G76994


Basic Information

Item Value
gene id G76994
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000012
NCBI id null
chromosome length 13770000
location 12652366 ~ 12665651 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU87817
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU87817 True 13120 lncRNA 0.37 3 12652366 12665651

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000012_12613737_12614861 SERTAD2 coding downstream 36155 12611559 ~ 12616211 (-)
CI01000012_12598963_12604426 LGALSL coding downstream 46994 12597604 ~ 12605372 (-)
CI01000012_12592469_12594321 ECHS1 coding downstream 57165 12591958 ~ 12595201 (-)
CI01000012_12587953_12589094 FUOM coding downstream 63002 12587693 ~ 12589364 (-)
CI01000012_12540676_12541954 MSX3 coding downstream 109807 12540232 ~ 12542559 (-)
CI01000012_12675446_12678283 RAB1A, RAB1AB coding upstream 9660 12675311 ~ 12678283 (-)
CI01000012_12681945_12685282 BRAFLDRAFT_86031 coding upstream 16175 12681826 ~ 12685282 (-)
CI01000012_12691707_12693855 PDCD2 coding upstream 25993 12691644 ~ 12693855 (-)
CI01000012_12741444_12744014 NA coding upstream 75663 12741314 ~ 12744434 (-)
CI01000012_12745876_12748041 ACTA2, ACTC1B, MGC64484, MGC53823, ACTC1, MGC75582, ACT3, ACTA1, ACTC1A, ACTC1.L, ACTA1B, ACT2, ACTA1A coding upstream 79930 12745581 ~ 12749149 (-)
G77014 NA non-coding downstream 587391 12064562 ~ 12064975 (-)
G76966 NA non-coding downstream 705837 11945062 ~ 11946529 (-)
G76956 NA non-coding downstream 747631 11904512 ~ 11904735 (-)
G76914 NA non-coding downstream 751985 11897330 ~ 11900381 (-)
G76951 NA non-coding downstream 766689 11885447 ~ 11885677 (-)
G77128 NA non-coding upstream 39688 12705339 ~ 12705552 (-)
G77134 NA non-coding upstream 53295 12718946 ~ 12719187 (-)
G77149 NA non-coding upstream 115109 12780760 ~ 12781057 (-)
G76982 NA non-coding upstream 232704 12898355 ~ 12899359 (-)
G76975 NA non-coding upstream 234763 12900414 ~ 12901677 (-)
CI01000012_12079581_12084139 NA other downstream 568106 12078936 ~ 12084260 (-)
CI01000012_12047175_12052116 NA other downstream 600159 12046728 ~ 12052541 (-)
G75608 NA other downstream 2031495 10611915 ~ 10620871 (-)
G74982 NA other downstream 3076394 9575648 ~ 9576149 (-)
CI01000012_09400481_09401810 EIF4EBP2 other downstream 3250398 9398076 ~ 9402378 (-)
CI01000012_12954694_12954954 SF3B5, BRAFLDRAFT_284483 other upstream 288795 12954446 ~ 12957833 (-)
G77287 NA other upstream 953625 13619276 ~ 13633819 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
tiger barb (Puntius tetrazona) G92087 slc1a4,LOC107725464,LOC107552941 non-coding NC_056711.1 CM032080.1 8929442 ~ 8965589 (+)