LOC117599941 (LOC107739197,LOC107573659)


Basic Information

Item Value
gene id LOC117599941
gene name LOC107739197,LOC107573659
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047615.1
NCBI id CM018561.1
chromosome length 21248730
location 9935223 ~ 9942312 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_034314574.1
ccagacagtaaggcattacaattatccaacctagagaTGTGGTCGCGATGTTATCATCCATTTCATCACTGATCAACGAGCGCTCTGATTCTCTCGAGAAGTTGATCAGTAACAATGCTATGAAAATTGAGGGCCTGAAAAAGACTTTGGACTTCACAGTCAAAGATGTGAAAGTGAAAGTTGACCACCTAGCTTCTCGGTTGCAACTCGGGAAGCAGCGAATTGAGACGTGTGAAACTCGTCTAGCTGAGCTGGAGAGATACTCGAGGCGCTGGAATCTTCGGCTGAGAGAGGttccagaaaaagaaaaagagaacatCAGGGATGAAGTCATCTGCATACGTGAGCAAACATATCCTGAAGGGAAGGGCAAATTTTCATATGCTATAGACTCAGTTCACAGATTGGGGAAAAAGCAAACTCGTGCTATCATAGTACAGTTTACTTCGTGCATTATCAGGGATGCTGTGTGGAAGGCAGCAAAGTCTTTGGCTTATCTGAAGGACAACGGGATACGGTTTATGGAAGACTCCACCGGACAGAGAAAGACGAAAGAAGTTGTGGCCTATGGTAGAAGAAGCACGTGCAGCTGGAAAAGCTGCTTACTACGTGGGTGCATGTGCCTTCGTTAATGGTATTGAGATTCGTCTGCTAAGTCAGACTTTCTTTTACAAACATAACTCCTTTTCGCGGACCAGGTTATCGTCGACGAACTTTACGAATTCTACAAACTAAGTTTTCGATTACCAGCTACGATCACATCTATGGATGATGCTTCTGTATTGTTACGGctcatgtttttgttaatgtACTTTCTTTCGGCAACCAGTTGTCATGCCTTGACGGTAAGATTTTCTCTCAGTATGTTCAGCTGAGCTACGTTTCTCAGGTTTATACTCACTACTTGTTGTGCTCTTTTTGCACTTACTGTAACTTTTTGTTCATTAACTTGTTCAATATAtctatttctgttatttctctAAATGCCAGGGGTTTGAGAGATTCTGTGAAGCGTAAAGCTCTTTTTCTTTTAGGGAAGAAATACAATACtggtttctgtttctttcaAGAGTCTCACTCAACTGCAAATGACTAACTTCTGGAAATCACAGTGGGGAGGTGATGCATGGTTTTCTCATGGATCTGAACATTCGGCAGGTGTTTTAACACTAAAGAATAAGTTTGCTGGTGATGTTTTACATCATTATTGTGACCCTCACgggcattttatttatttttttggttctttacactaataatattttcttttttttttatcaacatATATGGTTACAATTCTTCAAATGAAAACAGGGTTCTGTTTGAGGTGACTGAAGACAAAATTGTCTTTTGGCTAAAAAAATATCCGTCTGGTATAATTTGTATGGGAGGAGACTTTAATATTGCTCCAGATAATATGCTAGATCGTATGCCACCAACGAAAGCTTCATATAATTTGCTATTAAAAACCTTAATGGAGAAATATGACTTAATAGACATCTGGAGGCAAAAAtatccaaataaaaaaacatatacttGGTGTAATACTGATTTCTCCAGGCAATCAAGAATAGATTTTTGGCTTACATCTAGAAAtgttgatttacacaatatttcTGTTGACGTATTTCCAACCCCTCTTACTGACCACAAAGCAATTTCTCTCAATATGCAGATATCCACTTATTATAGTCCAGCAAAATCATCTTATTGGAAACTTAATAATTCTTTACTGAAAATCGAATCAGTAAAAATAGAGATTACATCcctcattaaatatttttttaaaaaggctaaTACAGAAAAATTATATTGCACTAATTGGGAACTTTTTAAATTTGAGGCCTCTAAATATTTAAGACGTGTTGGCAGTCATCTTGCTAAAGTTCATAAAGAACAGGaagataaaattatatttgGAATTACCTCACTCCTAAACAAAGGGTCTAATAACTTTTCaaatatagataaaataaatatggcAGAATTACAAAGCAACACCTATAAGAAAAAGGCTGAAGGAGCCTTTATAAGGTCTAGGAAAAGATGGTTGGAGGAAGGTGAACAGAATACCTCCTACTTCTTTAGACTAGAAAAAATCAAGCTACATTAAATACtattcatcagttaaaaattaATGATAAAATATCAAAGGACCATAAAGAGATTTCAGAGTTTTGCTCTACCTTTTACCTTAAACTATATGTGTCACAATATGATGCTAAAGCCTCAAATGATTTCTTAAATTCAGTgggagagattaaaaaaataaataatttagataAAGCTGTGTGTGACCAACCTATTAGTTTAGAAGAAATTACCAATTCAATTCataacttaaaaaataataactctcCCGGAATTGACGGTCTAACCTCAGAATTTTATAAGTTATTTGCTGAACAGCTagcctcttttcttcttttagttttttgtgAAAGTTTATCTAAGTCCAACCTCCCATCTACCATGACTCAGGGGTTAATTACCCTTATTCCTAAGCCTAAAAAAGATCTGACTATTATTGATAATTGGCGGCCAATTAGTCTCTTGAATAATGATTATAAATTAATTGCCTCTATATTTGCTAAAAGAATTAAGGATGTATTAGAATATATTAGAGATGAAACTCAATCAGGCTTTATGAAAAACAGGCACATTTCGAATAATATACGGTTGGTTTTAGATATATTagattattcatatttaattgatgaaaattttttattttattcttagaTTTTCATTAAAGCTTTTGACACTGTGgaacataattttttattttcttctttaaaggGTTTTGGGTTTTGTGAGTTCTTTTGTGTAGCAGTTGAAACCCTATATAATAATGCAAATTGCTCAATCAAACTCAAACATGGAACTACCACtagatttgatttaaaaagagGTATTAGGCAGGGTTGTCTTATTTCTCCGTATCTTTTCCTGCTTGTAACCCAGTTATTATCTgtgcatgttaaaaaaaaaagtattcttaAGGGTGTCTCAATTGCAAATAGAGAAATTATTATAAGTCAGTTAGCTGATGATACGAccctttttttgaaaaatagtgACCAAATTCCAATTGcagttaatgttattaataagtTTTCTAGTGCCTCTGGCCTCTATCTCAATATTAGTAAATGTGAACTAATGGCTGTTAAAGACTGATTTAACATATATTAGTAACATTCCTGTAAAAGATAGTGTTACGTACTTAGGAATCATTATTGTTAAAGACCAGTTGAAAAGATGTTCTCTCAATTTTAACCCCATAATTgataaaactaaaagaaaattcAACTTCTGGCTTCAAAGAGATCTCTCCCTAAAGGGAAGAGTTCTCCTTATGAAGGCTGAAGGTATAGCCTGACTGACATATTCCTCCTTATCTTTGTATCCTGATAACCATACTAGTAAAAATATTGATATAACGCTATTTGATTTCCTATGGAAAAATCGAACACACTATGTTAAAAAGACTGTGACTATGAATACATATGAGAATGGTGGCCTTAATTTCTTAGATTTCACCACTATGAACCACACCTTTAAGATTAATTGGATTAAGCATCACTTAAAAAACCCACTTCTGTCTGGAATTTTATTCCTCATTATGTTTCTTCAAATATTGGTGGTcttaattttgttttgatgtGTAATTATAATATAGATAAAATTCCAGCTAAGTTATCTGCCTTCCACAAACAAGTGCTCCTATCTTGGTCATTAATATATAAGCATAATTTTTCTCCACATCGTTATTTCATCTGGAATAATAGAAACATTCTTTACAAACATAAATCTCTTTTTCTTAAGAACTGGTTGGCCAACGATATTAAATTGCTTAGTCAGTTATATAATAAAGAAGGTACACTCTTTTCTTATGATGAATTCCTTCCTTATTATAAAATGCCAGTTACTCAAAAAGAATTTGCAATCGTTATTGGTTCAATCCCTTCAGGTACTCACATGCTATTTAAAGCTATTGATATAGGCCATTCTCCCGATTCAGTGTCTTTTGATGTTAGTAAATCTTATGTTGgtaaaatttgtttttcattaaatcccaaaaataataatagagtTATCCGTACTCTTTTCCAAAGAGAAATTGTTACTGTACCTTATGTTTTGTCTTATTGGGTCTCTTTATTGAATGGAAAATTGATTTGCTGGAGAAAAGTGTGGTTGTTACCACAGAAATATAATCTTAGAAATAAGACTAAAGAAGTTTTTTATAAGCTCATTCATAGATTTTATCCAGCAAATCAtttacaaaaatttaaaaaaggaataaatgtaaattgtattttttgtaatgAATATGAGGAAACTGCCTTGCACTTATTTTGGCACTGTACATACTCCGTTACACTATGGTGTAAGGTCCAAAAATTTATTAGcaaaaatattcagtgtttaAGACCTTTTTCACTCCTGTGGGAAAATGTACTCTTTGGCTTTACTGACTATCCTGATCAAGAAGAACAGTacttttacttaattaatttatttattctattgaccaaatttcacattaataagTGTAAATTTACCAATAAAAAACCCAATTTTATGGTTTTGTTGActgaaatatgtatatatattgacAGTATCAGAGACTCTTTGAATAAGAAAGCTGTAAGAACTTTGAAAGTTTGTgaattttacaatatatttattgattttatatatacatacacgtGTATGTATCTATatcttgtatttttgttttgaagttTTATACTTTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_034314574.1 True 4763 mRNA 0.33 2 9935223 9942312

