XLOC_022127


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022127
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 6313582 ~ 6324914 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00044945
GTGCACTAGCTATTctgaaaaaaactaatctataaaaaataaaacaaactgaaaatgaGTGTTAATTAACACACAACACCAGCAGAGTCAGAATGAAGTGTAATTAAAAGGcctttattttcttgtttcagTTTGTTTCAGTACAGAGCTGGTAACACGCATGGTAAATCTGTAGAGCTATTTGGTTCCCTTGACGTCTTTACAAGGATTGCTGATTGCTCATGTACTGTCCACTAGAGGGATTGTGGGAAGAGTCTGTGAGCAATGTTATCTCAAGGTGTCCCATCAAGGGCTAAAGCATGCGATTGATCCACACTAGGCACGACAATACGGACAtgaacacacgcgcacacacgagAACACCGAAACATGTACAAACACAGCCTGAGGGCCAAACCCTCGCAGTCTCCCACCgactaaaaaagaaataaagaaataacagACCACCACGATTAGAAAGAGCATTTTACAACTCCCGATAAGCAGAATGAAAAGTGCAAGAATTAAAATAATGAGACACGATAGCAGGCTATTGATTCTTTTTTTCCCCAGAACTTATGAGATCACGCCAAAGCAGACATGAAGGCATCGACTATCAATCGGAGAAATGAATAATGGTGAAAAATTGTTTCTGTTTTGGGCATTAGAGCAGTCTCTGATATATAAAACAGTCACAGAGCATTACAAAAGACAACCAAGATGGTTTTGTAAGCTTATTTATCAAGCCGATCTCACAGGAAAATGTAAAAGTTTTGCGTTTATCGAACGAATTGCGCTAATTCTACTGAATTCCTAAGATCACATcaaaatataatatgtaaatgAACGATTATAAAGACTCAACCCCTAGCATTTCAGTCATTAGGGCTTCAACAAATCGTACACAAACAATCAATTGAGATCATACAACTTAGCGAAGGCTTCACTACGAACATAAAACCTTTACGAATCGCTGTGAGATGGCGTCGGATTTATACATAGAAAGCAGGATAAGGACAGAATCCATCCATCAGCTGCTCCCAAATCTCTTGTGAGCTTTTGCAAGAAACTATTTATGGTTTACAATCAGGAATGTTTCAAAGAAATGTTCATTGTGCGCGCTGTCATATAGCAGATGGCAGTGCTTGAGTAACTCACAACAACAAATGATTCTTTTATTAAAGGGCCTATGCATTATTGTTAAGGAGACACACATCCACACTTCAAATCTCAAGCAAGACTGATTAAAGTTACTGAATTTCTGAATTATTATGTAGTATACTGAAGTGTCAGCACATTCTTAAGACAATCCCACATCGAATTTTGGATTGTAAATGATTATACGATgaaattaaaaatgcatataCACATAGATGCCTCATTTGAGTTCACTACATGTAggtttccagcctgatctcacaaggaaacgtaactattttacattacgAGTTCattcgtacaaaaatgtacgaatttaaaaaggaggcgtggcacctaaccccgcccctaaacccaactatcctTGGGGGATGAGAAAATtgcactaaattgtacgaatgagatcatacgTATTCATAggaactaaatcaaaaagttacgaattgctgtgagacaGTGTTGAAGTATCCGTCATATCAAAACCTGGTCCATGaggcatgatattggaaaaatctgacattgcgatattttgttttgctgcaatatatattgaaatacaaatttaatttcaccagatgacttgaatagctatatttgtaaataaatttagaTCGACTGGGAAGTCTGGGATAATCAATTGCATCTGCAAAAATCACTAGCCTATATacaacaaagcaaaaataaaagcaaagagTGCCTCATGGttttctaacagtattcaagtacagaaatgtaacaatcaaacgtaaaataacattggcatcattgtataaatatatttttatgaattaatctttaataaataatctaatcctgctaTGTAATTATTGCATATCCACAAATagtgatatcgatgctcaaacgatatattgttcagccctgaTGTGAGCACAAGTTGAGTATGTCTGCAATTAGTTTTATGCAGATATGAATATCCACGTAGTATTGAGAAACGATGGGTCTCTGTCTGCTTAAAAAAAACTGGCAGGGTTCTCTCTCTGGCATCGAAACTAACCAAAATAAGACACAATGTCACAAAACAGACAGAATGCTCAAGCACTTTAGTTTATGTCATATTATTTTAGTTTCTAGTTAAAGAAAAAGCAATATGCTCCATTAAAGATTGTATATTTTGGTTCAGATTTAAAATGACAgcaaaataaaacaaataagactgtctccagaagaaaaaaatattatcagacatatggtgaaattttttttgccctgttaaacataatttgggaaaaaaaaaaaattgaaaaaaaaattaacaggggggctaataattctgacttcaactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatatatactccaaATAAAAGCTGTATTATGGCAGCCTATATTTAATACactatatttaatatacattttactgTTTCAAGATGGCGGATACATTGACATATCTGTAGCAGTCAAATGTGGCATCTACATATAtgtgtaaaaaacaacaaactgTACTTTCTGTCATTGCAGTTGCATGATTAGTCAGCCATTTCAAACTGCCCTTTTCCCAAAAATACATGTGTGTACATACATGTGGATAGCAAACAAGTACGGCCACAGCACGGTTCATACATACGCCCCAGTCAAGTCAAGTCTACAGAACCAAATACAGACTGAACCcattataataaaagtaattgaaaatacattattagACTTGCAATAATGCTCAACTTATGACATTTTAGGAAACAGTGTGGCCCCGTAGCTTCACAGACGGTGTGGAATGTTGGGGAAACACAACAGCTTACGAAAAGAGAGACATTTTAGgatcatctatatatatatatttatctgagCTCTAGAGTTTAGCTCAAGTCTTATGGCTTTAtcttattcacactcacacacatacacacaaacgtACTATTTATTGGCTAGTTAAAACGCTGTTATTATGTAAAAGAGTcataaataaaagctttttagaAAACAATGGGGACTCCAAGTATTCAATGACATGATTGATAATATTGTGCTCCGGCAACTTAGTTGCCAAGGTAGAAATCAGTTGGTCCGAAAAAATCACGTAAGAATGACATAAAGTCAGATAAAATGGCAGTAAACGTGACTTCTCTCATTGGCActgacagtgaaaaaaaaaagataaagtatttgttttattcttcttttCTAGATGATTCTGTAAGATCCAAAACTTTACATTGTAGTTCTGACAAAGATACTCTGCTGATTACTGGATCCTACAGGATGGGGGGGAAATATTCACTTGGAGCCCCCGTTGGAAGTTTTGACTTCCCATAAACGTATTCAGACAAAGAGACATACAAATCTtactatgaaaaataaataaataatttctgaataaatcaatcaattaacacATAAACATGTTGTTCCTTATCGAGATTAGTAGACGGCAAGCATGCGGCTACGTTTTCATTCTATATTAGTTCACACAAAGCACTTAACATACAGTATTTGCTCATGACGTCCAGGCATGGATTGAATCTGAAAATGAAGATGAGTCTATTATACTTCATATTCGCTCCAGTACCAACTCAcagaaaataaatacagatttgatttgatttgattagaaAATATACACAGCATTTCACCCTCCTccgttttgttattaaaatgacaaagaaCACCTACTTaagtacacaatatattttttttttgcttcatctCTGAAACATGCGCATCTTTTTGTATTGTAACATGCAGTATCATAAAGTAGGAACTATGCATATATAGGTCAAACTACACGCCTACGGGTTTGGGGAGGGGGTGTTAGTTGAAAGTagcgattttttatttttattttttttcccccgtgAAAGTCCTTTGAAATATTTGTATTACAGATTAAACCTGAAAACAATTACGATAAGTGATCAAACGAAGACATCGCTCCTTAAATGAGGTTTGGATACTAGCGGGAGAAAACGAAAGCGTGATGTCGTTAAAACAAACGCAACATAATCACACATtcataaaacctgcagaaactgcATTGTGAATGTGGATGGAGATACCTGCTGTTCCACAATCAAACAATGTTATTGCAATTGAACGCCTGTCAGAAGAGCTGCTTCTGTTTTATCCAGAGGAGTCCCATAAAGAAAACATCAGTAAAGCcactttttttttagattctgtccattttttatgtttaaatgatCAGCCTGATCtgacgaggaaacgtaactattttaagttttgcctgtttagtggctaattcgtacaaattcagtcgtgtgaaaatgtatgtttttaaaaaagagacgTGGGACCCCGCCCCTAATCCTAACTGTCATtggtggatgagcaaatcatactacaCTGTATaaattcctattcatttaaatgaactagccactaaatcagaaagttacgaattgccatgagattgtgttggaatgaAACAAAattactttcaagagttcacgcttagctcatgatttatatgtagcttgtttggcgtgctgtcccgggagagagccctgagctcaagagatcctcgagcccagagcTCCCCCCTTTCGCATGGTGAGGGTAGactgagctcaggtcgatctcaaactcccccgctgctgaggccaaggcgaacttcctgagaagttttttttctaatgttcctaagacattagaaaaaaaaaattaggcttatttctatataatatagagcacatttggatggtgggaggaaaccggggaacccgggggaaacccacgcagacacggggagaacatgcaaactccacacagaaataccagatggcccagcaaggacccaacgccattggtatttttgctgtgaggctacagtgctagtcacagagccaccgt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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00044945 True 10595 lncRNA 0.37 2 6313582 6324914

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022126 csrp1a coding downstream 494590 5765514 ~ 5818992 (-)
XLOC_022125 phlda3 coding downstream 554340 5756442 ~ 5759242 (-)
XLOC_022124 tnni1a coding downstream 584098 5723090 ~ 5729484 (-)
XLOC_022123 lad1 coding downstream 594129 5687972 ~ 5719453 (-)
XLOC_022122 tnnt2a coding downstream 628410 5653224 ~ 5685172 (-)
XLOC_022128 NA coding upstream 3317 6328231 ~ 6354179 (-)
XLOC_022129 BX323087.2 coding upstream 74925 6399839 ~ 6419850 (-)
XLOC_022130 bmp7b coding upstream 96500 6421414 ~ 6522099 (-)
XLOC_022131 mipb coding upstream 312697 6637611 ~ 6641223 (-)
XLOC_022132 CR450824.2 coding upstream 324157 6649071 ~ 6660985 (-)
XLOC_022121 dre-let-7e non-coding downstream 882065 5431418 ~ 5431517 (-)
XLOC_022120 dre-let-7a-5 non-coding downstream 882263 5431196 ~ 5431319 (-)
XLOC_022119 CR936540.1 non-coding downstream 948237 5211021 ~ 5365345 (-)
XLOC_022118 NA non-coding downstream 1113828 5190777 ~ 5199754 (-)
XLOC_022117 FO904870.1 non-coding downstream 1187416 5119732 ~ 5126166 (-)
XLOC_022141 NA non-coding upstream 659758 6984672 ~ 6997683 (-)
XLOC_022144 NA non-coding upstream 845952 7170866 ~ 7217574 (-)
XLOC_022145 NA non-coding upstream 875329 7200243 ~ 7202861 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G168270 NA non-coding CI01000033 null 824536 ~ 824756 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) G129454 frmd4a,si:ch211-220f12.1,LOC107719967,LOC107599825 misc NC_056716.1 CM032085.1 26229094 ~ 26332010 (+)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G305806 NA non-coding NW_019172844.1 APWO02000113.1 1589756 ~ 1590183 (-)