sema6a (sema6a,LOC107661172,LOC107663594,LOC106585847)


Basic Information

Item Value
gene id sema6a
gene name sema6a,LOC107661172,LOC107663594,LOC106585847
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 15001347 ~ 15063222 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU157236
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TTAGCGCCTCCCTATGTGTGGAGCGAGTGACagctgcgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgagtgtgtatgtgtgtgcgcgcgcgctaGTGAAGGAGGCTTCATCTCCCAAATAGGATGAGCAGCCGCTTTGGTGGTGGCACGGCGGATGATCCGGACCGCTTGGCTGTTAGTGTTTGGGAGCTTGCTTTGTTCAGTGGCAGTTTGTCTTCGCGGACTGTTTTGCACTGTAGCCGGATTTGCAATGGATATTCCCGTGTGAAGAAGGAGCGCGCGTGAACACGGCTGAAGTAAAGACATAGTGAGGAGCCAGTGCAAAAATGAGGTCAGAGGCCTTGTTGCTGTATTTCACCCTGCTGCAGATGGCTGGGGCCGCCTTCCCAGAGGACTCGGAGCCAATCACTATTTCACATGGCAACTATACAAAACATTACCCAGTGTTTGTTGGACACAGACCAGGAAGGAACAACACACAACGGCACAAATTGGATATTCAGCTGATCGTCATAACGAATCGGACTCTTTATATAGCCGCAAGGGAtcacatatatacagtggacATCGAAACAGCCAACACAGAGGAGATCTTTTTCAACAAGAAACTGACATGGAAGTCCAGGCAACCTGATGTGGATACCTGTAGAATGAAAGGAAAGCACAAGGATGAATGCCATAATTTCATCAAGGTCCTTCTCCAGCAAAATGATGATaccttgtttgtgtgtgggacCAACGCGTTCAACCCTTCTTGTCGAACCTACAAGACGGACACACTGGATGCGCTTGGGGAGGAGATTAGTGGAATGGCCCGGTGCCCGTATGATGCCAAGCATGCCAACGTTGCCCTGTTTGCTGATGGAAAGTTGTACTCTGCTACGGTCACCGATTTCCTCGCCATTGATGCCGTTATTTATCGTAGCCTGGGAGACAGTCCGACCCTTCGCACAGTAAAACACgattcaaaatggctgaaagAGCCCTACTTTGTTCAGGCAGTGGATTATGGGGACttcatttactttttctttcgAGAAATCGCTATGGAATACAACAGCATGGGAAAGGTGGTCTTTCCACGAGTGGCCCGTGTGTGTAAGAACGACCGTGGCGGCTCACAGCGTGTGCTGGAGAAACAGTGGACATCTTTTCTGAAGGCTCGCCTCAATTGCTCCATCCCAGGAGATTCGCACTTCTACTTCAACATCCTGCAGGCTGTCACTGATGTTATCCGCATCAACGGCCGTGATGTTGTCATGGCCACCTTCTCCACGCCATTTAACAGCATTCCAGGCTCGGCCGTGTGCGCCTACGACATGGCGGACATCGCCACAGCTTTCACTGGCCGTTTCAAAGAGCAGAAGTCACCAGAGTCGACCTGGACGCCCGTACCTGAAGAGAAAGTTCCTAAGCCCAGgCCAGGCTGCTGTGCTGGAACACCATCAGCAGAGAAGTACAAGGTGTCCAATGAGTTTCCAGACGACACACTAAACTTCATCAAGATGCACCCGTTGATGGATGAGGCTGTACCATCCATCGCCAACCGGCCCTGGTTTCTCAAGACCATGGTTCGATATCGGCTCACTCGCATTGCAGTGGATAACACTGCCGGGCCCTATCGCAACTACACCATTGTTTTCCTGGGCTCTGAGAGGGGCATCATCCTTAAGTTCCTGGCTAAAATAAGCAGCGGTTTTCTGAACGACAGCCTCTTCCTGGAGGAGCTGAGCATCTACAACCCAGAGAAGTGCAGCATTGATGGCGTGGATGACAAGCGCATCATCAGCATGCAGATCGACAGCAAGAGTCACTCACTCTTCGTGGCATTCACATCTTGTGTGGTTAAGGTGCCGCTGTCACGCTGTGAGCGACATGGGAAGTGCAAAAAGTCCTGTATCGCCTCCAGGGATCCGTACTGCGGCTGGGTGTCGGAAGGCGCGTGCCGGGAAATCACAAGCACAAAATGGCCGTTCGAGCAGGACGTGGAGCAGGGCAACACAGATGGACTGGGAGACTGCCAAAATTCCTTTGTGGCACTAAATGGCGTGATTCGTGAGAGCTTCCAGAAGGGCCGTGATCAGATGGTGCCCATCACTCTGCTGGCTGTGGCTGTGGTCCTGGCATTTATCATGGGTGCTATCTTCTCTGGTATTGTGGTCTACTGTGTATGTGACCATCGTCGGCGCCATCTCGAGCTCTCTGCACACAAAAAACCCAAGGAGGCTGTGAACTCCAGGCGTGGCTCCATGAACAGTGTCACCAAGCTGACAGGCCTATTTGAGACGCAAGCCAAAGATGGCCGGCCCGAGGCCATCCTCGCTCCTCTGATGCACAATGGTAAGACACTTATCAAATccgaggagcagcagcagctggaCCTGGTGGCACTTCCCACACCCGAATCAACACCCATGCAGCTCCGCCGCAAGCCCAGCCGTGCCAGCCGGGATTGGGAGAGGAACCAGAACCTAATCAATGCCTGCGCCAAAGAGCTGGTCTCCATGGGCTCACCTAATGTCCTGATAGGCACTGATCTGCCACTGAGGGCGTCTCCAGGCCACATCCCCAGTGTGGTGGTGCTACCTTTACAACAGCACCAGCATCAGCAGGTCTACCAGCACCAGCATGAGTATGTAGAGCAGCCACATCGCACAGATTTGCCTGATGATCAAGCAGCTACGCTGGAGTACAAAGCAATGAAGAGCCCATGCCACAATGTAATGGTGGATTCAGATGGGCTGCCACCCCGCGTGCCCCAGAGAGAGGCCTCATTAGCAGCTGTGGTACCCCCAGCTGTTCCTCAGATGGGCAAGAGGCTAGATATGTACTGTCGCGGATACCCAATGGGCCTGAAGAAGCAGCAGCACAACACCAATTCATCCAACTCGTCTCACCTGTCAAGGAAGCGCAGCTTTAGCCGTGCCGAGACACCACCCCCGGCTCCACAGAGGCTTGACTCCATGCACGTTTCTTCTCCTTCAGGCCTTTCACGTCACTCCAGCATGAGCTCATACGGCTCGTTGCCTCGCTGCAGCTCCAGGCACCGCAAACCAGATGTCCCACCCAAACCTTCACAGTTTGCCCTCTCTGGGAAAGTTAAGTGCAGCGACTCGGGGACATAATCAGCGCAACTTGGACAGGGGAACATGAAATCTGTGTTGTACAGCTGTGTACAGGAAATGCTCActgttttttaagaaaacacacaaaaaaacatttttcacataaatgtACGTGTTTAACTCAGGCTGTTGATTCCCTCATGGTAAAAGATGTAAACACCTGCTACCGAAAAGAGAGGGACTCTCAAATCTCTTGTCACTGAGCCAGATTTTGCTATTtagctcagttttttttttaagacgaCATTATGTCAGGCTGGGGACACGACCATGTCGCAACTGGTGTTTTCTTTACAGCCTGCCAAAAGCACATTATGGATCACAGAGAGGAGTGTAATTGCATAGTTCTAAAGCTGGGATATACCctagttagaaaaaaaaaacaacatatggACAACAGCGATCTCAGCCGGGAACAACAGCTGGTTTACAAAG

