATACGACTAATGAAAAGGAACAGCGGGTCTTGCTTGGAAAAGAGGAGATTGGAGGGAAGAGAAAggaatggacggacagatggaggAGAGAAGATGGAGAGAGTATGAGAGCGTAACGGAAACAAGGCcttctgggaaacatttataatcgCTAGACAAGCAAAGACAAGATAGGATGAGCTAATTAAGGAGTCAGGTTTCACTTTCAATAAGATTATCGTGTCCTGTTTTGgagctttttttttactgtataatgatATGATCATATGAATAGActtcatataaataaatgtgcttGTTGTCTTCAGTAGAGCATTAAAGATGATTGTTTAGCTGGCACTGAGAGgcaaaaaaacacatacaggcaaaacaaaattaatacctgTGGCACCAGGCAAAACACAAAGGTCTTAATTTTAACCAATTAGTTTGTGCAAACAGCTAAACAGTATTTTCATCAAACAACATCTCTGAGGCATTTACAAATGCCTGGAAATGATGAATAAGGCTGTcaagaatattaattttattctCAGATGGATTGTTTTAGTTCTCAAGACCTCGATGTGTTGTCAGGAGCTGCATTTTATTTTGCTTGTGTAAGTTTGAACCCTCAAAGAAGCCACTAACCGtattatgaatcaccaaggatgATTGTTTTATCATCTGTAATATCACCTATTTTTTGGCGGCCTGAGGCTCTAGTTGATTTCTAGCAAATGTTAATTTTCAGGTAAACTGTGCCTTCAATATCTTAATCGTTGGTAGCTTTAAAAAGACTTTTGTTcagaatttaattattttattaaaaacttgaTGAAGAACACcacttttgttttgaaaataggctcattttacaactcccctttctgcttgttaagtcgtgacataTGGAAAACTGTTTGTGGGTTCAAGCCGAtactcatttaaattgagaaaatattcatttatggccactttttagtcatcatttcacactttaaagtgaattttatataacatCATAGCGTGCATGTCGATCTCTGgatttgctgcatcacaaataacaaaattttaacaatttttaaaaaattctgcactttctggccatcagatattaggcatggatgtaTATATTGTGATGGTGATTTCTGGAAGTATTACagcactttgtaaacgtttattactaccatttgatgagtcttcccatacagtttgatagagcgcttggaacTGGTTGTTGCTTCgcttgacgtcacacttaacaagcagatagttaaacagttgagttgtaCCATTTTAGAATCCATTTAGCCAATCTCtgtctgacaggagcacttttagcttagcatagattattaaaTGTTCT
>TCONS_00071240
TTACGTGCTTATAGAAAATAACTTCTACACACGAGAATCTACACaggaaaacatttaaaagacattCGGCTGGAAACGTTTGGAGCTCAGGCTGGACGCTCCAATGCCACCAAGTCGAGGACAAACATAATTCCACACGCCGATGCTTCCTCGACGGATCCTCTGGCCGACCGCCAGCTCCAGGAAGAAGAGTGGGATGCCAATAAGGATAAGAAGAATGAAGTATGGGACAAGCAGATGGTTTCTGCTATAGGCTAATGAAAGCCTGAGCCTCGGcagacatgaatgaatgaacggacAGACAACAGAATAAAACAGCAAGTCACGCCGTTGACGTCAAAGCAGCTCCATGGTGACGAAGAGTTTGGTCTGAGCAAAAGCAGCGTCTGTTTGAAGTCAAAGAACAATCCTGAAATAACCTCTTTTGTAGACTCCGAGTGCACATTGCTGGCAGATGACCATAAATTCATCCTCTCGGGAGCATACAAGTGTAATTAGAGCCAGGGATGATCACAGAACAGCCTTTCCTTGGCCTCTGTTTATGAAGAATGACTGCTTGTTATCAGTTTGATTATAgcttttcttttgtgttctgtGGTGCTTTTTGTCTGCGCTTTATTTATGCATACGACTAATGAAAAGGAACAGCGGGTCTTGCTTGGAAAAGAGGAGATTGGAGGGAAGAGAAAggaatggacggacagatggaggAGAGAAGATGGAGAGAGTATGAGAGCGTAACGGAAACAAGGCcttctgggaaacatttataatcgCTAGACAAGCAAAGACAAGATAGGATGAGCTAATTAAGGAGTCAGGTTTCACTTTCAATAAGATTATCGTGTCCTGTTTTGgagctttttttttactgtataatgatATGATCATATGAATAGActtcatataaataaatgtgcttGTTGTCTTCAGTAGAGCATTAAAGATGATTGTTTAGCTGGCACTGAGAGgcaaaaaaacacatacaggcaaaacaaaattaatacctgTGGCACCAGGCAAAACACAAAGGTCTTAATTTTAACCAATTAGTTTGTGCAAACAGCTAAACAGTATTTTCATCAAACAACATCTCTGAGGCATTTACAAATGCCTGGAAATGATGAATAAGGCTGTcaagaatattaattttattctCAGATGGATTGTTTTAGTTCTCAAGACCTCGATGTGTTGTCAGGAGCTGCATTTTATTTTGCTTGTGTAAGTTTGAACCCTCAAAGAAGCCACTAACCGtattatgaatcaccaaggatgATTGTTTTATCATCTGTAATATCACCTATTTTTTGGCGGCCTGAGGCTCTAGTTGATTTCTAGCAAATGTTAATTTTCAGGTAAACTGTGCCTTCAATATCTTAATCGTTGGTAGCTTTAAAAAGACTTTTGTTcagaatttaattattttattaaaaacttgaTGAAGAACACcacttttgttttgaaaataggctcattttacaactcccctttctgcttgttaagtcgtgacataTGGAAAACTGTTTGTGGGTTCAAGCCGAtactcatttaaattgagaaaatattcatttatggccactttttagtcatcatttcacactttaaagtgaattttatataacatCATAGCGTGCATGTCGATCTCTGgatttgctgcatcacaaataacaaaattttaacaatttttaaaaaattctgcactttctggccatcagatattaggcatggatgtaTATATTGTGATGGTGATTTCTGGAAGTATTACagcactttgtaaacgtttattactaccatttgatgagtcttcccatacagtttgatagagcgcttggaacTGGTTGTTGCTTCgcttgacgtcacacttaacaagcagatagttaaacagttgagttgtaCCATTTTAGAATCCATTTAGCCAATCTCtgtctgacaggagcacttttagcttagcatagattattaaaTGTTCT
>TCONS_00072464
GAGAGGTAAGCACGCGGATATTTTCATTACCGCGTAACGTAAAAATGCCGTTACTGTTCGCGAAAAATATACAGACCTTTTTCAGACAGTGTTACTTTACGTGCTTATAGAAAATAACTTCTACACACGAGAATCTACACaggaaaacatttaaaagacattCGGCTGGAAACGTTTGGAGCTCAGTTACCTTGGGTGTGAACATGTGAGCGATGCCGTCTACAGCTCCTTTAAGAAACAGTCCTCTCACCAGGAAGCAGAAGAGCACCACGTAAGGAAACAGAGAGCTGAAATACATCACCTGCACAAATACAGCATGACAATTACAATTGgTGAGAAGTGTGCCTCACCTTCCCAGAAGACTGAATGCCCTTTATTACAGCCAGGCAGACAATTATCCAGGCAGCCAGCAGTGACAGAGTCATCCTCCAGTTCAGACCCCCGCTGTCTGCGATTGTGCTGGTGATGTTCAGGGTCTCCCGGTACCAGAAGCTGGACGCTCCAATGCCACCAAGTCGAGGACAAACATAATTCCACACGCCGATGCTTCCTCGACGGATCCTCTGGCCGACCGCCAGCTCCAGGAAGAAGAGTGGGATGCCAATAAGGATAAGAAGAATGAAGTATGGGACAAGCAGATGGTTTCTGCTATAGGCTAATGAAAGCCTGAGCCTCGGcagacatgaatgaatgaacggacAGACAACAGAATAAAACAGCAAGTCACGCCGTTGACGTCAAAGCAGCTCCATGGTGACGAAGAGTTTGGTCTGAGCAAAAGCAGCGTCTGTTTGAAGTCAAAGAACAATCCTGAAATAACCTCTTTTGTAGACTCCGAGTGCACATTGCTGGCAGATGACCATAAATTCATCCTCTCGGGAGCATACAAGTGTAATTAGAGCCAGGGATGATCACAGAACAGCCTTTCCTTGGCCTCTGTTTATGAAGAATGACTGCTTGTTATCAGTTTGATTATAgcttttcttttgtgttctgtGGTGCTTTTTGTCTGCGCTTTATTTATGCATACGACTAATGAAAAGGAACAGCGGGTCTTGCTTGGAAAAGAGGAGATTGGAGGGAAGAGAAAggaatggacggacagatggaggAGAGAAGATGGAGAGAGTATGAGAGCGTAACGGAAACAAGGCcttctgggaaacatttataatcgCTAGACAAGCAAAGACAAGATAGGATGAGCTAATTAAGGAGTCAGGTTTCACTTTCAATAAGATTATCGTGTCCTGTTTTGgagctttttttttactgtataatgatATGATCATATGAATAGActtcatataaataaatgtgcttGTTGTCTTCAGTAGAGCATTAAAGATGATTGTTTAGCTGGCACTGAGAGgcaaaaaaacacatacaggcaaaacaaaattaatacctgTGGCACCAGGCAAAACACAAAGGTCTTAATTTTAACCAATTAGTTTGTGCAAACAGCTAAACAGTATTTTCATCAAACAACATCTCTGAGGCATTTACAAATGCCTGGAAATGATGAATAAGGCTGTcaagaatattaattttattctCAGATGGATTGTTTTAGTTCTCAAGACCTCGATGTGTTGTCAGGAGCTGCATTTTATTTTGCTTGTGTAAGTTTGAACCCTCAAAGAAGCCACTAACCGtattatgaatcaccaaggatgATTGTTTTATCATCTGTAATATCACCTATTTTTTGGCGGCCTGAGGCTCTAGTTGATTTCTAGCAAATGTTAATTTTCAGGTAAACTGTGCCTTCAATATCTTAATCGTTGGTAGCTTTAAAAAGACTTTTGTTcagaatttaattattttattaaaaacttgaTGAAGAACACcacttttgttttgaaaataggctcattttacaactcccctttctgcttgttaagtcgtgacataTGGAAAACTGTTTGTGGGTTCAAGCCGAtactcatttaaattgagaaaatattcatttatggccactttttagtcatcatttcacactttaaagtgaattttatataacatCATAGCGTGCATGTCGATCTCTGgatttgctgcatcacaaataacaaaattttaacaatttttaaaaaattctgcactttctggccatcagatattaggcatggatgtaTATATTGTGATGGTGATTTCTGGAAGTATTACagcactttgtaaacgtttattactaccatttgatgagtcttcccatacagtttgatagagcgcttggaacTGGTTGTTGCTTCgcttgacgtcacacttaacaagcagatagttaaacagttgagttgtaCCATTTTAGAATCCATTTAGCCAATCTCtgtctgacaggagcacttttagcttagcatagattattaaaTGTTCT

Function

GO:

id name namespace
GO:0008988 rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00072462 False 1862 lncRNA 0.39 5 24856986 24909039
TCONS_00072463 False 1918 lncRNA 0.38 3 24865681 24880210
TCONS_00071240 False 1973 lncRNA 0.38 4 24865681 24908943
TCONS_00072464 True 2374 lncRNA 0.40 6 24865681 24909039

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_036457 BX324132.3 coding downstream 53875 24799688 ~ 24803111 (-)
XLOC_036456 rbm15 coding downstream 65926 24788499 ~ 24791060 (-)
XLOC_036455 NA coding downstream 75998 24780407 ~ 24780988 (-)
XLOC_036454 prok1 coding downstream 126801 24714733 ~ 24730185 (-)
XLOC_036453 BX324132.4 coding downstream 159400 24500116 ~ 24697586 (-)
XLOC_036459 kcnc4 coding upstream 19593 24928632 ~ 24965308 (-)
XLOC_036460 hspa1b coding upstream 59059 24968098 ~ 24970790 (-)
XLOC_036461 ahcyl1 coding upstream 62851 24971890 ~ 25011157 (-)
XLOC_036462 nfyal coding upstream 110503 25019542 ~ 25034411 (-)
XLOC_036463 sort1b coding upstream 132674 25041713 ~ 25074319 (-)
XLOC_036447 NA non-coding downstream 279418 24325248 ~ 24577568 (-)
XLOC_036450 NA non-coding downstream 358992 24419950 ~ 24497994 (-)
XLOC_036452 NA non-coding downstream 381891 24441528 ~ 24475095 (-)
XLOC_036446 NA non-coding downstream 559316 24297371 ~ 24297670 (-)
XLOC_036468 NA non-coding upstream 486067 25395106 ~ 25396501 (-)
XLOC_036474 BX544876.1 non-coding upstream 821973 25731012 ~ 25734935 (-)
XLOC_036481 NA non-coding upstream 1210184 26119223 ~ 26326501 (-)
XLOC_036482 NA non-coding upstream 1306645 26215684 ~ 26229796 (-)
XLOC_036483 NA non-coding upstream 1420214 26329253 ~ 26368366 (-)

Expression


Co-expression Network