RNA id: TU180159


Basic Information

Item Value
RNA id TU180159
length 7024
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 1
gene id G143237
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030140.1
NCBI id CM030140.1
chromosome length 22460246
location 3581082 ~ 3588105 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AGAGGAAACAACATGGGTTGGGCAAATACAGGAGGTTCCCAAAGTTCTCTGTGCCCCTGCATCACTATCCTTGGGTATGAATGTTGTGTAACTTATCACTTTATAGCtactttgcattattattattattattattattattattattattattattattatttgcgttatttgtatgtgttcagGGGTTTCAACCTCTCAGATCTCCCTGGTTTGAGAATAGAAGGCCAGTCTGTCCATATGGAAGTGTCTGTGAAAGTGTGATTCGGTGCTGACAAGCAGAGTGATGTGTGTACACAGAGAGCTGTGGAGAGCACAGACCTGTCGAACTGTAAAGACCCAAGGCCTCCGAATACATCTCAGTTACACCTGCTCAGATCTGACTCTTCATATGTCACATCTTCTGCCATAAAGCATCTTTATCATCCCAGAGCAATATCTTGCCTGATATTGCTCATCTCTGTTAATAGTAAGATGTTGTATAATTACTggtctatttattatttttttaaggattttatgattttatatatagttgATTTTTTAAAGACACCCAGTgctcacaaaatgtatttcaacaaCAGCAGCTCACATGTGCATATGGCTTTTAACAGCCACTATTAATTTCAGATGCCATTGGCAATGAAGATCTCAGCTGAACTAACTGTGGTCTGATTTTTCAGCCACCTCAGAGATATCAAAATACTATGAAGAATCAGATCATGGGGTGCAGTGTGTGGGAGACAAAAGTGTGCTatttgtgataataataataaataatatctatGTTGCATAgaatcacaatcacaattaaatatagTTGCAACACTGGAAAATCCTAAATATTGTTAGGAACATTTCgttctcttaaaataaataatactatctGCTATcgtaaaaacatacaaaaataaaatgatacccTTTTGAACGCATTTTGCCTAGGTGGGTCTGTAACAGAAACTGGAGGATTGGTATGGGCTTCACATAGGGAGTGGTTAATAGCACTTGTGCTCCCAAACCAAGACAAGGGAAAGGGAGACAACAATGCTTTTGTTCTTCTAGAAAAATCAACTTGAAAATTCTGAAACCTGGGGTATTGTTTCTAACCAACAAAGAGGGCTGCTGAGCAGTGGGGCAGTGCTTTTGAATTTGCTCCAGGGATATGGTCATTGGGTTTAGGTTTATTAGAGAGTAATGCACCCTCCACTGTGTTACTGCCCCTCACTGTTCTGCCCTTTAACCCCCCCAATGCAGGGCTGAACGATCTCCCTTTTGTATCAATGGGagctgggggtggggaggtCGATATTTTGGAAAACACTGTTGTCCTGTATGACCTGTTCTCTGTGGATTCTTCTccattgtttgatttgattcgattgttcaattaaggaaaaagaaaaacatattttcctttgCTTGATTCTTTGGATTGTGCTTTACCTCTCTTGCAACTGATAAGATAGCATTGGTTTAgcagtcatttttatttcctcttccAAAAATTGCGCCCAACACTAGAAATAACTATCCTTGTCCTACAGTTTgaagaatgaaatgaaaattagtACATAGGATATATGATAAGATTCAAGTCAAACCTGGCTAATCTGTCATTTGGTTTATATAACAACTCCAAGTGGCTTGCTGCATGCACCTATAACAATATTTTTACAGGTCAGTTGTCAAACTGGTCCAGTTGGAAAGTAGATCAGTTTGTATAttagaaaataactaaatgcaCCTGTATTAGTGAGAATTAAAATCAGTTCTATCCAAAACAGGAGTTAAAAACGTGTTAGTTAtgttattagtttattttataaatgttttaaccaCAGCTGTTTCTGCGTGTTGGATTAGAAGGAATGTAACAATGGGGACTCAACTCTTGTGTGTGGTCAGTTCATCCCCAGGGCCCTGCAGGACGTGGTTAACACATTGTGGATCACTGAATGGAGGAGCAATACACAACaccctctctcccccaggaggaCGTTTTTACCCCTTTTTCAAGCTAGGACTTTGCtacaagcaaaaataaacaatcctgCTGTATCAACCGAAAAATGTTCTTGCCCATCCAGAACTCAAGCTTTTCCTCTGTTCTTTCCTTGGCTGTCCTTGGCTGTGGCTGAACCCTGAGGGGTGGGTGTGTGAATCAGGTCAGAGTAAGGCTTCTTGAATTCAGGTTGAGCTTTAAAGCCCTTCTAAGCATTCTACAGCTGGAGTTTGTACAATTGTAGTTTTCACTTCTGCAAAAGCCATTCTCCCTTATTCCCCAGTGAAGATTTGATATCCACTCtgcataaaactaaattaattgtgACAGTGAAATTCCCTACTTAAGAATATTACCTTAAATGATACCTCAGACAgtgacaataatatatataacaatgcaTTGTATTGTGAAATGGGTTTGAACAGTTTCTTAGTGTATAAGGAATTTACGGAGATAACATTTTCACTATGGAAGTGCCACCCTGTTTTCTGAATGATCCCAAAATTTCATTTTCGTGGCAAAAGCTGCGTCTCCTCCATGCTAAGGCACAGAGCCTGCAATACTGTCTGCTTGTAGGGTgaacacattttgcaaataaaaacattgaatagaAGTACAACTGAAAACCAGTCCCGCTAGAATTCATACAATGTTGTTTCCAGGCACTTATGTTCCACCAAAATCACCTAAACATTATGCCTCCCTATTTGAGGAGCGAATTTAAGCACAGAAAGCTCATTAATCTTTATTAAGGCTGGGAAGACAATAAATAGACCTTTGGTTTGTGTATGGACAAACACAATCTATGTTTGAATTGGAAATAGTCTATCTGCAAACTTTGTCTTCACAGGTACTCTTTCTTATGTGGTTTAATAAGTGCACCTTCTTTCAGGCCTTACAGCCAGGTCCTTCTGGGAAATCCTCAGGAAAGTGCTGCATATTCTGCAGTAAACTTTCACTTATTACAGCCTGAACTTGATCCCTCATGATGTGTGGTGCATTGAGGATTGTGTATGAGCAGGCAAGCACAGCACCACTGTTCTGAGATCAGTTTGTTTCCTTAGCAAGCAGAGAATAGCTGATGAAGTTCCCTTTTACATGAGGGAAACTTGAGATGTATGGTTCCTCATCGCagagttgtgtgttgttgtgttacaCTAGTTCGGTAGCTTATCTAGCACAACCACCTTGTGAAATAGCTTCTGTAACACAAGACCAAATTCGACAGGACTGAGTAATTTTCTTTAGCACAAATTGCTGGTTGGATGTTCTTTGTATTGCAACTGCCAGTATATCTTGTCTACTATGCAAGAACGTTTTCTTCAGGAGAATGTATTTGTTCAGCCAGTTTTTAGTCATTGTGGAAAGCAAGACCTCTGTAAAACTGTAGGCAATATTTCCTCCTGCTCTCGTATATCACTGCTGGATTACATCACATACACAGGATGCATATTAACTGGGATATATAGATGTGCAGGTGAATTACAATGGATGTCTATGCAGATGGTCATGGCTTATTTACatagaagaaaataatgaacttGAGCAACCCCATAAAAGGGTCTGCGTTCAGAACaagtattttatgaatgatcatgaatataattatttgtttttgacttCTAGATTTGGCTTCCCTTGACATGTTTTCGATGTTTTATTTCCATCAGGTTGCgttattgtaatgctttttgttcctgatgtttgtttttgtgctcGTATGTCATTCTGGGGAATGGGTAAAGAATTAAAGATGTACGCTACCTCTCTGATGTTATTCTAATGGTGGGGGAAAACTACAATTGTACAACCCTTGCTATTGCACCCACTCCCCTGTGTTGAAGGGCAGCGGTCTTTGAAGGCCTGATTTGTGTGAATAACAATCTTCTCGGTGATGTAAAAGCCAACCCTTTGAGCCCGGGAGGGAGGGGTTGAGAGGGGctgacacacaaaacaatcaggGGTCTTCCTCTTCTCTATGCTCTCTTCACCATTCGCTCACAAGGTGCTATGTAGTCTCTTACCAGCCAGAAGAGCAACAGACCTCAGCCCGTGCCAATCCCTCCCTTCCTTCACCTGCCAGCTTCAGGGATGTTTCAGAGGAAAAGCAGCCTCAGTAAAACTGGCtcagttgttttttctgtgggaTCACATACAGCATCTGACGATGGCAGCCAGCTGGTAACTTCAGCCAGGCTCCATCACAGCTGTATTCTCTGTCACACCCCTATGCCCTAAGTTTCTATCAAGTTCTAAGTTTGATCATACCCAGCCCTGGTGTTATGGGTCGAGAAGGAAAAAGCTTTGAACGTGGAGCTGTTGCCAAGTGTTTCTCTGGTCTGGAATGGTTTGCGAAGAAATGTTCATCCACAATAGCTGTTGGTGCTGTGTGCTGTTGGTTATTAACACAAGCTCCACAGTGCCACATACACACCAGCGCAGGGCGATTGTCCTCCCAATATTGATGCAATTCAGGATATGTTGTGGTGCTAACTCGGCAAGGAAAACCTGATGTTAGAATTTGAATACATCTTTAAATGTGCATCTGTCCTCAAAAGGAGGTTGTGTGCTCCACTGTACTTTCGCCTGCTTTTATGACAGCCCTTGAAATTGATGTGTGTAAAGTTATTTTCTGTAGGTTCTcgcttgttgttttttatttttattttcctttcaatccccccctttctttttcattagtTACTGTAACGATCAACAATACCAGGGTCATCACCACCTTCCTGTCCGCCTTTTGTCACAAACAATGTCTGCTGCTACTGCTGATGACTACTTGGGCAGACGTCAGGACTTGCCATCTTACTTAAGGCTGGAAACATAATCTGATCAACCTGCGAGCACAATCTTTTTTGGCTTTTAACCTTGGAACCAGGTGATCCCTTGACAGAACCTTGTCCTAGGGAAGCCTGGCACTTAAAAGGAAGGTTAACTGTCCTCAGTTCTGTGTTACTGTCATCTTTCTCTCTAGATGCTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU180138 lncRNA upstream 203811 3377069 ~ 3377271 (+) True G143218
