XLOC_018929


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_018929
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 24865149 ~ 24868912 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00039411
CTCACCTTGAGCAGCTGTTCCTCTGGTGCTGAATACACTTGCTATCAAAGTGGCCACATACCAAATCATAGTACTATTGCCAACCAGAGAGAAACCTCATCATATCTCAAAGTGCCCCTTTCAATAAATCATTCTTAGCCGAGCCCCTGGTCGTTAGACGCGCTGTCAGCTGCTGAGACCCTTTTACTCATGCCCTGCATACTTTTCTCCGACGGTTCCCTTCATTCTTTCCCTCCCCTTCTTTCCTTTCGCATCCTCTCTCGATGAAATAGAGCACCTGCACCAGCGCACGGCAGCCAGACGCGGCTCGATGGCAATGCCAGCGTGAAACCAAGCATGACAATTTAGCTGTTAGCTCCGCCCCCGCTTGAATTTCATTGGCCAGTGATGGAGGCGTCGGGGCGGAGATTGGTCGCCTCTCCGTCGCTCTCCATGTAAAAGCCGAGAGCACCGCGTTTCAAGGTGAGTTGGAGCGTGAAGTGGCGTCGGAACCGCAGTATCATGCGCAAAAGAGAAGTCGTGTAAGCAGCCTGTCGGATACCCGGGTACGAGGCTTCGCCTGCTGGGAAAGTTAAAGGTGCGGTGGAGTGGAGTGGACGTCACGCGTTCATGTGTGGGGAGGAAATCCTCAACCTGTATGCGTCATTCGCATTTCATCCCATCGATTGCACTGCGCGCGaAAACTATGACATGTACCATTTTGGAAGATCATGATGGTGAGTATAATTACAGAATCGTCCCTTAAAGCTTATTGTAGTATTTAACTCATGCGTCTGTCATTTGTTGTTAAAATTGAGATACAGTTTGTATTCAGTCAAAGAAAAGTGTTTATGAGGCAATTTGATAGTCAAATAATTACAGTGTACAACAGCATACTGTTTATGCATGATGTGTTCTCTACTAAATTGGTGGGTTTTAAACATCCACAAATCAGCCCAATTGCAGACAGCTGCAAACTCACATGTACAGCATTTCTCTTCCAATTTTAGAGCTCGAATCTGCTATACAGTCCATTTGAGCAATACCTTTAATGGAAACACTGGTGTTCTGCCAATGCTTATAGACTTTAAAAGTTCCATCCACGTCAAAGAGTTTATGGCAAAACAGCTTAGTCTGACATTTCTCAACCAGCATCTTTTTTACTCATCTCCTaaactctgaaaaaaaaacatcccaattATATATACAAGAGAACTAGGTGCATTTCTTTATTGCTAAGAACTGCATGCTTTGTTTACAGTTAAAGTTCTTAAAAGTTCTGATACGATTTGATAAAGTTTTAAGCCATGCAAAATTCAGGcttaattttattacattattaatatcaCAGAGCTTTTTAAAATCCTCCATAAATGCCTCCATTCAGACTGTATTTAGCCGATGAGTGTACTGTCCTTAACCGCTGTGTGTAAACCCACATTCAATGACACACACTCTTTAGAGGCAACTTTAAGAAATACTCCCCTACTCTTGGAAGGTTTTATGAATTCTTATAACCTTGCACGTACAGTATCTGTCTCAGAATGTATTTTATTGCTAAGTTTTATACCACCCACTCACCCATATAAGTTATTAACCTGCTTGAACATGCAGTAAATATGTAGGTATTTGTAGGTACAGCTGTATTATTTCACAGAAAGATGTCTTTGTATTTCTTCTGAAAAAATACAGATGAAAAGATGTTTTCCCTATggtaaaacaaaaaaggttttgtaCTATAATCTGTgctaaaaaaataacacacaGGCCTGAAAATGCTCTTAATTTCCATGCCTGTTTTCTAGCTGAGGGGCAGATAAGGATATTCAGCTGTACCCTTTATCTCACCTTCAGATACGTCATCAGGATGATGTTCAGGAAAGCATGTAATGGTACAAGTTCACAagtgtacagttttttttaatatataacagGCTAATGTTGCAGTCGTCTTAAATACACAGTGAAGTATACCAGCAGCATgcaaaatgtatgttttattccATGAGTGAATATGTTCAATAACTGAGTTTATAAGGAAATACAGGGCTCATTATCaaacatttttagtttaattCTGATTTATgaacttatatatatttttttttatttgaagccTATTCattagcatatttttccatcATAATGTCAATTTTGCTCACATACAATACAACTGATTCAGTACTGTTCGTACCGCttaattttaaagggcacctattttaccgctttttcaagatttaaggtaagtcttttgtgtctccagaatgtgtctgcaaagtttcacctcaaaacacccatcagattgttTATTATACCTCTTAAAACATTGGAATTGTCTGCTCTTAACACTATGTAGCTGTGTTTTGGTGCCTGTACCCTTTAATGTTAATCCTTCCCATGTGTctttcagataaacagcacagtgacagacatgaagaaagcagatctcacgtaacgtttgtgagaaataataCAGTAAGAACTATCCCAAtgattattatttgatgtatttgttgaggagttgcaatgatgagtcacacacaatgtcgttacaaagttcaagcacgcacacacaaagtGGATACACAAACACA
