RNA id: TCONS_00072414


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00072414
length 7224
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_036319
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 16570519 ~ 16577750 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gccaACCTACGATGTAGGCTACAAGATCTTCTCTGAGAGGGTCATCCACCATCGAATAATTGTAAACCAAGGGGTGTCGACAATGAAGAAGAATAATGCCAAAAAGAATAAAGAGCCATGAAGATCTTGACGCTTTAACTACTGGTAATTTAACTTTCTTTTGCAGCTTTTGAATAAACATTTATGCAACCTTTTTTTCTCACACAATAAGTAATCatcatgtaataaataataatattcctCTTTTTTATCATAATAAGctgacaatgtttttttatattttgtgtatgtgatcatcatttactgtatttttattattttagacagGATAAATTAAAGTGGAGGCTGTCCCATGATTTCCCCCAGCTGGTGTTTCACTCTTCTAACCAGCACAACATCAATGAATTGGTTTTTCTTGAGACCCTTTCTGCAGATTGGTAGAACCAATACCTCATCTGGTAGAAAGAATACCTCATCCATCAGGTACAGAAACAACTGAGTCAACAGACGTAACTAGCCAAAGTATTGGTGAAAGCACAGCAAGTAGAATAGCTGGTACTACAGAGAACACAAGGGCACTTCATAGTGTGGCATTGATACTAAAGAGAATTGTAGATGACTCTCCTTGTATGACATGTCCATGGTCACCCACGTCtgatgatttaaatattagggCAGCAAAATCTGTTGTGCTGTTTGATCTGTTTAACCTAATTTCATGGATTATTGGTGCAACTGAAGAACCAACACTAGCCCGTTGTGTTGATATTCCAGATGATTTGAACCTGAAAGTGATCTCCATTTGCCACGACCATCGTTTATCTTGCATCTAAGAGCCCGGAGGCAGACACCTAAATCATTGTTTCTGGGTGTAACTGTTTGATAAGAAAAGATCATATAGTGCTAGTCTTTAATCAAGCGAAATATGCCAAAGCTTGTAGTGACTGAATTAGGTGAGTTTCCTGGGCATTCTGGGGAAAAGGTTTGGAGATGCTGCACTGCAAGATATACTCATTTATTCAGAAGTTGTTGCTCTAGGATCTATCAATGGAGTGATGAGTGGTCATCACTATAACCACAGCATGAGGACACACAAACATCTGTATGAGAGTCTGCAGCTCATCAGATTTTTCAGTTTCTTAGACTCTTTGCCACCAGAAGACTGAAATGAGTGTTTGACTGTCATAAGTGAGATCATATGTGCATTCCAGAACAGGATAATGGATATTTtgtatgaaaattaaaaaattgtcaaaatgtgtttaaaatgtagcttttgttgtggttttcggtttttctcttaatgaatcaaactcagtctggaggttatgaatatcagaagagtatactttattgtcgacaacaaaggagatttgtgacccccagtagcatctctgcctGAAAATTCTGTCTCACTGATGTTCTGGCCTGCTTATATACTCTTTTGCAGCTGTTTTTCACATTGTTCTACATTTGTCACACAAGATCCCACCTAgttttaacccctgacccaaacctggtaaccATGTATCTTATCCATCAATACCTGACTTTTTCCACATGTGATGCTCTATTCTCATCCATTTCTTGTGACACCTTAGTTGTTTACTCAGGCCATCTCCCCTTTCTAACTTTACATAGTACCTTAATTCTTctaatactatgtaagtcaacaagcagattatacacatacaatttgaatagatagattaacttcacactttaaagagtataaaatccacttcactTTCAGGTTCTGATGATAGTGATAAGGAGAGTAGTGATGAGTAAAAATGATCTGTGTCACATGTTAGTTCAGTTTGAGCTGTAATAAAGTTTCtgtaaaatttgtacatttttggcGTTATTGAAAAATTTGTGCAGCAGACCAGCATTTCATGTCATTTCAGCCAACTTGGaccaaaattgattttatttttaacgtTGAGTGATACCTTAGTGCTactgaacatttttgaaaaataaaacctaACAAACATGTTTAAGTTCaaatatcttcttcagtgttaTTAAGAGCCAATATGTGAAGTTGAGGTGGGTTGTAAAAAATGCTTAATTTCATGGTCTTTAATTAAAATTGAGTAGATTAATGCACCAGTACTTGTCTCATATATGTAGCTACATGTACAAAAGTGAATTTGACACATTATTGTGTGTTGCcaaaatgcatattaataaagttacaGGCCAAACTAGCAACAtaagattttagttttttgtaaattcCTAATTATACACATTTATGCATCTTGACAAAAAACTGCAGTATTTTTTTATGGAGAACTTTTAACATAACATCCATAAGGGTGCTGTCTATTCAGAAATGCATAAAAAAGTAGTGCCCAGATGTGGGAACAAAAACCATTTTCTAGCTACTTTCTTACTACCTTATGGCCTATAGTGCGAGATCCCACTGGATTTTATCATGGATGTTTTTCATTTATGACACTTTCaggcaatataataataataataataaatgaataaacataaggCGGAGTAATTCtaggatttttattttagagGGGATCAAATCTAGTAagggtataataataataataataataataataataatacatgaggtggcatggtggcttgctgggtagcactgtcacctcacagaaggtcgctggttcaagtcatggctgggccagatggcatttctgtgtggagttttccccatgttcctgtgggtttcctctgggtgctttggtttaacccacagtccaaacacatgcgctgtaggtgaattgggtaaccaaaattgtccgtagtgtaaaggtgtgtgttaatgaaagtgtatgggtgttttccagtactgggttgcggctggaagggcactcgctgcataaaacatatgctggaacagttggcagttcattctgctgtggagaatcctgataaataagggactgagctaaaggaaaattcaattaaattcaattcatcttgaTTTCCATAGCACGtttaatgtagattgtgtcaaaataaatgaatgaataataaatgaataaacataagaGGAGATTCTACTAATATTTAGCGGGGCTCAACCCAAATaagggtaataataataacaatattaataataacaacatcaacaataacaataataataatataaaagtaatatatAACTAATAGGTTaggttgtaaataaattaattgcatTATGGTAACATTGAGTATTGATTACTGAATAAGCAAATACAAGACCTGTTTACTGTGCCATCTAAATTTGACTATTTGCGTTTCTATGCTCAACATTTTTGTTTCCACGTAtaagaaaaaggagaaaaaaagtgTGCACTTCTctaattcaaattaaaataaatgaaatctcTTACTTTAAGGCATTAAAATATTTCACAACTGGgtcattaaaaacaatatttaatacaaaGCTTGTGATGTTCATGTCTATGTTGTCGAATAATTTCTCAACATGACAGAATGCTACTGCCACACTGTagatttgaattcagagatatattatcatttaaaacatgGTAGTTTCATAAAGTATGTGTTCATAGTTTAGCAACATGTGTTCAtcatgtttttagaaaaaataaaatcaccaacaCAACTCCAGACACAAAACTCAACACTTTTCAACAGACAACTGAGCAGACAAACAtaacaaacagaaataaacagtttttttccaacagttttattttttcttcagcaATTCAaatctgtaaataataaaagagcACCCTTTTTTTCTCATTCACCAAAGGTTCCTCAGCTCTGCTCTGGAGATCGTCTTTTGTGTCAGTTTTCTttactctcctcctcctcctcttcttcttcttcatctgcTCCTCCATTTTCGTACTCTCCTTTATCTCATCACTGTCACTTTTctttttcctcctcctccttctcttcttcttcttcacttcctcctcctccttctcagCTTCCTTTGTCACACCAGAGTCCATTTTGTTTTCCCCCTCTGCCTCCTTCATCTCCACCTCCTCCTTTATATCTTGTGTACCAATTTTCCTTGgccttcttctcctcctcctcttcttcttcacttcctcctcctccttctcagCTTCCTTTCTCACCTCATTGTCCGTTTTCTCTTCCTCCTCTGCCTCTTTTATCCTCTCCTCCTCCGTCACTTTCATCTCCACCTCCTCCTTTATAGTGTCCTCTTGTGTACAACTTATCCTTggcctcctccttctcctcctctttttcttcACCTCCTCTTCCTTCTTTTCACCCTCATTTATTTCATCAACGTCCTTTTTGTTTTCCTCCTCCACCTTCACGTTCTCTTCCTCCACCTTTACGTTCTTGTCCTCCTCCACCTTCAAGTTTTCTTCTTCCTCCACCACCTCCATCTCATTTTCCTCCTCCACCATCACGTTCTCTTCCTCCACCACCTCCATCTCATTTTCCTCCTCCACCATCACGTTCTCTTCCTCCACCACCTCCATCTCATTTTCCTCCTCCACCATCAAGTTCTCTTCCTCCACCACCTCCATCTCATTTTCCTCCTCCACCATCACGTTCTCTTTCTCCACCACCATCATCTCCTTTTCCACCTCCACCTTCATCTTCTCTTTCCTTTTCTCCATAATGTCATTTTTCATGGTCACCTCTTCctccatcctcctcctcctcattaaTTCCTCAACAGTGATGTCATTTTCACAATCTGTTAAAGGAGAAACACATTGAACAGTCATTTTCAAAGAGACCTTAAACTCCAGGTAAAATAaagctgaagtttatttatatcattatatctACGCAGTAATAATCGTTTACCTTCTGAAGATCTCAGACACCACATCTTGCACAATGACTGGAAAAAACGTGCAAGtctgttctttttgtttttcttcatgtTCACCTCAtctgttaaaagagaaatgattgCACAGTCATTTcagaagaaattaaaaatatatatttgttatttaactCTTCTGTAAAGTTTTgcaatagaccattttgagaaatgtaaacaataacaatggtcctaatctATTTcctgatttatatttttaatttctctaACTTCCGGGAATCAAAAATGTCcacatattaattaataatgttaaaattaacgtgaagatatgattgaattgcctgttgttacagatatgaattagtatgataacaaacaggaaatgttcatcggccaatgacatgaccacattgaaatggcctACTTTAACCATGTATTTTTGCATGGCATTGTATGATTATTTCAGGCCTGTAACCAGGAGGGGCCAgaaataataaagcatttttattttcactatccattttcactatttatgatgtaTGGTCCAGAATTTACCCTATACCTAAGCTCAGTTGTCCGATTTTGACTGCTGTGCCATCATATAGTGaatataaatagtgaaaatagaAAGGTTTTAAGACTGATGTGACTTCAGCTAGCAACTTTCCCCAATGCTAACAAAtgtttttcatgagtccaacatacagttgtgcagaaaaaaacaatctgaagtaagtgaagtcatctttcgctactgtattgtttttaagccAACATTTCACAAATAACTTTGAttttaaatcttggaccttactcttgaaacaaaaaaggaccaacaaaaaggtttgaaacatcaaaagtggaccatattataattaatttgaatacaaatttggctattgttgttttgcatgaattttcacatgtattttttacaagagaggctaaaatgtaattaattgttGAGCTTTACATTAATACATTGTAATACCCAATTAAGGCAactgaaaccatttgagtaaaaaacaaatttatatgagtactgtgaacttattccATTGAAGTTGAAGTGTTGAGGTATTTAATTGACTCATTATCTTCAACACTGAGatcaaaactcttcaaatgagtagaattaactttcagtagattttgagttaactacacttacttcatttgataaagttgactgttgggttttacagtgtagtattagTAATggtagtattgttgttgttgttgttgttattattattaggttttaattattttttattcaaacatccaaattctgactgaggtaAGTTGAACGTATTGGCCAGTTTGTTGTTtgctaaaaaatgacaataagcaacagtttttaaaacttttacatatTACTATTTTCCCCCAAAAgatttataatgtaataaatttgtatttttaaaataagtaaataaacatctttattatacatttttaggaaatattttttttataccaAAAAGTGTAGTTATTATGACCATCCggcaagctaatccagctaaaactgTGCTTAAAAAGTCACTAAAACCCAGTATTTGAACTGAAAAAAAGGTGTATAACTGccttgagaaaaaagaaccaccccttatTCCAGGAAGCTACATGGGAATGTATGTATTAGAAttgattataatattttttatacttttcatGGTATTTAAAACTGGTTAGGCCTACACAAATGGTCAATGCACCAAAACATGTTCAGAGCCCTTTTATAACTTAAagtaaatactttattttaataaggGATTTGAGACTAAAGCTGTAAAATTCATGGAGACTATTCACAGTTTCAGAACATATTTATCCTATTTGTTACCTGTGAAGCTGTAATTTATGGAATAaccataaattaatatttatattataatatattaagattttaggctacttcttatacattatattatttcaatctactagaatgtcaataaaagtctctttattaaactgcagagttgagtttttaacatcaaaagtcgataCAGACGAAATCAATgtcacataatgcaattcacaacactTAATGACAACGGAAACGgtaaattgacacatttttttacagGTTACTTGGAAAAACTTGATGGAAAGGGGGCTTATTAACCTCTAATCGGGAAAATGCCTGAACATTCATTCGTATCACAATAACTTGCCATTGGTGCCACTTGAAGAGACTGATTTTGGAAAAGAGGACTTCTTCATTTTCACTCGTGCTCCGTCTTCGACGCTCGTGTTTTGAGGTTCGAGCTGGTATTGGTCAACCATTGTAACAGGATTTTCGGCTTTCGCCAGACAGGGCATTTTATCGACAGTTGTTGAATCAAATCGTCGTTCAGCTGAGAATATTCGCAACAAACTACACTAACACCACttcaacaaaccaacaaaaatac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00072412 lncRNA downstream 301572 16263930 ~ 16268947 (-) True XLOC_036313
