LOC122326615 (LOC101885612)


Basic Information

Item Value
gene id LOC122326615
gene name LOC101885612
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056719.1
NCBI id CM032088.1
chromosome length 19199999
location 12158672 ~ 12161667 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU215439
ATCTCTGATCCCACACAAGCAGACATGGCGGACAAGGATCCATTCCGGCAGCTGAAAGACCTGTCTCTGCTTAAAGACCAGCTCGATAACATTCAGCGTCGGATGGAGGACGAAGTCGGAGTTGGGATTCCACAGGGTGGAAGTGTGCTCAGCTCTCCCTTCCTCAAAGGCTTTTTGGCTGGGTATGTGGTGGCAAAGCTCCGTTCCTCCGCAGTCCTGGGAGTTCTTGTAGGAACCTGCACAGGCATCTATGCTGCTCAGAGCTATCAAATGCCTAACGTTGAGCAGACCATAAAAAACTACTTCAGCTCATTTAAGAAGAGATAGAAGTGAATATATACCTTCCCAGAAATGGTGCCTCATGTAAATTTACCTAAACATTTACCTCAACTGAGGTGCCACTCGTCAGACCACATAAAACAACTGGATGCATTTAGATCATACTTTGGTGTCCAAAATAATTAAGGTTAGCAATTTTTCTATTTaagattttctatttaaattggTTAGGTCTGTACTGTTAAAACAggtattttataacaaaaactatatacacCTAAATTccttaaaatggtacaaatGGCCAAGGCTTTGTTAATACGTGCAAAATGTTATGTTCTGTCtgttacataatttttattttttttttttcaatgctgtttttttaaatagtggtTTGCACTAAACAGGTGAACAGTCATGAACAACACACTCTATAAACGATGTCTGGCATTGAACAATTCCTACACCTGCCAAATGTCAGAGATTGCTGGACTTGAATAGATGACGCCTTTTATGTAGTTGTTGaataaagacattttgcacTTTACCACACTCGAACACTTctacttttagttaatagtgaaGTGAAATAGAAAGCAGGAAGTAGTCCGGTTTAAGGATGAAAACTGATTTTCACGCAGTTGGGTTTTCAGATGGAGTATTGGATTCAGTGGTGTGGTTTTAAGTGTGATCCTTATCATAATGCATACTTGTTCTATGAAACTGTTCTTAAAAATAGTTCTGAATAATGGTAATTATTTCCTTTGCTTTATCTTTGGCATATCTTCTAAGATCATTGCCATcatgtgtgatatatatatatatatttttggatataTTCTTTTACATTcattgcatgtgttttttcaagaatgtttgcaaatgttgtattttaatgaataaaaccttaaattggg
>XM_043221641.1
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>XM_043221642.1
CGTCCAGCGTGAAACAGACCATTGTAATCAAACTTAGAGCGCTATCTAGAGCAGGCATGCGTTTCAGGTTGTTCAATCGAGCTCAGCATCTCTGATCCCACACAAGCAGACATGGCGGACAAGGATCCATTCCGGCAGCTGAAAGACCTGTCTCTGCTTAAAGACCAGCTCGATAACATTCAGCGTCGGATGGAGGACGAAGTCGGAGTTGGGATTCCACAGGGTGGAAGTGTGCTCAGCTCTCCCTTCCTCAAAGGCTTTTTGGCTGGGTATGTGGTGGCAAAGCTCCGTTCCTCCGCAGTCCTGGGAGTTCTTGTAGGAACCTGCACAGGCATCTATGCTGCTCAGAGCTATCAAATGCCTAACGTTGAGCAGACCATAAAAAACTACTTCAGCTCATTTAAGAAGAGATAGAAGTGAATATATACCTTCCCAGAAATGGTGCCTCATGTAAATTTACCTAAACATTTACCTCAACTGAGGTGCCACTCGTCAGACCACATAAAACAACTGGATGCATTTAGATCATACTTTGGTGTCCAAAATAATTAAGGTTAGCAATTTTTCTATTTaagattttctatttaaattggTTAGGTCTGTACTGTTAAAACAggtattttataacaaaaactatatacacCTAAATTccttaaaatggtacaaatGGCCAAGGCTTTGTTAATACGTGCAAAATGTTATGTTCTGTCtgttacataatttttattttttttttttcaatgctgtttttttaaatagtggtTTGCACTAAACAGGTGAACAGTCATGAACAACACACTCTATAAACGATGTCTGGCATTGAACAATTCCTACACCTGCCAAATGTCAGAGATTGCTGGACTTGAATAGATGACGCCTTTTATGTAGTTGTTGaataaagacattttgcacTTTACCACACTCGAACACTTctacttttagttaatagtgaaGTGAAATAGAAAGCAGGAAGTAGTCCGGTTTAAGGATGAAAACTGATTTTCACGCAGTTGGGTTTTCAGATGGAGTATTGGATTCAGTGGTGTGGTTTTAAGTGTGATCCTTATCATAATGCATACTTGTTCTATGAAACTGTTCTTAAAAATAGTTCTGAATAATGGTAATTATTTCCTTTGCTTTATCTTTGGCATATCTTCTAAGATCATTGCCATcatgtgtgatatatatatatatatttttggatataTTCTTTTACATTcattgcatgtgttttttcaagaatgtttgcaaatgttgtattttaatgaataaaaccttaaattgg

Function

NR:

description
SLC35A4 upstream open reading frame protein-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU215439 False 1199 TUCP 0.37 3 12158672 12161580
XM_043221641.1 False 1177 mRNA 0.36 2 12158673 12161123
XM_043221642.1 True 1285 mRNA 0.38 3 12158673 12161667

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rbm22 rbm22,LOC107689188,LOC107685490,LOC107590066,LOC107748105 coding downstream 79100 12075451 ~ 12079572 (-)
slc34a1b LOC107748116,LOC107588795,LOC107685502 coding downstream 122277 12026517 ~ 12036395 (-)
adamts2a adamts2,LOC107689184,LOC107756799,LOC107667595,LOC107566216,LOC107590100,LOC107749938 coding downstream 204642 11896253 ~ 11954030 (-)
si:dkeyp-72g9.4 si:dkeyp-72g9.4,LOC107689183,LOC107756801,LOC107749913,LOC107566215,LOC107590060,LOC107667601 coding downstream 269813 11883367 ~ 11888859 (-)
kiaa1191 kiaa1191,zgc:123105,LOC107689181,LOC107756802,LOC107749914 coding downstream 277419 11873428 ~ 11881253 (-)
trnac-gca_120 NA coding upstream 23863 12185530 ~ 12185601 (-)
ccdc82 ccdc82,LOC107590081,LOC107689195,LOC107721402,LOC107748113,LOC107588764,LOC107685481 coding upstream 26256 12187923 ~ 12192887 (-)
LOC122326744 spag16,LOC107590107,LOC107685498,LOC107748120 coding upstream 34123 12195790 ~ 12197893 (-)
pdk3b LOC107588762,LOC107590079,LOC107685479,LOC108431348,LOC108278474 coding upstream 67011 12228678 ~ 12236185 (-)
LOC122326656 LOC107689200,LOC107590078,LOC107721414 coding upstream 100997 12262664 ~ 12267061 (-)
G145829 LOC107590069,LOC107689193 non-coding downstream 728 12155330 ~ 12157944 (-)
G145831 NA non-coding downstream 3918 12151803 ~ 12154754 (-)
G145821 NA non-coding downstream 9236 12135347 ~ 12149436 (-)
G145781 adra2db,LOC107566213,LOC107667592,LOC107756796,LOC107590063,LOC107689214,LOC107749943 non-coding downstream 160396 11994548 ~ 11998276 (-)
G145708 LOC107667428,LOC107756812,LOC107590098,LOC107673825 non-coding downstream 623126 11532458 ~ 11535546 (-)
G145835 NA non-coding upstream 15636 12177303 ~ 12179045 (-)
G145837 LOC107590070,LOC107721412,LOC107685485,LOC107588766,LOC107689194 non-coding upstream 18851 12180518 ~ 12184069 (-)
G145874 NA non-coding upstream 31419 12193086 ~ 12193412 (-)
G145881 NA non-coding upstream 56391 12218058 ~ 12223580 (-)
G145879 NA non-coding upstream 82492 12244159 ~ 12318262 (-)
rgs14b LOC107721394,LOC107590127,LOC107689186,LOC107748103,LOC107588771 other downstream 101065 12012211 ~ 12057607 (-)
cnot6a cnot6a,LOC107756798,LOC107689185,LOC107590062,LOC107566218,LOC107749911,LOC108441023,LOC107667594 other downstream 173600 11972216 ~ 11985072 (-)
LOC122326065 clk4b,LOC107673840,LOC107756806,LOC107667599,LOC107570696,LOC107749918 other downstream 346089 11806824 ~ 11812583 (-)
si:dkey-22f5.9 si:dkey-22f5.9 other downstream 1210304 10911230 ~ 10948368 (-)
LOC122326213 NA other downstream 1301244 10854666 ~ 10857428 (-)
G145910 NA other upstream 213179 12374846 ~ 12375545 (-)
LOC122326748 LOC107739910 other upstream 320546 12482213 ~ 12483164 (-)
G146159 NA other upstream 921457 13083124 ~ 13083494 (-)
LOC122326016 NA other upstream 938449 13100116 ~ 13101521 (-)
LOC122326201 cox7b,LOC107713147,LOC107582003,LOC107675192,LOC107697350,LOC107726769,LOC107598778 other upstream 1704748 13866415 ~ 13867643 (-)

Expression


Co-expression Network