RNA id: TCONS_00005837


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00005837
length 5554
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_001971
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 13298724 ~ 13304277 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTCTTCcgataaaataacttttatttcacaaaaatataAACAGGAGAATAATAAAAGAGCTTATGTTgcacaagaaaaaaacaatatagatatatatgtataCTATGTACATTTGCTGTGGACACCATTGTGTTCACCTTTTCCCCATTTAACAGGCAACAGTAGTCCAAGATTTATGCATCTCTTCAATACATCTGGCTTTGACAGGCATGCAACATTATAAAACAAAGCCAAACATGGAAATAATGGGAAATCAAGCTCTTTTCTCCAAAAAAGGCTGTACTTGCTGACGTGTTTGGCCTGCCAGTAAATGATGATTGCTGATCGATTGGCTCGTCTACTTTGGAATTGGATTTCTGTGATGCAAGAGTTGATGGTCAGTGCGGTGAGACTAGAACTGGCCAAACACAAACCATTTACAGACATAATAATGCGGTAGATGTCTAAAAATACGCTGAAATCAGTTATAGGAAGATATTTAGGCATGTTACACTTCTTGTgtatttttaaagcagttttcagCTGGTTATGATCTAAATTATAGTGAATGTGAGAAATTAGCTGCAGTCAAACCATGAAACCATTGACTATTCACATAATGTTAAGAAAACGAATGAGGAAAACAAAATAAGCCAAACTACTTTAAATAGGGGTTTATGTACAGATATGAGCGTCATATAAGcgttataaatacattatataatcAACATTTGGagtagataaaaaataataataatcttaattgTCTTAAGACAAGATTGTGTTGTTCAGTAGTTTTAGTCAATTtaatttttgatccacttcaaatgttgactagaGTGTTTGTACAGTAAGGGAAAGTATTCAACACGTTTTTTCCTGTGaataaaggagctgttgacatggaattgaaccagattttggtgaaagcccaaacaatacaaacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattaaaaaaaaaagaaactaatctgaaaaaaaaatgtgttataacAATAGCATGatacaaggagaaagtactgaactactgaaatgtgtttaatactttataaaaggcttttttggtgatgtcagcttaaagacgcctAATATGGAGACTGAAGTCACATCCATTGCTAactgtgtaaaaatcttgatggttttgtgggtctcaaatctgagctttatttagtgtttcctattggattcgagtcaggtgattggctgggccattctacagcttgattttctttctctaaaagcatttgagagttttcttggtttagatttggatcattgtcttactgaaatgtccagcctggttttatcttcatcatacaGATGTTGGACCGAAgtagctaatattcatttacaataatgAAGGGTAGACGGCTGCTaaaaaactactgagagatttcagctgctgtctgggcgttcactgcatttctacaccttcctttcttcatgtgtttaatgctTTTTTTCCTGTGGCATTTCATTTTAtgacacataacttaatttgtaaactaattaggtttgttttctttccatatatggatttatttggttgttattaacatttgtaaaaaaaattcaagtcATCAGCACCTTTAGAAAATATGTTTCCGGAGAAAAATGGtcacatgttcaatacttatttccccctctGTATGTATAATTTGCAAATGCAGGAACGTTAATATTTAGTGTTTTTTGCCATGCACATTTGTGGTAATttgaatttcatttattttctataataataGGATGCAACAAAATTTCCAGGGATTCTAAAGcaaaaccagttgagaaccctaAGTTTACTGAATAAGCCTatcaaaaaaagaatattttcctAAATTGTCCACAACTTTAAACAATAAGCTTAAGAAAACGGGGAAGGTTTTTCTAATATTGCTGGTTAATCTGATTAATGACTAACTTGTTAACCAAACACTCTTTTCTTTccatttctgcatttttattGCACACTTCCACTGGAAAAATGTATGCAAAGCTGATTCATTTTTTGAGAAACAGACTATTTTTTTAAGGAAGTATCAAAAATGCACCAATCAAACAGGCCACTTTCAGAATGAATACTGCAACGCTAAAAACATCAAAATCATATTGCTGGTGGAAGAAGAACAGGCAAAAACGTTTAAGGCACATGAATGCCAGAGTATATAAGTAAAAGGTGCAAAAATGCATGAAAGATatgtacaaataaaatgttaaacacACATGTAATTGTAAAAGAAATAGTCACAGTGacatctttacaaaaaaaatatatcatttttggTCGTAATATCATGGAAGCTTGTTTATGCCACAGAATGAAATAGTTTAATTATGTATTTCATTTTTTAGAGTTTATATCTCACCGTTTCGCAATCTAAACTTGTAATTCTGATACAAAAGGTCACAATTGTAAGATctaaatcagtggtcaccaaacttgttcctggagggccggtgtcctgcagattttagctccaaccctaatcaaacacatctgaacaagctaatcaaggtcttactaggtatacttgatacatccaggcaggtgtgttgaggcaagatggagataaaccctgcagggacaccgaccctccaggaccaggattggtgacccctgatctaaattcAGAATTGTGAGATCGCCCATAAACTTGAAATTGAGAAGAATATAGTTCCACAATCAGAATGAAGATCAGAATTGCTATATTATAGTAAATAGTTATGTTACAGTAACTATAATAAATTCAGAATTACACGCGCATATAAAGAAATGGGGAAAAATGATAATTGGGAATTTGTAATAAACTTAAtagcaatattttttaaaaagtctacattttttaataaaaaaatctgaattgtacATAAGATTTTGTGGGAAAAATAGTCAGTATAGCGAGTTTGcctataaatttgcaacaaagcTGCAATTCTAAGGGGaacaaaaatgtcagaattgtaaCATGTGAACTAGAAAGTGcaagaaatttttttttgcaggatTGCCTATAAACTATAATGAGgtaaatgcacagctagtgttttttcccATACCGATTACTTCCGGTGAACCATTAACGTGACCTTTTTCAATATTATACGGTTCCTTTGAAAGCATCAACattgtaatgtaatcaaaatataatcagttaaatagatttcagcattcatttagatACAAGATGTTTATACGCACAcgctgtcaggatcagcaggcgtgTGCAAATACTCCATTGAGaacactggagtaaaataaatgttcatagttTAGAGACATGGCatagaaaatgtaattaaatgcagtgcttcttttGCAATCTGCATAACCCACTTTTTGTCGtttatcaatcaggcagtgaataACATTGGTTTTTAgggaaaacagaccttaaacacgccGATTTTGTAACAACATACAGAACAACAGAAGCGTCAACTGAAACAGGTCAACAATGTCAGATGTAGACCTCAGAAATAAACTACAGACTTATGCGGTGTAAACATAATTTGCAAGAAAAGAAATCTAATTTGTAACTCTATATCTTGCAGCTTTGACTTTGTATCTCACAATTTAAAAAAGTGAaagtggaaagaaaaaaaaacaggattataattgcaaaatgataataaatcattCTCTGGCAGAAACAAGCTTCCATGATGTATAGCATTGCTGATGAACATCTCAAATATTTCATAttgtacaaaagaaaaaaaaatgaagacagaATTTATACATAATCTACATCTGACAACAGCCATCTTAGTTTTGGACGATGTTCCTAATTCTTTGCTTGTACCTATAGGAAGGATATGTGTGCTAAAACCTTATAAATCAATAAcatcatatatttttaaagaattgAAAAAATAACGGCATGCACTGAGCTTTATGTCACTGGAGAGCAATGTACAACAGAAAAGGAGAAACTATTATACAATATATGACTGCATATAAGAATATACCTATGTAAATGAGCTTCAATAGAACTTTATATTGTGTTAGCTTCAATGTAGAAACAATCAGCTTTGATCACCTCACAAACATGTATACTGTATGGGACGTCGTAAGACTGATTTACATTCAAGTCCCCATTCCAtgcagtaaagaaaaaaaaaaaaaaaaagaccatttgcttttaaggcaagacactgcaaaGGGAAAgggtaaacaacaaaaacatgtatCTACATATTTTCAAtgttgattgattacattatgaattatttaattacataattatttgGTATTTGAAGTTttcttaaatatgcaaattatatatGATTAAATATGCATAGATTTGCACACATTTatagcacaaaaataaaataaaaaaacggaaTGAAATCGACTTCAAAATTTATGTTTTATCcctctcaggctcaaattaattttttgaaacaggaaaaatctgatatttaaggaaaattatcatatggggtagtacaatagaatcctgacttttttttagagagaccttCACATGCAGGCGTTCTGGGaagttgcagatttgcaacattggctcagtgtggtaattagacactgacgactgaatatgatatgaacaataactttttatatacaactttttaaacaatgtaactaattgcttttcagtggcagaacaacaacaaaaacaatatgagatccaaatccaatatctcaaatcctcattgagtaggtcatgtttccaagtcactttgtcatgtggtactccaagaaaccttttttttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtcatctggtgagcaagtggggaaacagtttgttgctaatggacaaccaagtcctgcagtggtacttctgagttaaaaaaaatcataaaatatgtatctggagtaattaggtagttaatttttaactgttgcaaaacagcaacgcctgccttgagagggttatTTGACACTCTGCATTTACATCAAATGTAGATTTAAGTATTTACTTGGGCTGGTCgatatg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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00005692 lncRNA upstream 1369592 11928089 ~ 11929132 (+) False XLOC_001965
TCONS_00005691 lncRNA upstream 1369592 11928089 ~ 11929132 (+) True XLOC_001965
TCONS_00005690 lncRNA upstream 1370738 11926073 ~ 11927986 (+) False XLOC_001964
TCONS_00005689 lncRNA upstream 1370738 11926073 ~ 11927986 (+) True XLOC_001964
TCONS_00005835 lncRNA upstream 1632761 11652594 ~ 11665963 (+) False XLOC_001961
TCONS_00005839 lncRNA downstream 1720504 15024781 ~ 15031440 (+) False XLOC_001979
TCONS_00005840 lncRNA downstream 1720715 15024992 ~ 15031440 (+) False XLOC_001979
TCONS_00005841 lncRNA downstream 1720752 15025029 ~ 15031440 (+) True XLOC_001979
TCONS_00005842 lncRNA downstream 1731994 15036271 ~ 15042748 (+) True XLOC_001980
TCONS_00005843 lncRNA downstream 1742729 15047006 ~ 15048782 (+) True XLOC_001981
TCONS_00003851 mRNA upstream 11555 13279079 ~ 13287169 (+) False XLOC_001970
TCONS_00003852 mRNA upstream 12156 13283568 ~ 13286568 (+) True XLOC_001970
TCONS_00003849 mRNA upstream 62712 13209580 ~ 13236012 (+) False XLOC_001969
TCONS_00003850 mRNA upstream 75859 13209690 ~ 13222865 (+) True XLOC_001969
TCONS_00003848 mRNA upstream 234614 13000704 ~ 13064110 (+) True XLOC_001968
TCONS_00003855 mRNA downstream 906390 14210667 ~ 14212801 (+) True XLOC_001974
TCONS_00003856 mRNA downstream 1184348 14488625 ~ 14494239 (+) True XLOC_001975
TCONS_00003857 mRNA downstream 1194924 14499201 ~ 14521190 (+) True XLOC_001976
TCONS_00003858 mRNA downstream 1642726 14947003 ~ 14949367 (+) True XLOC_001977
TCONS_00003860 mRNA downstream 1659621 14963898 ~ 15017639 (+) False XLOC_001978
TCONS_00003844 other upstream 965355 12333253 ~ 12333369 (+) True XLOC_001966
TCONS_00003843 other upstream 1524205 11774405 ~ 11774519 (+) True XLOC_001963
TCONS_00003841 other upstream 1799915 11498693 ~ 11498809 (+) True XLOC_001959
TCONS_00003830 other upstream 2182754 11115854 ~ 11115970 (+) True XLOC_001954
TCONS_00003827 other upstream 2311422 10972810 ~ 10987302 (+) False XLOC_001952
TCONS_00003853 other downstream 552515 13856792 ~ 13894856 (+) True XLOC_001972
TCONS_00003854 other downstream 626571 13930848 ~ 13931718 (+) True XLOC_001973
TCONS_00003873 other downstream 1950905 15255182 ~ 15287900 (+) False XLOC_001989
TCONS_00003878 other downstream 1994513 15298790 ~ 15304367 (+) True XLOC_001989
TCONS_00003893 other downstream 2298807 15603084 ~ 15605143 (+) False XLOC_001994

Expression Profile

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