RNA id: TCONS_00009477


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00009477
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.54
exon number 1
gene id XLOC_004797
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 29432075 ~ 29432191 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tgctttgtctataactctctgcaactctcacatggtcgcccactgaagctaagcaggactgcgcccggtcagtacctggatgggaaatcacatgggaaagctaggctgctgccggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000178127

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00010745 lncRNA upstream 58661 29312565 ~ 29373414 (+) False XLOC_004796
TCONS_00009476 lncRNA upstream 58661 29312565 ~ 29373414 (+) True XLOC_004796
TCONS_00009458 lncRNA upstream 485925 28933524 ~ 28946150 (+) False XLOC_004786
TCONS_00010946 lncRNA upstream 485925 28942234 ~ 28946150 (+) False XLOC_004786
TCONS_00010744 lncRNA upstream 814110 28617701 ~ 28617965 (+) True XLOC_004779
TCONS_00010947 lncRNA downstream 721424 30153615 ~ 30193020 (+) False XLOC_004802
TCONS_00010948 lncRNA downstream 730563 30162754 ~ 30198532 (+) False XLOC_004802
TCONS_00010949 lncRNA downstream 768455 30200646 ~ 30211446 (+) False XLOC_004802
TCONS_00009492 lncRNA downstream 775275 30207466 ~ 30209133 (+) True XLOC_004802
TCONS_00009497 lncRNA downstream 928388 30360579 ~ 30363549 (+) False XLOC_004804
TCONS_00009474 mRNA upstream 161713 29240124 ~ 29270362 (+) False XLOC_004795
TCONS_00009475 mRNA upstream 180611 29240183 ~ 29251464 (+) True XLOC_004795
TCONS_00009473 mRNA upstream 194260 29236274 ~ 29237815 (+) True XLOC_004794
TCONS_00009472 mRNA upstream 220477 29173523 ~ 29211598 (+) True XLOC_004793
TCONS_00009471 mRNA upstream 223558 29131689 ~ 29208517 (+) False XLOC_004793
TCONS_00009478 mRNA downstream 331355 29763546 ~ 29818209 (+) False XLOC_004798
TCONS_00009483 mRNA downstream 614129 30046320 ~ 30192619 (+) False XLOC_004802
TCONS_00009484 mRNA downstream 614184 30046375 ~ 30129312 (+) False XLOC_004802
TCONS_00009485 mRNA downstream 677507 30109698 ~ 30193020 (+) False XLOC_004802
TCONS_00009486 mRNA downstream 677507 30109698 ~ 30220346 (+) False XLOC_004802
TCONS_00009467 other upstream 418385 29013573 ~ 29013690 (+) True XLOC_004791
TCONS_00009459 other upstream 486429 28945532 ~ 28945646 (+) True XLOC_004786
TCONS_00009428 other upstream 2197654 27231295 ~ 27234421 (+) False XLOC_004766
TCONS_00009426 other upstream 2211486 27218993 ~ 27220589 (+) True XLOC_004765
TCONS_00009421 other upstream 2269011 27156943 ~ 27163064 (+) False XLOC_004764
TCONS_00009479 other downstream 331852 29764043 ~ 29767260 (+) True XLOC_004798
TCONS_00009480 other downstream 379653 29811844 ~ 29811960 (+) True XLOC_004799
TCONS_00009481 other downstream 527749 29959940 ~ 29960054 (+) True XLOC_004800
TCONS_00009482 other downstream 538322 29970513 ~ 29970629 (+) True XLOC_004801
TCONS_00009487 other downstream 736139 30168330 ~ 30200769 (+) False XLOC_004802