LOC111193200


Basic Information

Item Value
gene id LOC111193200
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 13734047 ~ 13736984 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU108336
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>TU108337
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>TU108338
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>TU108339
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>TU108341
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>TU108342
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>XR_002650331.1
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>XR_002650332.1
TTGGTGCTCCTATAAAAGGGCTTCTTTTTGCATGCTGCAGCGTCTGCCTTGGGTTCCCCCCTCCCCCTTCCGCTTCACCGCGTGGCTCAGAGGTATGTTTGGctttgtgtgtgagggagaaacGCACGTGTAAGTCGGcgtttagttaatttatttgttttatttagagcGTTTTGTTGCTGTCTCATCCTCTGAAACTGCACTCGAGTCTGGCTATCCAGTTCTCAGTTTAACTCCTCAGTGGGAATTGTTGGCGTCTGACCAATTGTAACGCTGCCTGACGGCATTTTCATCAGCTCTCCGTgtgtatctgtctatctatctgtctatctatctgtc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU108336 True 807 lncRNA 0.33 2 13734047 13736984
TU108337 False 807 lncRNA 0.33 2 13734047 13736984
TU108338 False 807 lncRNA 0.33 2 13734047 13736984
TU108339 False 804 lncRNA 0.33 2 13734047 13736984
TU108341 False 781 lncRNA 0.34 2 13734047 13736984
TU108342 False 775 lncRNA 0.34 2 13734047 13736984
XR_002650331.1 False 319 lncRNA 0.50 3 13734992 13735474
XR_002650332.1 False 339 lncRNA 0.48 3 13734248 13735474

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103022962 NA coding downstream 546115 13181021 ~ 13187932 (-)
thumpd2 NA coding downstream 583372 13139454 ~ 13150675 (-)
LOC103026300 map4k3,LOC105006890,LOC107715980,LOC107654892,LOC105893436 coding downstream 598068 13092731 ~ 13135979 (-)
znf593 znf593 coding downstream 685473 13039037 ~ 13048574 (-)
LOC103025372 LOC103025372 coding downstream 766412 12956370 ~ 12967635 (-)
LOC103026512 LOC108431645 coding upstream 71117 13808101 ~ 13819661 (-)
slc22a15 slc22a15,LOC107676332 coding upstream 304959 14041943 ~ 14055991 (-)
kif11 kif11,LOC107553611,LOC104965006,LOC102789789 coding upstream 320375 14057359 ~ 14074419 (-)
LOC103028326 phyhipla,LOC108431655,LOC108270363,LOC107733545,LOC107663293,LOC107671145,LOC107553031 coding upstream 800268 14537252 ~ 14566205 (-)
LOC103029905 LOC108431656 coding upstream 837564 14574548 ~ 14635052 (-)
LOC111193199 NA non-coding downstream 256389 13468186 ~ 13477658 (-)
G80333 NA non-coding downstream 327640 13406184 ~ 13406407 (-)
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LOC111193198 NA other downstream 557371 13176036 ~ 13176676 (-)
selenon selenon,sepn1 other downstream 696741 13021117 ~ 13037306 (-)
LOC103046962 ptena,LOC108411875,LOC107670848,LOC101171856,LOC105900832,LOC105940225,LOC104929647,LOC103387686 other downstream 821652 12871989 ~ 12912395 (-)
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LOC111193139 NA other upstream 218857 13955841 ~ 13956580 (-)
LOC103028126 LOC108431632 other upstream 231621 13968605 ~ 13979750 (-)
G80522 rpl13a,LOC107670882,LOC107583572,LOC107583227 other upstream 377140 14114124 ~ 14117650 (-)
LOC103031386 banf1,LOC108431661,LOC108270073,LOC106576720,LOC104936919,LOC105900308 other upstream 988919 14725903 ~ 14728757 (-)

Expression


Co-expression Network