TCONS_00072411 lncRNA downstream 315858 16218254 ~ 16254661 (-) True XLOC_036311
TCONS_00070957 lncRNA downstream 506109 16062172 ~ 16064410 (-) True XLOC_036310
TCONS_00072410 lncRNA downstream 1319050 15251183 ~ 15251469 (-) True XLOC_036303
TCONS_00072409 lncRNA downstream 1488854 15078036 ~ 15081665 (-) True XLOC_036301
TCONS_00072417 lncRNA upstream 31880 16609622 ~ 16612691 (-) False XLOC_036322
TCONS_00072419 lncRNA upstream 31880 16609622 ~ 16613339 (-) False XLOC_036322
TCONS_00072421 lncRNA upstream 31880 16609622 ~ 16613339 (-) False XLOC_036322
TCONS_00072420 lncRNA upstream 31880 16609622 ~ 16613339 (-) False XLOC_036322
TCONS_00072418 lncRNA upstream 31880 16609622 ~ 16613339 (-) False XLOC_036322
TCONS_00070965 mRNA downstream 11278 16519212 ~ 16559241 (-) True XLOC_036316
TCONS_00070964 mRNA downstream 11338 16514830 ~ 16559181 (-) False XLOC_036316
TCONS_00070961 mRNA downstream 55392 16470358 ~ 16515127 (-) False XLOC_036316
TCONS_00070967 mRNA upstream 4597 16582339 ~ 16592491 (-) True XLOC_036320
TCONS_00070968 mRNA upstream 19397 16597139 ~ 16609004 (-) True XLOC_036321
TCONS_00070986 mRNA upstream 38056 16615798 ~ 16674584 (-) False XLOC_036324
TCONS_00070987 mRNA upstream 39112 16616854 ~ 16675464 (-) False XLOC_036324
TCONS_00070988 mRNA upstream 52740 16630482 ~ 16650595 (-) False XLOC_036324
TCONS_00070966 other downstream 4040 16565837 ~ 16566479 (-) True XLOC_036317
TCONS_00070956 other downstream 654192 15916210 ~ 15916327 (-) True XLOC_036309
TCONS_00070954 other downstream 937672 15632732 ~ 15632847 (-) True XLOC_036307
TCONS_00070951 other downstream 1264996 15292367 ~ 15305523 (-) True XLOC_036304
TCONS_00070936 other downstream 2118736 14414353 ~ 14451783 (-) False XLOC_036294
TCONS_00070975 other upstream 32506 16610248 ~ 16610319 (-) False XLOC_036322
TCONS_00070978 other upstream 33372 16611114 ~ 16611194 (-) False XLOC_036322
TCONS_00070980 other upstream 33585 16611327 ~ 16611411 (-) False XLOC_036322
TCONS_00070982 other upstream 33924 16611666 ~ 16611747 (-) False XLOC_036322
TCONS_00070983 other upstream 34193 16611935 ~ 16612017 (-) True XLOC_036323

Expression Profile

//