RNA id: TU468599


Basic Information

Item Value
RNA id TU468599
length 7432
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id G395253
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047622.1
NCBI id CM018568.1
chromosome length 15845479
location 10556784 ~ 10564263 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

AGTAGAACTCCAATGGGGTGGCGACCACAAATAGTATTGTGATATTTCCTCAAGTAGTTGCTGAAGGAGACAGGGTCCAGCTGTTCTATAATTCCCATACcctaaagaaaatgaaatgttaatataaCACTATGCTTTTTATTACAGgtttcaaaaagcaaaaaattatTTGGTTATGCACTTAATCATAACAATAATGAACCCATTCTTTGCTGTGTGTAAACTCCAAAACACTGACTTAATGCAATGTGGAAAACCACAAAGAAACAGGTTTACCATCTTGTCCAGATGCTCAATGGATCTATAGATTTCGCCCTGATTTTCATCATAGTATGTGTAACGGAACCGTTGACCTGAAAAGATCACAAACATGGTTGAGAAATTCTGATAAGGCTCAATGTTAAATCTGTTCAAATCGTTCACACTTTATAGGTTCGCTCTCTTTTTATCCAAAAGGCAAATCTACTAATTAACTTGCAATTTACAATTTTTGtgatgtgcattatttttgtataacggCACAGTCTGgggtgtgttattccacttataccacagtgatttgccaatgattacaatgtttaatttattagcGTGTGAAATGTCAAGCAtgttaatggttttatttagagTCCAGGAGACAAGcgagttcctgttctcacttatgttatagttGCAATTaacattccctcaccagcctcactcctttctctctctcaaaaaatgcagtttgtcattttaccaagaaatcCAAAAGCATGAACTCATCTCTGCTGATAAACTTCAAAGCTCTGTAACTATTACAAACCACaaagttttactttgttaaacatgtttgtttttatctgtttattattagttttagattatgtgaagcatccgttgtacaagtccctgtgtacaaGCTGTTACTAACAGTTACCCTATTATTCATGTTATAGCCGGAACTACCCatgctgttacacaaaaataatgcacgcCTTCTTAacttcatacacatacacatatacatacatacacacagacaaaatgcaTTTGTGTTATTGTGAGGAAAAGCAAGTTTCAATTACCAGCAGCAGGTGCATACACTGACAGACCACAAGCTTTATGAGTGCCCTCTTGCAGAgtgtgtataataattatattttgtatggCCTAGAGGCATCTCACAGCACAACACGCTGGGCTGAAGTATAGCTGTGAGCCCCGAAACTGTGCCACAGTCTACAATCTGTGTTAACCATGCACACTGATGTGGGAATACAGCTAGTAAGTTGAGCCAGCTTGGGTTATTGGTGCAGTACAGTCTATGAATATTGTACCTCTGTCAACTCCTATCTGTCACCGATACACACATCACCAGAGTGATTATAAGTTAACTAGGCTAGGCTTTTGCATCATTGAGAACATCATGTCTAATTTTTCAAAACTGTCTAACCACAAAATCCTGGTTAAAATAATAGCATTTACAACCATGTTGTTAACGAAAGGATCCACTTAATGAAGTAGGATATTTAGCAATACCTCCTTAGTTAAATCAAGTGCTTATGTTTTGTCTAAGTGAGGTATGTTAGTAAtcccttttttaaaacaatgttatAGATACAATGCATTGCAAAGGTATTCACCCCTTTGCCTTTTTCCtattttgttgcattacaacctggaatttaaAGGATTTTCATTTGGCTTTTATGTAGTGGATCTACGCAAAATACTCCAagttgatgaaatgaaatgaaataaaaaattaatttcaaaaaaatttgaaaaatataaaaaaaaattggtgtgTGAATTTGTATTCGCCCCTTTTGCTATGAAGCTCCTAAATAAGTTCTGGTGCTACCAGTTAACTtaagaagtcacataattagttaaattaaGTCCACCTGTCTGCAGTCACATCATCTCAGCTTACATATATACCTGCTCTGAAAAGCCCCAGAGTCGGCAACACCACTGAGCAAAAGGCAGCATCAAGCAAGCAGCACAATGAGAACCAAGGAGCTCTCCAAACAGGTCAGGCCAACATTTTGGAGAAGTATAAATCAGGGTTGGGTTACAAAAAACTATCCAACACTTTGAATATCCCAtgaagcaccattaaatccaccACAGCAAAGTGGAAGGAATACAGCACCACAGTAAACTTGCCAAGAGAGGGCCGCCCACCAAAACTCACAGAGCGAGCAAGGAGGGCATTAATTCGAGAAGCATCCAAAAGACCAACAATAAccctgaaggagctggagagctTCACAGCAAAGACTGGAGTGTCTGTCCATAGGACCACTATTAGCCTTACACTCCAGAGTGGCCAGAAAAAAGCCCttgcttaaagaaaaaacaagaaagaacatCTTGAGTTTGCCAAAAGACACGTGGGAGACTCTCCAAACGTCTGGAAGAAAGTACTGTGGTCAGTACTATAGTAGACTATAATttaactttttggccataaaagAAAATGCTATGTCTGGCGCAAACCCAACACCTCATCACCCCAGAACACCattcccacagtgaagcatggtggtggaagtaTCATGCTGTGGGGGTGTTTTTCCATCAGCAGGtactgggaaactggtcagaaTTGAAGGCGTGATGGATGGTGCTAAATACAGGGCAATTcttgaagaaaacctgtttCAGTCTGCCCAAGAGATGAGAATGGAAAGGAAgttcaccttccagcaggacaatgaccctaaacacACTGCTAAAGCAACACTCAATTGGTTTAGggagaaacatttaaatgtgttgGGATGGCCTATTCAAagcccagatctcaatccaatagaGAATCTGTGGTCTGACTTAAAGACTGCTGTACACCAGCGGAACCCATCCAACTTAAAGGAGTTGGAGAAGTTTTTctggaagaatgggcaaaaatctCAGTGGCTAGATGTGCTAAGCTCATACAGACATACCCAAagagacttgcagctgtaattgctgcaaaagTGGCTCTACAAAGTATTAACTTTGAGGGGGTCAATAGTTATGCACACccaagttttctgttttttgctcttattttttgtttgcttcacaataaaaaatattttgcatctcAGAAATTGTAAGCATGTTGatcaaatcaaatgtaaatCAATCCATttaaattccaggttgtaatgcaacaaaataGGAAAAGGCAAAGGGGAGTGAATActttttgcaaggcactgtagaTTATTTAATTAGTAAGTTATAGGGTATTGTTCCACCAACCATGGCAGACACACCTAAATTTTGTTGATGTACAGGGCAAGTGTCACAAGTTTGTTGAGAGAAGTTTGGTGCCAACACACAAAGGTACTGCAGAGATTTAGGCCCATTTATGCTACAGCTTCACCTCATCTAGTGATCAAATGACATGAAAGGTACTGAATATTGTCAGATCATGGTCCCACAGATACATGTCACATTCTTtaacaatacagaaaaaaacctcTCGTCCTGTTAGAAATATTGCTACCTAGGGTTTAAATACCAACGGTACTTTGGTACCCTCAGGACCAAGGGCTAGAAACATATCCCATTTACCATGCTCTGGCCAACAAAGAACACTGAAAATTCCTGTCTATGGCCAAGATGTGGTCACAAATGCATACTCAGAAGGTGGTGTTAATCATTGCTGATACATGACCTTAATTACTGTACTGGTGTTGCATTTACCATGTGGCAGAATAACAGCAAAGTTCTTGGTACCAGAAACAACTACCTAGTTTGTTCCATAGTGTTGCAGAGATTATGGCTTGTTTCCAATAGCAGCACCTGGGGAATATTACAGAaagtgagttttaaaaaaaaaaccctcaactTCAACGTGAACTAGACATATCTATTCCTGTGATCAAGATTAATTAACTCTGAGCATGCTGACCTAACCAAAGGGCACTTAGGGTGAGTGTTAAAAGTCTTCATCCTTGAAACCCTGATAAATGGATTTATAATGGCTGCATGAGACAGAAGTATTAATCACAACTGGAGCGAAAATACGTGCTCTATGAAAATATTATCAGATTttgaagatatttttatatttttaatgaactaGGTGAGCTGCAATAATAAAGAAATGGCTGGATTCATCACTTAATATTTTGAGCAGTCTGGGTTTCCATAATAGAATTGAAATAAATTCAGTTACAGTAAATGAATTACCTGCAAATTAAAACAGTAGATTAAGCACACTACACAACTTTCAGTCTCAGAATCCCTGATCCTTTCACACTATACAACTTTAGTCATTTGCGATCTGTGGTTTGGTGTGGTTTGGTCAATAAGTTTTTTGAGGAAATATTGGTTGGGGAGACGCAGGCagtgagaactgactgttctgCAAAAAGAACTGCAGGTAAAGTGCAAAGAAATGTAGCTCTCTTTAAGCTGGGTACGCCCAGGAAtcacatcatttttatatttttatttgatttcccTGAAGACTCTCATTTGCTGTTTTTCAGCTCTGATCTTGCTATTAGTCGCAGAGGGTTTTACATTACACATGaagaaaatcaaacatgcttgaaTATATCAGACCCTCAGCAATCACTTGTAGACTAACAAAATCACGTCAGTGAACCATTCACACTACACACGCAACTGCCGTGGTAGGTATCTTTGAATTGTTGGGATTATCAGAGCCAACTACTACTACTTTTCAGGACAAGGGTGCCTACATAAAGTTTAAGTATATCAACATCTTAACATTTAATCTTTTACCAGTTGTCAACCTGAAGGGGTGCTAAGTTTAGACCCCAGCAGGCTGCATGTAAAACAACTCAAACCATCTACCAAATGGGCAAAATCTAACCACATCTTCCCAAAGTGACTGACAAACTACCTGTCATATTCcacattttattgtaattataatgtatattatttttcCCTTATTTTGCCCAATGGATTTATGTAGCCTGTTTTCATTACAAGCTGAAGAAGATGAGACTGTTGTCTAATTTTGAGAGAAATTAGTTATT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU468592 lncRNA upstream 10748 10545535 ~ 10546036 (+) True G395248
