G50961


Basic Information

Item Value
gene id G50961
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000009
NCBI id null
chromosome length 16003125
location 1211550 ~ 1217229 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU58031
GACACGTGATCCGAATCGTGATTCGACACGCTGATTCATTATGCTCCGAAGCTTCCTGAAGCAGTGTTTTGAAATCGGCCATCACTATAATAAGTCGTTATTTTGTTTTTTTTGGCGCACCAAAAATATTTTCGGCGCTTTATAATATTAATATTGAACCACTGTACTCACATGAACTGATTAAAATATGTTTTTAGTACCTTTATGGATCTTGAGAGAGGAAATGTCATTGCTCCCTACGCAGGCCTCACGGAGCCATTGGATTTCAACAAAAATATCTCAATTTGCGTTCCGAAGATTAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACGGCATGAGGGTGAATAATAAATGACAGAATTTACATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATGCCCCAGTGCATGCTGGGAAGAGGACAAATTGGATTGAACCACAAAACCACAGGCCTGTTTGGACTAAAAATAAAATGCATTATCCGACTCACCTGTTATGTTGGTTCGAAGTATATAATGATAGAAATGCTGCATTCAAATGCATTACTTCTGTTGCTAAAGACTGTAAGTTGTTAGATCTTTAGAGTAGGAAGTAATCAAAAAATTACAAAAGTCATGTTTTTCATTATTTATTTGATCTAACAATCATTTTATGCTCTGTGCATGTCGCTTATAATCTTAACAGTTTGTGGTTTAATCGCCTGCTGTAGTTAGTTTAGTTAGTTACAACCACACAAGACCTTTTTTTTTCCCTGTAGGTGAACTGCTCACCATAAAGGCTGCTTTTGTTTTTATCCCTGACCGTGTGCGACAGTTAAGGATTTATGAAGATTTCCACCCCTTCGCCTGCCCATCTGTGCGGCTGTCTTCAGCGTGGCCTTGAGAATATGTTTCAATTTATTAAGCCAAACCAAAGGACTCATTATTTCAGAAGAGGGGCGCGGAGTGACACACAGAATTGGTTATTAATGGAAAGTCTCTGCCACAGGGCAGTTGAAATTTAATGATATCCTACAAGAAAATATGATGGTGTCACTTTCCCAAAAGTCATGCGAAATGTCAGCGTTTTAAGGTCCCGACGCTAATTTTATGCCCGTGCACAGTAATGTTTGGGAGCGCGTTTAGGAAACACGGCCCAGTGCCTGTGCTGATTATCCCCCTCACCTTCCTTGTGCTCTCAAATGGGTTTGTGCAGCAAGCGATTTAATCTCTAAGTGTAGGGAACATTAGTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAACACCACAGTGCATTTCTCAGAGATAAGGCTTTCCAAGCCAAATGTTACCTGTTAATCCAGGGCCGACCGACTCCAGCACTTGACTTTGACTCTTAGCAGGAATTCGGTAATGGCTAATTTTCATCTCGGAATTAAAGAGCAGAAAAGAGCAAAGCCAAGTGGGTGTGAGCAGGGTTAGCAGTTCTGCGGTAGATAGCTGGAACAATCCCGTAACACGTATGTATCCACCGTGCCCATATGCACAACATATGCACCTTTAAGTCATTCTAAAGGAATTTGCCCACTACGGATCACAGCACACATTTCTCACTGTGGTCTGCATGTGTACACATGCTGTAAAGGTAGAATTGCTTTCCCTTTCATTGCTTTTGGTTTTCTTTCTTGTTTTTCTGTTTTGTTTTGTACCCTAGTTACAGTACTTGCAAGGCAGGGATGTATTGATATTCTTCAAACATCTGGTTTAGGGGATTGTTTTCTGGTAAGGGTCATTTGCACATAACCAAAGCTTTAAAGCTTAGCTAAAAATTGGATATTTTTCCCTTGCTGCCTTGTAAGCGCTGACATTTCCTTCAGGGAATGCGGATCTAGCTGTGCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTTTCTGTCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTCTATCCATCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCTATTTGACACCACAATTCATCACAATTCAGTTTAAATTCATCATAACATTTGAATACTAAGCTGCAAGTCTCTTCTTTCTTATGCATTCTTTTTGTCCATACTGCATATTACAATAAATATCTCTACCTTTCTCTAACATTTCTAATTAATTAATTAAAGGGTTAGTTCACCCAAAAATGAAAATGATGTCATTAATTACTCACCCTCATGTCGTTCCACACCCGTAAGACCTTCGTTCTTCTTTGGAACACAAATTAAGATATTTTTGATGAAATCTGATGGCTCATTGAGGCCTCCATTGACAGCAAGATAATTAACACTTTCAATGCCCAAAAAGGTACTAAGACATGTATCAAACTCCCAAAGTCATGTGATTTCAGTAAACAAGGCTTTGTTAAGTCATGTGTTTCGAAAAGTTTCGAAAAGTTTCGAAATTTCAGTGGTTCACCACTGGGGGGTGTGACTTTGGCAGTTTGATACATGCTCTGAACCACTGATTCGAAACAAAAGATTTGTAAAGCTTCGAAACTTCATGAAGCAGTGTTTTATAATCGCCCATCACTAGATATTGTTGAATAAAGTTGTTATTTAGTTTTTTTGGCACACAGAAAGTATTCTCGTCGCTTCATAACATTAAGGTTGAACCACTGTACTCACATGAACTGTTTTAAATATGTCTTAGTATGTTTTTGGGCATTTGAAAGTGTTAATTATCTTGTTGTCAATGGAGGCTTTACTGAGCCATCAGATTTTATCAAAAATATCTTAATTTGTGTTCCGAAGATGAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACAACATGAGGGTGTGTAATTAATGACAGAATTTTCACTTTTAGGTGAACTAACCCTTTAAGTTCTTTTATTTTTTGGCATTTTTGGCTTTATTTTGTAGGACAGTGCAAGAGTACACAGGAAACAGAGGTAGAGGAGAGAGGGGAACAGGGTCGAATGTAACTACAGACTCCGACCTAACTGTCTTTTTACATAAAAATATCCTTGGTGCTTTTATATTTAATTAACATTCTGTTTTTTAGAGTTAGTGATACTTTTACATTTTTAAAGAGCTTCTTCAAACTGACCAGTAAGGAAATGGGCTGCAGTTGGACACTGACACTTTAAAAACAGGCGTATAAGCTTTGGGTTAGGTCATTAAAAACAGTTTGCTGTTGAAATATTTAATGGAATGCAGAAGAGAGAGTAGATGATGCAGTTTTAAAGATTAGCCTCTGTGTAATGCACTGTTGTCTCCATTTATGAGACTGAAAGGTCATAAGCACTCCCCTGGAAGGAGGCAACTTCTTCAGCCCCATTGGCAGGTCAAATAAAATGTAATTGTCTGCTGTAGGTAGCGGCAGCCTTTGCGGAGAGGGGAACTGACATCCTCCACGTTTTAAACATTCAATTCTCCTGCTGCGAGGAACACAGGTTTGCAAGGACACAGGCTTCACCTGTCAATATATCACAGTGACTGGCTAGCCAAATGCTGCAATGCTTTTCCCCTTCTCTCTCTCTTTCTCTCCCTCCTCCGGCTCAGTGCCTTCATTGGAGAAATCAGCTGAAAGGTCCGCTGGGACCTCAATTCAAACACTGCAACTTGCAACATATGGCACATTTTCAGCTCCCAAGGTCAATTAAAGCTATTTATTGAGAGAATGTTGCTAAATTTCCCAAGGTTTCCACTCAATTCATCGCAGAGTGCCTTGTCTATCATATTAAAAATCAGTTGAGTGGTTTACACTCTCCTTGTCGTGACTTCCATCAAAGATATCAAAGGCTTTTGAGAGTGGTTTGAGACATTTTATCTTCTCTTATCGCAAACATCTCTTTTCGCTCTCCCCTTTTCCTTAGCACAGCTCACAATACAAATCTAATAACATGTAAATTGGAGATAAGCCCAGATCCCTCCAAGTGATATTTTTTTTATATTCATAGTTTGTCAAGTTGATTTCTGAGCCCCTGTTTTAGCAGCACAACACATAAGGACTGAGAGAATTAACAGGAAAGGTGATTTATCATTGCTACCACACTGTCAAGGACTCCCACTGCTGCCACGGGAGGGAGGGACAGCGTGCGTGCCCGCGTGTGTGTGTGCGAATGTTTACGTGTGATTGTGAGTATGTGCGTTGTTTTAAATTATGGCATTTCATTCCAAATGCGTCGTATTTACAGCGTCCCATTTTTATTTGCGGCTCCTATTATCCAGCGAAACAGTTGCGCATGAAATGTTATTTGTGACATGGCTGACCTAAAAGGATTTCATAAGGATTTCATTTTTGAGGCAGAAAGCTGCAAACGGACCTGTCACAGCTGCTGCTGGCAGCCCCGGTGGAGAAATATCACCTGGAAAACACAGCTCTCTCCTTCGCTCTCTTCATCATGCTGGCGTCTGGCACTGTAATTAAGTCCAAGTCAATGATTCTGGACCAATGGCAGGAAATAAACAGCTAAAGCCTGGCCAAAATGGAGTGCTCGAAACAAGAGAATGCTCACAAACACAATTGCGCTCAAGTGTGGCAAATGTAAATGGAGACTGACCAAAAAAATGGCAAATTTCGGTTATTTGAGAGCTGAATTGGTCATTTGAGATGAAATGTGCTGTTTGTTTTCTAATGCATGACAGATTGTTTCCTAGTAACAAAGCAATATGAACCACCCTGTGATCCAGCATTGTGTTTGCGGCGAGGTCCTGCTGAGTCTAAAGCAGAAGTTGGTTTAAGCAATGATGTATTATTAATGCCAACACCAAATCCAGGACTACGGTGGCTGCAAACCAAATACAAGCTTCTGACATCCAATTGTCCTCTATTGTTTCTCATTTGCTGATTCGCTACATGTTTGGCATCCAAAGAATCAGAGCCATAAATGAGACAAAGAGAAGAAAACATACTGTGTAAACACAGTACTGTATATTCTGTGATGTAACAATTACATAAAATTAATATAATTCACTCTGTTTACATGATCTGTTAATGCTTGCACAAAACTATGCCATCAGACAGCATTAAAACATTGTTTTCTTTAATTATCTTTAACATTTGATAACAAGCAAATGCAAATCCATTATTCGACCGCCCATTGTCGGTAATGAACCGGAGTGCAATGCTAGTTAAATTGGGGAGAGATTGGAGGAGACCCTCTATGGATTCCCAGCACTCCTCTTGGCCTTTCCTCCGTCCAAGAATTTCGAATCGTAAAGTCTTAATAGTGGCGGCTGATATTCAACTGTTGGTTGGCTGAATGTTTCCAGGGCATTTGCAGATGCTCGGAATAATCTCTTATGTTTTGCTGCAATCTGCTGTGGAGATGGTTGAAATAAATACTTTAAACTAATTAATGTAGGACCAGCTGTTACCAAGCTTTGGCTGGCGTTAGTGAATGCTGATGGCAGAAGAGGGGCTCCTCAAGTCATGCCGTGTTTGTGCATGATTTAGGGAGTCATATAAACATATTAATTCTGAATGAGAGCCTGATTCTGGGGTTTGATACTTCAACTGAAATGCATGAGAAATACAATTCTAGGCTTTTAAATGACTAGTAATGATTATAATACACCTTTATAATCAGTTGTATTATCTTGTAAATATAATATAATATAATATAATATAGTATAAAAAATATTGCACATAGTTTAATCAAACACTCACCCTAAACTAATAAACCATAATGTATAGTTTAATTAAATATGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU58031 True 5656 lncRNA 0.39 2 1211550 1217229

