RNA id: TU86287


Basic Information

Item Value
RNA id TU86287
length 5856
lncRNA type sense_over
GC content 0.38
exon number 2
gene id G75609
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000012
NCBI id null
chromosome length 13770000
location 10687849 ~ 10703783 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

GTGGGTGACAGCTTTACAGTGCGCTCGGACGAAGAAGTCAAGCAGCCCCTTTTCTTACAGTTGCCATCTTACAAAGCTTTATTATAGACTCTAACGCCGTGTCTACATTGTAAAAGAGCGACGCGACGCTACAAAACTTAAACGAAACCACTATAATATTATAACGGTCGATTTCTATTTTTGTCGCGTCGCGTGCGGTAATTACGTAATTACGCACTTGTGGCGGTTCCCAACAGCTTATGCAAATACATTGTACATGTCTGCTTTGGCCAAGAACCTTTAAATGACTTGAGGACGGGTTTTCGTGAAGTTGAAGACATGATAAATTCATTAAGAAGACGAAGAACGCGGAGTGGGGTTGACATCCTTTCTGGACATTTATACAGTTTCTCACTAGGCATTTTTGCTGTCAGCGCTGGAGGAAAAGTAACGGACGGACATCTGCGAAGAAGTTTGTGAAAGAAAGTTCATTGGACGGATCTTTCTTAGTAAATACAGACATTCTGACTGTAACTTCGGCTGGCACCAAGTCTGATGACTTTTCCCAGAAGATTCAGTGAAGACATAGAGAGAGGGGGCAGAAAGAGAGCCTTCTTGTCCAATAAGAGAAAAGGGGACTGAAGAATGTGAAAAGCTCCCATTCAAGCCAGTTCAGAGGGGCTGGGAGCGGCCACATCCTCAGGAGGGAGGAGGGGTTGCTGCTTTCGGGAGGGTGGGCTAGGGATCCTGGACAGGGGCCAGGAGCGATGCAGAGGCTCCTCGGATGACGCTGGTCCGTGAGAGCGTCCAGTGTCTCCGCCTCTCCTCTGTCCCTTGGGACATCGACTCCGGACCCCTCACATTCTATTTACTTGCACAAACAAACTCTCCCCGCAGTTCCTCTACCCTAAGAGTAGGCTGCAGGGTGAGGAATGTGTCTCTATTAATAGAGCGGTTAGATTATCTCAAAGACTAATGTCTGGCATGTCCAGATTCCTGAAAGGCACGGCAGTGACATACTCTCATCTACCGCTCCTCATTCATTGGCAATGATCTCATTTCCTTTGATATTCTATGAATTTAACTCGTGGTTCTCTTTTTAAAACAGTTTATGTTGTACATGCACAGCTTTATCATTAATGAGAACTAAAACATATACATTTATTAATTTTGCAGACGTTTTTATTTATTAGCAATTAAACAAGAAAAGAGAAGAAAACTAAAATAACTCAAATTAAAATAACTAACATAACTGGAAAAAACTAAAATACAAAATAAAAATATGGTCACAAATTTTTGTTTTTGATACATGTGCATAATGAGTAATAACACCAGACTGCTGAGATATTTAACGCTTTAAAATTATGCCAGTTAGCACATTAACTTTGGCAGCCCTAAAAGTTCAATTAAAAAAAACTAAAATAACAAGTAAATAAGTTTACAAGTAAATAATCTGGCCATTCACATATTCCATAACGAAATGTCTTCAGCAGAATTTAGCTCATAGGAACACTATCTCTACAACGGTAATTTTAAATAACACATTATCTTCAGAAATAGAAATTAGGCGGAGTGTGTGTAAGGCCGGCCATGGACTATTTTCTCACTCAAACCACTACCCGCTGCTGCTTCTGATTGCTTTTAGAAGGAAAAACTGCACATAACTACTGGTGTAGGTGCAGTTAATATTAGCATATTGGCGAAACATATTTGGCAAACGATCCAGTGCGTGTTTGTGCTCTGAAGAACGACAAGGCTTTACAACGTGTTCTTGCAGCGTTGAGCAGTGTAGCCAATCACGAACAAATCTGTTGATTTCTAGAAAGCAATGACCAATCAGAGGTGCAACTTAGCACTGAACAAAAACTCATTTTGAGCGGTGAGTGGATTCTGAGTTGTGGACGCTGGCAAATATTCCCTCATTATAACAAACAATTATGTAAATTGTTATGTAATTATGCAGTCAGTTTAATTTATTGTTACAGAACTTCTTGAGATTGCAATGAACTAAGATAAGTGAGATTTTTAGTGATTATAAAGGGACTTTTGCGCACTCTCTGCCAAATCCCGCGTGCGTAATCTGTTAAAATTAACAGTGGTTTGTGAACGTAAACACTTTATTAACAAATAATTTATCAGCAGTGTTTATGTTGGGATATGTAAGTTGTGCTGTGTCAAGTAAGTTAAAACTATTTAAGGAAATCTGTTTTAATGTGTTTTTAAATGGGAATCACATCTCCTTACCCTGGAGTTGGTTCACCCTCCGCCTATGATCAGAAAATTCATATTTAACGCATTATTACACAAAGCGGAACTTGAAACATAATTAGGCCTTATTTATAAATGACTAGTATCACTCAGAGACCCGCCGCCTTCAACTATTTTAATGGTGAGTACACTCAAAGTCTTTGTTACAAATCAATAATATTTTTATTGCTATTTGGTATGTATCGTTTTTATTATTGTGTTGTTCGAGGAATTGAAAAGCTTTTGTGCCTTGTGTTTGCAAAGTATATTGCCATAATGCAAAGGGGATTATGGATCAACTATCTTGTGTTTTTGTGGTAATATAGAACTTTATTTCTTTATAGAAGTCTATTTCTTTAGATATAGAAGTCTATTTCATTAATAATAAATATGGGACGTTATTATTTTGGCGAACATCTGTTTCTCAGATTATAAAAATGTGTGCCCCCCTGTGAAAACCGAATACCCCCCCATTCTATATGTTCTGGCGACGGCCCTGTGCTGCTGCACATATAACATGAAATAAACCCTGTAGCAGATCTATACAGGTGGAGCTGGGGAAGGTGGAGGGTTTCTGAAAGCGCACTGCAGACTGCTAACAGCAAACAATGGCAAGTATTTGAATGATTGAGCAGCAAGCTCATTGGCCGCTGATACCACAGCAACCAATCAGCTGCGCTATGTAGATAATGATGTGATCGCTACCAAATGAGTTAAGGACATATCAGCCAGCACCATCTAGAGTTTCATGCCCGAACTTTGTATTTGTAAACTCTTCAAATAATAATGAAACTAAATAAAAACAAAAATTTACTGAAAAGACAGAAATAAAAGTAAAGTAGATAAATTAAAAAAAGAAAATAGAAATAGAAACTAAACTGAAAACTATAATAACCCTGCTTAAGCATAGTGCTTGTATTTGCATTGACGAAACGCAATATTCAGGTATACTTTGGTCAAGAATTCTTTGCAATGAAGGAATTGCCAGATCGCTCCATCCCAGCCTGACTTGGGAACCCATATGAGCTTCAGGGAGTGTAAACATCCTACACTCTCAGCTGGAGCCCAGCCCGAGGCCGGGAGTGGGATGTTTGCGCTCTCTGGCTCAGGAACGCCACAGCTCACTACGGCTCCACTATGGAGGAGAAAAACATATTTATAAAGTTGTTGAGATGTTCTCCTTTTTGAGTTGCAGTAGACCTGAAATTGCAACTGAGCACTTTGAAATTCACTGGAACTACAATCACTGGAGCAGGTAGCAATCACTTAACTTAAGGGTACTGATTGGGTTCACTTGTTGGCAGTAGTGTTACTTTTACTTAAAATCTTTGCATACAAATGGCTTTTTAGCATTATCGGGGTTGTGCAAAGTTCAGAAATGAAGAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTATCTATCTGTCTGTCTGTCCATCTTTAAGGTATATAAAACCTTCAATCTTCAAGACTTAAACCATTTTTTTACACTTTCAAGCCAACATTTTTGCATCCTTAATTCAGTTTTGAAAGGTGCATGGCCCTGATCATTATAAACGTATATACATTGTGCAAACCGTATGTAAAGTATGTACTTCCTGGACTTTGTGGCTAGATTTTGAAGTGGATATGGGAGCTTTGTAACGCACACAGGAAGTGAACTCCATTGTGAGCATTGTAAGGGCTCTGAGGGTGAGTGGCCTGTCATCAAGACGTTCAGGCTGAACTCTAGGTCTCTTTGAAGCTTTCTGACCCCTCTGTCCAACTGCAAGTGCCTCCACCCAGACAGAGCTGCCGATGGAATTGCCTGAGAGGAAGTGACTATTTATACCCACTAAGGAACAGAGAAAGGCACCCTTCCGATGGGCGTCACTCCTCTTGCTTCCTTTGACAAATATGTTAGGACTGCTCTCATGAAAGCTAAACCCAACTCTACGCAGATATGTGCAACATCCAGTGCTCTCAAGTTATCTGTGTACACGCCTAGCCATGTTTTGGTTACCATTCTCTTCTACTGCAATGACCTTTATCCACTTTTGCTTGGTGATGTCATAACTTAAGCATCTCTCATACTGGGCCACTAGGTGGCAGACTAACTCCAGAAAATGCCTAATGCTTCACACATTGCTTGGAAGAAGAGTAGACAAAAATGCTTCTGTTCACTAGCCAATTGTTTGAAAAATGTTCCACTACAAAACTTGTTGGCATATTCTACGTTTTTCTTTTTAACAACCTTTGCTTTTCTTATGTGTCCCTAATTCAACGACACCAAACCAGAGATGTATTCATTTTACTCATATTAAACATATAATTTAGCATTTACATTGTTTATTAAAAACTCTTTTAAAAACAATCTATACTGTAAACAACCAAAGTAACATTCTCCTACAAGTTTCACACACAAATGTATAAAACTTGCATTATTTGCAAACTTGCAAAATTAGCATTTTAAAATGATTGACAGCACCAATATTTTTTTTAAATATATTTAAATACTCTTTGTCACTGGTTTCGATGGCTGTATTTGAAATTATGGCAAGTACAACAAAGTGAAAAATAGCTCCTGTTCTGTCATCATTGCTTTGTACCAATTTTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTATTCTTATGTAACTTTATTACTTTGAGTTTGATGAACTTAAACCATTTAAGTAGCTATATAGTTGTTAACACTTGAATTAAAAATTAATGAGTGGAATAAACTTAAAATCTTTAAGTTAAGTTTATGATTGACTACACCA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU86431 lncRNA downstream 136629 10550070 ~ 10551220 (-) True G75751
