RNA id: TU157236


Basic Information

Item Value
RNA id TU157236
length 12080
lncRNA type sense_over
GC content 0.40
exon number 2
gene id sema6a
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 15001347 ~ 15063222 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU157239 lncRNA downstream 41335 15006579 ~ 15009703 (-) True G133141
TU157091 lncRNA downstream 306849 14742550 ~ 14744189 (-) False ccser1
TU156646 lncRNA downstream 727494 14323248 ~ 14323544 (-) False atoh1a
TU156616 lncRNA downstream 790399 14260285 ~ 14260639 (-) True G132570
TU156614 lncRNA downstream 791301 14259517 ~ 14259737 (-) True G132568
TU157286 lncRNA upstream 69710 15132852 ~ 15133058 (-) True G133184
XR_003403349.2 lncRNA upstream 114645 15177787 ~ 15180196 (-) True LOC113532496
TU157334 lncRNA upstream 146325 15209467 ~ 15210863 (-) True G133221
TU157335 lncRNA upstream 146325 15209467 ~ 15209848 (-) False G133221
TU157470 lncRNA upstream 286474 15349616 ~ 15357434 (-) True G133320
XM_034306872.1 mRNA downstream 135402 14909870 ~ 14915636 (-) True cdo1
XM_026925257.2 mRNA downstream 152293 14888315 ~ 14898745 (-) True tmed7
XM_034306897.1 mRNA downstream 152368 14888315 ~ 14898670 (-) False tmed7
XM_034306896.1 mRNA downstream 152452 14888315 ~ 14898586 (-) False tmed7
XM_026927950.2 mRNA downstream 163236 14883568 ~ 14887802 (-) True fem1c
XM_034306762.1 mRNA upstream 49737 15112879 ~ 15132144 (-) False hsd17b4
XM_026918339.2 mRNA upstream 49737 15112879 ~ 15132144 (-) True hsd17b4
XM_034306252.1 mRNA upstream 167382 15230524 ~ 15233880 (-) False LOC113536668
XM_026930768.2 mRNA upstream 167382 15230524 ~ 15233874 (-) True LOC113536668
XM_026926401.2 mRNA upstream 215852 15278994 ~ 15299126 (-) False LOC113533919
XR_003403097.2 other downstream 326355 14332392 ~ 14724683 (-) False grid2
XR_004578552.1 other downstream 866101 14178891 ~ 14184937 (-) False hsd17b3
trnah-gug_9 other downstream 1971632 13079335 ~ 13079406 (-) True trnah-gug_9
trnah-gug_8 other downstream 1971912 13079055 ~ 13079126 (-) True trnah-gug_8
XR_004578539.1 other downstream 2032723 13007513 ~ 13018315 (-) False fance
TU157316 other upstream 114647 15177789 ~ 15180124 (-) False LOC113532496
trnad-guc_2 other upstream 272454 15335596 ~ 15335667 (-) True trnad-guc_2
TU157827 other upstream 887183 15950325 ~ 15952679 (-) False ccl27a
XR_004578582.1 other upstream 1033490 16096632 ~ 16099234 (-) False rnf165b
TU159072 other upstream 3004114 18067256 ~ 18084483 (-) False ikbkb

Expression Profile