RNA id: TCONS_00049660


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049660
length 98
RNA type miRNA
GC content 0.49
exon number 1
gene id XLOC_025130
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 13406226 ~ 13406323 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTCTTCTGCCGGCCAGGGGAATTCCTGGCAGAGTGATTTTTAAACCTAATGACTGAATCACATTGCCAGGGATTTCCAATGGCTCGTGTGACTCAGAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000115445

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052618 lncRNA upstream 144 13389944 ~ 13406082 (+) True XLOC_025129
TCONS_00052328 lncRNA upstream 15388 13389862 ~ 13390838 (+) False XLOC_025129
TCONS_00052617 lncRNA upstream 38718 13360703 ~ 13367508 (+) True XLOC_025128
TCONS_00049655 lncRNA upstream 238898 13149550 ~ 13167328 (+) True XLOC_025125
TCONS_00052615 lncRNA upstream 551747 12838694 ~ 12854479 (+) False XLOC_025122
TCONS_00052619 lncRNA downstream 214 13406537 ~ 13413213 (+) True XLOC_025131
TCONS_00052620 lncRNA downstream 70549 13476872 ~ 13477873 (+) True XLOC_025134
TCONS_00052621 lncRNA downstream 621920 14028243 ~ 14073770 (+) True XLOC_025145
TCONS_00052329 lncRNA downstream 794720 14201043 ~ 14202519 (+) True XLOC_025147
TCONS_00049683 lncRNA downstream 835796 14242119 ~ 14248150 (+) False XLOC_025148
TCONS_00049659 mRNA upstream 59130 13332870 ~ 13347096 (+) True XLOC_025127
TCONS_00049657 mRNA upstream 147328 13190028 ~ 13258898 (+) False XLOC_025126
TCONS_00049658 mRNA upstream 147328 13242690 ~ 13258898 (+) True XLOC_025126
TCONS_00049656 mRNA upstream 148123 13190012 ~ 13258103 (+) False XLOC_025126
TCONS_00049654 mRNA upstream 543746 12861158 ~ 12862480 (+) True XLOC_025124
TCONS_00049662 mRNA downstream 34577 13440900 ~ 13446085 (+) True XLOC_025132
TCONS_00049663 mRNA downstream 63381 13469704 ~ 13473197 (+) True XLOC_025133
TCONS_00049664 mRNA downstream 76219 13482542 ~ 13489945 (+) True XLOC_025135
TCONS_00049665 mRNA downstream 105661 13511984 ~ 13521115 (+) True XLOC_025136
TCONS_00049666 mRNA downstream 152876 13559199 ~ 13567762 (+) True XLOC_025137
TCONS_00049628 other upstream 1459269 11943549 ~ 11946957 (+) True XLOC_025104
TCONS_00049621 other upstream 3242665 10152138 ~ 10163561 (+) True XLOC_025087
TCONS_00049609 other upstream 4364131 9041989 ~ 9042095 (+) True XLOC_025081
TCONS_00049608 other upstream 4364658 9041462 ~ 9041568 (+) True XLOC_025080
TCONS_00049607 other upstream 4365173 9040947 ~ 9041053 (+) True XLOC_025079
TCONS_00049661 other downstream 128 13406451 ~ 13406538 (+) False XLOC_025131
TCONS_00049675 other downstream 441903 13848226 ~ 13857716 (+) False XLOC_025143
TCONS_00049684 other downstream 838343 14244666 ~ 14244784 (+) True XLOC_025148
TCONS_00049690 other downstream 992902 14399225 ~ 14399652 (+) True XLOC_025154
TCONS_00049704 other downstream 1268446 14674769 ~ 14684603 (+) True XLOC_025161

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) TU378188 True 823 lncRNA 0.44 1 CI01000113 2116966 ~ 2117788 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU409148 True 4527 lncRNA 0.38 2 NW_019172828.1 4583856 ~ 4665614 (+)