RNA id: TCONS_00068553


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00068553
length 495
lncRNA type antisense_over
GC content 0.45
exon number 2
gene id XLOC_033472
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 9556044 ~ 9556645 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAATATATTTATGgctgtactatccctttaaaaacagaTTTCTGGGTGTACTATCTCTTTAAGAACAGATTTTTGAGtttactatccctttaagaacagGCAGAAGGGTGTTGTACCTTCTCTGGTTTGGTGTCCCAGCACTCCAGCATCAGCGCCTGCAGACAGTGAAACTGCACCTCCTCTGGGGCTCCCAGCATGGGCCGGACTCCTTTAGAGAGTTTTTTAGCGATCTGCAGCTGGTGTTGACCCATACATGGTCTGCGTCCGGACAACAGCTCATAAAGAACCATCCCATACGAGAACATATCCACCTGAAACACACCACAACCCTCATTTAAAAGCAATCTAGTGTAATGATGATCAGGAGTCTGAGAGTTCATATACAGTCAATCTGCACCAATTCCCCATGGAGAAGcCGTTCTGGGAACTGTACAAGAAACAACTTAGAATCACTGGTGTGAAGAtgcaagatgtgcagcacctgaaactacggat

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00065504 lncRNA upstream 250463 9299640 ~ 9305581 (+) False XLOC_033469
TCONS_00065505 lncRNA upstream 250463 9302610 ~ 9305581 (+) True XLOC_033469
TCONS_00068552 lncRNA upstream 492663 9061425 ~ 9063381 (+) True XLOC_033467
TCONS_00068777 lncRNA upstream 715429 8835309 ~ 8840615 (+) False XLOC_033465
TCONS_00068778 lncRNA upstream 715429 8835313 ~ 8840615 (+) False XLOC_033465
TCONS_00068780 lncRNA downstream 496698 10053343 ~ 10054205 (+) True XLOC_033476
TCONS_00068554 lncRNA downstream 1005473 10562118 ~ 10583144 (+) False XLOC_033479
TCONS_00068555 lncRNA downstream 1110826 10667471 ~ 10681656 (+) True XLOC_033481
TCONS_00065526 lncRNA downstream 1145087 10701732 ~ 10800887 (+) False XLOC_033483
TCONS_00065529 lncRNA downstream 1175766 10732411 ~ 10800886 (+) False XLOC_033483
TCONS_00065507 mRNA upstream 44746 9326234 ~ 9511298 (+) True XLOC_033471
TCONS_00065506 mRNA upstream 233551 9308625 ~ 9322493 (+) True XLOC_033470
TCONS_00065502 mRNA upstream 250465 9290929 ~ 9305579 (+) False XLOC_033469
TCONS_00065501 mRNA upstream 282721 9189547 ~ 9273323 (+) True XLOC_033468
TCONS_00065499 mRNA upstream 509745 9041174 ~ 9046299 (+) False XLOC_033466
TCONS_00065508 mRNA downstream 317105 9873750 ~ 9895905 (+) False XLOC_033473
TCONS_00065509 mRNA downstream 317116 9873761 ~ 9887667 (+) False XLOC_033473
TCONS_00065510 mRNA downstream 324166 9880811 ~ 9895804 (+) True XLOC_033473
TCONS_00065511 mRNA downstream 347982 9904627 ~ 9961727 (+) False XLOC_033474
TCONS_00065512 mRNA downstream 365962 9922607 ~ 9945081 (+) False XLOC_033474
TCONS_00065503 other upstream 250463 9290965 ~ 9305581 (+) False XLOC_033469
TCONS_00065500 other upstream 509742 9041175 ~ 9046302 (+) True XLOC_033466
TCONS_00065497 other upstream 874863 8670465 ~ 8681181 (+) True XLOC_033464
TCONS_00065492 other upstream 1126125 8428954 ~ 8429919 (+) True XLOC_033460
TCONS_00065484 other upstream 1776868 7778963 ~ 7779176 (+) True XLOC_033454
TCONS_00065516 other downstream 691427 10248072 ~ 10248187 (+) True XLOC_033477
TCONS_00065522 other downstream 1021704 10578349 ~ 10582625 (+) True XLOC_033479
TCONS_00065525 other downstream 1126842 10683487 ~ 10683607 (+) True XLOC_033482
TCONS_00065536 other downstream 1656763 11213408 ~ 11213524 (+) True XLOC_033487
TCONS_00065544 other downstream 2615484 12172129 ~ 12172246 (+) True XLOC_033493

Expression Profile

//