RNA id: TCONS_00066340


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00066340
length 888
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_033912
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 38144363 ~ 38145800 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CACTAATCAAACTGAACCCCTTTTCTCCATAGCAGTATCAATGCTTGTGTCCTCATAAGCACTTGTGATGGAGGATTTGGGCCATCAGCCGCTCTGATTGGTCTTGGCAATATGGTGTGTTGGCACATTCTCTACATAACCCCAATAGAAACGTGTTTCACTTGTGCCACAGTAGACCTTCTGTTGCTTTGAACCAAACATGGATTGCCTTTGTTTCCCTTGTTTATTGTTTAGTCTTGAGTGGGCAACACCCTGTCACCGTTTGTCCGTCATCTGTCCACTGCTGGACTCAGATTGGTCATCATGCCAGCATTTATCAGAAGCTTGTGCCATGATGCCACCCCCTGATCTGACTTTTCAAGCCCACTCCACGTCCCTCAGAGACTTTTAGGGACAGACCTCAAGATCAACCCCTGAGACATCATGCAAGAAAACTCCagtacatgtgtttgtgtgcctcCCTTTTTTATGCACTCCTAACGCAACAGAACTGATGTTGCGTAACGCAAATAAGACCCCTGATAGTTATTATTCTAGACCTCAATCTCCTGATATGACACacaatttttaaatatcatttttcgTTGGTACTTCTTGTGGTTGGAAGCTGTTATTGTGCAATGACCCAGTGCTCTGATAGGCAACTGCTGATTGTGGGCTCAGAATACGGATATTGTTAGGCAGAAAGAGAGATGTGGGCTCCAAAAACAAGAAAACCGCACATTGTGTCCAGGTGCACCTCATACAGTTGTCATGGTTTTGAGCTTGATCAAACAGAGTGTAGGAAGACCAAAGTCCACACCAATGGTTTGGTCAGCAAACAGCTTATCATAAACTGTAACTTTTGTCTGAGGACACACAGAATTAGATCATTTCAGCACTCTTAGT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068907 lncRNA upstream 34723 38100409 ~ 38109640 (+) False XLOC_033911
TCONS_00068908 lncRNA upstream 34723 38100752 ~ 38109640 (+) False XLOC_033911
TCONS_00066339 lncRNA upstream 34848 38104703 ~ 38109515 (+) True XLOC_033911
TCONS_00068906 lncRNA upstream 221462 37919478 ~ 37922901 (+) True XLOC_033909
TCONS_00066336 lncRNA upstream 280860 37851111 ~ 37863503 (+) True XLOC_033908
TCONS_00068909 lncRNA downstream 5236 38151036 ~ 38168214 (+) True XLOC_033913
TCONS_00066344 lncRNA downstream 83270 38229070 ~ 38236113 (+) False XLOC_033916
TCONS_00068910 lncRNA downstream 89112 38234912 ~ 38236240 (+) True XLOC_033916
TCONS_00066345 lncRNA downstream 100127 38245927 ~ 38247747 (+) True XLOC_033917
TCONS_00066350 lncRNA downstream 114659 38260459 ~ 38264046 (+) True XLOC_033919
TCONS_00066337 mRNA upstream 49039 38089650 ~ 38095324 (+) False XLOC_033910
TCONS_00066338 mRNA upstream 50753 38090515 ~ 38093610 (+) True XLOC_033910
TCONS_00066335 mRNA upstream 389017 37742299 ~ 37755346 (+) True XLOC_033906
TCONS_00066333 mRNA upstream 752191 37372479 ~ 37392172 (+) False XLOC_033904
TCONS_00066334 mRNA upstream 752191 37377335 ~ 37392172 (+) True XLOC_033904
TCONS_00066346 mRNA downstream 104058 38249858 ~ 38257848 (+) False XLOC_033918
TCONS_00066347 mRNA downstream 109618 38255418 ~ 38256288 (+) True XLOC_033918
TCONS_00066348 mRNA downstream 112949 38258749 ~ 38264092 (+) False XLOC_033919
TCONS_00066349 mRNA downstream 114634 38260434 ~ 38264380 (+) False XLOC_033919
TCONS_00066351 mRNA downstream 119563 38265363 ~ 38277255 (+) False XLOC_033920
TCONS_00066319 other upstream 1668719 36467822 ~ 36475644 (+) False XLOC_033894
TCONS_00066313 other upstream 2381150 35736321 ~ 35763213 (+) True XLOC_033889
TCONS_00066310 other upstream 2391752 35679424 ~ 35752611 (+) False XLOC_033889
TCONS_00066341 other downstream 47543 38193343 ~ 38194494 (+) False XLOC_033914
TCONS_00066342 other downstream 48047 38193847 ~ 38194702 (+) True XLOC_033914
TCONS_00066343 other downstream 56738 38202538 ~ 38203393 (+) True XLOC_033915
TCONS_00066356 other downstream 203865 38349665 ~ 38364944 (+) False XLOC_033923
TCONS_00066360 other downstream 255294 38401094 ~ 38424009 (+) False XLOC_033924

Expression Profile

//