slc39a3 (slc39a3,LOC106613601)


Basic Information

Item Value
gene id slc39a3
gene name slc39a3,LOC106613601
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035901.1
NCBI id CM008304.1
chromosome length 40584741
location 16383514 ~ 16389369 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007240201.2
attcagCTTAGTTTGAACTTTTGAACGGGATCAACTGATTTGTTCAAAAGAGCCGATTCAAGAGAAGGATTCATTTACTCGGACAGCGCTAGCAGGCAGCAGCAAGAGAAGCGGTCAAGGATGCGGTCCAGGACCtgacagtggtgtgtgtgttcttcagCCGAGAGGAGAGGTGTTGCTCCCCTGTTTACATCAGCCATGCTCTTATTACCGTTCTTCTGACAAACCCAGCGCTGTGAATCTGAATCACAGCCTCTCTCAGCCAACATGGAGCTGGTTGTGGCCAAAATTCTCTGCCTGTTAGGGGTGTTTGCCCTCATGCTGGGGGGCATTCTCATCCCTGTGCGGGTGATGCAGTCAGACTTTGACAAAGCTGCAAGATACAGAAGGGCAGTAGCGTTCAGTAATTCTTTTGGAGGTGGAGTTTTCCTAGCCACCTGTTTTAATGCACTTCTACCAGCTGTTAGAGACAAGGTGGGTGAAGTCCTAAAAATGCTACAGGCTACAACAGACTACCCACTGGCAGAGACCATGATGATGTTGGGCTTTTTCCTCACCGTGTTTGTGGAGCAGGCTGTGCTCACCTTTAGAAAAGAGAGGCCTTCCTTTATTGATCTAGAGACCTTTAATGCAGGAGGCTCGGAAGCTGGCAGTGACTCTGAATACGACACGCCATTCATCGCACCCCCGCGGAGTTCAGCGGCCCATCAGAACCACCACTCTCATCACCATGGACACTTTAACCCCGCAGAATTAACACGGGCAGGACCGCTCCGGCTAGCTAGCCTAGTCCTGGCCCTCTCTGCCCACTCAGTCTTTGAGGGTCTTGCACTAGGGCTTCAGGAAGATGGGGCTAAGTTGGGCAGTCTCTTCATCGGAGTGGCGATTCATGAGACCTTGGCAGCTGTGGCTTTAGGAGTCAGTACGGCTAAAGCAGGTCTGATGCTGCGGGATGCCAGTAAGCTTGCGGTAACTGTCAGCCTAATGATCCCTCTCGGCATTGGCCTTGGAATGGGTATTGAGACTGCCCAGAACCTGGCAGGTAGTATTGTTTCCGTGGTGCTCCAAGGCCTGGCAGCAGGTACCTTCCTCTTCATTACTTTCTTCGAAATTCTCTCACGGGAGCTGGAGGATAAGCATGATAGGCTACTGAAGGTGTTGTTTCTTGTCCTGGGATATGGCGTGCTAGCAGGTCTTGTATTTATCAAATGGTGATGGACAATTCAGAAGAAGCAAAGGAAGCTTCTCTCTTTTATGTGCCAGTTGATAAACCTGCTCACCAGCATAACCAAAGGACAAAAGGTTTATCTTTTTCAGTGACTGCTCCAGTggttacacactgcttttggctttctttttaaagttttttttacagtcctgCACTGGATATACAAGAACTGTATTATTTTAGATGAAGAGAAATCAGTCGCacaatgtgtctgtgtgtgtgttttttttttttttttgtatttgtgttcttGTCCTAATAATGGTCCCAGTCCTTTCAAGTTTGGCTTACGGCAGTCTCTTGGTATTCTGTATGTTTTAAACCATTCCTCAACAAATCCTGTGCTTTATTTCCAAGCTGAAATCGTCATTGACCATGGCCTGAGGATTGAGAGTTTGAATCACAGGTCATGCTGCTTTGTCATTAGCAGCCAAAACTCGAGAGAACAcagttggccatgctctctctggatgggtagatagCGCTCTCCCTCCTCATCaccaaatattagagtataAAGTAATGATGCCAATTGTTTTTCATCCAGGGATCTTATATTGAAggcaaattatttattaatgtgaacaTTAGTAGAATGGGATACTACTGCAAGTTAGAACTtagattatttgtttgttactgAATCATGTGATGTTGCGGAAGTTATGTGATTAATAACTAAGAAATTGTCCAAGTTTTCACTGTTGATTTAAAACCCCTAAATGTTTACATAAGTTGGATATATATCTAATGTAACACTGCATGTTAAATAGACTACTGTTTAGAGTGACCTCCACAATGTTTGGGACAAATGCATTTacaatatgtccaaatgtttgtggacacttattctaatgaatgcattcagctacgtTAAGTTAAGTTAGTTTAAATTTCTTATTGCTTATACAGCTGAGCAAATGCACATATTATGCTGGTGTAGTCCCTGTAGTTAAGTACTGCCAATGGCATAGGACTCTCACAGCACTTTttcaccaaaagaactctggttcttgaaccagttctgttTAGGCTTATAAGAAACCTGGTGCTTTTTAGCAAACCTGCCCACGTTTaaaccagttttagtggaaccgtcaAAACATCACATCATACGTCATCAACAGAAGGTGATGCACAGCGGTGGTTACCGCGGAAGTACCTAGTATTCTTCCGTTTCCTTTGTGAACAAACGTTTCTGGTTCTAGAACCCacttttgttggtggagaaTTAAGTTTGTGAACCAGAGTGGTGCCGGTTCTACGTCGGTTAGGATCAGATGAACACAAACCATTATCACTACAGCTAATGGGCACTGTGGACCACCATTCATTCATATGTGGTTTAAATGAACGTTGAGATTTTGTTCGAAACATTGTTTCAGGTTTGAAGTTattcaggtgtgttcaggtgtgtacAGAGCTCTTGTACAACAAAACAGATTAGGGAAATGCTTCATGCGGAGATTGCATCTCCAATTAAACACACATGAGAAATCACAgatgtataaaaaaacaaaaatgtatgtcccagtttatttattaatctttgAGGAAGTTAGACAGCCTGGGCGGGACAGAGGCAAGTAAACAGAGAACAATTTTTGTCTCAAACATTACCAAGGGCACAGTATGTTGAAATCATGGAGATATGCACAACTGTACATATACAAGTGGTTTTTCAGATAACAATGTACTGTAATGATATTCTACTGAAATGTTCAGAAACCTGCAAAATGTGCAGAAGTTTGAGCAGCagtgtaaaatatattcttttaactataatttaaaagaaatataatcaagTTCTTGGATGAAGATCAGACCTATTTGTTTTACCTGAGGGAACTAAAATAACACTATTTTACACTTACACTCCTGAACTGAGATAAAAGAAACAAGTTAGCAGTGGAGAACTCTACACTTTCAGTTGATGCAGTAATAGTTCAGTGGCAATTTTAGGGCTTATGTTTTGCTGTTGAGAGATTGATTAGGTAAAAACATACCCCATCCTAATATACAGTAGTTTGTGGTTCTGTGATTTTGTACATTTgcactctttttctgttttgttcatGTCAGGTGTGTggacattttaattttacagaTCTAGTGCATTTCATTGCCAACATCCTCAGTAATTCAGCTCTGATTCAAGGTTATTCTGGCTTATAGACTGAAATAACAATGAAGACTTTATATACAGTGCACATTACTGTGCAGTGAATTCCTGTCCATTCTGTTTattttgaccctgtttacacctgctcaCTTAAACAAGTTTTGAGTATCCGGATTATTATGATAAGGTAAAGACACCCACAACATAATTTGCATATTCTGTCCCACACAGTGATCAGATTTTAGTCTAATCAGACTAATCAGATATTCATTAGCTAACAAGTGTAAGAGCATGTGGCTAAATCTTGTGACAAGGTGTAAACTCTtaagatattttgttttttcaaatCATGCTTTTTCCCCAGGTAATTTTTGCAGCCAACCTTTCTGCCTTTATATATGTAGCAACAAAATATGTCAAGCCAACCAAAGTCCCATATGTGCTTGACTGATAACCTTTGCTAAAGCACAGGGCTTAGTACTACTGGTCTACTTACTAAAtgaatgtatgtaaatgtgatTGCTGTAAATTACACTGGGTTGGTGTGTATTGTAAGTGATAGTTAACAGTGTGAGCTGATCTTTTTAATATACTTCCTATTCTTCTTTTGTTCAAAAATTGAACTAAATTTATTTCcaggttttaaaaaagttactttgtttttttttgtgatttttatgtAATGGTATGAACATGGATTTAATTCCTTTGGTGTTGGAGTTTTCCCCTGGATTTCTTATGTAAACTAATGGTGATCTGTAGTGTTTTACAACAACATTAAATCAACCCTTAAGTTATCttgaaatcaaataaacattttttttatgtttaa