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000009_01183737_01206031 NA coding upstream 4693 1182091 ~ 1206857 (+)
CI01000009_01110684_01111118 NA coding upstream 99949 1110684 ~ 1111601 (+)
CI01000009_01034561_01035452 KLF12 coding upstream 175822 1034561 ~ 1035728 (+)
CI01000009_00920570_00955979 TBC1D4 coding upstream 254976 920428 ~ 956574 (+)
CI01000009_00913995_00916434 COMMD6 coding upstream 294985 913995 ~ 916565 (+)
CI01000009_01219880_01224537 NA coding downstream 2408 1219637 ~ 1224869 (+)
CI01000009_01351236_01380055 CLYBL coding downstream 134007 1351236 ~ 1380285 (+)
CI01000009_01402330_01407372 ZIC2A, ZIC2 coding downstream 183832 1401061 ~ 1407755 (+)
CI01000009_01431700_01434463 NA coding downstream 213621 1429873 ~ 1435328 (+)
CI01000009_01454610_01484907 NA coding downstream 236995 1453708 ~ 1485828 (+)
G50972 NA non-coding upstream 106258 1104628 ~ 1105292 (+)
G50951 NA non-coding upstream 107066 1103278 ~ 1104484 (+)
G51031 NA non-coding upstream 210328 1000996 ~ 1001222 (+)
G51028 NA non-coding upstream 215278 996044 ~ 996272 (+)
G51017 NA non-coding upstream 237591 973711 ~ 973959 (+)
G51036 NA non-coding downstream 67631 1284860 ~ 1285420 (+)
G51039 NA non-coding downstream 70971 1288200 ~ 1288672 (+)
G51041 NA non-coding downstream 73314 1290543 ~ 1290776 (+)
G51043 NA non-coding downstream 86370 1303599 ~ 1304068 (+)
G51059 NA non-coding downstream 134784 1352013 ~ 1352423 (+)
G50920 NA other upstream 441317 769841 ~ 770233 (+)
CI01000009_00094836_00095813 NA other upstream 1115763 94371 ~ 97230 (+)
G51122 NA other downstream 462917 1680146 ~ 1681966 (+)
CI01000009_01897343_01919208 PIKFYVE other downstream 677006 1897343 ~ 1919516 (+)
G51274 NA other downstream 1037870 2255099 ~ 2350486 (+)
G51529 NA other downstream 1844804 3062033 ~ 3062587 (+)

Expression


Co-expression Network