XLOC_000228


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000228
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 18165117 ~ 18169100 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00002826
cacattctcactcccaactcgtcacatactgacgcttggtcaggaaccctcggcgtcagttattgacgcacagggtacccctttagcgtcatatttagacgtgcagggattccctatagaatctgtgcctgagcctgaggcgtcatatggagacgctggaggctcgtataattaccaatagatgtcaacgcaatttttaaaacctgatttacgcctattatcttagttttcttattttaaaaatatgtaatttttattttgttcatgaaaagcgtctgtaaacggggtcgaaactactgtatgaataaacttcggcccacgtgacatcccttcacggtgagtttaacgccgctctgctattggtcaaactgcatcagcggtgagttctcagatgagttcaactgtcaacattaaatattacgttaatgctgcataatatatttttattggagattagttggtgtttataaatattttatcatttactttatatttaatgagtgaaaatatattcggttgtccagtttagggtaactatgcctaataaaactttgattcattcatattatttattatttttttactttaaaaaaatattaaatttcaagtactaagtttaaaaatgttttcggctgatatttttcattttaaattatttattaaagttggggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactCTTCACAGCACTGCAGCTAAACAGTCACAACCTCACAGAGCTGCACAACTACCCCACTCAGATCAGTGTTGAAGCTGGAACCTCATCTTGTGTACAGCAAAGGCAGAGCTGAAAATTCACTGTTTGTCTTGTATTGTGTGtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattcctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgtaattataaatataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgttTATTATGATGGCATTTCCAAAGCcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataattgtttttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgatttttatt
>TCONS_00002825
cacattctcactcccaactcgtcacatactgacgcttggtcaggaaccctcggcgtcagttattgacgcacagggtacccctttagcgtcatatttagacgtgcagggattccctatagaatctgtgcctgagcctgaggcgtcatatggagacgctggaggctcgtataattaccaatagatgtcaacgcaatttttaaaacctgatttacgcctattatcttagttttcttattttaaaaatatgtaatttttattttgttcatgaaaagcgtctgtaaacggggtcgaaactactgtatgaataaacttcggcccacgtgacatcccttcacggtgagtttaacgccgctctgctattggtcaaactgcatcagcggtgagttctcagatgagttcaactgtcaacattaaatattacgttaatgctgcataatatatttttattggagattagttggtgtttataaatattttatcatttactttatatttaatgagtgaaaatatattcggttgtccagtttagggtaactatgcctaataaaactttgattcattcatattatttattatttttttactttaaaaaaatattaaatttcaagtactaagtttaaaaatgttttcggctgatatttttcattttaaattatttattaaagttggggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggCACTGCAGCTAAACAGTCACAACCTCACAGAGCTGCACAACTACCCCACTCAGATCAGTGTTGAAGCTGGAACCTCATCTTGTGTACAGCAAAGGCAGAGCTGAAAATTCACTGTTTGTCTTGTATTGTGTGGTAAGTCatagttttattaatgtttttattttattgcaacactAAGTAGTCCATTATGTGGCCAATATGATATAAAGGGCCTAAAATGGGACTGACGTGattattgttttgatttctagataagtactcatggggctacacatgcagctgaagttagctacattgagtaggacatttctttcagtatactcttaaagagattcacccaaaaatgaaaattctgtcattattgactcatccttcacttgttccaaatatgtctgagttcctttcttcagttaaacacaaaaatttatattttaaagaaagatgaaaacctgcaaacattaacttccatagtattagttttttcctactatgtatgtcaatgtttttagctttccagctttcttcaaaaaacttccttcatgttcaacacaaagtaacttggaagtttttaaaaaaggtttacaaccacttaaaggagagtaaatagtgaactattcctttaacccaatctagttgactttactagaaaATTGTATAGAAACCCAGTGGCTTAAACCCATTACATTTTATACAAGGTACAACTTAACAGCcatacttgaattaaaatattactgtaagttcaagaagattgtaaaggttctaggttaatttaaagtgggctgtttagtttcaccttgtgtaaaaacataaaggatttaaggcaacatgtttctatgcagttttctaataaagtcaactagtttgggttaagagtgtaatgggttacagtaatagcagtgaatcatgcaggcataaaataaatgtttagccatgtaaagcaataagcttgttataatttagaaatatttttagggTGGAGCACAGTATGCTGTTGTAGTTTTCATATAATTGATGAGTCAAACATGagatgtgttttaaattgcaagacgtgaattaacaatatgttcatcaagattcaaatcttgcatcttatattttttaaggttttggcccaataatacccatattctgctatttaaaaaatcatgctggaatttgtgtcagcattcccttcaatgaaaactacaacagtggacatcagtggtgataaaaatgtatgagaaggataagggtgttcataatgagaagtgcagtcactatcctgatctctgagtttgtagaactgacagatctgcttggaatacatggaaacatgctggaaatgtttaacctattatacagttaattcaagagtgccaggtttagacactttacatatataaataaatatcactgaactttctaaatgaaacctaacactcattctttgttcagtaatgatgttgtgcacttctaatactttacagtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattcctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgtaattataaatataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgttTATTATGATGGCATTTCCAAAGCcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataattgtttttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgatttttatt
>TCONS_00003054
ttcagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaagggtaatgtttttgttcagaattaatcattatttaaaatcattgtattttctttGCTATTATGTACAGCttttaaaagaatgtactttcttttaataaagaactCTTCACAGCACTGCAGCTAAACAGTCACAACCTCACAGAGCTGCACAACTACCCCACTCAGATCAGTGTTGAAGCTGGAACCTCATCTTGTGTACAGCAAAGGCAGAGCTGAAAATTCACTGTTTGTCTTGTATTGTGTGGTAAGTCatagttttattaatgtttttattttattgcaacactAAGTAGTCCATTATGTGGCCAATATGATATAAAGGGCCTAAAATGGGACTGACGTGattattgttttgatttctagataagtactcatggggctacacatgcagctgaagttagctacattgagtaggacatttctttcagtatactcttaaagagattcacccaaaaatgaaaattctgtcattattgactcatccttcacttgttccaaatatgtctgagttcctttcttcagttaaacacaaaaatttatattttaaagaaagatgaaaacctgcaaacattaacttccatagtattagttttttcctactatgtatgtcaatgtttttagctttccagctttcttcaaaaaacttccttcatgttcaacacaaagtaacttggaagtttttaaaaaaggtttacaaccacttaaaggagagtaaatagtgaactattcctttaacccaatctagttgactttactagaaaATTGTATAGAAACCCAGTGGCTTAAACCCATTACATTTTATACAAGGTACAACTTAACAGCcatacttgaattaaaatattactgtaagttcaagaagattgtaaaggttctaggttaatttaaagtgggctgtttagtttcaccttgtgtaaaaacataaaggatttaaggcaacatgtttctatgcagttttctaataaagtcaactagtttgggttaagagtgtaatgggttacagtaatagcagtgaatcatgcaggcataaaataaatgtttagccatgtaaagcaataagcttgttataatttagaaatatttttagggTGGAGCACAGTATGCTGTTGTAGTTTTCATATAATTGATGAGTCAAACATGagatgtgttttaaattgcaagacgtgaattaacaatatgttcatcaagattcaaatcttgcatcttatattttttaaggttttggcccaataatacccatattctgctatttaaaaaatcatgctggaatttgtgtcagcattcccttcaatgaaaactacaacagtggacatcagtggtgataaaaatgtatgagaaggataagggtgttcataatgagaagtgcagtcactatcctgatctctgagtttgtagaactgacagatctgcttggaatacatggaaacatgctggaaatgtttaacctattatacagttaattcaagagtgccaggtttagacactttacatatataaataaatatcactgaactttctaaatgaaacctaacactcattctttgttcagtaatgatgttgtgcacttctaatactttacagtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaat

Function

GO:

id name namespace
GO:0001756 somitogenesis biological_process
GO:0035270 endocrine system development biological_process
GO:0031290 retinal ganglion cell axon guidance biological_process
GO:0009888 tissue development biological_process
GO:0009653 anatomical structure morphogenesis biological_process
GO:0009952 anterior/posterior pattern specification biological_process
GO:0060485 mesenchyme development biological_process
GO:0003002 regionalization biological_process
GO:0007389 pattern specification process biological_process
GO:0061053 somite development biological_process
GO:0021983 pituitary gland development biological_process
GO:0021984 adenohypophysis development biological_process
GO:0009790 embryo development biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00002826 False 1504 lncRNA 0.34 4 18165117 18169100
TCONS_00002825 False 2826 lncRNA 0.33 3 18165117 18169100
TCONS_00003054 True 1661 lncRNA 0.33 1 18166921 18168581

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000227 NA coding upstream 194833 17966114 ~ 17970284 (+)
XLOC_000226 cyp4v8 coding upstream 252472 17900306 ~ 17912645 (+)
XLOC_000225 tlr3 coding upstream 266890 17892944 ~ 17898227 (+)
XLOC_000224 CR774194.1 coding upstream 303189 17858380 ~ 17861928 (+)
XLOC_000223 ankrd37 coding upstream 466344 17695426 ~ 17698773 (+)
XLOC_000229 CR392335.1 coding downstream 65370 18234470 ~ 18315145 (+)
XLOC_000230 NA coding downstream 186646 18355746 ~ 18363871 (+)
XLOC_000231 si:dkey-192k22.2 coding downstream 381764 18550864 ~ 18563321 (+)
XLOC_000232 slc25a51a coding downstream 642579 18811679 ~ 18816806 (+)
XLOC_000233 NA coding downstream 660072 18829172 ~ 18833443 (+)
XLOC_000218 CR377220.1 non-coding upstream 1396308 16768683 ~ 16768809 (+)
XLOC_000217 NA non-coding upstream 1490991 16672089 ~ 16674126 (+)
XLOC_000213 CT573256.2 non-coding upstream 1706376 16458525 ~ 16458741 (+)
XLOC_000238 NA non-coding downstream 944097 19113197 ~ 19159285 (+)
XLOC_000239 NA non-coding downstream 1083927 19253027 ~ 19264970 (+)
XLOC_000247 BX323590.2 non-coding downstream 1536599 19705699 ~ 19705832 (+)

Expression


Co-expression Network