RNA id: TCONS_00050319



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00050319
length 198
RNA type snoRNA
GC content 0.57
exon number 1
gene id XLOC_025527
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 34158875 ~ 34159072 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


CCCAGCATTAGTCAGCTGTTCAGGCATTTTCAGTGCCTGTAACGGTGTTATACTGCTGGGACAGTGACCTGCCGCGGTCTGGCTCTAGATGGCGCTGTTGTAGCGTCTTTCAGAGTTCAGCTGGAGGCAGGAGAGCCCTCTGAGCTAGGACTGAGTCTGCTTCGCTGTGGCTCAGCCCTTGACAGGAGGCCTCACAGA

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000119003

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00050317 lncRNA upstream 11781 34140363 ~ 34147094 (+) True XLOC_025525
TCONS_00052732 lncRNA upstream 45174 34107202 ~ 34113701 (+) True XLOC_025522
TCONS_00052729 lncRNA upstream 585359 33560092 ~ 33573516 (+) False XLOC_025517
TCONS_00052730 lncRNA upstream 585359 33562255 ~ 33573516 (+) False XLOC_025517
TCONS_00052731 lncRNA upstream 585359 33562328 ~ 33573516 (+) True XLOC_025517
TCONS_00052733 lncRNA downstream 51821 34210893 ~ 34217224 (+) False XLOC_025530
TCONS_00052734 lncRNA downstream 53790 34212862 ~ 34217224 (+) True XLOC_025530
TCONS_00052735 lncRNA downstream 90110 34249182 ~ 34250243 (+) True XLOC_025533
TCONS_00052736 lncRNA downstream 94485 34253557 ~ 34253946 (+) True XLOC_025534
TCONS_00052352 lncRNA downstream 573797 34732869 ~ 34733118 (+) True XLOC_025538
TCONS_00050314 mRNA upstream 29923 34120191 ~ 34128952 (+) False XLOC_025524
TCONS_00050316 mRNA upstream 29925 34121156 ~ 34128950 (+) True XLOC_025524
TCONS_00050315 mRNA upstream 35635 34120282 ~ 34123240 (+) False XLOC_025524
TCONS_00050313 mRNA upstream 46198 34111957 ~ 34112677 (+) True XLOC_025523
TCONS_00050311 mRNA upstream 236725 33918510 ~ 33922150 (+) True XLOC_025520
TCONS_00050320 mRNA downstream 120 34159192 ~ 34170712 (+) False XLOC_025526
TCONS_00050322 mRNA downstream 21763 34180835 ~ 34182587 (+) True XLOC_025528
TCONS_00050324 mRNA downstream 61122 34220194 ~ 34230565 (+) True XLOC_025531
TCONS_00050325 mRNA downstream 74957 34234029 ~ 34245025 (+) True XLOC_025532
TCONS_00050327 mRNA downstream 511004 34670076 ~ 34681421 (+) True XLOC_025536
TCONS_00050312 other upstream 79705 34078200 ~ 34079170 (+) True XLOC_025521
TCONS_00050308 other upstream 708656 33450100 ~ 33450219 (+) True XLOC_025516
TCONS_00050306 other upstream 751165 33407588 ~ 33407710 (+) True XLOC_025514
TCONS_00050303 other upstream 780232 33345470 ~ 33378643 (+) False XLOC_025512
TCONS_00050301 other upstream 795844 33345347 ~ 33363031 (+) False XLOC_025512
TCONS_00050321 other downstream 2145 34161217 ~ 34171032 (+) True XLOC_025526
TCONS_00050323 other downstream 38622 34197694 ~ 34197771 (+) True XLOC_025529
TCONS_00050326 other downstream 200143 34359215 ~ 34359332 (+) True XLOC_025535
TCONS_00050332 other downstream 751208 34910280 ~ 34910399 (+) True XLOC_025541
TCONS_00050355 other downstream 1584112 35743184 ~ 35743256 (+) True XLOC_025552

Expression Profile


//