>TCONS_00039412
GTTTCAAGGTGAGTTGGAGCGTGAAGTGGCGTCGGAACCGCAGTATCATGCGCAAAAGAGAAGTCGTGTAAGCAGCCTGTCGGATACCCGGGTACGAGGCTTCGCCTGCTGGGAAAGTTAAAGGTGCGGTGGAGTGGAGTGGACGTCACGCGTTCATGTGTGGGGAGGAAATCCTCAACCTGTATGCGTCATTCGCATTTCATCCCATCGATTGCACTGCGCGCGGTATGGACACACGAAACTGAAGACAGTGATTTCTCCGGTAGTAATGATGTCACTTGTTAGTGACATCATTGCTGAACTAAATTTTCAGTTCTAAACTAATTCAAAGTAACTAGAGCACCATAATGTTAAGACAGAATCAGTGTAATAACAGTGCAATTGCTCAAACATAAGGGTTTATCGTCCCCTGACACCATAATACTAGGTCTACTTTAGGTATTACTTTGGTATACCAATATTCCAATTTGAAATATAGGGTAAATAATATCTTTAagggataattcactcaaaaagaACAGATTGCTGTTAATTGATTCAAACTGAGGCCatccaaaatgtaaaaataagaaagcaaaaataagtattgttttaTGTACACGTGAAACGGTAAGTAGGCTACTAGTGGCTCCtccttaatatatatttattcattttttttaggcTTAGTCCTAAAAAaaatcaggggtttccacagcggaatgaactgccaaattgtccagcatatgttttgctcttccaactgcaacccagcactggaaaacatccatacacacttacatacacacacatacactacggccaatttagcttttttagTTCACttgtaccgaatgtctttggactgtgggggaaaccggagcacccggaggacacccatgcaaacacagggagaacatgccaactgacctggggctcgaaccagcgaccatcttgctgtaaggcaacagtgctacccactgagccaccaaatCACCCATATTGAGGTCTTGTAAAGTGAAATTATTGTTCTTAGCTAAAGAATATATGGGACAATAAATAAAAGGTAATTGTTTCAAGACCACAACACTTTTTctttaatgaaaacaaattaagggcatttttacaccacaaaaaaaatttacaaaatcaagaaaagcaaaacaaataaaataaaataaaataaaaaagttaaaatataaaatatataataaaatataaattatataataaaatatatatatatatgtatttattatattcatattatgcCACGAAAGTCATGTCTGAGCAATACATCTCTGAATGCAATACATTTGAGAACAGACATTATGTACTGAAAAAAAGTATTCACATCAATGCTCAGATTCAAAAATAGTGACTTAATGTAAATGTTTGCTGATCCTTATTTACTTTccctttatttacttttttcagaAAACTATGACATGTACCATTTTGGAAGATCATGATGGTGAGTATAATTACAGAATCGTCCCTTAAAGCTTATTGTAGTATTTAACTCATGCGTCTGTCATTTGTTGTTAAAATTGAGATACAGTTTGTATTCAGTCAAAGAAAAGTGTTTATGAGGCAATTTGATAGTCAAATAATTACAGTGTACAACAGCATACTGTTTATGCATGATGTGTTCTCTACTAAATTGGTGGGTTTTAAACATCCACAAATCAGCCCAATTGCAGACAGCTGCAAACTCACATGTACAGCATTTCTCTTCCAATTTTAGAGCTCGAATCTGCTATACAGTCCATTTGAGCAATACCTTTAATGGAAACACTGGTGTTCTGCCAATGCTTATAGACTTTAAAAGTTCCATCCACGTCAAAGAGTTTATGGCAAAACAGCTTAGTCTGACATTTCTCAACCAGCATCTTTTTTACTCATCTCCTaaactctgaaaaaaaaacatcccaattATATATACAAGAGAACTAGGTGCATTTCTTTATTGCTAAGAACTGCATGCTTTGTTTACAGTTAAAGTTCTTAAAAGTTCTGATACGATTTGATAAAGTTTTAAGCCATGCAAAATTCAGGcttaattttattacattattaatatcaCAGAGCTTTTTAAAATCCTCCATAAATGCCTCCATTCAGACTGTATTTAGCCGATGAGTGTACTGTCCTTAACCGCTGTGTGTAAACCCACATTCAATGACACACACTCTTTAGAGGCAACTTTAAGAAATACTCCCCTACTCTTGGAAGGTTTTATGAATTCTTATAACCTTGCACGTACAGTATCTGTCTCAGAATGTATTTTATTGCTAAGTTTTATACCACCCACTCACCCATATAAGTTATTAACCTGCTTGAACATGCAGTAAATATGTAGGTATTTGTAGGTACAGCTGTATTATTTCACAGAAAGATGTCTTTGTATTTCTTCTGAAAAAATACAGATGAAAAGATGTTTTCCCTATggtaaaacaaaaaaggttttgtaCTATAATCTGTgctaaaaaaataacacacaGGCCTGAAAATGCTCTTAATTTCCATGCCTGTTTTCTAGCTGAGGGGCAGATAAGGATATTCAGCTGTACCCTTTATCTCACCTTCAGATACGTCATCAGGATGATGTTCAGGAAAGCATGTAATGGTACAAGTTCACAagtgtacagttttttttaatatataacagGCTAATGTTGCAGTCGTCTTAAATACACAGTGAAGTATACCAGCAGCATgcaaaatgtatgttttattccATGAGTGAATATGTTCAATAACTGAGTTTATAAGGAAATACAGGGCTCATTATCaaacatttttagtttaattCTGATTTATgaacttatatatatttttttttatttgaagccTATTCattagcatatttttccatcATAATGTCAATTTTGCTCACATACAATACAACTGATTCAGTACTGTTCGTACCGCttaattttaaagggcacctattttaccgctttttcaagatttaaggtaagtcttttgtgtctccagaatgtgtctgcaaagtttcacctcaaaacacccatcagattgttTATTATACCTCTTAAAACATTGGAATTGTCTGCTCTTAACACTATGTAGCTGTGTTTTGGTGCCTGTACCCTTTAATGTTAATCCTTCCCATGTGTctttcagataaacagcacagtgacagacatgaagaaagcagatctcacgtaacgtttgtgagaaataataCAGTAAGAACTATCCCAAtgattattatttgatgtatttgttgaggagttgcaatgatgagtcacacacaatgtcgttacaaagttcaagcacgcacacacaaagtGGATACACAAACACA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00039411 False 2573 lncRNA 0.39 2 24865149 24868912
TCONS_00039412 True 3310 lncRNA 0.35 1 24865603 24868912

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_018928 BX510932.1 coding upstream 115370 24749662 ~ 24749779 (+)
XLOC_018927 BX510932.2 coding upstream 196812 24668221 ~ 24668337 (+)
XLOC_018926 CR759955.1 coding upstream 317549 24547524 ~ 24547600 (+)
XLOC_018925 anapc13 coding upstream 328088 24536233 ~ 24537061 (+)
XLOC_018924 NA coding upstream 363466 24456028 ~ 24501683 (+)
XLOC_018930 jam3b coding downstream 116058 24984970 ~ 25046991 (+)
XLOC_018931 zgc:171740 coding downstream 185508 25054420 ~ 25062590 (+)
XLOC_018932 dixdc1b coding downstream 199303 25068215 ~ 25119942 (+)
XLOC_018933 ddx10 coding downstream 251634 25120546 ~ 25171784 (+)
XLOC_018934 si:dkey-183i3.9 coding downstream 312091 25181003 ~ 25183430 (+)
XLOC_018922 CR759955.2 non-coding upstream 426307 24423198 ~ 24438842 (+)
XLOC_018945 BX510938.2 non-coding downstream 477173 25346085 ~ 25346388 (+)
XLOC_018946 BX510938.5 non-coding downstream 477869 25346781 ~ 25347003 (+)
XLOC_018949 BX510938.4 non-coding downstream 496967 25365879 ~ 25366134 (+)
XLOC_018951 BX510938.3 non-coding downstream 508043 25376955 ~ 25377279 (+)
XLOC_018952 NA non-coding downstream 565777 25434689 ~ 25436244 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G295421 NA non-coding CI01000082 null 1669110 ~ 1669413 (+)