TU180109 lncRNA upstream 205058 3310907 ~ 3376024 (+) True G143195
TU180105 lncRNA upstream 344735 3234653 ~ 3236347 (+) True G143192
TU180076 lncRNA upstream 481698 3099122 ~ 3099384 (+) True G143170
TU180072 lncRNA upstream 494688 3084372 ~ 3086394 (+) True G143166
TU180232 lncRNA downstream 101053 3689158 ~ 3690193 (+) True G143302
TU180298 lncRNA downstream 318488 3906593 ~ 3906921 (+) True G143356
TU180325 lncRNA downstream 495994 4084099 ~ 4089273 (+) True G143380
TU180350 lncRNA downstream 514157 4102262 ~ 4103856 (+) True G143403
TU180352 lncRNA downstream 525156 4113261 ~ 4113488 (+) True G143405
AMCG00004795 mRNA upstream 24632 3532484 ~ 3556450 (+) True AMCG00004795
AMCG00004793 mRNA upstream 190716 3378730 ~ 3390366 (+) False AMCG00004793
AMCG00004792 mRNA upstream 273157 3302503 ~ 3307925 (+) True AMCG00004792
AMCG00004791 mRNA upstream 318602 3251970 ~ 3262480 (+) True AMCG00004791
AMCG00004788 mRNA upstream 420873 3123267 ~ 3160209 (+) False AMCG00004788
AMCG00004798 mRNA downstream 5295 3593400 ~ 3627243 (+) True AMCG00004798
AMCG00004796 mRNA downstream 44788 3632893 ~ 3642414 (+) True AMCG00004796
AMCG00004797 mRNA downstream 90403 3678508 ~ 3688735 (+) True AMCG00004797
AMCG00004805 mRNA downstream 114380 3702485 ~ 3720008 (+) True AMCG00004805
AMCG00004804 mRNA downstream 156927 3745032 ~ 3764307 (+) True AMCG00004804
TU180140 other upstream 185924 3377815 ~ 3395158 (+) True AMCG00004793
TU180082 other upstream 456600 3123081 ~ 3124482 (+) True AMCG00004788
TU180081 other upstream 456600 3123223 ~ 3124482 (+) False AMCG00004788
TU179967 other upstream 1022002 2548587 ~ 2559080 (+) True G143075
TU179968 other upstream 1060393 2440541 ~ 2520689 (+) False G143075
TU180311 other downstream 361321 3949426 ~ 3949837 (+) True G143366
TU180351 other downstream 520917 4109022 ~ 4109655 (+) True G143404
TU180426 other downstream 783604 4371709 ~ 4372089 (+) True G143471
TU180621 other downstream 1835598 5423703 ~ 5424121 (+) True G143626
TU180912 other downstream 4141284 7729389 ~ 7731000 (+) False AMCG00004870

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00072164 True 2987 lncRNA 0.36 2 NC_007119.7 14241585 ~ 14246353 (+)
eurasian perch (Perca fluviatilis) TU80791 False 373 lncRNA 0.51 3 NC_053117.1 8622939 ~ 8625960 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU80791 True 2311 lncRNA 0.37 2 NC_035902.1 49544649 ~ 49546981 (+)