>XM_022669698.1
AGGCTGGGGCTGTgtgcttaataaataaacatacagtaactTAGAAACAGAGAAATATAGCTCATTTTATTATGGTCGCAGGGAGACTGTTAGCAACTGAATGCTAATAACATTTGCTAGCTAGCacgctaactagttagcttgcTAGCAGTGACACCTCCAGTGTATAAGTGGTGAGGCCAGCTAGCTCTTAATTTTAGACTTAGTTTGTTGGTAAAATGGTAGTTTATGTTATTAGAGTGAGCTGTATTTGCAGTTTGTAAGCACTAGGTTGGCTAAACTGAACGTGAACGGGCTTTGGCTGACTTCTGGCCAAGCTAACGAAGTATCAAGGATGCGGTCCAGGACCtgacagtggtgtgtgtgttcttcagCCGAGAGGAGAGGTGTTGCTCCCCTGTTTACATCAGCCATGCTCTTATTACCGTTCTTCTGACAAACCCAGCGCTGTGAATCTGAATCACAGCCTCTCTCAGCCAACATGGAGCTGGTTGTGGCCAAAATTCTCTGCCTGTTAGGGGTGTTTGCCCTCATGCTGGGGGGCATTCTCATCCCTGTGCGGGTGATGCAGTCAGACTTTGACAAAGCTGCAAGATACAGAAGGGCAGTAGCGTTCAGTAATTCTTTTGGAGGTGGAGTTTTCCTAGCCACCTGTTTTAATGCACTTCTACCAGCTGTTAGAGACAAGGTGGGTGAAGTCCTAAAAATGCTACAGGCTACAACAGACTACCCACTGGCAGAGACCATGATGATGTTGGGCTTTTTCCTCACCGTGTTTGTGGAGCAGGCTGTGCTCACCTTTAGAAAAGAGAGGCCTTCCTTTATTGATCTAGAGACCTTTAATGCAGGAGGCTCGGAAGCTGGCAGTGACTCTGAATACGACACGCCATTCATCGCACCCCCGCGGAGTTCAGCGGCCCATCAGAACCACCACTCTCATCACCATGGACACTTTAACCCCGCAGAATTAACACGGGCAGGACCGCTCCGGCTAGCTAGCCTAGTCCTGGCCCTCTCTGCCCACTCAGTCTTTGAGGGTCTTGCACTAGGGCTTCAGGAAGATGGGGCTAAGTTGGGCAGTCTCTTCATCGGAGTGGCGATTCATGAGACCTTGGCAGCTGTGGCTTTAGGAGTCAGTACGGCTAAAGCAGGTCTGATGCTGCGGGATGCCAGTAAGCTTGCGGTAACTGTCAGCCTAATGATCCCTCTCGGCATTGGCCTTGGAATGGGTATTGAGACTGCCCAGAACCTGGCAGGTAGTATTGTTTCCGTGGTGCTCCAAGGCCTGGCAGCAGGTACCTTCCTCTTCATTACTTTCTTCGAAATTCTCTCACGGGAGCTGGAGGATAAGCATGATAGGCTACTGAAGGTGTTGTTTCTTGTCCTGGGATATGGCGTGCTAGCAGGTCTTGTATTTATCAAATGGTGATGGACAATTCAGAAGAAGCAAAGGAAGCTTCTCTCTTTTATGTGCCAGTTGATAAACCTGCTCACCAGCATAACCAAAGGACAAAAGGTTTATCTTTTTCAGTGACTGCTCCAGTggttacacactgcttttggctttctttttaaagttttttttacagtcctgCACTGGATATACAAGAACTGTATTATTTTAGATGAAGAGAAATCAGTCGCacaatgtgtctgtgtgtgtgttttttttttttttttgtatttgtgttcttGTCCTAATAATGGTCCCAGTCCTTTCAAGTTTGGCTTACGGCAGTCTCTTGGTATTCTGTATGTTTTAAACCATTCCTCAACAAATCCTGTGCTTTATTTCCAAGCTGAAATCGTCATTGACCATGGCCTGAGGATTGAGAGTTTGAATCACAGGTCATGCTGCTTTGTCATTAGCAGCCAAAACTCGAGAGAACAcagttggccatgctctctctggatgggtagatagCGCTCTCCCTCCTCATCaccaaatattagagtataAAGTAATGATGCCAATTGTTTTTCATCCAGGGATCTTATATTGAAggcaaattatttattaatgtgaacaTTAGTAGAATGGGATACTACTGCAAGTTAGAACTtagattatttgtttgttactgAATCATGTGATGTTGCGGAAGTTATGTGATTAATAACTAAGAAATTGTCCAAGTTTTCACTGTTGATTTAAAACCCCTAAATGTTTACATAAGTTGGATATATATCTAATGTAACACTGCATGTTAAATAGACTACTGTTTAGAGTGACCTCCACAATGTTTGGGACAAATGCATTTacaatatgtccaaatgtttgtggacacttattctaatgaatgcattcagctacgtTAAGTTAAGTTAGTTTAAATTTCTTATTGCTTATACAGCTGAGCAAATGCACATATTATGCTGGTGTAGTCCCTGTAGTTAAGTACTGCCAATGGCATAGGACTCTCACAGCACTTTttcaccaaaagaactctggttcttgaaccagttctgttTAGGCTTATAAGAAACCTGGTGCTTTTTAGCAAACCTGCCCACGTTTaaaccagttttagtggaaccgtcaAAACATCACATCATACGTCATCAACAGAAGGTGATGCACAGCGGTGGTTACCGCGGAAGTACCTAGTATTCTTCCGTTTCCTTTGTGAACAAACGTTTCTGGTTCTAGAACCCacttttgttggtggagaaTTAAGTTTGTGAACCAGAGTGGTGCCGGTTCTACGTCGGTTAGGATCAGATGAACACAAACCATTATCACTACAGCTAATGGGCACTGTGGACCACCATTCATTCATATGTGGTTTAAATGAACGTTGAGATTTTGTTCGAAACATTGTTTCAGGTTTGAAGTTattcaggtgtgttcaggtgtgtacAGAGCTCTTGTACAACAAAACAGATTAGGGAAATGCTTCATGCGGAGATTGCATCTCCAATTAAACACACATGAGAAATCACAgatgtataaaaaaacaaaaatgtatgtcccagtttatttattaatctttgAGGAAGTTAGACAGCCTGGGCGGGACAGAGGCAAGTAAACAGAGAACAATTTTTGTCTCAAACATTACCAAGGGCACAGTATGTTGAAATCATGGAGATATGCACAACTGTACATATACAAGTGGTTTTTCAGATAACAATGTACTGTAATGATATTCTACTGAAATGTTCAGAAACCTGCAAAATGTGCAGAAGTTTGAGCAGCagtgtaaaatatattcttttaactataatttaaaagaaatataatcaagTTCTTGGATGAAGATCAGACCTATTTGTTTTACCTGAGGGAACTAAAATAACACTATTTTACACTTACACTCCTGAACTGAGATAAAAGAAACAAGTTAGCAGTGGAGAACTCTACACTTTCAGTTGATGCAGTAATAGTTCAGTGGCAATTTTAGGGCTTATGTTTTGCTGTTGAGAGATTGATTAGGTAAAAACATACCCCATCCTAATATACAGTAGTTTGTGGTTCTGTGATTTTGTACATTTgcactctttttctgttttgttcatGTCAGGTGTGTggacattttaattttacagaTCTAGTGCATTTCATTGCCAACATCCTCAGTAATTCAGCTCTGATTCAAGGTTATTCTGGCTTATAGACTGAAATAACAATGAAGACTTTATATACAGTGCACATTACTGTGCAGTGAATTCCTGTCCATTCTGTTTattttgaccctgtttacacctgctcaCTTAAACAAGTTTTGAGTATCCGGATTATTATGATAAGGTAAAGACACCCACAACATAATTTGCATATTCTGTCCCACACAGTGATCAGATTTTAGTCTAATCAGACTAATCAGATATTCATTAGCTAACAAGTGTAAGAGCATGTGGCTAAATCTTGTGACAAGGTGTAAACTCTtaagatattttgttttttcaaatCATGCTTTTTCCCCAGGTAATTTTTGCAGCCAACCTTTCTGCCTTTATATATGTAGCAACAAAATATGTCAAGCCAACCAAAGTCCCATATGTGCTTGACTGATAACCTTTGCTAAAGCACAGGGCTTAGTACTACTGGTCTACTTACTAAAtgaatgtatgtaaatgtgatTGCTGTAAATTACACTGGGTTGGTGTGTATTGTAAGTGATAGTTAACAGTGTGAGCTGATCTTTTTAATATACTTCCTATTCTTCTTTTGTTCAAAAATTGAACTAAATTTATTTCcaggttttaaaaaagttactttgtttttttttgtgatttttatgtAATGGTATGAACATGGATTTAATTCCTTTGGTGTTGGAGTTTTCCCCTGGATTTCTTATGTAAACTAATGGTGATCTGTAGTGTTTTACAACAACATTAAATCAACCCTTAAGTTATCttgaaatcaaataaacattttttttatgtttaa

