G199014


Basic Information

Item Value
gene id G199014
gene name NA
gene type unknown
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000046
NCBI id null
chromosome length 7063170
location 6364178 ~ 6375406 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU225878
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU225878 True 10555 TUCP 0.35 2 6364178 6375406

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000046_06349776_06359655 SUZ12A coding downstream 2910 6349245 ~ 6361268 (-)
CI01000046_06312028_06323678 NA coding downstream 40328 6311530 ~ 6323850 (-)
CI01000046_06223230_06251304 CASKIN1 coding downstream 112874 6222779 ~ 6251304 (-)
CI01000046_06192265_06195160 GNG13B, GNG13 coding downstream 168552 6190292 ~ 6195626 (-)
CI01000046_06171463_06172702 DCTN5.S, DCTN5 coding downstream 189546 6171006 ~ 6174632 (-)
CI01000046_06399300_06413564 RAB11FIP4A, RAB11FIP4 coding upstream 23261 6398667 ~ 6413564 (-)
CI01000046_06456550_06456910 NA coding upstream 79522 6454928 ~ 6457126 (-)
CI01000046_06460451_06464009 COIL coding upstream 85045 6460451 ~ 6464335 (-)
CI01000046_06471554_06479199 ENGASE coding upstream 95679 6471085 ~ 6479491 (-)
CI01000046_06619452_06652257 GNA13, GNA13.S coding upstream 243760 6619166 ~ 6652257 (-)
G199073 NA non-coding downstream 232409 6131304 ~ 6131769 (-)
G199072 NA non-coding downstream 233158 6130073 ~ 6131020 (-)
G199071 NA non-coding downstream 234500 6129419 ~ 6129678 (-)
G199027 NA non-coding upstream 392 6375798 ~ 6378195 (-)
G199097 NA non-coding upstream 4168 6379574 ~ 6380004 (-)
G199106 NA non-coding upstream 76969 6452375 ~ 6452777 (-)
G199119 NA non-coding upstream 179141 6554547 ~ 6554754 (-)
G199121 NA non-coding upstream 181293 6556699 ~ 6557033 (-)
G199054 NA other downstream 266504 6097359 ~ 6097674 (-)
G198265 NA other downstream 2564077 3665243 ~ 3800101 (-)
CI01000046_02866255_02867695 MRM2, FTSJ2 other downstream 3496384 2866070 ~ 2867794 (-)
G196463 NA other downstream 4195534 2168266 ~ 2168644 (-)
CI01000046_00777923_00780186 RPC11, POLR3K, POLR3K.S other downstream 5583885 774434 ~ 780293 (-)
G199130 NA other upstream 202574 6577980 ~ 6594210 (-)
G199181 NA other upstream 451279 6826685 ~ 6830453 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_012051 NA non-coding NC_007128.7 CM002901.2 20670398 ~ 20673891 (-)