Function

symbol description
sema6a Predicted to enable semaphorin receptor binding activity. Acts upstream of or within optic vesicle formation. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in anterior neural keel; anterior neural rod; nervous system; optic vesicle; and presumptive neural retina. Orthologous to human SEMA6A (semaphorin 6A).

NR:

description
PREDICTED: semaphorin-6A isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU157236 True 12080 lncRNA 0.40 2 15051038 15063142
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XM_026913394.2 False 3570 mRNA 0.51 18 15001347 15063222

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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tmed7 LOC108265697,LOC102200599,LOC101168626,LOC100701005,LOC107084449 coding downstream 102602 14888315 ~ 14898745 (-)
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LOC113533919 cep120,zgc:163014,LOC107712640 coding upstream 215772 15278994 ~ 15299126 (-)
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LOC113529044 LOC108265961,LOC108442001,LOC107697601,LOC107712558,LOC105890695,LOC106587038,LOC104934760 coding upstream 249750 15312972 ~ 15332694 (-)
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G133184 NA non-coding upstream 69630 15132852 ~ 15133058 (-)
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fance fance,LOC107668098,LOC107549969 other downstream 1983031 13007509 ~ 13018316 (-)
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dynll1 dynll1,LOC103397138,LOC107559583 other upstream 3190363 18253585 ~ 18262218 (-)

Expression


Co-expression Network