RNA id: TCONS_00068777


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00068777
length 4710
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 2
gene id XLOC_033465
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 8835309 ~ 8840615 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AATTACATAgacatatatttatatgcatatgaATAAAAACACATGTACATATTGTACAATATCTTGGCTTTTTAGCCAAACCATGAGAAAGGCTCTTTTGCCACAGAACacaaacattttttctttaaataagtgCAAATAGTTAATGAGACAAAGAATTGTAAagcatttatattttttcattcattttttttttgttgttcctgTAAGATCACATAATACAACATGAAAATACTGTGCAAAGACTCATATATGTACATACTGTTTAAGTGATTTCTTATTTGTGAGAAGCTGGTGCCATTATGCAGTTTGTCttaaattattatcatcatttttttttgacACATACGCTATACTGCCAAAAAAAAAGCTTATGGCTTTACTTACACATAATCTTTGTGCCAGAACAAAAGCACTGACCACTGAGCCTTTACAATGCAAGCAGACGTGGACGTGAAATCAGATAGAAAATAAAGTCTTTCCACACAATCAGAGCACACTCAAACCACGCTTTACAATCACATCTGTGGCAATGTATAGGCTGTCTTTGCGTGTCCACTAATATCTGTGAAATCATATCTAAAGGCATATTTGACCTATAATTAAAGGAATGAAAATGTAGTGATCCAAAAAAAATCTTGCGTCAATTAGTTTTAGTTGTCAGTTGTAATGTAAACTAAATAATAAGTTTTAGGAAACATTTTGAGAgacattaacaaaaaaacaagacagaaaggggagaaaaagagcaCAAATGTTGCAGTGAtcctcgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacttttccaggtcttgctttatttagttttagtcctCAGTTATAATGTTAACAGAATAACCAGTTTTAGGAaacattttgatatattttactaaaaaaagaaaaaatgcagaAAGGGGAGAAAAACAGGTAAATTTTGTAGTGAATCTGAAATTAAATCAGTTTTTGAGGTCTTGCTTCTTTTAGTTTTAGTTCTAAGttgtattgttaataaaataactagttttaggaaacatttaaagaAACACTTAACAGAAAGGGGAGAAAATGGTGCAAATGTTGTAGTGATCAAACAAAAATCTGCTTTTCGAGGTCTTGCTTCATTTAGTTTTAGTCCTCAGaattaatgttaacaaaataacagttttaggaaacatttttggaagaaatgtattaaaatgagacaaaaatggGCAAAAAAGGGTTGCAAATCTTGTAGCGAATCTGCTTTTTGAGGTCTAGCTTCTTTTAGTTTTAGTTCTAAGTTGTATTGTTAACAAAATAACTagttttaggaaacatttaaagaAACACTAAACAGAAAGGGGAGAAAATGGTGCAAATGTTGTAGTGATCAAACTAAAATCTGCTTTTGGAGGTCTCGCTTCATTTAGTTTTACCtgtcagtaataatattgacagTATGTCCAATTTTAGGAAACATTCTAATAAATTTCGcctaaaaaaaagacagaaagaggAGAAAGAAAAGTGCAAACGTTGCAGTGATCctcaaaaaaacagcaaaaaaagggTTGCAAATCTTCTTTTAGTTCTTttagttttagggtgctttcacacctgtgagtccattcagttgttccgaaacggGAATTAAAATTTCTaccttgttgctctttgctcttggttcggttcgctttcacactgcaaagtttctaatcggaccaaaagagctaaaacaagtcgagtgtgagtaaactctcctcacattggtcagagtttcagggtttatatttcagagtcccgctcagctgtcagtagtgtggtggtttggtggtgtttgacagggtacgcgcgacatgtctgaagagcgaggagggatgcggtggagtggggtgagaagggtgcgcgacgtatttgaggaccgggtgggagacgcgagattaccgggagattatcactcgtttctGGGCATCCTggagactcccgaaacttcccgccctaatcaaagttctctcttcatatagccgtatgcctattacatatccataaaacactgtgatataaccgcgctcagaTCGTATCACTTTCTTACTGAAATCGATCCGCtctagagtttgtttcaatcgagtcgagaccacctcattcaagcgatctcggagcgattgctggtttcacatatgccaaacgaaccgtgctaactgggcaaacgagacaggcttccaaacaaaagtgtaggtgtgaaagcacgcCTAGTCTTTAGTTGTAATGTAACAAAATAACCAGTTTTAGGGAAAAAGGTGTTCAGCAAAATCTATCAGAATAAGACAGAAAGAAGTTAAAAAGGGGTGCAAAGGTTGTATTGCTAcaataaaaaatctactttttaagcccCATTTTGCTTCAAGTAGTTCAGTCCTCTGCTGTAATGTTAACAGCGTAACCAGTTTTAGGAAATCTGTCAAAACAAGACAGAAAAAGGAGGAAAAGGGGTGAAAATGTTTTAGtgataaaaaaatctgttttttaaaatgCTTCATTTAGTTTTCGTCCAGAGttataatgttaacaaaataactaGTTTTAGAAAACATTTGGAGAGATTTCTCCAAAAAACAAGACAGAAAGGGGAGAAAAGGGTGCAAATGTTGCAGTCATCCAaaacaaaactgcttttcttAACAACTTGACCAGTTTTAGGAAACATTTTGATTAAtttcgcccccccccccccccccccaaaaaaaaacaaaacaaaaaaaacaacaaaacagaaaGGCCAGAAAAAGGTGTAAAATGTTTAagtgatctaaaaaaaaattgatttttaaGGTCTTTGCTTAATTTAGTTTTAGTCCTCAGttataatgttaacaaaataaccaGTTTTAGGAAAATGTtcttgctttttaaaaagttatagtAATGTGACTTTCAGAACATTTTGCATATCCAGTCATTGCTTGTTCATTCTTGAACATTTCTCTTTTGCTTTCCGTAGAAGATCCACCATTCAACTgaagtttggaatgacatgatggtgagtaaatgaagtaTTTTTGGTCTTAACTACTCCCCTAAAATCCAATCTATGCTACTAGATTTGGATGTGAATTGGCTGATAATAGTACAGTCTATTGACTTCTCTATAAAGCTCAATTGCATGAAAGATGTTGTTCACACTGACAGCTGTTTCCTAAGTCAAAGTCCAGAAGTTTTTCATTCTGTAAGTGGCGACAACTGTTGATCAGATTTAGTTTTCGTTGCGATCAAACTCTAAAGCTGTAGATGCAGAGGCTCAGCAATTTGCAGCCATTGAAACTGCTGTCACTGTGAAAAACTCTTGAGTGAAGTGAAAGAGCACTCTCATGCAAAAAACACAAGCCAGCTcacttaatgcaaaataaaacatCTGACAAGACTTGTTTCAACTCAACCAGACAATAAGGATTTCACTCAGCACTTTGTGATGCAAACATGtggaacttgttttttttttttggtttatttggggCCACATATACATAAACAAAAGTCTTAGAGGGGAGAAAAATGTTGAAGTGATCTGACTTTTGAGGTTTAGTTTTAGTGCTCCGTTATAATGTTAGAAAAATAACCAAACATTTTGAGATATTTCACCAAAAAATATGACAGAAAGTGGAGTAAAAATGACGTCTTGTTTTTAGAGATACTCTTAAGAGCAATGACTGTATAATGTTTTCATACAAGACTAGTTTCAACTCAACCAGACTATTAGGATTTTACTCAGCACTATGTGATGCAAAACATgtgtaacttgttttttttttttgtgggccacatacagtatataaaaaatgTCTCAGATGGGAGAAAAAGGGTGCCAATGTTGAAGTGACCAGATTTTTAAGGTATTGCTTCATTTAAATCAATTCTCAATATTTCCCCCCATTCTCAATTCTCTTGGTTTAAATTTCATTTCCTCAATTATAATGTTAACAAAACAAttagttttagaaaacatttGACAAAAATGCAAGAAAATAGGTGCAAATGTCccaaaaaaatctgctttttaaGGTTTTGCTTTGTTTAGTGTTAGTGCTCGGTTACagtgttaaaaataaccaaacattAAGAAATttcaccaaaaaaacaaaaactcggAGTAAAAAACAACGTCTTGTTTTTAGAGATAAGAGAAATGACTATATTTGTATACAAGACTAGTTTCAACTCAACTAGACCATATGGATTTCACTCAGCAGTCTGTGATGCCAACTTGTGGAACttgttttttggtgtttttttggggccacatatataaaaaaaatgtctcaGAGGGGAGAAAAAGGGTGCAAATGTTGAAGTGATCTGATTTTTAAGGTCTTGCTTCATTTAGTTTCAATCCTCAAttataatgttaacaaaataaccaGTTTTAGGAAACATTTTGATTAATTTTGCACACAGAAAGGggagaaaataaatgcaaatgtccaaaaaaaaaatctgattgagGTTTTGCTTCTTTTAGTTTTAGTGCTCAGTTATAATGTTAGAAAAACAACCAAACATTTTGAGAGATTTCTCCAAAAAATATGACAGAAAGTGGAGTAAAAATGACGTCTTGTTTTAGAGGTACTCTTAAGAGCAATGACTGTATAATGTTTGTATACAAGACTAGTTTCAACTAAACCAGACTATAAGGATTTCACTCAGCACTATGTGATGCAAACATGTGGAACTTGTTTTTTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00065495 lncRNA upstream 208625 8623945 ~ 8626684 (+) True XLOC_033463
