G4542


Basic Information

Item Value
gene id G4542
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 18212156 ~ 18280613 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU6109
aatgtttagatgtttactGCATTTTTATTGATTCACTCAATAATCCATCAACAAACACAGCAGGCACGCCGTCATACACTCAAGCAAATTCATCCAGAACACACCATCAACTAATCACAGACCGTTTAGACCAGTCCAGCCTGTGAAACTCTAACATACCTCCACTACctagaactccccctatcacctGAAGCTCTCAGCACTGAGAGGATGAACAGTAGCACAGTCCTGCTGCGAGAATGAAGAAGCTCCACTGCGTCTCCTTAAACTGCTGCTATAACAACACCTCTGgagctcaacacgcttggaggagaacactaactgctaACACATGCCTGTGCTTTGGCTAGCATTGCCTGTGCTGAGGGATGGGGGAGAGGGAGGGCCATCAATAAACAGTTACTGCATGTTCTCTGGGGCACCCAATCAAACTCACAAACTCAGTTTAGACAGTAATGCAACCCAGGATTTAGCAAATAACTGTATAATTAATTACATAGTATCCTAAACCTAAATTATGAAACACAATAGCAAACGATGCTAACAGTAAATGAAAGTGAATGGCCACAAATTAGCAAAATGCAAGGCTAAACTCAGTGGTGACTAGTTTCCACTTTTTGCTGGCTTAACTGTTAGCATGTTTAATTACACATAAACAGTCACGTAATCCACAAAATGTGATCCCATTGACCTTATtcccaataaaaaaagaacttcTTAACTACagactaatattaatattattaaaatgaatcactacattacaaataaaacattcagtTCGGGTGTACATACAGTATGATAAAGTTACATGTGCATGTTTTGCgtcttattaaaaatacattcgTTACATTGTTATACTCTCTACTTATTGAAGCGTTTAACACAGCTCAGGGTTTTGGTGTTCTTAGTGAAGTTTACATTAATAACAAcagaagtaataataaaaaagcgtggcattattactatttttattatttatagaacATGTTAAACGCTTGCTTATAAAGTGTCAGTGGCTCGTATATCAGATTTAGCTTaattttgaataataataaattattattgcaGGATTTAATATTTCTTACCCTATAATCCCATAATAACCCGAATATGATCATAAAATACCATCCGTTATTGATCAGGGCTGGGTTTCAATATTCACTGCTTTATCGATCACTAACTATCATACAGTTCTGCCTCAAACCAAAAGCATATAcaatggcttgcaaaagtactCATACCCTTTgaaccttttcacattttgtcacctttcaACCACCTGTCACCTTTCAAAGAAGCAGCTAAAAGGcctatggtcactctggaggagctgtagaaatccaaaaaaaagtgcaaagggcatgaatacttttgcaagtcacCAAATAGGTTCTTTGGAAACCACAATTAGGttctattaaaattaatatctagtatgaaatttacaaaaatttataaacatttacataCAGAATCAACTTCTATTAACATTGCTATCCAGAATGAAATTCTACTACAATAAATGATCAGAAAGAACATCTGATAAGAATAATATCCTTGTTTATTACAGGTAATAGATTCAAATGATTCAATAAAGAAGAGTTGACGGTACCTATAGTTAAGGAATCAATAAATCAGTGTCTGTATTGATCAGCCGTAAACGACACCCAGCCCTAATAATGACCACAGGGGAAAGTGCATTGCTTTAATCTGTCCACATGAGGGCGCTGTTTCTTGGCTCATAAGACTCACTTTCATAGTATACAAAACCTAATGAATGACAAACTGATTTATAGCACAGATGTAAAACTCACCATGttagacaggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttatgtgtg
>TU6110
aatgtttagatgtttactGCATTTTTATTGATTCACTCAATAATCCATCAACAAACACAGCAGGCACGCCGTCATACACTCAAGCAAATTCATCCAGAACACACCATCAACTAATCACAGACCGTTTAGACCAGTCCAGCCTGTGAAACTCTAACATACCTCCACTACctagaactccccctatcacctGAAGCTCTCAGCACTGAGAGGATGAACAGTAGCACAGTCCTGCTGCGAGAATGAAGAAGCTCCACTGCGTCTCCTTAAACTGCTGCTATAACAACACCTCTGgagctcaacacgcttggaggagaacactaactgctaACACATGCCTGTGCTTTGGCTAGCATTGCCTGTGCTGAGGGATGGGGGAGAGGGAGGGCCATCAATAAACAGTTACTGCATGTTCTCTGGGGCACCCAATCAAACTCACAAACTCAGTTTAGACAGTAATGCAACCCAGGATTTAGCAAATAACTGTATAATTAATTACATAGTATCCTAAACCTAAATTATGAAACACAATAGCAAACGATGCTAACAGTAAATGAAAGTGAATGGCCACAAATTAGCAAAATGCAAGGCTAAACTCAGTGGTGACTAGTTTCCACTTTTTGCTGGCTTAACTGTTAGCATGTTTAATTACACATAAACAGTCACGTAATCCACAAAATGTGATCCCATTGACCTTATtcccaataaaaaaagaacttcTTAACTACagactaatattaatattattaaaatgaatcactacattacaaataaaacattcagtTCGGGTGTACATACAGTATGATAAAGTTACATGTGCATGTTTTGCgtcttattaaaaatacattcgTTACATTGTTATACTCTCTACTTATTGAAGCGTTTAACACAGCTCAGGGTTTTGGTGTTCTTAGTGAAGTTTACATTAATAACAAcagaagtaataataaaaaagcgtggcattattactatttttattatttatagaacATGTTAAACGCTTGCTTATAAAGTGTCAGTGGCTCGTATATCAGATTTAGCTTaattttgaataataataaattattattgcaGGATTTAATATTTCTTACCCTATAATCCCATAATAACCCGAATATGATCATAAAATACCATCCGTTATTGATCAGGGCTGGGTTTCAATATTCACTGCTTTATCGATCACTAACTATCATACAGTTCTGCCTCAAACCAAAAGCATATAcaatggcttgcaaaagtactCATACCCTTTgaaccttttcacattttgtcacctttcaACCACCTGTCACCTTTCAAAGAAGCAGCTAAAAGGcctatggtcactctggaggagctgtagaaatccaaaaaaaagtgcaaagggcatgaatacttttgcaagtcacCAAATAGGTTCTTTGGAAACCACAATTAGGttctattaaaattaatatctagtatgaaatttacaaaaatttataaacatttacataCAGAATCAACTTCTATTAACATTGCTATCCAGAATGAAATTCTACTACAATAAATGATCAGAAAGAACATCTGATAAGAATAATATCCTTGTTTATTACAGGTAATAGATTCAAATGATTCAATAAAGAAGAGTTGACGGTACCTATAGTTAAGGAATCAATAAATCAGTGTCTGTATTGATCAGCCGTAAACGACACCCAGCCCTAATAATGACCACAGGGGAAAGTGCATTGCTTTAATCTGTCCACATGAGGGCGCTGTTTCTTGGCTCATAAGACTCACTTTCATAGTATACAAAACCTAATGAATGACAAACTGATTTATAGCACAGATGTAAAACTCACCATGttagacaggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaaatggcttAGGAGCTATCAGCCCCATCCTCCGTGGCTGGTTTAGTACTGAAAGAACAGCAGTGGCAGTTTCTGAGGGAATAcactcaaataaacacacacgcacacttgtTAAGTAACTGTTACTTGGTACAGTAATCTGGTACAGTTTAGATGCACTTAATCATTTCATAAGAaatcatactggattaaactgAAACTGGAAATAAAGATAAATGCAtgatgtatcatttttgttgtGAAACATTTTTATAGGGAATCAACCTGAATTTAACTATAATTGAATGGTTTTAATAAACTGAATCTTTTCCTAAagaattgagctaaactgaaaagtaagtaattaatttaatttcttaattatttttaacagttaaaatTAAAGAACTCATGAGGCCCTATCTTCCATGCTGCTCAAGgcatgttgtgatgctcattgctatcttataccctgcAAACAGTCTTTAAGAAGTATTTTCACTTCCtccacctgcattgtttaaatggCAACAGTGCtcgtgaatatatctacactgataagCGTGGTGGtctcttggcaacagaaaacacaggtgcaccactgactgaatacaacctagacagatgttagaacatgccttttgcacattttgagtcGTGCAAGGTGTACATATTGTTGTTAGAATACCAACGATACACTGATGCccaaaattaagtaaaatctaTTATGCACCCTATTATATCCTATTGTTCTATTGTCCTATTGTTATCCTATGTTCTGTTCAGGAACTCATTatgtactgaatcattttacaGGGAATTAAATTATGATTCAAATGATTCGTTTCTTAggaactgaatcaaatcaaaCGGTTAAATCTTTTGATACCATGCTGCAAtgaataattctttaaaaaactgaATTGAATCACAACATTTCTGaggaataaattaataatttacaatCAAGTGAAATCCTAACTAACTTATTAGTTATAAGTTTATACACACATTCAGACCAGTTACCCTGTAAAAGCCGTGTGATGATTCAGTATATCACACACTGCACCAAAATCTCatgatacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacTCCCcctgaagacacacacacaatcaatatAGGACCATTGTAAACACTGCCATTTACACTGTGTGAAgatttcatgataaatggagCATTAGAAATGCAATATAACTGAT

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU6109 False 1878 lncRNA 0.36 2 18212156 18280613
TU6110 True 3136 lncRNA 0.36 3 18212156 18219394

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sidt2 sidt2 coding upstream 45479 18138024 ~ 18166677 (+)
LOC103030597 LOC108412477 coding upstream 80203 18124694 ~ 18131953 (+)
LOC111192370 NA coding upstream 189767 18017759 ~ 18022389 (+)
lsamp lsamp coding upstream 338340 17454350 ~ 17873816 (+)
LOC111192859 sae1,LOC107718284 coding upstream 1520397 16689234 ~ 16691759 (+)
LOC103036794 map4k1,LOC108443018,LOC107757316,LOC107679433,LOC101883459,LOC104956018 coding downstream 51726 18332339 ~ 18386319 (+)
LOC103034176 LOC108443019,LOC107663551,LOC107572208,LOC107557657,LOC107679443,LOC108277854 coding downstream 108815 18389428 ~ 18400138 (+)
trnaw-cca NA coding downstream 120441 18401054 ~ 18401125 (+)
trnag-ucc NA coding downstream 123092 18403705 ~ 18403776 (+)
LOC103035466 NA coding downstream 206393 18487006 ~ 18499131 (+)
G4563 NA non-coding upstream 34073 18177608 ~ 18178083 (+)
G4549 NA non-coding upstream 146395 18063434 ~ 18065761 (+)
G4531 NA non-coding upstream 173412 18034511 ~ 18038744 (+)
G4460 NA non-coding upstream 202809 17929724 ~ 18009347 (+)
G4467 NA non-coding upstream 226967 17958512 ~ 17985189 (+)
G4589 crx,LOC108443020,LOC107395012,LOC106935423,LOC106914190,LOC103155943,LOC107094494 non-coding downstream 17903 18298516 ~ 18302148 (+)
G4587 NA non-coding downstream 24745 18305358 ~ 18306149 (+)
G4591 NA non-coding downstream 33941 18314554 ~ 18328007 (+)
G4608 NA non-coding downstream 436348 18716961 ~ 18717640 (+)
G4611 NA non-coding downstream 476147 18756760 ~ 18758132 (+)
G4550 sik3 other upstream 138493 18071964 ~ 18073663 (+)
LOC103039709 NA other upstream 200053 18010178 ~ 18012103 (+)
G4219 ckm,ckmb,ckma,LOC107690449,LOC107683830,LOC107601735,LOC107743697,LOC107718278 other upstream 1589087 16619046 ~ 16623069 (+)
G4221 NA other upstream 1666302 16542942 ~ 16545854 (+)
LOC103040601 NA other upstream 2386053 15781638 ~ 15826103 (+)
G4612 NA other downstream 478762 18759375 ~ 18759858 (+)
G4775 LOC108411134 other downstream 880118 19160731 ~ 19165631 (+)
LOC107197594 NA other downstream 2268578 20549191 ~ 20551635 (+)
LOC103037169 NA other downstream 2277910 20558523 ~ 20582874 (+)
G5026 NA other downstream 2703094 20983707 ~ 20999200 (+)

Expression


Co-expression Network