XLOC_037679 (C1H3orf70)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037679
gene name C1H3orf70
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 12403289 ~ 12424794 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00073986
CAAATTGTAacttgtttatatgtttatagtattttttaatatgtttatagTAATGTTTATAGATGTTGatagttattttatttgatgtaagttgaaatgacttataaagttaatttaattcagcttaagAGTCAAATTTTCTGTTATAATGCACTATcgtttaaagtgtttttattccTCCAACattagtttaaagggatagttgacccgAAAATGAAAATACCTCATTCATCACTtaccatttattttaaacatttattcgaattttctgttgaacacaaaagaagatatgttgaagaatgCTAAAATCCAATCAtatccataatatttgtttttcctactgtaccatgaagtcaatggttacaagtttcaacattcctcaaaatatcttttttttttcatcagaacAACGAAACTCAGAAAACCACTAAGTAGTagatagtgagtaaattttcatttttgatgtaAACTATCACTTTGCACAGCAACTCTCTTGTTTGCAGTGAATGTTTGGTGACCTTCAGGCGGGCAGTGTATCGTTATAGCTTGACTCTTGTTTTACAGTTATCATGGCCTACAGTGGAGCGCAGAAGGCTTTGAAGAGTGATAAGTTAGATGAAGCTCAAGCTCTGGCCAAAAGCTGTGCGGGCAGACCGGACTTCCTCCCCTGTGATGGACTGTCCATCTGCGCAACACACAGCCATGGAAAGTGTTTCAAACTGCACTGGTGCTGCTATTTGGGCTGGTGTCACTGTAAATATGTGTACCAGCCCATGACCAACGTTGCTCAGCTGCCCAGCACACCTGTGCCTGCGGCTCCGTCTGACTGCCCCGACACCATTGATCTGTCCATTTCTCTGACCGAACGCTTCCTCCGCATCTCCCCCTGCTTCCAGGCTCCACCCTGTCCAGAATCGCCCAAATACTGCAACATCGCCGAACTCTTTATTGACGACTATATCGTTAAACGAATCAACGGCAAGATGTGCTACGTGCAGCGGCCCCAGGCTCATGTGGAGCCAGCTCAAATGAACCCCATTCAGAAACAGCACACCGAAGACAAACAGATTGTTGAGGAAACTGTCAAAGGACCAAAAATGGGCCACTGCTCTTCGCCCTCTACCTCCGAGGACTCAGGGATCAACGCTTTAGGAGGACACTTCCTGGAGTCCTGCGAGGAAGAGTCTGAGGAAGAGGATGAGCTCAGCACGGATGGACACTCCAGTCCGGGGAGTCTATGGGACCAGGATGAATGCACCCTGCTGTCCCCTTCCAAATCTATGGTGGAGATTATTGAAAACATCGAAACGACCGTGTGATGTTTGCTGACTGCATAGTTAATAGTCTTTTTGTTCTTTTcacatctctctttctctctgtttgaTGAGATTAATTTTTTGTGCTAAATGGAATATTGTATGTAGAGGACAATGCTTCACTCATAAAGGCAGTGCTACACTTTATGTttgcatttattgttgttttgttgttatagTTGCCATGATCCTAATTCTGAGGTGCTCAGTACAAGATTTTAAATCTGAACTAGGGTGCTTTGGATAAAAACCAAATGTTATTAATCAATTTTCAGACCTGTGCCTTCACTGTATTAATCAATTGGGGGTTCTGAAGGAATTCATTcaattcagttttattattatcatttttattaatattatttgtgtaGACagatagggctgggtgatattgcaaaaaaaaaaaatctcacgatatcatgtttcatgtCATTCGATATggttaattattgaatatttttaatattacatttattaatattaggatttttgtaaagtttatttataatcaaatttcgagaggatcacgtgcttattattgttcacagctgttccaactttagctaatgactaattatcctatcagacgatacttaactcactataaataacaagacttttctcatctcaatatcttcatcaTGAAGAAATcacccacccaaccctactttccctcctttcaaatgggcgacacggtggccagtgattagcactgttgccttagagcaagaatgcccctggtttaattcccttccaaaccaaGTGacatttctgtgctgagttttGTTCGTTCTCCCCGtgattgcgtgggttttccccgggtcctctggttttctcccacagtttaaaaacaagcactctaaacagttaatccaaaatattttaaccaAACTCTGATTACACCTTCTGAGCATTCATAttcgacacttagctacaattaACAGGAgagggagtcatcgagatctacctgagcttaaactcccctctcgccttgcaacgggagggagcccagggctcgaggatcttataagctcagggctctcattacaaattgtgaagttgaatgaccaCATTACCCactatgctattttttttttcaaatggggagctagtggctgagatgcacaagaaaagaaaccaaaaagccaatcGGGCGACATCCttaaatccttttttatttacaatctcctgaCTGCTGCTAGCCACTGCATTTCATTTTCAGGTGCATGCCTGTGAGttccttgaccatttacaatGACTTTGCGCTCACGCTCCACTGGTGTCTCTCgtaactaggtgaccatcaagcgttttctcagaggatgacaattAAACAATTCATTGCTGCAGCTCCGTTTAATGAGGAAAGTAaaaagcgctgcagtgtttgggtgggttgtgtttgtctgaggtaattagtctgtagttattactgaaatgtgtatattctatacaaagtgtaaagcagattggttagttctacttctATCAATTGCGGAGCGTTtacggcattctgaaaagttccgatgttttcaactaggtgcggCTAGAAAATGAGCGTGGTTCTTGTACGCGCTACTTGCACAACATGTGCACGTTGCTCATATATGCACGTCGTGCAAGTCGCCCTCCATTGAAAAAGACAAACTTACACCTTGAGTTTATTGTCATTGCTTCCAAGGTGCGCTTTTATCGATATTGATAACGGTGTTTGGTCAATATATCGCTACTGATTTTATTCCCCAGCCATATAGAGAGGTCATACTTTTGTGGGAAATTTTGGATTTATTAAATTGATTCTTGACAATTGATGTTAGAAAGCAGAGAAAAGATGATCGGCTAAATCGACCATATTTTAATTTGTACATCTTGtgaaaaatctgacttttttaataAGTAAATCTTGATGTTAGTACAGTAAACTGTTGAAGCTTTGATTGACTCACAACTAATGCAAAACTATTGGTGAATACTAG
>TCONS_00073987
CAGTCCCGCAGCAGCGTCCACCGCGAACAGCAGCACGAGGAGCTTCACGCGCCGCTGGGCTTCATTTCTCACACAAGTTTACATTAACGCTTCTTTCATGAGCTTCCCCACCTCTTTTTACCCTCCAGGACCCTTTCATCTGTACGTTTGTGCCTCAAAAAGGATCTTGCAGACACCGTTATTTTAACCCAGTTTTATTGAAATGCATGTGGAAATCTATGAAGACCTTTATTAAGGATTATTGGCATGTAGTTTAATGTGGAAAAATGTCTAAAAGGATCTTAATACAGATGTTGTGGGAAGTTTAATGCAGATGTTGTGATGGTTGGTTATCAGCTGTGAAGCGCAAACCTGAATAAGTTATCATGGCCTACAGTGGAGCGCAGAAGGCTTTGAAGAGTGATAAGTTAGATGAAGCTCAAGCTCTGGCCAAAAGCTGTGCGGGCAGACCGGACTTCCTCCCCTGTGATGGACTGTCCATCTGCGCAACACACAGCCATGGAAAGTGTTTCAAACTGCACTGGTGCTGCTATTTGGGCTGGTGTCACTGTAAATATGTGTACCAGCCCATGACCAACGTTGCTCAGCTGCCCAGCACACCTGTGCCTGCGGCTCCGTCTGACTGCCCCGACACCATTGATCTGTCCATTTCTCTGACCGAACGCTTCCTCCGCATCTCCCCCTGCTTCCAGGCTCCACCCTGTCCAGAATCGCCCAAATACTGCAACATCGCCGAACTCTTTATTGACGACTATATCGTTAAACGAATCAACGGCAAGATGTGCTACGTGCAGCGGCCCCAGGCTCATGTGGAGCCAGCTCAAATGAACCCCATTCAGAAACAGCACACCGAAGACAAACAGATTGTTGAGGAAACTGTCAAAGGACCAAAAATGGGCCACTGCTCTTCGCCCTCTACCTCCGAGGACTCAGGGATCAACGCTTTAGGAGGACACTTCCTGGAGTCCTGCGAGGAAGAGTCTGAGGAAGAGGATGAGCTCAGCACGGATGGACACTCCAGTCCGGGGAGTCTATGGGACCAGGATGAATGCACCCTGCTGTCCCCTTCCAAATCTATGGTGGAGATTATTGAAAACATCGAAACGACCGTGTGATGTTTGCTGACTGCATAGTTAATAGTCTTTTTGTTCTTTTcacatctctctttctctctgtttgaTGAGATTAATTTTTTGTGCTAAATGGAATATTGTATGTAGAGGACAATGCTTCACTCATAAAGGCAGTGCTACACT
