lysmd1 (lysmd1)


Basic Information

Item Value
gene id lysmd1
gene name lysmd1
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035906.1
NCBI id CM008309.1
chromosome length 35377769
location 10655471 ~ 10659606 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007249775.3
CATTACAGACACATAACTACAGTGCAGCTCACTATAATTAGCGGCGCGGTCACATCGCCAACACCACAGTCTGGGCTCCGTGCTCTGGtacaactagctagctagccgtAACTTTACCTAACTATTTTAGAGACTGAGCCGCGTTTAGCTACGCTAACTTAATAAGTAAGTCCGTTATCTCGTAGCTAGCAAGCAAGCTAACTAACTTTTTCGTAGCGTAGTGGTGAGTCGGTATGTCGTATTTTACTAGCTacgctagttagctagctagctaactgtctAATCTGTCGTATATCCTGCTACGCAGTTTAAGTTAATGTTGAGCTAGCTAGATTTGGCAGTACGCATTAAGTTAACTTCGCTGGAGCTAAAATGTTTCCTAAAGTGGGCAGATAGCTAAcgcagttttttttaactgaagaGCTAGCTAGTCATGTTGTGGTCTACAGGATGGGCCGGTTAACACGGCCCCAAAcggatcatcatcatcatcatcatcctcagtAAACTAGTAAAGTCGTCATGTCCTCGGACCGGACATCTTCACTCACTGGATCACACGGGCTCCTACGCGGTCAGCGCACCAAGTCTTATGGCAGTCTGGTGACTTCGTCCCTGTCACCAGTCAGACAGAAACGCATTGAACACAAGGTTCAACCAGGAGACACTCTACAAGGATTGTCCCTGAAGTATGGCGTGTCTATGGAACAAATCAAAAGGGCAAACAGACTGTACACCAACGATTCAATATTCCTGAAGAAGGTCCTCTTCATCCCAGTACTGACGGAGTCAATATCCTTTGCTAATGAGAATGAGCTACTTAATGAAGTGTCAAATCAAGAAGAGAGAAAGTCACTTCAGCAGGTTTCCGCTGGAAACGGCCAAGCTGACTGTGAAAGCCAAGAAGTGACTTCAGATCTTTCTCCATCGGACTACTTGAAAAGGATGGATAGTCTGATTAATCAGTCTAAACAAGCAGCTGTGAAAACATGTCAAGAAGGAGATAAACAGTTTTCATCAATGAAACAGCTTCCCAGCACTCATGTCTCCAGTGCTTCTTTCCAAGGTCAACAGGCAGTGCTGGGGGCTGTACCTCTCACAATCACCAAACGTACCAAGAAACTAAGAGACAAAGAGGATGAGATTTTTCAGCTCTGACACTGGCTGCTTAGAAGATCTCTCTGGCTTGTGTCAAGTATTTAAGTATGCAAAAAAACCTTCAAGTTGAAGCATGAATTGAGGATGTCTGATTTCATGCCTTTGAGCTAGTGGTGCTGTGTGTTTGATATTCAGACTACCAGCATCTGTGCACTTGATGACTGATTGATTGTGTTGTGGGAGTGATGTGCTCTGCTACTGTACTAAATGTGCTGCTGTGGCCTTAGGTCATGTTTGCACTCTGGCCTGTTGCCTACTATTGGCTGCATCACAAAACAAACTGTACAGTACTACTTCCTCTGCAttttctgtcccatgacttctgtcTTTTATTCCCCAAGAAATCAGACATGGCTTGCTTAATGACTGTTAGAAACACTACCTCACAAAAAAGATGATAGTTATGTTTACAAAGCAGAATTCCTCAAATTAACTTGGCATTAACCGATTGAGCAGGTTTAGTCACACTGTTGAGACATGACCGTTTGCTGCAAGTAGCTAAGTGGTATGCAAATGTGATTTTAGTCAATGATTCGACCGTTAGAAATACTTATATAAGCTGCatattcatatatacatatgggGAAAAATGCCCAAACATGAAAACATTTCATCTTCCCTAATTTCCTAGGCACATTTCATGTTCTATTTACTAAAGGTATGTGATacagattttgttttgttgattTGTTTTTGTCACGTAGCTGCGAGACTGCCAGGgttttatttcacaaagaagGATTTTTCAGTTGGATAAAAGTAAGCCAAAAGTTTCTGCTGTCCAGTGGAAATGAGCAAACTAAGCCCTCTGAGAAATCCTGCTTTGTAAAATGCTGCCATTGTCAAAATCCATAGTTTTAGTTCttgccattttttttgtaattgtaacTGAGCAGTGATCTGCAGGTATACAATAAGAAACACTGTGCCCTGTGTCCTCTCTTCTCTCATTATTGTAGGGATTTAACAGATTGCTAATCACTGAAGCCGTTACATTAACTAGTGTCCTAATTTCTTATCGATttcagttcagtgttttatttatttggtgtttGCAGTTTTAACAAGCTGTAGCCAATTCAAActtgactttttttgtttgtgtaagaTTTGTGAGGATGGCCATAAACAGGAATGCCACCAAGTAGAGTCAGAGCAACATTCAGGTTTTCAAGATCTCATGACCCATTGATTAATTGCCAAAGGGAATTGCTCTAGATGAATACTTTGTAGAATGTATGTGGTTGTGTGCGCTGTGCTTACATTGTTAACAATGTAATACcatgcagaaatataaaaatctagcagtaccaataaaacacacagctgATGATGAATAAATGCAGTGTGCCCAAAGA
>XM_022673513.1
TATTGTGTAACTTAGCTACTATCCTAATCAGTTACTTGCTATCCTAAACTAGCTACAGACAGTgtaagttatttatttagttagctagttgTGGGTTAAAATctaatatgtatgtgtgtaaacaGTGAGTAAAAGTGAGATTGTAACGTTGGTTGCTAAATTGTCAAAATGAAATGCAGTTTCCCCCCTCTAGCATAAATCATGTAAGTTAACCCTATCtcgttttttctatttttgtagcTAAGTGGGTTAACCTCTTTGTATTGAAGGCTAGAGATTTATATTCAGCAGTAAAGTggagctagctagttaacgttaGTGTAACTTTATCTGATGATGGAGCTAACGTTAAAGTTGTAGAAATTACGTAGTTAGTTcgcgttagctagcttgttatcTCTGTTTAGATGGATGAACTCTATAGCTAACTATGTTGTTGGACAAGAAACTGTCCAATCTGGAAAAGAAAACTTGTTTGGCAGTGAGCTGTTTCATTACTATACTGTTTATTGCTGAATTACCTAGTGAACCTAACCAAGCTATAACGTTATAACTAGCTATTTATCTACAGTATTACTCGAGATGTAGCAGCCATCCTATTGTCTTGCTTACTAAAATTCTCAGCCCCAAAcggatcatcatcatcatcatcatcctcagtAAACTAGTAAAGTCGTCATGTCCTCGGACCGGACATCTTCACTCACTGGATCACACGGGCTCCTACGCGGTCAGCGCACCAAGTCTTATGGCAGTCTGGTGACTTCGTCCCTGTCACCAGTCAGACAGAAACGCATTGAACACAAGGTTCAACCAGGAGACACTCTACAAGGATTGTCCCTGAAGTATGGCGTGTCTATGGAACAAATCAAAAGGGCAAACAGACTGTACACCAACGATTCAATATTCCTGAAGAAGGTCCTCTTCATCCCAGTACTGACGGAGTCAATATCCTTTGCTAATGAGAATGAGCTACTTAATGAAGTGTCAAATCAAGAAGAGAGAAAGTCACTTCAGCAGGTTTCCGCTGGAAACGGCCAAGCTGACTGTGAAAGCCAAGAAGTGACTTCAGATCTTTCTCCATCGGACTACTTGAAAAGGATGGATAGTCTGATTAATCAGTCTAAACAAGCAGCTGTGAAAACATGTCAAGAAGGAGATAAACAGTTTTCATCAATGAAACAGCTTCCCAGCACTCATGTCTCCAGTGCTTCTTTCCAAGGTCAACAGGCAGTGCTGGGGGCTGTACCTCTCACAATCACCAAACGTACCAAGAAACTAAGAGACAAAGAGGATGAGATTTTTCAGCTCTGACACTGGCTGCTTAGAAGATCTCTCTGGCTTGTGTCAAGTATTTAAGTATGCAAAAAAACCTTCAAGTTGAAGCATGAATTGAGGATGTCTGATTTCATGCCTTTGAGCTAGTGGTGCTGTGTGTTTGATATTCAGACTACCAGCATCTGTGCACTTGATGACTGATTGATTGTGTTGTGGGAGTGATGTGCTCTGCTACTGTACTAAATGTGCTGCTGTGGCCTTAGGTCATGTTTGCACTCTGGCCTGTTGCCTACTATTGGCTGCATCACAAAACAAACTGTACAGTACTACTTCCTCTGCAttttctgtcccatgacttctgtcTTTTATTCCCCAAGAAATCAGACATGGCTTGCTTAATGACTGTTAGAAACACTACCTCACAAAAAAGATGATAGTTATGTTTACAAAGCAGAATTCCTCAAATTAACTTGGCATTAACCGATTGAGCAGGTTTAGTCACACTGTTGAGACATGACCGTTTGCTGCAAGTAGCTAAGTGGTATGCAAATGTGATTTTAGTCAATGATTCGACCGTTAGAAATACTTATATAAGCTGCatattcatatatacatatgggGAAAAATGCCCAAACATGAAAACATTTCATCTTCCCTAATTTCCTAGGCACATTTCATGTTCTATTTACTAAAGGTATGTGATacagattttgttttgttgattTGTTTTTGTCACGTAGCTGCGAGACTGCCAGGgttttatttcacaaagaagGATTTTTCAGTTGGATAAAAGTAAGCCAAAAGTTTCTGCTGTCCAGTGGAAATGAGCAAACTAAGCCCTCTGAGAAATCCTGCTTTGTAAAATGCTGCCATTGTCAAAATCCATAGTTTTAGTTCttgccattttttttgtaattgtaacTGAGCAGTGATCTGCAGGTATACAATAAGAAACACTGTGCCCTGTGTCCTCTCTTCTCTCATTATTGTAGGGATTTAACAGATTGCTAATCACTGAAGCCGTTACATTAACTAGTGTCCTAATTTCTTATCGATttcagttcagtgttttatttatttggtgtttGCAGTTTTAACAAGCTGTAGCCAATTCAAActtgactttttttgtttgtgtaagaTTTGTGAGGATGGCCATAAACAGGAATGCCACCAAGTAGAGTCAGAGCAACATTCAGGTTTTCAAGATCTCATGACCCATTGATTAATTGCCAAAGGGAATTGCTCTAGATGAATACTTTGTAGAATGTATGTGGTTGTGTGCGCTGTGCTTACATTGTTAACAATGTAATACcatgcagaaatataaaaatctagcagtaccaataaaacacacagctgATGATGAATAAATGCAGTGTGCCCAAAGA
>XR_002650431.1
TATTGTGTAACTTAGCTACTATCCTAATCAGTTACTTGCTATCCTAAACTAGCTACAGACAGTgtaagttatttatttagttagctagttgTGGGTTAAAATctaatatgtatgtgtgtaaacaGTGAGTAAAAGTGAGATTGTAACGTTGGTTGCTAAATTGTCAAAATGAAATGCAGTTTCCCCCCTCTAGCATAAATCATGTAAGTTAACCCTATCtcgttttttctatttttgtagcTAAGTGGGTTAACCTCTTTGTATTGAAGGCTAGAGATTTATATTCAGCAGTAAAGTggagctagctagttaacgttaGTGTAACTTTATCTGATGATGGAGCTAACGTTAAAGTTGTAGAAATTACGTAGTTAGTTcgcgttagctagcttgttatcTCTGTTTAGATGGATGAACTCTATAGCTAACTATGTTGTTGGACAAGAAACTGTCCAATCTGGAAAAGAAAACTTGTTTGGCAGTGAGCTGTTTCATTACTATACTGTTTATTGCTGAATTACCTAGTGAACCTAACCAAGCTATAACGTTATAACTAGCTATTTATCTACAGTATTACTCGAGATGTAGCAGCCATCCTATTGTCTTGCTTACTAAAATTCTCAGCCCCAAAcggatcatcatcatcatcatcatcctcagtAAACTAGTAAAGTCGTCATGTCCTCGGACCGGACATCTTCACTCACTGGATCACACGGGCTCCTACGCGGTCAGCGCACCAAGTCTTATGGCAGTCTGGTGACTTCGTCCCTGTCACCAGTCAGACAGAAACGCATTGAACACAAGGTTCAACCAGGAGACACTCTACAAGGATTGTCCCTGAAGTATGGCGTGTCTATGGAACAAATCAAAAGGGCAAACAGACTGTACACCAACGATTCAATATTCCTGAAGAAGGTCCTCTTCATCCCAGTACTGACGGAGTCAATATCCTTTGCTAATGAGAATGAGCTACTTAATGAAGTGTCAAATCAAGAAGAGAGAAAGTCACTTCAGCAGGTTTCCGCTGGAAACGGCCAAGCTGACTGTGAAAGCCAAGAAGTGACTTCAGATCTTTCTCCATCGGACTACTTGAAAAGGATGGATAGTCTGATTAATCAGTCTAAACAAGCAGCTGTGAAAACATGTCAAGAAGGAGATAAACAGTTTTCATCAATGAAACAGCTTCCCAGCACTCATGTCTCCAGTGCTTCTTTCCAAGGTCAACAGGCAGTGCTGGGGGCTGTACCTCTCACAATCACCAAACGTACCAAGAAACTAAGAGACAAAGAGGATGAGATTTTTCAGCTCTGACACTGGCTGCTTAGAAGATCTCTCTGGCTTGTGTCAAGTATTTAAGTATGCAAAAAAACCTTCAAGTTGAAGCATGAATTGAGGATGTCTGATTTCATGCCTTTGAGCTAGTGGTGCTGTGTGTTTGATATTCAGACTACCAGCATCTGTGCACTTGATGACTGATTGATTGTGTTGTGGGAGTGATGTGCTCTGCTACTGTACTAAATGTGCTGCTGTGGCCTTAGGTCATGTTTGCACTCTGGCCTGTTGCCTACTATTGGCTGCATCACAAAACAAACTGTACAGTACTACTTCCTCTGCAttttctgtcccatgacttctgtcTTTTATTCCCCAAGAAATCAGACATGGCTTGCTTAATGACTGTTAGAAACACTACCTCACAAAAAAGATAACTTGGCATTAACCGATTGAGCAGGTTTAGTCACACTGTTGAGACATGACCGTTTGCTGCAAGTAGCTAAGTGGTATGCAAATGTGATTTTAGTCAATGATTCGACCGTTAGAAATACTTATATAAGCTGCatattcatatatacatatgggGAAAAATGCCCAAACATGAAAACATTTCATCTTCCCTAATTTCCTAGGCACATTTCATGTTCTATTTACTAAAGGTATGTGATacagattttgttttgttgattTGTTTTTGTCACGTAGCTGCGAGACTGCCAGGgttttatttcacaaagaagGATTTTTCAGTTGGATAAAAGTAAGCCAAAAGTTTCTGCTGTCCAGTGGAAATGAGCAAACTAAGCCCTCTGAGAAATCCTGCTTTGTAAAATGCTGCCATTGTCAAAATCCATAGTTTTAGTTCttgccattttttttgtaattgtaacTGAGCAGTGATCTGCAGGTATACAATAAGAAACACTGTGCCCTGTGTCCTCTCTTCTCTCATTATTGTAGGGATTTAACAGATTGCTAATCACTGAAGCCGTTACATTAACTAGTGTCCTAATTTCTTATCGATttcagttcagtgttttatttatttggtgtttGCAGTTTTAACAAGCTGTAGCCAATTCAAActtgactttttttgtttgtgtaagaTTTGTGAGGATGGCCATAAACAGGAATGCCACCAAGTAGAGTCAGAGCAACATTCAGGTTTTCAAGATCTCATGACCCATTGATTAATTGCCAAAGGGAATTGCTCTAGATGAATACTTTGTAGAATGTATGTGGTTGTGTGCGCTGTGCTTACATTGTTAACAATGTAATACcatgcagaaatataaaaatctagcagtaccaataaaacacacagctgATGATGAATAAATGCAGTGTGCCCAAAGA

Function

symbol description
lysmd1 Is expressed in central nervous system. Orthologous to human LYSMD1 (LysM domain containing 1).

NR:

description
lysM and putative peptidoglycan-binding domain-containing protein 1-like

GO:

id name namespace
GO:0016998 cell wall macromolecule catabolic process biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007249775.3 False 2516 mRNA 0.41 4 10655471 10659606
XM_022673513.1 True 2672 mRNA 0.39 3 10655471 10659127
XR_002650431.1 False 2637 misc_RNA 0.39 4 10655471 10659127

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103022457 sema6c,LOC108429044 coding downstream 230994 10249299 ~ 10424477 (-)
LOC103024028 kcnj14,LOC107550821,LOC107749008,LOC107685531,LOC107596661 coding downstream 463673 10165676 ~ 10191798 (-)
LOC103039091 LOC108429041 coding downstream 494475 10106091 ~ 10160996 (-)
LOC103039397 LOC103039397 coding downstream 557025 10095776 ~ 10098446 (-)
rpl18 rpl18 coding downstream 561058 10090404 ~ 10094413 (-)
tmod4 tmod4,LOC107663362,LOC107689841 coding upstream 4868 10664474 ~ 10682439 (-)
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LOC103044830 LOC103044830 coding upstream 131651 10791257 ~ 10795440 (-)
LOC103044235 catk,LOC108441922,LOC107576564 coding upstream 144876 10804482 ~ 10811848 (-)
rrnad1 NA coding upstream 232447 10892053 ~ 10904478 (-)
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G89773 NA non-coding downstream 120396 10533533 ~ 10535075 (-)
G89770 NA non-coding downstream 160423 10494839 ~ 10495048 (-)
G89769 NA non-coding downstream 191296 10463665 ~ 10464175 (-)
G89768 NA non-coding downstream 194648 10460437 ~ 10460823 (-)
G89880 NA non-coding upstream 132544 10792150 ~ 10865151 (-)
G89895 s100a1,LOC103041356,LOC108441918,LOC108272706,LOC107587912,LOC107689908 non-coding upstream 230300 10889906 ~ 10891701 (-)
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G89915 NA non-coding upstream 267233 10926839 ~ 10929360 (-)
LOC103039505 NA non-coding upstream 292667 10952273 ~ 11028731 (-)
G89751 NA other downstream 430808 10223520 ~ 10224663 (-)
LOC103025178 LOC108429038 other downstream 612618 10011817 ~ 10042853 (-)
G89708 gapdh,LOC107550818 other downstream 690865 9961282 ~ 9964606 (-)
G89690 zyx,LOC108428910 other downstream 753771 9894825 ~ 9901700 (-)
LOC103029706 LOC108429024,LOC108268385,LOC107749226,LOC107685514 other downstream 801372 9784623 ~ 9854099 (-)
vps72 vps72,LOC107571619 other upstream 22750 10682356 ~ 10695334 (-)
LOC103045558 ensab,LOC103045558,LOC108441925,LOC108268136,LOC107741750,LOC107663348,LOC107587831,LOC107597988 other upstream 73329 10732935 ~ 10743717 (-)
LOC103031398 dgat1b,LOC108436588,LOC108267870,LOC107741726,LOC107552801,LOC107671724,LOC107724797 other upstream 948865 11608471 ~ 11630001 (-)
LOC103024123 LOC108436541 other upstream 1502682 12162288 ~ 12169694 (-)
LOC103038102 iqgap3,LOC106605450,LOC105031059,LOC105908924 other upstream 2061363 12720969 ~ 12743217 (-)

Expression


Co-expression Network