XLOC_008422


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008422
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 18385590 ~ 18401208 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018917
CCTTACCATGGCttcagcaggtgcaatgatattatacAGCGCACCGAGAGTATTCTATTCCAAAATTTGTATTTTGACATGGGTATGACTAGAGATTAAACTGTTgagatggtttatgaggacatgccctGTGTCCTAGACTCCTTATCATTCAAAATGGGTAAAAATCATTCTTAACAGGATCTTTTAACCatcaaaatgtgtcacatgtttgctgtgaaggttgggtttagacGTGGGGTTGGGTGGTATAATGTGTGTTTGCTTTAGAGAGTATAAAATACAGCAATAtaaagtcctcataaaccacatagtTTTCAATATACAAAATTTAAACATTGATTGCACATTGACATTTTATTCAATACTATTGGTTAGAGTATCTTATTTTGAAATATGTGCATTAAAAGAAGTATTAATATAGAACTCAAAATGTTTTGAGAAAGTGGAATATGCATCATAAGCATCACGAGGATGAGAAAATAACAGCTAAAAACATCTTTGTAACCTAAAATGAATACTTACCAATAAGCACCAGTGACCGTTAAGCTCATGATGACATGAAGACAACTGGCAGAAGATAAACACTATTTGTGACAGAGATTAATGTTTTAGTGTATCGCTTCAAATTACATACACACCCCAGTTCAAAAGGTTTGGGATCATAAAAGAATCCCAAAATTACACATATAAAAAAGACActacaacattatacaaaaaatgaatttaataatgcCACGTGTGAACAATAGCCCTAGTGATGACTATAATACATTGCTGTTTTACAGTAAGTAGAAGCCTCAAAAAGtcttttcagtaataaaataacatCTGAAAGGTTTGTTACAAAGTTGGCTCCCAAAGGACTGGTACAGTTTTAGTTCAAACATCCGCAGAGCAAAATAAGTCTATGAAAACGAGACAGACGAGATGTGTTCTCGCTCTGCTTTTGAGGGTTTCGCTCTCTCATTCTTTAAGGTGAAATGTGTCATCTCTGCATCTGCACAGCAGCACTACATCAAACTGAAAAAGCAACTGTTTACAAACCAACAGAAGCCCATAAACTTAACTGGAGTCTTAAAAATTCAGTTTCATTATGTTTGAACTGCTTTTAGGATGATTCACTAAATTCTGCCCTTCTAAATTATTCTTAAAGTGGCCCACTTATGCttttacagcctgatctcacgagaaaacgtcaGTATTTTatgctttgtcagtttagtggctaattcgtacgaattcgtacaagttcagtcgtacaaaattgtacgatttaaaaaggaggtgtggcacctaaccccacccctaaacccaagcgtcattgggggatgagcaaatcgtactaaattgtacgaattcatacgagttagccactaaatcaaaaagttacgaattgccgtgagattgtgttggcttttTCAAATATTACCCTCCATGCAGTGCATAGTGTagatgtttgtgaatgtaaaatgtCAAGAAAGTTTTTAAAGACTAAAGTGCACAATAAATAAGTTTTGTCTTCATAAAAATGACTGATCCAAAATGAGTCGTCAGTAATTTCAGTTTTACTTGAGTAACTGATCTacactccaaaaattattcttgcCGCTtaatcaaactacttatttaaaatgagctgaatcaacacaattcaacACAAAGTTTGTTTTGGGATAacacaattgttttatgtttaatctacttcaatttattaaaacaattaagtcaacttaatcaatttgcagtgttgggcagtagcgtcacAACAAGCAGTGACGCtgctagcttaactacatttcttagTAGCGTGGCGGTAGGGTTGCTACTTTTTATATCAAATaccttttcagtagcgaagctattattTTAAGCAAGTAGCTCAGTAATGTCCATGCATCATTAAGTAATGCCACCACCATTCATAGAGCTTCGTGTTTTACGGTAATcgaaaacaaactttttggtgagtTACTGCCACCCCGCTCCCTTCGGTGATGTTGCCAATCAATCACCTGGCTGACacaagaaacttgcttgatgAAAGGATGACTGTACAGGAAGTATTTCTGAAGCAGGACCATAACAAGCACAATAACTGATCGTGACAATTTTGCCGCATGtttcattggcagttttattgatcattaAGACAGAACTGACTTGGGTTGAAGttgctttgattaaaaaaaaaattgcttagatgtagctaagccacttttgccatgtagcttttagcttagcttgctacatttcccagtaGGGAGCTTTTAGTTTAGTTAGGCTACATTTTAGGAAGAGTAattaatagcttagctcactaaaAAAAAAGCCTAGTAGCTTTCCCAACACTGTTAATTTGTGTTTGAACAACATTAAGGAATTGTGTGCAAcctagcatttttttacagtgtatgtagaCCTGTAACACAATGCATAATGCCAAACTATAGTCTATACAGGCTGTCCATGAACATTTACAGTACTTTGACTCAATATCAAACAATTAATAGCTTTGTGTTGTGACGCCATGGCTATAGCACatctttcacaaaaaaaaaaaaaaaaaaatacaataaaataatcctGTTTACATTAAACCCAGAAAATGATTTTGTGTGTGAATTGTGAATGTGAATGAATTGTGTGTGCCCAAAACCAAACTGCCTATTTTTAGTGTTGAGAAATCCAAATGCTAATTGGTCATAGTGTTCATCAGCTCAACAGAAAAGCGTTAGATTGGTTATTATACTGACAATTTAATGTTTGGCTTGGTCAACTAGCTGTttaaatgtttgatgtaatcaTCAGCAGAACTGGGCTTGAATTGATATGTTGTTACCATCCTACAGTATGAAGCAGAAGTGCCAGTGCCAGATGTAGCCCTCAGTGCCAGATGGTAATGAGCATTTTCTTTCAAACATGCACTGAAGTGGTTGGGCCATTTGACCAATCATAGCAGAGTATAGACACATGAAAAAGAAGCGGCTTAGAATCAGGGCTGCCAAGTCCACAGGTTTCAACTATAACTGGGATACTTTTAAaagaataattcacccaaaaattaaactctttcatcatttactctacTTTGACTGAATCTAAACCGGTTTAAAatctgtaaccgttgacttctaATAGAGTTAGTTTTTCATACTAAAGATATCAATAGTTACAGGTATCCAACCTTGAATGAAATATCTTTTCTGTGTTTAAAATACACTCAAAACtatatttgctgcttattaaaaatgagctgaattgTCACAATTCTTGCGTTTGTTTTAGAGATAACTTCTTTGTTTTATcttcaatttaatttgtaaaacaCAAACTATTCTTGCTAAATAACAAGTGCAAAATTATATGTGCTATAATAATCTATACACTGATGTATACTGTGTAATTTAAAGAAGGGCAGTGGTATAATTTAAGGTTTACTATTATTGGAATAGTTTTGATTGTCCATTGCACTAGTTTTGTTGCAAAAACCTTGCAACCCAGTTTAGAATGAACAAATCTTTGAACAAATTGTGTGGCACTCTTTGAGAAAGAGATGAATATTATGAAAAAACagcattattcttatttttattcttattataacTTACCTTGAATATAAACGTACTGTAGGAAACATAACAACAAACTTCATAATAGGGACACTTTTGACTGCATATGAAATTCCTCCAAAATAGGTCCCCCATAAACTTTCAAGGGACAATAATATGAAAAAAGACAAGTTATGATTACAAAGTAGTTTTAAGGCGGGGCTTAACATCTAGTCAATCCAATATAGTGCTGCAGAAATGACACAGTGCAGCTTTACTTACACAAAACAGTGCACGTGTCTTTTAGACTAGGTAATGCGATAAAAAGAGATTacttttttaatgacaaattaaaaagcACAGTCATCTTAAGCGTTTGGTCATCTGAAACTGacgttttgtatttttttaagtcatAATCGTAGTTACTTTGTCTATGAGGCTCAGTGTTTCCAGCACATTAGAGAGATACAGAAACAAATCATGCAGAGGATCCTCAACATGAGGAGAAGACATGTCCTCGACTCTATCAAAGCAAAAGCAGCAATACTGGAGAGAGCAGGAGGGACGCTAGAGCGGAGGACACTGAAGAACCACTCAGAGAGACTACACCACATAGAGATGGACATGAGAAACAGGCAGTCATGCAATAATCACAACATAGGGAAGGAGGAAGAGTTTTTGGCACCAGGACGTTTGCGTTATGAGTGCATGTGATGGTCCATCCAAATCCAAGCCCAGGAGCAACGACAGGACAACAGAGAAACAAGGAGAAAGGGAAatgggaagagagagagagagagagaaaaagagaaaaacaagagGCAGAAAAATAAGTCAAACACAGAAACAAAGTCTCAAAATGAAAAAGTAAAGTGAAAAaaaggaatatgaatgaaagcAGAAAGCTGATGGTAAAAGAAAGATTGTGAGAGTTGGGTCATTCTCAGTACCAAGTGCCATACAGTATGTGCCTATAATTTACTACtgtc
>TCONS_00018918
CCTTACCATGGCttcagcaggtgcaatgatattatacAGCGCACCGAGAGTATTCTATTCCAAAATTTGTATTTTGACATGGGTATGACTAGAGATTAAACTGTTgagatggtttatgaggacatgccctGTGTCCTAGACTCCTTATCATTCAAAATGGGTAAAAATCATTCTTAACAGGATCTTTTAACCatcaaaatgtgtcacatgtttgctgtgaaggttgggtttagacGTGGGGTTGGGTGGTATAATGTGTGTTTGCTTTAGAGAGTATAAAATACAGCAATAtaaagtcctcataaaccacatagtTTTCAATATACAAAATTTAAACATTGATTGCACATTGACATTTTATTCAATACTATTGGTTAGAGTATCTTATTTTGAAATATGTGCATTAAAAGAAGTATTAATATAGAACTCAAAATGTTTTGAGAAAGTGGAATATGCATCATAAGCATCACGAGGATGAGAAAATAACAGCTAAAAACATCTTTGTAACCTAAAATGAATACTTACCAATAAGCACCAGTGACCGTTAAGCTCATGATGACATGAAGACAACTGGCAGAAGATAAACACTATTTGTGACAGAGATTAATGTTTTAGTGTATCGCTTCAAATTACATACACACCCCAGTTCAAAAGGTTTGGGATCATAAAAGAATCCCAAAATTACACATATAAAAAAGACActacaacattatacaaaaaatgaatttaataatgcCACGTGTGAACAATAGCCCTAGTGATGACTATAATACATTGCTGTTTTACAGTAAGTAGAAGCCTCAAAAAGtcttttcagtaataaaataacatCTGAAAGGTTTGTTACAAAGTTGGCTCCCAAAGGACTGGTACAGTTTTAGTTCAAACATCCGCAGAGCAAAATAAGTCTATGAAAACGAGACAGACGAGATGTGTTCTCGCTCTGCTTTTGAGGGTTTCGCTCTCTCATTCTTTAAGGTGAAATGTGTCATCTCTGCATCTGCACAGCAGCACTACATCAAACTGAAAAAGCAACTGTTTACAAACCAACAGAAGCCCATAAACTTAACTGGAGTCTTAAAAATTCAGTTTCATTATGTTTGAACTGCTTTTAGGATGATTCACTAAATTCTGCCCTTCTAAATTATTCTTAAAGTGGCCCACTTATGCttttacagcctgatctcacgagaaaacgtcaGTATTTTatgctttgtcagtttagtggctaattcgtacgaattcgtacaagttcagtcgtacaaaattgtacgatttaaaaaggaggtgtggcacctaaccccacccctaaacccaagcgtcattgggggatgagcaaatcgtactaaattgtacgaattcatacgagttagccactaaatcaaaaagttacgaattgccgtgagattgtgttggcttttTCAAATATTACCCTCCATGCAGTGCATAGTGTagatgtttgtgaatgtaaaatgtCAAGAAAGTTTTTAAAGACTAAAGTGCACAATAAATAAGTTTTGTCTTCATAAAAATGACTGATCCAAAATGAGTCGTCAGTAATTTCAGTTTTACTTGAGTAACTGATCTacactccaaaaattattcttgcCGCTtaatcaaactacttatttaaaatgagctgaatcaacacaattcaacACAAAGTTTGTTTTGGGATAacacaattgttttatgtttaatctacttcaatttattaaaacaattaagtcaacttaatcaatttgcagtgttgggcagtagcgtcacAACAAGCAGTGACGCtgctagcttaactacatttcttagTAGCGTGGCGGTAGGGTTGCTACTTTTTATATCAAATaccttttcagtagcgaagctattattTTAAGCAAGTAGCTCAGTAATGTCCATGCATCATTAAGTAATGCCACCACCATTCATAGAGCTTCGTGTTTTACGGTAATcgaaaacaaactttttggtgagtTACTGCCACCCCGCTCCCTTCGGTGATGTTGCCAATCAATCACCTGGCTGACacaagaaacttgcttgatgAAAGGATGACTGTACAGGAAGTATTTCTGAAGCAGGACCATAACAAGCACAATAACTGATCGTGACAATTTTGCCGCATGtttcattggcagttttattgatcattaAGACAGAACTGACTTGGGTTGAAGttgctttgattaaaaaaaaaattgcttagatgtagctaagccacttttgccatgtagcttttagcttagcttgctacatttcccagtaGGGAGCTTTTAGTTTAGTTAGGCTACATTTTAGGAAGAGTAattaatagcttagctcactaaaAAAAAAGCCTAGTAGCTTTCCCAACACTGTTAATTTGTGTTTGAACAACATTAAGGAATTGTGTGCAAcctagcatttttttacagtgtatgtagaCCTGTAACACAATGCATAATGCCAAACTATAGTCTATACAGGCTGTCCATGAACATTTACAGTACTTTGACTCAATATCAAACAATTAATAGCTTTGTGTTGTGACGCCATGGCTATAGCACatctttcacaaaaaaaaaaaaaaaaaaatacaataaaataatcctGTTTACATTAAACCCAGAAAATGATTTTGTGTGTGAATTGTGAATGTGAATGAATTGTGTGTGCCCAAAACCAAACTGCCTATTTTTAGTGTTGAGAAATCCAAATGCTAATTGGTCATAGTGTTCATCAGCTCAACAGAAAAGCGTTAGATTGGTTATTATACTGACAATTTAATGTTTGGCTTGGTCAACTAGCTGTttaaatgtttgatgtaatcaTCAGCAGAACTGGGCTTGAATTGATATGTTGTTACCATCCTACAGTATGAAGCAGAAGTGCCAGTGCCAGATGTAGCCCTCAGTGCCAGATGGTAATGAGCATTTTCTTTCAAACATGCACTGAAGTGGTTGGGCCATTTGACCAATCATAGCAGAGTATAGACACATGAAAAAGAAGCGGCTTAGAATCAGGGCTGCCAAGTCCACAGGTTTCAACTATAACTGGGATACTTTTAAaagaataattcacccaaaaattaaactctttcatcatttactctacTTTGACTGAATCTAAACCGGTTTAAAatctgtaaccgttgacttctaATAGAGTTAGTTTTTCATACTAAAGATATCAATAGTTACAGGTATCCAACCTTGAATGAAATATCTTTTCTGTGTTTAAAATACACTCAAAACtatatttgctgcttattaaaaatgagctgaattgTCACAATTCTTGCGTTTGTTTTAGAGATAACTTCTTTGTTTTATcttcaatttaatttgtaaaacaCAAACTATTCTTGCTAAATAACAAGTGCAAAATTATATGTGCTATAATAATCTATACACTGATGTATACTGTGTAATTTAAAGAAGGGCAGTGGTATAATTTAAGGTTTACTATTATTGGAATAGTTTTGATTGTCCATTGCACTAGTTTTGTTGCAAAAACCTTGCAACCCAGTTTAGAATGAACAAATCTTTGAACAAATTGTGTGGCACTCTTTGAGAAAGAGATGAATATTATGAAAAAACagcattattcttatttttattcttattataacTTACCTTGAATATAAACGTACTGTAGGAAACATAACAACAAACTTCATAATAGGGACACTTTTGACTGCATATGAAATTCCTCCAAAATAGGTCCCCCATAAACTTTCAAGGGACAATAATATGAAAAAAGACAAGTTATGATTACAAAGTAGTTTTAAGGCGGGGCTTAACATCTAGTCAATCCAATATAGTGCTGCAGAAATGACACAGTGCAGCTTTACTTACACAAAACAGTGCACGTGTCTTTTAGACTAGGTAATGCGATAAAAAGAGATTacttttttaatgacaaattaaaaagcACAGTCATCTTAAGCGTTTGGTCATCTGAAACTGacgttttgtatttttttaagtcatAATCGTAGTTACTTTGTCTATGAGGCTCAGTGTTTCCAGCACATTAGAGAGATACAGAAACAAATCATGCAGAGGATCCTCAACATGAGGAGAAGACATGTCCTCGACTCTATCAAAGCAAAAGCAGCAATACTGGAGAGAGCAGGAGGGACGCTAGAGCGGAGGACACTGAAGAACCACTCAGAGAGACTACACCACATAGAGATGGACATGAGAAACAGGCAGTCCTGTGGTGGCTGTGGGCTCTGATGAGGTCCTGAAGGTCAGGGTGCCAGGCTTGGACTTGCCCTGTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018917 False 4543 lncRNA 0.35 1 18385590 18390132
TCONS_00018918 True 4261 lncRNA 0.35 2 18385590 18401208

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008421 dixdc1a coding upstream 229599 18130109 ~ 18155991 (+)
XLOC_008420 CR385077.2 coding upstream 298774 18086702 ~ 18086816 (+)
XLOC_008419 NA coding upstream 449462 17886198 ~ 17936128 (+)
XLOC_008418 zgc:113279 coding upstream 528712 17848590 ~ 17856878 (+)
XLOC_008417 si:ch211-213d14.2 coding upstream 627596 17752915 ~ 17757994 (+)
XLOC_008423 NA coding downstream 387208 18788416 ~ 18792858 (+)
XLOC_008424 cadm1b coding downstream 462664 18863872 ~ 18988585 (+)
XLOC_008425 NA coding downstream 754682 19155890 ~ 19157908 (+)
XLOC_008426 NA coding downstream 781640 19182848 ~ 19187834 (+)
XLOC_008427 BX324206.2 coding downstream 883634 19284842 ~ 19286143 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc downstream 2850983 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008412 CR848791.3 non-coding upstream 1007527 17376367 ~ 17378063 (+)
XLOC_008411 dre-mir-21-2 non-coding upstream 1011675 17373789 ~ 17373915 (+)
XLOC_008403 BX571762.2 non-coding upstream 1464603 16914731 ~ 16920987 (+)
XLOC_008428 BX324206.3 non-coding downstream 886424 19287632 ~ 19291377 (+)

Expression


Co-expression Network