RNA id: TCONS_00045362


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00045362
length 312
lncRNA type lincRNA
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_022817
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 12129726 ~ 12132445 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AAGTAAACGGAAGTAATAGAATTCAGTGCAACAGCAGTATGGACATGGAACAGGTGGCACAGAAGAAAATGTGTCTTTGGAAGGCTGGgggttgcacacacacacacaaaaaaagcatttttgcttGTTCATCAAAGGTCCAGCAATCACCTTATGCCACTTATTAAACAACATTTGCATCCTGGAAGTACCATGAACCTTGGCAATAACCACTTTCCCAGTTATGCAGATATTAATTATCTTAAAActaaaaatgtgtttatgtttttataattgaCATAACTATGTAATGTATTAAAGGTTTTGAAAGTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000171564

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00046799 lncRNA upstream 27588 12095530 ~ 12102138 (+) True XLOC_022816
TCONS_00046946 lncRNA upstream 69272 12055030 ~ 12060454 (+) False XLOC_022814
TCONS_00046945 lncRNA upstream 171593 11956998 ~ 11958133 (+) True XLOC_022813
TCONS_00046798 lncRNA upstream 186398 11942864 ~ 11943328 (+) True XLOC_022812
TCONS_00046944 lncRNA upstream 209170 11919526 ~ 11920556 (+) True XLOC_022811
TCONS_00045366 lncRNA downstream 24959 12157404 ~ 12196621 (+) False XLOC_022818
TCONS_00046801 lncRNA downstream 159291 12291736 ~ 12292535 (+) False XLOC_022820
TCONS_00046800 lncRNA downstream 159291 12291736 ~ 12292535 (+) True XLOC_022820
TCONS_00046947 lncRNA downstream 720941 12853386 ~ 12854192 (+) True XLOC_022824
TCONS_00045375 lncRNA downstream 821390 12953835 ~ 12954480 (+) True XLOC_022826
TCONS_00045361 mRNA upstream 44725 12075009 ~ 12085001 (+) True XLOC_022815
TCONS_00045359 mRNA upstream 46374 12074340 ~ 12083352 (+) False XLOC_022815
TCONS_00045360 mRNA upstream 46907 12074366 ~ 12082819 (+) False XLOC_022815
TCONS_00045357 mRNA upstream 208542 11908833 ~ 11921184 (+) False XLOC_022811
TCONS_00045356 mRNA upstream 210435 11908480 ~ 11919291 (+) False XLOC_022811
TCONS_00045363 mRNA downstream 1369 12133814 ~ 12252626 (+) False XLOC_022818
TCONS_00045364 mRNA downstream 1409 12133854 ~ 12252391 (+) False XLOC_022818
TCONS_00045365 mRNA downstream 1409 12133854 ~ 12253332 (+) False XLOC_022818
TCONS_00045368 mRNA downstream 67815 12200260 ~ 12201622 (+) True XLOC_022819
TCONS_00045369 mRNA downstream 557718 12690163 ~ 12734583 (+) True XLOC_022821
TCONS_00045358 other upstream 68374 12058002 ~ 12061352 (+) True XLOC_022814
TCONS_00045354 other upstream 504859 11622196 ~ 11624867 (+) False XLOC_022810
TCONS_00045353 other upstream 505804 11622196 ~ 11623922 (+) False XLOC_022810
TCONS_00045355 other upstream 506305 11622575 ~ 11623421 (+) True XLOC_022810
TCONS_00045352 other upstream 515353 11614257 ~ 11614373 (+) True XLOC_022809
TCONS_00045367 other downstream 24959 12157404 ~ 12223660 (+) True XLOC_022818
TCONS_00045382 other downstream 885214 13017659 ~ 13068380 (+) True XLOC_022829
TCONS_00045390 other downstream 1792621 13925066 ~ 13965939 (+) False XLOC_022836
TCONS_00045400 other downstream 2218455 14350900 ~ 14351020 (+) True XLOC_022840
TCONS_00045413 other downstream 2491386 14623831 ~ 14636303 (+) True XLOC_022846

Expression Profile

//