G79648


Basic Information

Item Value
gene id G79648
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 23461762 ~ 23466211 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU99330
TTTGTGTTCGCACATTGagcaactttatttttattttgacaatatataGCTTGAGGTTTCTAACTAGTTAAATATAAAGATACCTTGTTATAACCCAgtcatatatacaaatacatacaaaacaggTCAGATAatggagctttcaaaacaatgtatatttacaggttttatttaaaaaaaaaatgtatatctgggATAAGTCTCATATGGATTGCAGAGGAAATATAGTGCAGCAGAGTACATTTCAAGACAAtcgaacaaaactaaaaatcaaaaCCAATAATACTGTATGCAACAGTGACAGTGCAGTAGTGTGACACCTGGCTTCAAACCAGCCACTGCCAAGCAGGTTTCTACCAGTCTTTAAAAGCTTCAGAGATGTGAAACTTATACACTggtgaattaaacaaattattgaaCAAAATTAAGGTCAAGCATGAAAATATATTCATGCAAAGCTTGAGGTGTAAAATACAAGTTTATATTACAGTTTTACCACTCAAATCGCGTTTTGCAGatgttacatttagtttttaaaacacCTTCATCTTGAATAGACGCAGAAGTGGTCCTAAACAGGCATAACAAAAGTCAGTGTCAAACATGCAGACATTCCCACAGAagccctcagctgtgctcatcTTATTCTTGTGATTTCATACTCAAATGCACCTATAAGTCACAATAATCACTCAACATTTACATCAGGGGTGTCAGATCCCTCTCCAAATACAGATGCATACAgctttaaacatttcaaataataccAAGAACACCTAAATACTACTGAATATACTCTACAAATCTAGCTTTTAAACCAATATTAAACCAAACCTTCACCAAACATTCTATAAACATTGCTGCTATGCATTTATTGCAAGGATTGTTCccattttaaaggaaagaaCATTCATGTCTTGAAATGTCTCTTCACAAgaaagtatacattttacttaGAACACTTAATACAATCCTAAAAATGTCCTTTACTTctccaaatacaaaatgataaatTAGTTAGTTTGAAATGGATCAGTCAGAAATTATTTCCTCAAAAGAATAGATGAAACCTAATGCCATCATTAATTAGTATAgtgccaaaacatttttatttatcttcttttGTATGTTCGGTCTGTCTTTTAGCACACAAGGAGAGGCCcgtttaatgtttaatgcatgTAGGTTTCTTCAGAATTTAAAAGGTAATTAAAAACTATGAATGAACAACCAGAAGCAAAACCATATCAACATGTTTTAAAGAGGAACTAGCAGAGTTcctaaaataattgttttatgcatttttataggTTGCCaataatgaataagtaaggTGTTTGGGAGGTGCGGCAGGGAAGACAAATACGGTGTGTCGGTTGTTTTTCCCCTACTGCGTTTCctctatccaggaagttatgacatgGCATTCAGAAACACTGAAATCGCAAATGTCGGCTTTTGACATATCCCATTATTTCGGGAGTCccaaatatcacattatttaaacttacttttatttaagtggCACGAAATATTCCCATCCTGAAACGTATCAAATGAAAACAGTGCAAAACCACAACACAAATctctaaagcaaaataaacaacatacaCAGAATTCATTGACGGCTTGAAAAATGTTACGAGACAaaatcttttaattaatttaactgtagTCTTATAAAATATGCTGgatttcaaaaatgaaaacaagggTCAGTATAAAAGGGGAGgagtaataaacaaaacaaacaaaaaacacactagGCTTCCAGCCTTGCCAAAATTACTTAACCTTTCTGACTAAGCCAAATTTGAAAGTGCAGCAACATcaagtgggggagggggaataTTTCAGTGCAAACCATTTCAGTCTTTTACAGAGACTAAAAACTATTATGTGTATAAGGTCCCAACACACTCGCCAATTGCTTACCTTTTCTTTCACACATCTCAGAATGCACAGATTGTATATTCGCAAAAAGGCCACAAGGTACATGTCAAACTGAGGTTGATACTTTCAGACTGATAGTTGGAGGTATCTCCATTCAAGCTGGAGATGACTCCTGCTGGGCCAGCTAGGATTGTACTTGATCTCTGTCTTCATATACTGAACATGTTACgacaattaacaaaatgattgAGTTAAAACCTTTTGGtcaaaacattacagtaaactgatgttttttcccctgtacAGCTTTAAAATTACTGCAGTAAAATAGGTTTGTGAAacactaatttgattacatgtACAGCTCCCAAATGGCAAAAAGCTATCAGGAATTAACCAATGGATATGAATCTATTAAGTGAGACTAGTTCTTCCTTTACTTCAGACCTGGATTGTGtgctgtataaaaaaaaactaatccaGACCTATATAATGAAGTTCAGTTATGAATCTTGAGTCTATGAAAATATGCAAAGgcatgaattaaataatttcttacTGGCATTGAGATTATCCAGCAGCAAATAATTGAATATCCTTTTAAGTCTAATATTTCACATGCAATGAAATGACCTACTTCAAAAGTTCTGAAGCAaaaggggagaagaaaaaataaatggtagcATGGAACAAAATTACAACTTGAAATATTAACAGGAAAAAGGCCCacatttttgcaattaaaatggtaGGCAAGTTAGTACATATGtcagaaaacagaacaaactgcattttgaaataaaataagcttaATATATGTACGGGTTTATAGGTTTGCAACATACAGCACAACAACCATTGAAACCATTGAAAACATTGGATATGCATTAGTTCTTGGTCCTGGACAGCCCTGATCCAGTTAGTTTTACACATCACCCTAAATTAGCACAGACTGAGGAAATAGTCAGGGGTTCCAAATAAGCTCTAAGTCAGGATTTCCCATTAGGTATGAACAGATGTGCCATGAAAtttggggagaaaaacaaaaactataaattTGTTTCAATTACATATGTTCCTACAAGTATTGAATGACTGCATCAAGCACTTGGGGGGGTGTGTCAGCATTTTAAGCCAAGTAGGTGTGCCTTCAGGTGGAACTCTGCTTTAATGGAATTAACTAAAAACACCCCTAGCTCTGAATTCAATTTTTGCAAGCCTTCAGAAATTGATGACTTAAGGGTTACTTATAAAACTTGCTAGACTAGGATTCTGTAGGACCAGGGATGGAGACAACCAAAGTGCATAGTCAGCACTACCAGAATAGAGGGGTGTCAAAAGTCAGATTCAAGAGTCCAGGGGGAGATGGTGGCGAATGGGAGGTTGGAGAAATCACATACAGTCCACCACATTGCTGGATCCCTGGCCTACATCACGTATCTGGCTGACGTGAGAGGCACACACGGCGACCCCAGCCCCAGCTCGGCAATGCGACACCGACCCC
>TU99331
TTTGTGTTCGCACATTGagcaactttatttttattttgacaatatataGCTTGAGGTTTCTAACTAGTTAAATATAAAGATACCTTGTTATAACCCAgtcatatatacaaatacatacaaaacaggTCAGATAatggagctttcaaaacaatgtatatttacaggttttatttaaaaaaaaaatgtatatctgggATAAGTCTCATATGGATTGCAGAGGAAATATAGTGCAGCAGAGTACATTTCAAGACAAtcgaacaaaactaaaaatcaaaaCCAATAATACTGTATGCAACAGTGACAGTGCAGTAGTGTGACACCTGGCTTCAAACCAGCCACTGCCAAGCAGGTTTCTACCAGTCTTTAAAAGCTTCAGAGATGTGAAACTTATACACTggtgaattaaacaaattattgaaCAAAATTAAGGTCAAGCATGAAAATATATTCATGCAAAGCTTGAGGTGTAAAATACAAGTTTATATTACAGTTTTACCACTCAAATCGCGTTTTGCAGatgttacatttagtttttaaaacacCTTCATCTTGAATAGACGCAGAAGTGGTCCTAAACAGGCATAACAAAAGTCAGTGTCAAACATGCAGACATTCCCACAGAagccctcagctgtgctcatcTTATTCTTGTGATTTCATACTCAAATGCACCTATAAGTCACAATAATCACTCAACATTTACATCAGGGGTGTCAGATCCCTCTCCAAATACAGATGCATACAgctttaaacatttcaaataataccAAGAACACCTAAATACTACTGAATATACTCTACAAATCTAGCTTTTAAACCAATATTAAACCAAACCTTCACCAAACATTCTATAAACATTGCTGCTATGCATTTATTGCAAGGATTGTTCccattttaaaggaaagaaCATTCATGTCTTGAAATGTCTCTTCACAAgaaagtatacattttacttaGAACACTTAATACAATCCTAAAAATGTCCTTTACTTctccaaatacaaaatgataaatTAGTTAGTTTGAAATGGATCAGTCAGAAATTATTTCCTCAAAAGAATAGATGAAACCTAATGCCATCATTAATTAGTATAgtgccaaaacatttttatttatcttcttttGTATGTTCGGTCTGTCTTTTAGCACACAAGGAGAGGCCcgtttaatgtttaatgcatgTAGGTTTCTTCAGAATTTAAAAGGTAATTAAAAACTATGAATGAACAACCAGAAGCAAAACCATATCAACATGTTTTAAAGAGGAACTAGCAGAGTTcctaaaataattgttttatgcatttttataggTTGCCaataatgaataagtaaggTGTTTGGGAGGTGCGGCAGGGAAGACAAATACGGTGTGTCGGTTGTTTTTCCCCTACTGCGTTTCctctatccaggaagttatgacatgGCATTCAGAAACACTGAAATCGCAAATGTCGGCTTTTGACATATCCCATTATTTCGGGAGTCccaaatatcacattatttaaacttacttttatttaagtggCACGAAATATTCCCATCCTGAAACGTATCAAATGAAAACAGTGCAAAACCACAACACAAATctctaaagcaaaataaacaacatacaCAGAATTCATTGACGGCTTGAAAAATGTTACGAGACAaaatcttttaattaatttaactgtagTCTTATAAAATATGCTGgatttcaaaaatgaaaacaagggTCAGTATAAAAGGGGAGgagtaataaacaaaacaaacaaaaaacacactagGCTTCCAGCCTTGCCAAAATTACTTAACCTTTCTGACTAAGCCAAATTTGAAAGTGCAGCAACATcaagtgggggagggggaataTTTCAGTGCAAACCATTTCAGTCTTTTACAGAGACTAAAAACTATTATGTGTATAAGGTCCCAACACACTCGCCAATTGCTTACCTTTTCTTTCACACATCTCAGAATGCACAGATTGTATATTCGCAAAAAGGCCACAAGGTACATGTCAAACTGAGGTTGATACTTTCAGACTGATAGTTGGAGGTATCTCCATTCAAGCTGGAGATGACTCCTGCTGGGCCAGCTAGGATTGTACTTGATCTCTGTCTTCATATACTGAACATGTTACgacaattaacaaaatgattgAGTTAAAACCTTTTGGtcaaaacattacagtaaactgatgttttttcccctgtacAGCTTTAAAATTACTGCAGTAAAATAGGTTTGTGAAacactaatttgattacatgtACAGCTCCCAAATGGCAAAAAGCTATCAGGAATTAACCAATGGATATGAATCTATTAAGTGAGACTAGTTCTTCCTTTACTTCAGACCTGGATTGTGtgctgtataaaaaaaaactaatccaGACCTATATAATGAAGTTCAGTTATGAATCTTGAGTCTATGAAAATATGCAAAGgcatgaattaaataatttcttacTGGCATTGAGATTATCCAGCAGCAAATAATTGAATATCCTTTTAAGTCTAATATTTCACATGCAATGAAATGACCTACTTCAAAAGTTCTGAAGCAaaaggggagaagaaaaaataaatggtagcATGGAACAAAATTACAACTTGAAATATTAACAGGAAAAAGGCCCacatttttgcaattaaaatggtaGGCAAGTTAGTACATATGtcagaaaacagaacaaactgcattttgaaataaaataagcttaATATATGTACGGGTTTATAGGTTTGCAACATACAGCACAACAACCATTGAAACCATTGAAAACATTGGATATGCATTAGTTCTTGGTCCTGGACAGCCCTGATCCAGTTAGTTTTACACATCACCCTAAATTAGCACAGACTGAGGAAATAGTCAGGGGTTCCAAATAAGCTCTAAGTCAGGATTTCCCATTAGGTATGAACAGATGTGCCATGAAAtttggggagaaaaacaaaaactataattTGTTTCAATTACATATGTTCCTACAAGTATTGAATGACTGCATCAAGCACTTGGGGGGGTGTGTCAGCATTTTAAGCCAAGTAGGTGTGCCTTCAGGTGGAACTCTGCTTTAATGGAATTAACTAAAAACACCCCTAGCTCTGAATTCAATTTTTGCAAGCCTTCAGAAATTGATGACTTAAGGGTTACTTATAAAACTTGCTAGACTAGGATTCTGTAGGACCAGGGATGGAGACAACCAAAGTGCATAGTCAGCACTACCAGAATAGAGGGGTGTCAAAAGTCAGATTCAAGAGTCCAGGGGGAGATGGTGGCGAATGGGAGGTTGGAGAAATCACATACAGTCCACCACATTGCTGGATCCCTGGCCTACATCACGTATCTGGCTGACGTGAGAGGCACACACGGCGACCCCAGCCCCAGCTCGGCAATGCGACACCGACCCC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU99330 True 3397 lncRNA 0.36 2 23461762 23466211
TU99331 False 3396 lncRNA 0.36 2 23461762 23466211

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00010304 LOC107662302 coding downstream 18247 23427758 ~ 23443515 (-)
AMCG00010308 NA coding downstream 45242 23399351 ~ 23416520 (-)
AMCG00010303 NA coding downstream 76657 23378360 ~ 23385105 (-)
AMCG00010295 LOC106568140 coding downstream 231765 23213280 ~ 23229997 (-)
AMCG00010296 NA coding downstream 260594 23175774 ~ 23201168 (-)
AMCG00010309 NA coding upstream 45816 23512027 ~ 23549379 (-)
AMCG00010306 NA coding upstream 119350 23585561 ~ 23589652 (-)
AMCG00010307 NA coding upstream 124813 23591024 ~ 23597743 (-)
AMCG00010302 nup54 coding upstream 162440 23628651 ~ 23642630 (-)
AMCG00010305 NA coding upstream 181180 23647391 ~ 23666530 (-)
G79595 NA non-coding downstream 130247 23327498 ~ 23331515 (-)
G79594 NA non-coding downstream 134401 23326988 ~ 23327361 (-)
G79548 NA non-coding downstream 314693 23141385 ~ 23147069 (-)
G79542 NA non-coding downstream 352670 23108853 ~ 23109092 (-)
G79541 NA non-coding downstream 364454 23096602 ~ 23097308 (-)
G79837 NA non-coding upstream 841693 24307904 ~ 24310189 (-)
G79872 NA non-coding upstream 1134921 24601132 ~ 24650632 (-)
G79881 NA non-coding upstream 1257624 24723835 ~ 24759263 (-)
G79882 NA non-coding upstream 1334458 24800669 ~ 24804163 (-)
G79963 NA non-coding upstream 2258266 25724477 ~ 25724677 (-)
G79601 NA other downstream 96815 23359643 ~ 23364947 (-)
AMCG00010288 NA other downstream 375417 23082655 ~ 23086345 (-)
AMCG00010271 NA other downstream 1479712 21964529 ~ 21982050 (-)
AMCG00010262 shc3 other downstream 1889250 21541019 ~ 21572512 (-)
AMCG00010247 NA other downstream 2379937 21053624 ~ 21081825 (-)
AMCG00010343 hook3 other upstream 2049853 25516064 ~ 25556080 (-)
AMCG00010364 inip,LOC107658659,LOC107558675,LOC107571239 other upstream 2901721 26367932 ~ 26379747 (-)
AMCG00010371 NA other upstream 2945999 26412210 ~ 26426658 (-)
AMCG00010442 LOC107672760,LOC107738293,LOC107592320 other upstream 6486479 29952690 ~ 29961324 (-)
AMCG00010458 LOC107396140 other upstream 7044759 30510970 ~ 30520381 (-)

Expression


Co-expression Network