>TCONS_00073988
TCCCGCAGCAGCGTCCACCGCGAACAGCAGCACGAGGAGCTTCACGCGCCGCTGGGCTTCATTTCTCACACAAGTTTACATTAACGCTTCTTTCATGAGCTTCCCCACCTCTTTTTACCCTCCAGGACCCTTTCATCTGTACGTTTGTGCCTCAAAAAGGATCTTGCAGACACCGTTATTTTAACCCAGTTTTATTGAAATGCATGTGGAAATCTATGAAGACCTTTATTAAGGATTATTGGCATGTAGTTTAATGTGGAAAAATGTCTAAAAGGATCTTAATACAGATGTTGTGGGAAGTTTAATGCAGATGTTGTGATGGTTGGTTATCAGCTGTGAAGCGCAAACCTGAATAAGaacAACGAAACTCAGAAAACCACTAAGTAGTagataTTATCATGGCCTACAGTGGAGCGCAGAAGGCTTTGAAGAGTGATAAGTTAGATGAAGCTCAAGCTCTGGCCAAAAGCTGTGCGGGCAGACCGGACTTCCTCCCCTGTGATGGACTGTCCATCTGCGCAACACACAGCCATGGAAAGTGTTTCAAACTGCACTGGTGCTGCTATTTGGGCTGGTGTCACTGTAAATATGTGTACCAGCCCATGACCAACGTTGCTCAGCTGCCCAGCACACCTGTGCCTGCGGCTCCGTCTGACTGCCCCGACACCATTGATCTGTCCATTTCTCTGACCGAACGCTTCCTCCGCATCTCCCCCTGCTTCCAGGCTCCACCCTGTCCAGAATCGCCCAAATACTGCAACATC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000061664

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00073986 False 3292 mRNA 0.39 2 12403289 12424231
TCONS_00073987 False 1256 mRNA 0.48 3 12405121 12424794
TCONS_00073988 True 764 mRNA 0.48 4 12405646 12424791

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037678 nup35 coding downstream 1418 12259469 ~ 12401871 (-)
XLOC_037677 NA coding downstream 231504 12076843 ~ 12171785 (-)
XLOC_037676 znf804a coding downstream 368845 11906770 ~ 12034444 (-)
XLOC_037675 NA coding downstream 547984 11822379 ~ 11855305 (-)
XLOC_037674 zc3h15 coding downstream 726798 11664797 ~ 11676491 (-)
XLOC_037680 ehhadh coding upstream 3432 12428226 ~ 12443726 (-)
XLOC_037681 igf2bp2a coding upstream 43706 12468500 ~ 12575776 (-)
XLOC_037682 tra2b coding upstream 154283 12579077 ~ 12595003 (-)
XLOC_037683 tspearb coding upstream 171244 12596038 ~ 12625385 (-)
XLOC_037684 sumo3b coding upstream 223911 12648705 ~ 12652984 (-)
XLOC_037673 NA non-coding downstream 748258 11595987 ~ 11655031 (-)
XLOC_037671 NA non-coding downstream 830935 11571312 ~ 11572354 (-)
XLOC_037667 BX000444.1 non-coding downstream 1556740 10845918 ~ 10846549 (-)
XLOC_037688 NA non-coding upstream 465104 12889898 ~ 12903013 (-)
XLOC_037689 NA non-coding upstream 520763 12945557 ~ 12948957 (-)
XLOC_037690 NA non-coding upstream 529773 12954567 ~ 12956248 (-)
XLOC_037691 NA non-coding upstream 672427 13097221 ~ 13120257 (-)
XLOC_037692 NA non-coding upstream 821230 13246024 ~ 13246524 (-)

Expression


Co-expression Network