RNA id: TU180140


Basic Information

Item Value
RNA id TU180140
length 5434
RNA type TUCP
GC content 0.38
exon number 3
gene id AMCG00004793
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030140.1
NCBI id CM030140.1
chromosome length 22460246
location 3377815 ~ 3395158 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TTTTATATAAGGGGTTTTAATCCTACATATTCAGGATAATAATGAGAGTAGACATCAGATAAAACAAAGTGGATTACCTTCCATGGCAGAGCACAGTGGGTCCCTTCAAAACCCACTACTGAAATATAAACACTACATTACTAATGTGTGGTACTGTTCACATAGGGGTCAAAAACAGTCTGCTtgtacccccccacacacactcacatacacacacgcacccatccctgtctctctttcccTAGCAGACCCCTTTGCCTCCGTCTTTGGGAATGATTCATTTGGAGGAGGATTTGCAGATTTCAGCAGCCTGTCAAAGGTAAGCGGTGCTCCATTTCCAGATCAGAGTCCTCAGACTCCTTCCACCGGAAAGGCCCCTTCCTACCTCAGGGCTCCGGAGACTTCTCTCATTCCCAGGAGGAGAAATCGCAGGACCCTTTCGCCCCGTCTTCCCCCCGCCAGACTCCGCGGGACACTGACAGCTTCGCCAGCTTTGACAAATACCCAACTGAGGAGTACATGATTGAGTGGGCAAAacgtgagagtgagagagaggagaaggagcGTCTGGCCAGGCTGACTCAGCAGGAGCAAGAGGACCTGGAGCTGGCCATTGCCTTAAGCAAGTCCGAACTTTCCTGAGGCCCCCTCCCTACAACTCTACTTCATCCCACTGCACCACCCAGCACGTTTCttaagaagagaaaaacaaaacactcattGTGGAAAGACTGGAAAGAGGTctggaagcttttttttttttttttttttatatatacattgtatttatatcaAGCGCCTTGTTTTTAGGAGATGGGTGAATTTTTCAGGAGGCCTATGTTAGGTGTTTAATTGGACTTCTGTGCTGTACCCTGATAGAGATTTTTGTTATTCTATTTGAAGTTGGGCTAACCTAATTTTCTGTCCCCCCTTGTAGCCCTTAATTTTCTTTACCATGGCATGGTCTTCCAGTTCTGTTTGCactttgattgatttttttattttatttttaatcactttttccatcactgtgctgtgctgaagCCCAGAACTCACATCTAGATCTCGCCCAACAACAGAAGTTTACAATTGAAGGGtgtgtgaatattttattactCTTATATGTCTGACTTGTAAGTTTAGTTATATATCCTTAGCCTGCTAATGTTTGATATTTACCCCCAAAAGCATCtaagagaaaaactaaaataagctGTTTCTCCTCAGGATTTGTGTTAAGGCTCCACTCCACAAGGTCAACCTCTGGAATCATATCACTATTCAGTTtcatacaaaaaacacttaGTAATTGCTTATGATCTTGTGATAGAAGTATAATAACTATAAAATCTGGAATTTTGATTTGAGCCTAATGAGAAAACAGcctttttaaaaccattattcTTATCTACTTGATGTCTTTGAAGTACTGTGGAAAAATGTGCTCAGTCATCGGGTGCTGAGGAGGTAGATTCTAAGTAATGGGAATATGGGACAAGGGACTGGGGCAAGGGGCCTCATTGGTCAGCAACACAACACTGAAAAGCTGTTAACCTATAGAAAGCACAATCAATCAGCCAATGGGAGAATGTCGTACAGTTTAATGGCCAGTAATTCCCAATTCTAAAACACTAAAATGCCAAGAGGTAGTGCTGTGCACAATCTGGAACTTGtaaggggggtgaatatttGCTTTCCAGTGCTTGTTGAGACCAGTAAATCCTAATCTGTCTTTTTGgccattaaaaaagaaaatacctgAATGAAGCATTGTATTATCAGTTTCACTACCACTGCCTGTTTCAAATTGTATCCCACCAGTTGTTTCTTGACTGCCTAGAtactttttttcatatatttttatttacatagcaTCAGTGGCTTTAAATGGGTATGCCCTGCAGATGATCGTGAGATCAAATTAGATTTACCTGGAGCTTTCAAACTATGTGGATCCTAAATCTATAACAGAGTGACTAATAATCTAATTggcccctacacacacacacacacacacgtcctaTACATTTTGGCTATACAAACCTTACTAGATAGAAAACCTTTGCACTGCTGTGTCAGCACACTACAATATAACTTCCCCAATCAATCGATTCACACAGCTTTAGAAATGCTCTCTCATTGGTGATCAAATGTTATTGGTAGTTTGCTGGCAGCACATCAGGTCAATTTGTCAACATATTGGGGTAGAaagctgtttatttaatataatcattgtatttattaaattagtgtgtgtgtgtgtgtgcttgcatgTTTGATTTGCTTGTCTGGGAATGGGGTTCCTtcttaaaatacttatttccagGTCTTGAAGAATGGAATATGTTCTTCTGAATgcatttatgaacaaaacaagTGGGTGTCTACTACTCCactaatttatatacatatatattccctctagattttaatgtaatgctaaACTCCTCAGGTCTTGGTAAAGATCATTGACTTCACCTTGCCACTAACTATTTCAGTGCCTGTCTTTGCCATGTACATACAGTCCTATTTATGTGCCAAAATAGACCACTGTAGGGAGGGGGTGGTCTTGTCTATTCCACTGTAGTTAGTTATTATTCCAGATATGGCCTTCAGCCACCAATTCACATTGCTTAGAACTggattatattacaaaatacacaggGCAGGATGGGGGAGAAGAGTCCTACTTGATAACCTTGTAATTACTATAAATTCTAATTCATATCAATTTTACTGAAAGctgaatattgttttcatatattataGGAAAAACcccatttgtttgttaatttgttcatttataaaaTTCCTGGAAAGTCTGCAAAAGATGTTCTTGATAAATCTAGATATGTTGTCAGTTGTGATTCCCCAAGGGGATGGAGATAATGGGTCAGACAATGGAAATAAAGATTTGATCCATTTCAGGTATTAAGATCTGAAAGCTTGTATACAAAATCTTCTGGAAAATTGCATGTCCACCtctgcagatttattttaaataaagtcacAGGTATCTGGTGTTGTCTCATATACAATAGCCTGCATCTGGGAAGAGCAGGAATACCTCCAAGCGGTTTGCAAAGGGATTCTTACTTCCATCTGTGCAGAGAGAATGTGTAATTCAAGATCCTCTATCTTCGCTATTGAATCTGTGAAGCAGTAGTGGGACACATGTGGCCCTTGTGGACCCAAATGTCAACTCCTGCTCAGACTTGTGAGGTTTTCAGAACCTGTCAGCCATCCAATATAAATAGTCTTAAGAAAACATCTggttgtgttgtatttgtatctgcTTTGTGGGTGTTGTGTTGGCCCTTGGTTTAGTTGAGGTAGCCCTCTACTGGGAGACAAAATATTGTAATCCTAATGTAATGCCAGGTTTACTAAAAACTAAGTACTAATCCTTACCTGggttttcttcccttttttcccccaagaaACATATGCAGTCAATTTGTGCCAATTTTGGCATATGAGAAATataatcacacatttctactgtatattaaaaatatatgtttgggCTGGTCCTCAAGAGCCACAGAggttctgtttttcatttcaccctaattaattaattgaactaattatttacATTACTGAACCAACTTAACCCTTTTCATAGGTCTAATGCAGGTAATGATTTTAAGATCTCTGTAATACCTCTTAATCCTAATAGGATAGATTGAAAGCACACTGACATACATGTCctctttaattcatttttaatgcttAAAGAATATGCTGTTCTATGCTACCTGTTTTGAATGATGTGCCTTTCACTGCAAGTTGTAGAACAACTAAACCATTATTaccaaataattacaataagtgAATTTCCGCATTCCACCTGAACAAAGGTAGATTTTAATAGTGGAATGCACTGAATGTAGGGTTTAAAACTGGAAATCGTTGTTTTCAAGACTTGGCACTTTTTAGGCCTTTAGCCGGATATTATTCCCAGTTGgtttctttttcccccctacATTCTTCACATTTCTGTATGCCACCTCTGCCTTTAACTtttctgtgaaattattttagttttttaaacacaaaaaactagCCCCAGGGGATGTGTAAACTTGGGTGAAGGAGaaaattttcagttttttgtacaGTGTTACTCCCCGCTCAGAAACTccttttattttgattgctCAGCTTTGTAACTTCCTCAGGCCACAGTTTCTTGTGTTGTGAGAAATAATTGTCATTTAACGGTTACAAATTGTGGGTTGCATCTTGACCTGATTTGGAGGATGAAATCATAGTGCCACAGTACTTGGCATTcggttttaagaaaaaaaaaaaaacagaagttacACACAGAGTGTAATAGGGGGTGGAATGATGTCATTGTACTGGAGCCATTCAGTTTAGATGACAGCATTACAAATGCATGCTTATAATTTCAGGATCAGGCTTGTTTTTGATAGGAATCTGCATAACTAGAGTTGTCTTTCACCTTTAAGTTAGCTTGCCAAACAACAGTCCAAGCAGAGTGACAATAATTCCCAAGTGGAAAATGAGGTTGCATGAAAATGCTCATACTAGGAACTGTACTTTCAAAGACCTTTAAAAGGACCTGCATACATTTACTTGTCCAGCCTCCTTATTTTCAGGAATTTACAACCTTTATACTTTAGTTAActtgacaaaaaagaaaagaaatgtgaTGCACTTGTCATTGCCTTTTCTGAGATGTgcaataaagtatattttagcCTCATGACAAAGTTCTGCTTCACACACAACTAATACTCTTCACATCGTTTCTTATTTAGATGTAAAGATGGTACTGGGAGTTGTTCTGGCTAATTACTTCTAATGTTGATGGATCTGTTGGAAGTGTTATATttctgtcctgtctgtctgttgctGAGGTGACCTGAATAAATGACTAGTTTAGAAGTTTTATTTACATGCCTTCATGAATGCTGGACTTCCAAGTTCTAGATAGAGAGATGAATTGTGTTTTAGCCTGTTATCCACCA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU180138 lncRNA upstream 544 3377069 ~ 3377271 (+) True G143218
TU180109 lncRNA upstream 1791 3310907 ~ 3376024 (+) True G143195
TU180105 lncRNA upstream 141468 3234653 ~ 3236347 (+) True G143192
TU180076 lncRNA upstream 278431 3099122 ~ 3099384 (+) True G143170
TU180072 lncRNA upstream 291421 3084372 ~ 3086394 (+) True G143166
TU180159 lncRNA downstream 185924 3581082 ~ 3588105 (+) True G143237
TU180232 lncRNA downstream 294000 3689158 ~ 3690193 (+) True G143302
TU180298 lncRNA downstream 511435 3906593 ~ 3906921 (+) True G143356
TU180325 lncRNA downstream 688941 4084099 ~ 4089273 (+) True G143380
TU180350 lncRNA downstream 707104 4102262 ~ 4103856 (+) True G143403
AMCG00004792 mRNA upstream 69890 3302503 ~ 3307925 (+) True AMCG00004792
AMCG00004791 mRNA upstream 115335 3251970 ~ 3262480 (+) True AMCG00004791
AMCG00004788 mRNA upstream 217606 3123267 ~ 3160209 (+) False AMCG00004788
AMCG00004786 mRNA upstream 374890 2998006 ~ 3002925 (+) True AMCG00004786
AMCG00004784 mRNA upstream 425191 2952311 ~ 2952624 (+) True AMCG00004784
AMCG00004795 mRNA downstream 137326 3532484 ~ 3556450 (+) True AMCG00004795
AMCG00004798 mRNA downstream 198242 3593400 ~ 3627243 (+) True AMCG00004798
AMCG00004796 mRNA downstream 237735 3632893 ~ 3642414 (+) True AMCG00004796
AMCG00004797 mRNA downstream 283350 3678508 ~ 3688735 (+) True AMCG00004797
AMCG00004805 mRNA downstream 307327 3702485 ~ 3720008 (+) True AMCG00004805
TU180082 other upstream 253333 3123081 ~ 3124482 (+) True AMCG00004788
TU180081 other upstream 253333 3123223 ~ 3124482 (+) False AMCG00004788
TU179967 other upstream 818735 2548587 ~ 2559080 (+) True G143075
TU179968 other upstream 857126 2440541 ~ 2520689 (+) False G143075
TU180311 other downstream 554268 3949426 ~ 3949837 (+) True G143366
TU180351 other downstream 713864 4109022 ~ 4109655 (+) True G143404
TU180426 other downstream 976551 4371709 ~ 4372089 (+) True G143471
TU180621 other downstream 2028545 5423703 ~ 5424121 (+) True G143626
TU180912 other downstream 4334231 7729389 ~ 7731000 (+) False AMCG00004870

Expression Profile