TU86247 lncRNA downstream 186773 10490985 ~ 10501076 (-) True G75601
TU86357 lncRNA downstream 324661 10357341 ~ 10363188 (-) True CI01000012_10358145_10364166
TU86355 lncRNA downstream 332079 10355501 ~ 10355770 (-) True G75676
TU86354 lncRNA downstream 332378 10355244 ~ 10355471 (-) True G75675
TU86482 lncRNA upstream 10315 10714098 ~ 10764080 (-) False G75796
TU86481 lncRNA upstream 32938 10736721 ~ 10764080 (-) True G75796
TU86273 lncRNA upstream 60380 10764163 ~ 10791209 (-) True G75607
TU86503 lncRNA upstream 92637 10796420 ~ 10796654 (-) True G75814
TU86565 lncRNA upstream 216438 10920221 ~ 10922346 (-) True G75875
CI01000012_10639383_10640319.mRNA mRNA downstream 47001 10639161 ~ 10640848 (-) True CI01000012_10639383_10640319
CI01000012_10626417_10638842.mRNA mRNA downstream 48886 10625889 ~ 10638963 (-) True CI01000012_10626417_10638842
CI01000012_10395715_10408849.mRNA mRNA downstream 279000 10395628 ~ 10408849 (-) True CI01000012_10395715_10408849
CI01000012_10358145_10364166.mRNA mRNA downstream 323683 10357356 ~ 10364166 (-) False CI01000012_10358145_10364166
CI01000012_10322141_10348992.mRNA mRNA downstream 338857 10322141 ~ 10348992 (-) True CI01000012_10322141_10348992
CI01000012_10705713_10710443.mRNA mRNA upstream 1930 10705713 ~ 10710443 (-) True CI01000012_10705713_10710443
CI01000012_10799203_10801485.mRNA mRNA upstream 94995 10798778 ~ 10801537 (-) True CI01000012_10799203_10801485
CI01000012_10837437_10841732.mRNA mRNA upstream 133632 10837415 ~ 10841804 (-) True CI01000012_10837437_10841732
CI01000012_10934571_10937915.mRNA mRNA upstream 230716 10934499 ~ 10937915 (-) True CI01000012_10934571_10937915
CI01000012_10939589_10944243.mRNA mRNA upstream 235172 10938955 ~ 10944243 (-) True CI01000012_10939589_10944243
TU86281 other downstream 66978 10611915 ~ 10620871 (-) False G75608
TU86282 other downstream 66978 10611915 ~ 10620871 (-) True G75608
TU85530 other downstream 1111877 9575648 ~ 9575972 (-) False G74982
TU85525 other downstream 1111925 9575648 ~ 9575924 (-) False G74982
TU85327 other downstream 1285881 9398076 ~ 9401968 (-) True CI01000012_09400481_09401810
TU87807 other upstream 1345261 12049044 ~ 12049222 (-) True G76984
TU87842 other upstream 1375153 12080546 ~ 12080752 (-) False G77017
TU87843 other upstream 1375153 12080546 ~ 12083845 (-) True G77017
TU87800 other upstream 2250663 12954446 ~ 12955664 (-) True CI01000012_12954694_12954954
TU88148 other upstream 2915493 13619276 ~ 13633819 (-) True G77287

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00011886 False 4080 lncRNA 0.35 2 NC_007124.7 27785094 ~ 27805880 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) TU142568 False 1557 lncRNA 0.41 2 NC_056711.1 24654781 ~ 24664886 (-)