RNA id: TCONS_00000053


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000053
length 78
RNA type miRNA
GC content 0.42
exon number 1
gene id XLOC_000024
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 576444 ~ 576521 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGGTGCAGGTTTAATGCTAATCGTGATAGGGGTTTAGTGCTGATGAACACCTATGCTGTTAGCATTAATCTTGCGCTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000116068

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003003 lncRNA upstream 217882 355481 ~ 358562 (+) False XLOC_000018
TCONS_00003004 lncRNA upstream 217882 355771 ~ 358562 (+) True XLOC_000018
TCONS_00002804 lncRNA upstream 334737 237391 ~ 241707 (+) True XLOC_000015
TCONS_00002803 lncRNA upstream 339021 236400 ~ 237423 (+) False XLOC_000015
TCONS_00002802 lncRNA upstream 340911 227253 ~ 235533 (+) False XLOC_000015
TCONS_00000055 lncRNA downstream 4167 580688 ~ 586501 (+) True XLOC_000023
TCONS_00003005 lncRNA downstream 218455 794976 ~ 898180 (+) False XLOC_000026
TCONS_00003006 lncRNA downstream 218455 794976 ~ 911551 (+) True XLOC_000026
TCONS_00003007 lncRNA downstream 439291 1015812 ~ 1033638 (+) False XLOC_000028
TCONS_00002805 lncRNA downstream 439303 1015824 ~ 1023334 (+) True XLOC_000028
TCONS_00000050 mRNA upstream 26923 532766 ~ 549521 (+) False XLOC_000023
TCONS_00000049 mRNA upstream 44015 524821 ~ 532429 (+) True XLOC_000022
TCONS_00000048 mRNA upstream 45509 524388 ~ 530935 (+) False XLOC_000022
TCONS_00000046 mRNA upstream 58368 514001 ~ 518076 (+) False XLOC_000021
TCONS_00000045 mRNA upstream 58371 513986 ~ 518073 (+) False XLOC_000021
TCONS_00000054 mRNA downstream 4121 580642 ~ 591331 (+) False XLOC_000023
TCONS_00000056 mRNA downstream 18063 594584 ~ 603397 (+) False XLOC_000025
TCONS_00000057 mRNA downstream 18215 594736 ~ 608055 (+) False XLOC_000025
TCONS_00000058 mRNA downstream 27606 604127 ~ 608247 (+) True XLOC_000025
TCONS_00000059 mRNA downstream 385086 961607 ~ 970951 (+) True XLOC_000027
TCONS_00000052 other upstream 30227 537589 ~ 546217 (+) False XLOC_000023
TCONS_00000047 other upstream 61122 514013 ~ 515322 (+) True XLOC_000021
TCONS_00000036 other upstream 282550 260040 ~ 293894 (+) False XLOC_000017
TCONS_00000003 other upstream 563187 12129 ~ 13257 (+) False XLOC_000001
TCONS_00000060 other downstream 642170 1218691 ~ 1218805 (+) True XLOC_000029
TCONS_00000061 other downstream 998962 1575483 ~ 1575563 (+) True XLOC_000032
TCONS_00000067 other downstream 1135632 1712153 ~ 1718527 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000068 other downstream 1141176 1717697 ~ 1723157 (+) False XLOC_000036
TCONS_00000069 other downstream 1142090 1718611 ~ 1793371 (+) False XLOC_000036

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
tiger barb (Puntius tetrazona) TU906 True 1103 lncRNA 0.52 2 NC_056699.1 2245339 ~ 2246590 (-)