Function

symbol description
slc39a3 Predicted to enable zinc ion transmembrane transporter activity. Acts upstream of or within response to zinc ion. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in plasma membrane. Orthologous to human SLC39A3 (solute carrier family 39 member 3).

NR:

description
PREDICTED: zinc transporter ZIP1-like

GO: NA

KEGG:

id description
K14709 SLC39A1_2_3, ZIP1_2_3; solute carrier family 39 (zinc transporter), member 1/2/3

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007240201.2 False 4182 mRNA 0.40 3 16383514 16389369
XM_022669698.1 True 4396 mRNA 0.40 3 16383514 16389191

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103037800 slc1a8a,LOC108437258,LOC107753804,LOC107674556,LOC105011368,LOC105896421,LOC108271187 coding downstream 86 16366109 ~ 16383428 (-)
tmem259 tmem259,LOC107602804,LOC107723848,LOC107656092 coding downstream 579178 15788715 ~ 15804336 (-)
LOC103031895 NA coding downstream 900112 15481435 ~ 15483402 (-)
mast3 mast3 coding downstream 1038886 15309576 ~ 15344628 (-)
LOC103028830 LOC108438687 coding downstream 1117979 15258569 ~ 15265535 (-)
sgta sgta,LOC107656077 coding upstream 2034 16391403 ~ 16398251 (-)
LOC103041228 LOC103041228,LOC108437285 coding upstream 45159 16434528 ~ 16439459 (-)
apc2 apc2 coding upstream 60398 16449767 ~ 16498505 (-)
gadd45b gadd45b,LOC107597151,LOC107553537,LOC107680558 coding upstream 304632 16694001 ~ 16696122 (-)
vmac vmac,LOC107680554 coding upstream 312837 16702206 ~ 16706558 (-)
G43112 LOC108437281,LOC105896445 non-coding downstream 18351 16358638 ~ 16365163 (-)
G43077 NA non-coding downstream 69933 16313263 ~ 16313581 (-)
LOC111192511 NA non-coding downstream 121277 16260894 ~ 16262237 (-)
LOC111192510 NA non-coding downstream 129802 16252618 ~ 16253712 (-)
LOC111192565 NA non-coding downstream 139190 16228431 ~ 16244324 (-)
G43118 thop1,mepd,LOC107658499,LOC107568058 non-coding upstream 10230 16399599 ~ 16403905 (-)
G43140 NA non-coding upstream 126274 16515643 ~ 16530461 (-)
G43175 NA non-coding upstream 322353 16711722 ~ 16712478 (-)
G43176 NA non-coding upstream 323365 16712734 ~ 16713401 (-)
G43273 NA non-coding upstream 337891 16727260 ~ 16727472 (-)
LOC111192556 NA other downstream 893793 15425387 ~ 15489721 (-)
G42894 NA other downstream 967515 15415655 ~ 15415999 (-)
G42850 NA other downstream 1164692 15217957 ~ 15218822 (-)
socs7 socs7 other downstream 1416714 14949884 ~ 14966800 (-)
G42712 LOC108438667,LOC105021477,LOC107674533 other downstream 1522176 14860554 ~ 14861338 (-)
G43173 LOC108437262 other upstream 309580 16698949 ~ 16701352 (-)
smim7 smim7,LOC107568062,LOC107703137,LOC107658516 other upstream 852995 17242364 ~ 17244709 (-)
LOC103042724 NA other upstream 3230054 19619423 ~ 19622153 (-)
oaz1 oaz1,LOC107655198,LOC107719576 other upstream 3697020 20086389 ~ 20090184 (-)
LOC103026129 LOC103026129,LOC105011584,LOC104949087,LOC106584418,LOC108439287,LOC105927846,LOC100708594 other upstream 4067012 20456381 ~ 20458320 (-)

Expression


Co-expression Network