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
prpf38b prpf38b,LOC107660074,LOC107568745,LOC107730443,LOC103395982 coding downstream 40456 9874783 ~ 9894767 (-)
LOC113533399 LOC108280347 coding downstream 146570 9715945 ~ 9788653 (-)
zeb1a LOC108280338 coding downstream 249796 9651575 ~ 9685427 (-)
epc1b LOC108280341,LOC108442943 coding downstream 449029 9416189 ~ 9486194 (-)
ift57 ift57,LOC108280285 coding downstream 1177195 8726321 ~ 8758028 (-)
wdr47a wdr47,LOC108261062,LOC108428282,LOC107749106,LOC107730459 coding upstream 405529 10347841 ~ 10392507 (-)
camsap2b LOC108261060,LOC108428284 coding upstream 451571 10393883 ~ 10460626 (-)
LOC113533548 NA coding upstream 627873 10570185 ~ 10584166 (-)
chrng LOC108428254 coding upstream 642206 10584518 ~ 10596849 (-)
LOC113533461 prss56 coding upstream 659386 10601698 ~ 10607930 (-)
G317591 NA non-coding downstream 108181 9826815 ~ 9827042 (-)
G317588 NA non-coding downstream 113081 9821929 ~ 9822142 (-)
G317581 NA non-coding downstream 125808 9809202 ~ 9809415 (-)
G317580 NA non-coding downstream 126460 9808562 ~ 9808763 (-)
G317570 NA non-coding downstream 137163 9797830 ~ 9798060 (-)
G317656 NA non-coding upstream 15233 9957545 ~ 9958446 (-)
G317664 NA non-coding upstream 38685 9980997 ~ 9981262 (-)
G317669 LOC100537796 non-coding upstream 44490 9986802 ~ 9990215 (-)
G317685 NA non-coding upstream 65340 10007652 ~ 10009267 (-)
LOC113533396 NA non-coding upstream 73151 10015463 ~ 10018527 (-)
LOC113542985 crem,crema,LOC108439856,LOC100534480,LOC107659668,LOC107563815 other downstream 961948 8969204 ~ 8973275 (-)
pitrm1 pitrm1,LOC107698483,LOC107679400 other downstream 981113 8903824 ~ 8954110 (-)
G317176 NA other downstream 1049514 8883649 ~ 8885709 (-)
vcpip1 vcpip1 other downstream 1446594 8477223 ~ 8488629 (-)
rps28 rps28 other downstream 2367089 7565081 ~ 7568134 (-)
ccl20a.3 LOC108261059 other upstream 584970 10527282 ~ 10528279 (-)
wu:fb63a08 LOC108280878 other upstream 1677564 11619876 ~ 11705877 (-)
LOC113533649 LOC108280860,LOC108433106 other upstream 2966141 12908453 ~ 12928071 (-)
ccl25a NA other upstream 3670204 13612516 ~ 13615743 (-)
LOC113533556 LOC108280202 other upstream 3722869 13665181 ~ 13680110 (-)

Expression


Co-expression Network