TCONS_00068551 lncRNA upstream 464548 8370122 ~ 8370761 (+) True XLOC_033459
TCONS_00068776 lncRNA upstream 483002 8344719 ~ 8352307 (+) True XLOC_033457
TCONS_00065480 lncRNA upstream 1210764 7618036 ~ 7624545 (+) False XLOC_033449
TCONS_00068775 lncRNA upstream 1272021 7554760 ~ 7563288 (+) False XLOC_033450
TCONS_00068552 lncRNA downstream 220810 9061425 ~ 9063381 (+) True XLOC_033467
TCONS_00065504 lncRNA downstream 459025 9299640 ~ 9305581 (+) False XLOC_033469
TCONS_00065505 lncRNA downstream 461995 9302610 ~ 9305581 (+) True XLOC_033469
TCONS_00068553 lncRNA downstream 715429 9556044 ~ 9556645 (+) True XLOC_033472
TCONS_00068780 lncRNA downstream 1212728 10053343 ~ 10054205 (+) True XLOC_033476
TCONS_00065496 mRNA upstream 154127 8670398 ~ 8681182 (+) False XLOC_033464
TCONS_00065494 mRNA upstream 290454 8543317 ~ 8544855 (+) True XLOC_033462
TCONS_00065493 mRNA upstream 376847 8456999 ~ 8458462 (+) True XLOC_033461
TCONS_00065490 mRNA upstream 463844 8367929 ~ 8371465 (+) False XLOC_033459
TCONS_00065491 mRNA upstream 463845 8370076 ~ 8371464 (+) False XLOC_033459
TCONS_00065498 mRNA downstream 167757 9008372 ~ 9045771 (+) False XLOC_033466
TCONS_00065499 mRNA downstream 200559 9041174 ~ 9046299 (+) False XLOC_033466
TCONS_00065501 mRNA downstream 348932 9189547 ~ 9273323 (+) True XLOC_033468
TCONS_00065502 mRNA downstream 450314 9290929 ~ 9305579 (+) False XLOC_033469
TCONS_00065506 mRNA downstream 468010 9308625 ~ 9322493 (+) True XLOC_033470
TCONS_00065497 other upstream 154128 8670465 ~ 8681181 (+) True XLOC_033464
TCONS_00065492 other upstream 405390 8428954 ~ 8429919 (+) True XLOC_033460
TCONS_00065484 other upstream 1056133 7778963 ~ 7779176 (+) True XLOC_033454
TCONS_00065483 other upstream 1062931 7772165 ~ 7772378 (+) True XLOC_033453
TCONS_00065469 other upstream 1741408 7048256 ~ 7093901 (+) True XLOC_033440
TCONS_00065500 other downstream 200560 9041175 ~ 9046302 (+) True XLOC_033466
TCONS_00065503 other downstream 450350 9290965 ~ 9305581 (+) False XLOC_033469
TCONS_00065516 other downstream 1407457 10248072 ~ 10248187 (+) True XLOC_033477
TCONS_00065522 other downstream 1737734 10578349 ~ 10582625 (+) True XLOC_033479
TCONS_00065525 other downstream 1842872 10683487 ~ 10683607 (+) True XLOC_033482