XLOC_015478


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015478
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 26513608 ~ 26519549 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033549
CCTGAAgaaataatctttttattttgtatttttgcaaaaaaaaaaaaaaaatatatattgttacagATGTGACAGGTCCTTACTTGAGTGACTtggtaaaagtaaaaaagaaaacatttaaaaaaagttagcaCCACCCGACACAACACTCCAGCGGGGCAGGTATAGATGCCTCCGAGGCCATTATAGCACTGCAGGTTTTGCTAGGCCCCAGTAACCCAATGCTATAATTACAAACTCCCACACAGGAGGAAATCAGAGCTAGCTTTTTATTACTGCTGAGTGATTTCAGCCACTAATGAATGGAGTGGCTCATTATGGGGACACAGAAGCAGATAAATGGTGTGTTGTGAAGGTCAGTGTGAGACTCTGGATCTGCTAGATTCACTTCAAACCTGCTCCCTGAGGAGGACTGAGTATAATTAACAAACCTGAAATGTTTTCTTCTTAACTTAGTAAGTCTACACTCCAATTAATTAACTCTGGAAAAGCTTGAATCGGtcttaaaatatacaataaaacaaacattatgtgaaaaagcttttatttaaagCCAAGaatgaaatgcatttatttttgcaatcAAGCTCTCAATAAATTCATACAAAAAATTCATTTCCAGTGTAACTCAGATGCATCCAGGATTATAAAAACTGTGCGTTTTGTCAATCTctgttttattatcatcatcttcatcatcggGTTTCtaataaatcacttttatatttgtaattttattttaacataatatattatacattttaataaaaatttattgaaaGTTTAATGTCATTTGATCATTTTTccttaatatttctattttatttatttcatttttgctattttataattaatttatttgagttAACCGTGAAGGCTGCATCTCtaattttgtacattaatatttagCTTTCTGTTAAAATTTAATTTCCGTCTAATATCATTAAAGACAGTAGTCATGTTTATCAGTAAACTCTGAGTGTTATTTGTTCTGTGTGGTGTATGTACATGACCTCTCTTCCTTTATTTAGTCTTTCCACTGAAATCTGCTTATCTTAAATTTTACTTGCTAATTCAGCCTGATCTTATCTGAGAGTCCGTTCATTTGACTACAGCTGTTCTGTTGATTTGATTATacaagtttttaaactaaattaattattaacaaaGCCAAAATAATGATTACATCAGCTGTGGCCAACTGCAGATACAGACTAGATCCTATTGACAAAACAGTTGCTGCTTGCAACACAGTTATAAAAACAGTAATCCTCCATATTTTTGTGTCAGTCAGCCAAACTCTAGCAAatcactgctttaaaatgtaattacaacTGCAAGTTTAACAGGCTGTACTGTGGTTctctttagtttttttctttctttctatattTCTTTCTATGTTCGACACCAAATACACAATACATCGGCACTAAACACTGTAAATGAATGTGAAGCACAAAGTAATCTTACAATAGTAAAAACATCCTGTCTGTCTATAAATCAGTAGATGGAGAAGATATAAAAATCGTAACATCATGAAAATATCCAGGCGACAGCTATATGATAGCTTATCTTGGCAACAGTCTGTTTGAGTCTGCAAACAGTTCTGTTTGACACTTTATCAGTacaatatttcattcatgttgtatGCAAAGGTAATGGCTTCGCACTGGCGCATTGACTTCCTTTATTACCAGCATCATGGAAAACATCATGGCCAGTGGTCCAGTTCAACATAGACAAAACTCCAGTGTACTTATTAGCATCTTTgggtacactcttaaaaataaaggttctttaccAGCATCTGGGGTTTCAAGCAGAACTTGAAGTTCTTTTGCTCCCAAAGATATTTAAGTGTGTAGTTCATATAAGAACAAATCCGTTAGGGGTTCTCATCAAACTATTAATGAGAGACGCTTTCGGTGTGTTCAAAACCGAGATTGATTGGTTATAGGAACAACTTTTGGGGAAACTTAATTACCTCCATCTCCAAAGTAGGGTATAATCCAGATCAATAGGAACTACAGTTATGTAAGCTCACACTGATTTGGCACTAAACACTAAcacagtattttaaagtgttacaggATATATAcatatttcagaaaacaaatgttttcctgcATTTAATGGTTTCCTTTTTCTGTGGTGTTTtgtgtgcagttttttttaaaccactatATGGATTAAGTTGCCAGAGgaaaaaaaaagtagttCTCTCTATATCGTAGTTTCTAGGAGGCCCTCACCCACATTGCATTTTTACCAACCGAGCGAATAgcatctggatgcagacttggatttgcaaactgagactgcatatctcagataGGCAATGTCAGACTCAATGGAGTTAGTGATGTCAccgtgaggggtggggttaggtgtgctTATTAAAAGCAATGGATAAAGCTCACCTTGCAACAAGTCTGCaacaagtctgcatccagacccttctCAACCGAGCCAGAGCGTGCTGTGTTATTTTGAGTTGTTTGGGACGCAGTGACAAACagaatattttgctgaacagatccaacGCTTTTGACGCTCATAGATTTTCATAAATGTCATCTGCTGCACATAGCTGAAGGTGGTAGCTGAAATGCAGcaaggggtttgcatctttaataaccTATGATAGTTCATGTCACTTAAAAGTAAGAATAAGTAATAAATTCATATGCAGCAGTTCTCTAAAAGTGATCTCATGTCTTCAGTTTTGCACTCGTGCACACTTTGCAACACACTACGTGTGCCATGCCCAAACCCCCtctggcccacctcttccaactagGATAGGGCCAGCCAACTGATCCACGCTTGGGTGTGGTACAGAGCATTCACACTAGTCACGAACTGGAAAATGGGGGTCAAATGTGCTcaggcatggttcggatagcctagtgtgagtacacccttactCACCAGGGTAGGGCTGCACCAGTTGTTCAtaagttctttcttaaactgAAACGTAAAGTCCACATGAGAGGCTTATTTACTAATAGCTAGTTTGAAACCAAATTTGTTCTCACTTCGGTTGCACCACATTTTCTTAAGACAGACCATAGACTCTTTGTATAGTCCAGCGTAGTCACACTGAATGACGTAATATCCAATAAAAAggatttaaatcattaaatgctttaaaattctgcaattatatatctgatgtatgaaaataaattatattacagTCATTCACTAATAACAGACGCACATATCTCCAACTCGAGCCGTAGAGCACACAAAATACACATGAAGTCATCAAAGAATTAAACTTGAATTTTTTTATATCCTACACGTGAAAGAGAAAAGAGCAGAGAGAATAACTCAGTCGCGAAGAAGTTCTCGAATTAATTGATCGATACAATATTCcttgaaacaaaattaaactcttctttttataaactaaaaaaaaagcgaGATTTGGGAGGAAAATAAGTCTGTGAAGGAGATCATTCTTCATTGTCATCTCGAGCTCCTCAATGTAAACTAATCTGGCTGTcgtctcttttttttgtttaaactgaATTCAGTGTTGcaacttaaaatatttagtaatgcTTTAATTGTAACTTAGTATTGctttaagtcacaactaggctACGTTTTAACGTACGCACTACTGGTGCAACCAGCCCTAGGTCATTTATCAGAACCAGCCATTAAGCCAGTGACCTGAGAACTAATATCACCCATAGGCCATATTCCTGGTTGCCTTGCAACTCTGAAGCGACATATACTGACCATAATCATGGCACACATGGTAACATCGACAACTGGAGGATGGAGGACATCATTGTGTTGTGGTTTTCATTAAAATGGGGATGAAATGTAGACTACAAGATAAAAAAGGTCAATCTGTTTACACTTTCTTCACTGTTAGTTCCAGTGATTAATTTGTGACTTgcaaggtcccggaacagatccaGGTAATGGATCAAGGTAAGGATGGAGATGTGTTACGCACAAAAGAGGAGAGTCATTGGTCGGGGGTCATTGGATGACGGAGGATGTCGCGGATgaaggacaaaagtgaagagtgaGGGTTTGTTGCAAATGAAAgcaaagagggttggggagtcacggaagaaagtgaaagtgaacagcagacggggaagagggggatcggtaaaatgaggtgccggattaGATTTCAGAGGTTCCGGATCTtgcgtgttccggcacaaattaagccttgGTTAGTTCCTATTATATTGGATTAGACCCTAATCTAAATTTCTGTAACTAAACTTATTGCCAGTCACTGCCATGCAAGCGCATCAAACACATACATCTGCAAATTTTTCTAGAAAGAATGAAAACATTTGTCCAGTTTGAGAACCCCTCAAGTCACTGCTGTGAAACCACCCAATGGAACCTTTATTTTAAGAGTGTATATTCACGCACCATTTTCTGCAGTGTCACGAAAGGTCCACGCTTTCATATTCTCCATGATCTGAGTCCTCAATTTCAATCCCGGGAACCAGGCTGTAGTATTCAGTGGACTGGGTCAGGTACACCTTCTCCCGATCGGCAGAGTCCTTCATCACCTCGCTTACACTCACTGTGTCTAGGTCCTGCTTTCCTGGAGTTCCTTCAGTGGAACAAGTGGATGGCGGAGGAGCCAGCGAGTCCACAGAGCCCAGTTTGATCTCTACCTCCTCATAAATGTCCCGAGTGCTGCCTAACAAGTTGGACGAGGGCTGAAGCATCAGCTGGTTCCTCAGTATAACCTCCTTTCCACTGTTTACTGAAACTGCCGAGTCCCCGGTGGGCAGTTTGGCATGTGGCCACCGTCCGTTGCAGTGGGAGGAGTTGTGTCTTTTTCGAGTCGGACTAAAAGATGAGgtctctttcttcttcttcttcctgccACAGCACCAGCAGAGCACTAAACTGAAGAGGAGGAACAGGGGAAGCAGGATGAAGAGAGCGGTCAGGTTGGCCAGGTGGCACACATCACTGGTTGTCAAAGACCAAAGAGTCCGCCCTGCCAGAATGTGAGGAGAGGCACAGGTCAGATTACCTACGAGGTCCTGAAAGCTGCTGGAGTTGTCATGAAGATGACTTCGAAGACCTTCCCACAGCGAACACGTGCAGGCCAAGGGGTTTCCAACGAGCTCTAGATGTTGTAGTGAAGGCTTTAGTGATGACTGAGGAAGAGCGCTCAGCTGGTTCCAGCCCAAGATCAGCTCTCGTAGTTTATGCGAGCTTTGGAGAAATCGCTTGGGCAAGTCCTTCAGATTATTCACTCCCAAATCCAGCACTTCCAAACTATAGGCTTTTGTGAGGAAGCCATTTGGGAGAGATGTGAGTCTGTTCTGGCTGAGGTACAGCTCTCTCAATGAACTGACAGCATCACCGTCTTCAATCTTACTGATATTACAGTTAGACAAGTCCAAAACTTGCAGATTTGTCTGCGATGAAAAAGCTGCCCAGGGCACTAGGCTGAACGTAGATCCTGAGTAGTTCAAGCAGCAAGTGTCGTTGGGTATCAGAGGTGGAAACTTAGACAAAATGCTGGAAGGTGGACACTTGCATCCTCCGGTGTTTCCTTCAGTCACATGCAGCATTTGGAGAAACCCAAACCCACATAAAAAGACAAGTCCTACAACAAAGAAGCAGAAGGATTAGGCAAAACTTCAGTAATCATATTTAACcagttaaaggggtggtccgctacgatatcatgttttaaactttagttgttgtgtaatgtagctgtgtga

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033549 True 5744 lncRNA 0.40 2 26513608 26519549

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015477 rps8a coding upstream 11708 26498446 ~ 26501900 (+)
XLOC_015476 hectd3 coding upstream 18564 26479676 ~ 26495044 (+)
XLOC_015475 efna2a coding upstream 69105 26303627 ~ 26444503 (+)
XLOC_015474 ptbp1a coding upstream 212989 26288301 ~ 26300619 (+)
XLOC_015473 CR788230.1 coding upstream 226103 26286465 ~ 26287505 (+)
XLOC_015479 NA coding downstream 73146 26592695 ~ 26595418 (+)
XLOC_015480 lrrc42 coding downstream 85224 26604773 ~ 26611033 (+)
XLOC_015481 ttpa coding downstream 127923 26647472 ~ 26653148 (+)
XLOC_015482 asph coding downstream 136195 26655744 ~ 26682182 (+)
XLOC_015483 BX248497.1 coding downstream 148131 26667680 ~ 26672847 (+)
XLOC_015470 NA non-coding upstream 346189 26166578 ~ 26167419 (+)
XLOC_015468 CR392012.1 non-coding upstream 474002 26034175 ~ 26039606 (+)
XLOC_015461 NA non-coding upstream 1375819 25130523 ~ 25137789 (+)
XLOC_015456 NA non-coding upstream 1585854 24912293 ~ 24927754 (+)
XLOC_015485 NA non-coding downstream 201519 26721068 ~ 26742206 (+)
XLOC_015486 BX511023.1 non-coding downstream 480993 27000542 ~ 27010345 (+)
XLOC_015488 BX649522.3 non-coding downstream 698600 27218149 ~ 27242711 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000004_08887155_08890419 NA coding CI01000004 null 8885759 ~ 8890419 (-)