RNA id: TCONS_00003036


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003036
length 527
lncRNA type read_through
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_000138
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 10645364 ~ 10680841 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTTGCTTGTAACAGTGGTTGAGCTGTCTTTGTTGTAGGTTGTGAAATCATCTGACCTGAAGTGCTTCAGCTCTTGTTCTCTGGATTTCCACTGGATTGTTGGAGCTGGTTTACCAGTGGCTGAACATGAAACCACAACTTCTGTGTCAGAAGTGTCTGCAGGATTCACTGCCGCTGTTATTTCTGAGCTACCTTTAACAGTGACGCACAAGGTTTCTCGTTTGGGTCCTGTTGGATACACTTTAAAGGAACAAATGTAGCAAGCCTCATCTTcaaatgttgtgttttttatctCAATAGTTGTTGAATTAAACGATGCTTGGAAAATGATCTTTCTGACAAAGTCCTCATCCACATTATCCTTGAAGCGCTCGCTGAACGTGGCCAGAGTGTGTACATCCTGCGCACGCACCCGCTGCCATGTCACCTGTCTGACGCCTGACACGAACGGCAAAGTACATGAGAGAGAAGCATCCTGACCAAACACAACAGCCGTGTCTCCTCGTGCCACTATTTCTAAAGGATAAG

Function

GO:

id name namespace
GO:0033986 response to methanol biological_process
GO:0071405 cellular response to methanol biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00002812 lncRNA upstream 27434 10617524 ~ 10617930 (+) True XLOC_000136
TCONS_00003034 lncRNA upstream 182482 10462044 ~ 10462882 (+) True XLOC_000135
TCONS_00000233 lncRNA upstream 590061 10054408 ~ 10055303 (+) True XLOC_000126
TCONS_00002811 lncRNA upstream 693491 9946664 ~ 9951873 (+) True XLOC_000121
TCONS_00000220 lncRNA upstream 730734 9886955 ~ 9914630 (+) False XLOC_000120
TCONS_00002813 lncRNA downstream 100087 10780928 ~ 10787317 (+) True XLOC_000143
TCONS_00002814 lncRNA downstream 1252476 11933317 ~ 11933676 (+) True XLOC_000152
TCONS_00003037 lncRNA downstream 1365651 12046492 ~ 12048509 (+) False XLOC_000155
TCONS_00000280 lncRNA downstream 1491481 12172322 ~ 12181039 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000284 lncRNA downstream 1503656 12184497 ~ 12187708 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000250 mRNA upstream 148555 10378706 ~ 10496809 (+) True XLOC_000134
TCONS_00000249 mRNA upstream 148565 10378706 ~ 10496799 (+) False XLOC_000134
TCONS_00000248 mRNA upstream 196840 10378706 ~ 10448524 (+) False XLOC_000134
TCONS_00000246 mRNA upstream 320339 10318089 ~ 10325025 (+) True XLOC_000132
TCONS_00000244 mRNA upstream 330158 10305611 ~ 10315206 (+) True XLOC_000131
TCONS_00000252 mRNA downstream 3002 10683843 ~ 10696603 (+) False XLOC_000140
TCONS_00000254 mRNA downstream 39453 10720294 ~ 10739221 (+) True XLOC_000141
TCONS_00000255 mRNA downstream 90616 10771457 ~ 10776547 (+) False XLOC_000142
TCONS_00000256 mRNA downstream 90633 10771474 ~ 10776547 (+) True XLOC_000142
TCONS_00000257 mRNA downstream 426847 11107688 ~ 11117930 (+) True XLOC_000144
TCONS_00000247 other upstream 281513 10363720 ~ 10363851 (+) True XLOC_000133
TCONS_00000245 other upstream 322092 10318077 ~ 10323272 (+) False XLOC_000132
TCONS_00000236 other upstream 557839 10082478 ~ 10087525 (+) False XLOC_000127
TCONS_00000231 other upstream 587307 10051784 ~ 10058057 (+) False XLOC_000126
TCONS_00000253 other downstream 3154 10683995 ~ 10696328 (+) True XLOC_000140
TCONS_00000258 other downstream 699656 11380497 ~ 11380611 (+) True XLOC_000145
TCONS_00000259 other downstream 788695 11469536 ~ 11469650 (+) True XLOC_000146
TCONS_00000263 other downstream 1010907 11691748 ~ 11695168 (+) True XLOC_000148
TCONS_00000271 other downstream 1334275 12015116 ~ 12033278 (+) False XLOC_000154

Expression Profile

//