XLOC_001971


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_001971
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 13298724 ~ 13304277 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00005837
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>TCONS_00005838
CTTCcgataaaataacttttatttcacaaaaatataAACAGGAGAATAATAAAAGAGCTTATGTTgcacaagaaaaaaacaatatagatatatatgtataCTATGTACATTTGCTGTGGACACCATTGTGTTCACCTTTTCCCCATTTAACAGGCAACAGTAGTCCAAGATTTATGCATCTCTTCAATACATCTGGCTTTGACAGGCATGCAACATTATAAAACAAAGCCAAACATGGAAATAATGGGAAATCAAGCTCTTTTCTCCAAAAAAGGCTGTACTTGCTGACGTGTTTGGCCTGCCAGTAAATGATGATTGCTGATCGATTGGCTCGTCTACTTTGGAATTGGATTTCTGTGATGCAAGAGTTGATGGTCAGTGCGGTGAGACTAGAACTGGCCAAACACAAACCATTTACAGACATAATAATGCGGTAGATGTCTAAAAATACGCTGAAATCAGTTATAGGAAGATATTTAGGCATGTTACACTTCTTGTgtatttttaaagcagttttcagCTGGTTATGATCTAAATTATAGTGAATGTGAGAAATTAGCTGCAGTCAAACCATGAAACCATTGACTATTCACATAATGTTAAGAAAACGAATGAGGAAAACAAAATAAGCCAAACTACTTTAAATAGGGGTTTATGTACAGATATGAGCGTCATATAAGcgttataaatacattatataatcAACATTTGGagtagataaaaaataataataatcttaattgTCTTAAGACAAGATTGTGTTGTTCAGTAGTTTTAGTCAATTtaatttttgatccacttcaaatgttgactagaGTGTTTGTACAGTAAGGGAAAGTATTCAACACgcttttttggtgatgtcagcttaaagacgcctAATATGGAGACTGAAGTCACATCCATTGCTAactgtgtaaaaatcttgatggttttgtgggtctcaaatctgagctttatttagtgtttcctattggattcgagtcaggtgattggctgggccattctacagcttgattttctttctctaaaagcatttgagagttttcttggtttagatttggatcattgtcttactgaaatgtccagcctggttttatcttcatcatacaGATGTTGGACCGAAgtagctaatattcatttacaataatgAAGGGTAGACGGCTGCTaaaaaactactgagagatttcagctgctgtctgggcgttcactgcatttctacaccttcctttcttcatgtgtttaatgctTTTTTTCCTGTGGCATTTCATTTTAtgacacataacttaatttgtaaactaattaggtttgttttctttccatatatggatttatttggttgttattaacatttgtaaaaaaaattcaagtcATCAGCACCTTTAGAAAATATGTTTCCGGAGAAAAATGGtcacatgttcaatacttatttccccctctGTATGTATAATTTGCAAATGCAGGAACGTTAATATTTAGTGTTTTTTGCCATGCACATTTGTGGTAATttgaatttcatttattttctataataataGGATGCAACAAAATTTCCAGGGATTCTAAAGcaaaaccagttgagaaccctaAGTTTACTGAATAAGCCTatcaaaaaaagaatattttcctAAATTGTCCACAACTTTAAACAATAAGCTTAAGAAAACGGGGAAGGTTTTTCTAATATTGCTGGTTAATCTGATTAATGACTAACTTGTTAACCAAACACTCTTTTCTTTccatttctgcatttttattGCACACTTCCACTGGAAAAATGTATGCAAAGCTGATTCATTTTTTGAGAAACAGACTATTTTTTTAAGGAAGTATCAAAAATGCACCAATCAAACAGGCCACTTTCAGAATGAATACTGCAACGCTAAAAACATCAAAATCATATTGCTGGTGGAAGAAGAACAGGCAAAAACGTTTAAGGCACATGAATGCCAGAGTATATAAGTAAAAGGTGCAAAAATGCATGAAAGATatgtacaaataaaatgttaaacacACATGTAATTGTAAAAGAAATAGTCACAGTGacatctttacaaaaaaaatatatcatttttggTCGTAATATCATGGAAGCTTGTTTATGCCACAGAATGAAATAGTTTAATTATGTATTTCATTTTTTAGAGTTTATATCTCACCGTTTCGCAATCTAAACTTGTAATTCTGATACAAAAGGTCACAATTGTAAGATctaaatcagtggtcaccaaacttgttcctggagggccggtgtcctgcagattttagctccaaccctaatcaaacacatctgaacaagctaatcaaggtcttactaggtatacttgatacatccaggcaggtgtgttgaggcaagatggagataaaccctgcagggacaccgaccctccaggaccaggattggtgacccctgatctaaattcAGAATTGTGAGATCGCCCATAAACTTGAAATTGAGAAGAATATAGTTCCACAATCAGAATGAAGATCAGAATTGCTATATTATAGTAAATAGTTATGTTACAGTAACTATAATAAATTCAGAATTACACGCGCATATAAAGAAATGGGGAAAAATGATAATTGGGAATTTGTAATAAACTTAAtagcaatattttttaaaaagtctacattttttaataaaaaaatctgaattgtacATAAGATTTTGTGGGAAAAATAGTCAGTATAGCGAGTTTGcctataaatttgcaacaaagcTGCAATTCTAAGGGGaacaaaaatgtcagaattgtaaCATGTGAACTAGAAAGTGcaagaaatttttttttgcaggatTGCCTATAAACTATAATGAGgtaaatgcacagctagtgttttttcccATACCGATTACTTCCGGTGAACCATTAACGTGACCTTTTTCAATATTATACGGTTCCTTTGAAAGCATCAACattgtaatgtaatcaaaatataatcagttaaatagatttcagcattcatttagatACAAGATGTTTATACGCACAcgctgtcaggatcagcaggcgtgTGCAAATACTCCATTGAGaacactggagtaaaataaatgttcatagttTAGAGACATGGCatagaaaatgtaattaaatgcagtgcttcttttGCAATCTGCATAACCCACTTTTTGTCGtttatcaatcaggcagtgaataACATTGGTTTTTAgggaaaacagaccttaaacacgccGATTTTGTAACAACATACAGAACAACAGAAGCGTCAACTGAAACAGGTCAACAATGTCAGATGTAGACCTCAGAAATAAACTACAGACTTATGCGGTGTAAACATAATTTGCAAGAAAAGAAATCTAATTTGTAACTCTATATCTTGCAGCTTTGACTTTGTATCTCACAATTTAAAAAAGTGAaagtggaaagaaaaaaaaacaggattataattgcaaaatgataataaatcattCTCTGGCAGAAACAAGCTTCCATGATGTATAGCATTGCTGATGAACATCTCAAATATTTCATAttgtacaaaagaaaaaaaaatgaagacagaATTTATACATAATCTACATCTGACAACAGCCATCTTAGTTTTGGACGATGTTCCTAATTCTTTGCTTGTACCTATAGGAAGGATATGTGTGCTAAAACCTTATAAATCAATAAcatcatatatttttaaagaattgAAAAAATAACGGCATGCACTGAGCTTTATGTCACTGGAGAGCAATGTACAACAGAAAAGGAGAAACTATTATACAATATATGACTGCATATAAGAATATACCTATGTAAATGAGCTTCAATAGAACTTTATATTGTGTTAGCTTCAATGTAGAAACAATCAGCTTTGATCACCTCACAAACATGTATACTGTATGGGACGTCGTAAGACTGATTTACATTCAAGTCCCCATTCCAtgcagtaaagaaaaaaaaaaaaaaaaagaccatttgcttttaaggcaagacactgcaaaGGGAAAgggtaaacaacaaaaacatgtatCTACATATTTTCAAtgttgattgattacattatgaattatttaattacataattatttgGTATTTGAAGTTttcttaaatatgcaaattatatatGATTAAATATGCATAGATTTGCACACATTTatagcacaaaaataaaataaaaaaacggaaTGAAATCGACTTCAAAATTTATGTTTTATCcctctcaggctcaaattaattttttgaaacaggaaaaatctgatatttaaggaaaattatcatatggggtagtacaatagaatcctgacttttttttagagagaccttCACATGCAGGCGTTCTGGGaagttgcagatttgcaacattggctcagtgtggtaattagacactgacgactgaatatgatatgaacaataactttttatatacaactttttaaacaatgtaactaattgcttttcagtggcagaacaacaacaaaaacaatatgagatccaaatccaatatctcaaatcctcattgagtaggtcatgtttccaagtcactttgtcatgtggtactccaagaaaccttttttttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtcatctggtgagcaagtggggaaacagtttgttgctaatggacaaccaagtcctgcagtggtacttctgagttaaaaaaaatcataaaatatgtatctggagtaattaggtagttaatttttaactgttgcaaaacagcaacgcctgccttgagagggttatTTGACACTCTGCATTTACATCAAATGTAGATTTAAGTATTTACTTGGGCTGGTCgatatgaactttttttttaaatcccagatttttatttatgcagTATTTTTGTTCAGTTTCGACCCCACCTCCCCACAATAAACTATATAACAttatcataattataattattggacataaaaatgctaaagaagaaaaaaataacttttcatTGAAAGATCAAATTATACAAGctctatttacatatatatttactgtttgaTTGCATACAAgacttggtcccactttatattag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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00005837 False 5554 lncRNA 0.32 1 13298724 13304277
TCONS_00005838 True 5325 lncRNA 0.33 2 13298726 13304277

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_001970 tmem267 coding upstream 11555 13279079 ~ 13287169 (+)
XLOC_001969 rassf6 coding upstream 62712 13209580 ~ 13236012 (+)
XLOC_001968 lpar1 coding upstream 234614 13000370 ~ 13064110 (+)
XLOC_001967 CT990561.1 coding upstream 568273 12517059 ~ 12730451 (+)
XLOC_001966 CR388225.1 coding upstream 965355 12333253 ~ 12333369 (+)
XLOC_001972 BX957308.1 coding downstream 552515 13856792 ~ 13894856 (+)
XLOC_001973 BX000705.2 coding downstream 626571 13930848 ~ 13931718 (+)
XLOC_001974 si:dkey-286h21.1 coding downstream 906390 14210667 ~ 14212801 (+)
XLOC_001975 sigmar1 coding downstream 1184348 14488625 ~ 14494239 (+)
XLOC_001976 katnal2 coding downstream 1194924 14499201 ~ 14521190 (+)
XLOC_001965 NA non-coding upstream 1369592 11928089 ~ 11929132 (+)
XLOC_001964 NA non-coding upstream 1370738 11926073 ~ 11927986 (+)
XLOC_001963 CR925713.2 non-coding upstream 1524205 11774405 ~ 11774519 (+)
XLOC_001961 NA non-coding upstream 1632761 11652594 ~ 11665963 (+)
XLOC_001980 NA non-coding downstream 1731994 15036271 ~ 15042748 (+)
XLOC_001981 NA non-coding downstream 1742729 15047006 ~ 15048782 (+)
XLOC_001983 NA non-coding downstream 1783716 15087993 ~ 15088526 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location