TU468576 lncRNA upstream 85214 10471360 ~ 10471570 (+) True G395235
TU468575 lncRNA upstream 85781 10470769 ~ 10471003 (+) True G395234
TU468574 lncRNA upstream 86169 10470401 ~ 10470615 (+) True G395233
TU468539 lncRNA upstream 177346 10370822 ~ 10379438 (+) True G395208
TU468673 lncRNA downstream 21687 10585950 ~ 10586165 (+) True G395313
TU468790 lncRNA downstream 185714 10749977 ~ 10750308 (+) True G395420
TU468793 lncRNA downstream 203343 10767606 ~ 10768123 (+) True G395423
TU468799 lncRNA downstream 217343 10781606 ~ 10781849 (+) True G395429
TU468807 lncRNA downstream 246271 10810534 ~ 10811722 (+) True G395437
XM_026943008.2 mRNA upstream 220722 10308993 ~ 10336062 (+) True haspin
XM_026943021.1 mRNA upstream 317585 10199323 ~ 10239199 (+) False LOC113544300
XM_026943103.2 mRNA downstream 182444 10746707 ~ 10749557 (+) True gpr75
XM_034301013.1 mRNA downstream 274922 10839185 ~ 10872563 (+) True pds5a
XM_034301014.1 mRNA downstream 274928 10839191 ~ 10872563 (+) False pds5a
XM_026943252.2 mRNA downstream 275170 10839433 ~ 10872563 (+) False pds5a
XM_026943250.2 mRNA downstream 275170 10839433 ~ 10872563 (+) False pds5a
TU468586 other upstream 40415 10506590 ~ 10516369 (+) True G395242
XR_003404491.1 other upstream 317585 10199323 ~ 10239199 (+) False LOC113544300
XR_004577523.1 other upstream 331980 10199323 ~ 10224804 (+) False LOC113544300
TU468433 other upstream 439860 10101012 ~ 10116924 (+) True agpat4
XR_003404490.2 other upstream 1419363 9135957 ~ 9137421 (+) False LOC113544250
TU468733 other downstream 96683 10660946 ~ 10661703 (+) True G395365
TU468825 other downstream 333695 10897958 ~ 10905395 (+) False smim14
XR_004577527.1 other downstream 787924 11352187 ~ 11402811 (+) False prom1b
XR_004577528.1 other downstream 787925 11352188 ~ 11403274 (+) False prom1b
trnai-aau_21 other downstream 1215421 11779684 ~ 11779757 (+) True trnai-aau_21

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) TU1156586 True 3402 lncRNA 0.39 2 NC_048575.1 74553587 ~ 74557100 (+)
bowfin (Amia calva) TU67225 True 4230 lncRNA 0.37 2 CM030126.1 19965433 ~ 19970276 (-)
tiger barb (Puntius tetrazona) TU287075 True 2748 lncRNA 0.42 2 NW_025048756.1 621029 ~ 624571 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) TU88994 True 1104 lncRNA 0.52 2 NC_056706.1 1264599 ~ 1266232 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU88994 True 1425 lncRNA 0.43 1 NC_035903.1 21957494 ~ 21958918 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU67225 True 440 lncRNA 0.45 2 NC_035902.1 4772762 ~ 4773342 (-)