RNA id: TU311711


Basic Information

Item Value
RNA id TU311711
length 3853
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G229287
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019170708.1
NCBI id APWO02000306.1
chromosome length 628061
location 524471 ~ 528387 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

atCGTTATTGATCAGAGTGGGCGTGGTCAGTCAGTCCAGATCAATGACTGCGATTGTGAATGTTAGAGTTTGAGAGAGCGTGACGCCATGCTCTcgcattactctctctctctttaatgaTCAGCACGTGAATCGGGGCATTGGATTGAGAATTTATTGAACGCTTAATTGATCAGTTTATCAGTTAATTAATCATATCAATCGCACATATAGAAAAAGGAGTAATCcagcatttcttttttatttttaatttagaaaaGAACAGTACATTCTAATTAACagttaattctaattctaaaaaTTTCGGTAATAACATTTCAACGtgctgacatgccaaaagtcatgggacaaaaaCTAgtagtcccatgacttttgcaatGTCCCATAGAaggtaaagaagagtggacccTTGcagtcccatgatttttggcatgtcgGTGTGGGCTGTATGCAACACATATCAGATACTGGGTGGAGAATAGATTTATGCTAATTAGGGCTGAATGTAATTGTATGCATTTAAATCCAAACATGAAGGACACGCCCACTCGGTAAAAGCACTAAAATCCAGAGTACTGAAGATAGAAATTACACAACGCTATACGTCCAACCTTCTAATCAATGCAACTATTAACCACTGctaacacagatgtgcaaatgcacacatacagcttgtctagACCCTGTAGAAGTGGGATATAGAGGGGTATTTATCTGTGGAGCAGCGGaagaacaaataaaaagcaGCTATCCCAATACAtttgattattttgatatattttcaGAAGTTCAGATGTCTTAATTTAAGTTGAAGGATGGATTGGGTCAGTTTTAGGTTGGATCCTTTGTTTTCACcgctgtgtttctgtggtagaGCTCCATAAAGAGTCGTAACACTATCTGACATGAGCTTCTGTAGTTCTTCTTtaggagatgctaggctaacagctaacattgctaacaaaCTATAGGCTTGTAGACTGTCGCTTAatcttttttaaacacacccccAAAACCGACTCCCAAgacttttaagtttaaaaacataaaattaaaaaactctgaCGGAATATGGGTCAGTTTCTTATTAATCATAATATTaagtaaaacaattttttttacagtttttcttttttttctttaatttaccaGGATTGGATCAGGACAAAAGTAGAATAAACCCTTTTTAATAGCCTTGAATTCAaaagaaacaacaaataaagagcagatatctcaatatttttaattaatttgatgtATTTTTAGAAGTTCGATTGTCTTAATTTAAGTTGAAAGATGGATTAAGACTCATTTGATTCAGATCAGGCTATTCTTAGTCAGTTTTAGGTTGGATCCTTTGTTTTCGccactgtgtttctgtggtagaGCTAAATTACAAGACGCAATCTGTCCTGAGCCTCTGTAGTTCTTACTTAGGAGACGCTAGGCTAacagctaatgttgctaacaaactGTCGCTAATTTACTCTTATcgctttaaaacactttaaaaaacgCTTCCAAAACTCCCAAGACTTTTAGgtgtaaaaagataaaaataaaaacttttatataacgaaaaaaatcacttattaaaaataatattaagtaagattttttttatagttcctttttttcttttaatttacctGGATTGGATCAGGACATCCCTGAACACACCCATTTCTGAAATCTCCGCCCACTTGCGTCTATACTGAGTGATTTAGCTGTAAATTATTGGAACTCTTTAAATATAGAATATTAATGTGCTGAATTCTgaaagttttaatttttaaaacaaacattaaacatttttgacaAGTATTGTCAAATTTTATCAAACTTTATGAGCATCTGATCAACTGAGACGTGGGTCTATATCGTTTGTTTTGCcataataatgataaattgCTGAATTATCATTCTGTTCGTGTTATTTCGTCCATATCAGCCAACCCTGTGAATGTTCTGTGAATGTTAGGTTTGTGTTGGATCGATGTTGTGTAGAGGTGTGGATTTAAGATCTAAAATGATGCTGTGTGTCCTTCTGtttgctcagtgtgtgtgtgtgtgtttattgtgtagtgtgtgtgtgtagtgagtgtgtgttgtatgtaagtgtaaatgtatgtttttatccATATGCAAGTTTTACACACTCAAGGGTGcagttctgttctctctgtGATCAGTAACGAGTTCTACAGGTATAAATGCTAAACCGAACAAAACCAAAAAGCTCTATAGCTCAGCCTGCGTTTCTTAGCACAATACCTTCATTTACAgagtgtgttgagctggtacagtgagtggatcagatgcagcagcagtgctgctggagtttttaaacactgtttaatcaCCTTGTAGagaaagtaaagtcagagacagaagatctgaatctgttgctgcacagtttacactcttcatcatcctctagtcctttatCAGTACAGGGTACAGGACAGTCCCCACAGGACTCCGCCCCCCACATGACTCCGCCCTCAGGACATGTTTCAGGCTTTCCTTGCTCTCTTTCAGACCCATTGAATTCAGATCAGACTATTTAGAGTCAGATTTAGGTTCTATCCTTTGTTTTCGCcgctgtgtttctgtggtagaGCTCCATAAAGATTCATAACACAAACTGACCTGAGCTTTCGTAGTTCTTCATTAGGGGATGCTAGGCTAACagctaacattgctaacaaaCTCTAGACTTCTAGACTGTCTCTaattttaaatcttaatctcTTTAAAACACGCccccaaaaacatttttctttaatttaactggattagagtgaggcagaagaTCTGAatctgcacagtttacagtctTCActatcctctagtccttcaacaggacactgcccacaggatgatgCCCAGAGGACGCCCTACACAGATTGATGCCCCCAAACAAAGCTCACAGGACGTTGCCCACTGGAAGCCGCCCACAGGACGATGCCCACAGGACAATGCCCACAGATTGGTGCCCACAGAACAAAGCCCACAGGACCCCACCCACAAGTTGAGGCTCACAGGACATATTTCAGCCTAAACTCGCTCTCCTGTGAATCCAGTGGATTCAGAATAGACAGTATTGAGTCAGATTTAGGTCTGATCCTTTGTTTTCGCCGCTGTGATGCTTTTCCTTACTGAATCTCTGAGGTAAATCTCAGACAAGAACCAGGCAGTTCAGAATCTGCAGTTTATACATAAAAATGATTCTTTCTGAGTTTTAtagaacagggtgaaaataaggaggagaaacacaaacacaaatacagtctgtaattattaaattatacaaCTATGGAGTGCAATATATGATCAGAGGAGCTGAAatcaaggaggtggtcataatattatgcttAAATTTAGGTATTGTGATATGGCAATGAGGCGGAGCTACAGCCGGTCAGTCTCTTAGCAACTGTTGCTATCGAAGAACACAGTTAGTGGGCGGGGCCTGAGAGGTGCACTAGtgatgaaggtgtgtgtgtgtgtgttagtaaggATATGTACTCAGTGGGTGATGATATAATTGTTTATTCTGAAGTCTATAAGACTATAAATGTTGTGGGTTTGACCTGGGAACAATATTAGtgtcaatattaatattaataataataattatgcagTATTTAAATCTCTCTCCAGCATATCTCTATATCATATCCTctccttttttgtttgcttttattgttttttttttacatgaagcagatgtgtgtgagtgtgtgtgtgttcagactgGGCAGTATTATTGTTGTGTATGTGTTGCATCATGAATGATTGAAGATTATGGATCTTTATCATAAGTGTCAATAAAgaaatatacatacaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU311723 lncRNA downstream 14304 509857 ~ 510167 (-) True G229293
TU311677 lncRNA downstream 28512 494835 ~ 495959 (-) True G229273
TU311681 lncRNA downstream 28512 494835 ~ 495959 (-) False G229273
TU311688 lncRNA downstream 30234 491920 ~ 494237 (-) True G229274
TU311686 lncRNA downstream 31688 491920 ~ 492783 (-) False G229274
TU311728 lncRNA upstream 26532 554919 ~ 555164 (-) True G229298
TU311713 lncRNA upstream 57215 585602 ~ 589097 (-) True G229288
TU311748 lncRNA upstream 70340 598727 ~ 599324 (-) True G229304
TU311751 lncRNA upstream 75782 604169 ~ 604691 (-) True G229305
XM_022685598.1 mRNA downstream 5654 498269 ~ 518817 (-) True LOC103036123
XM_015602868.2 mRNA downstream 53507 452117 ~ 470964 (-) True LOC103036421
XM_022685600.1 mRNA downstream 103688 404550 ~ 420783 (-) True LOC103026596
XM_022685599.1 mRNA downstream 121867 309323 ~ 402604 (-) True LOC103022950
XM_022685590.1 mRNA downstream 374688 143901 ~ 149783 (-) True LOC111196372
XM_022685588.1 mRNA upstream 16 528403 ~ 546704 (-) False tbc1d24
XM_022685589.1 mRNA upstream 16 528403 ~ 545045 (-) False tbc1d24
XM_022685587.1 mRNA upstream 16 528403 ~ 545045 (-) True tbc1d24
XM_022685602.1 mRNA upstream 33519 561906 ~ 568087 (-) True LOC103029896
XM_022685597.1 mRNA upstream 61435 589822 ~ 624742 (-) True LOC103039379
TU311617 other downstream 301158 173215 ~ 223313 (-) True G229233

Expression Profile