XLOC_003590


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003590
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 35189723 ~ 35194538 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00007009
GTTGTCATGTGTATCTTGCAAATGTCAAAACACACAGAGGAAGACATTATGCTTtaacgtgtaaaaaaaaaaaaaaaaacacacaccctGACCAATCCACTATATAATAATCTTTCATTGTCAGTGTGACACTCTTTGGCTGAACCATGGCGCTGCAAATCatctctgtgtttgtttttactcTGTTTTTTCCTAAAGCGCTGACACTGAAGTGTTACAACTGTGACGTGCCATCTTCAAATTGCTCCCAAAAAACCTGCAATTCAAGCTCACATTGCTTCTCCAGTATCAAATATATTGGTGGTATTGATAATGGTATTTTCACGTGGGATTGCGCAAATGCCCTTTATGATAATTGGACTGTAAATTTTGGAAAACTTGGATACACCATGAAAGTTTGTTCTTCAGATCTGTGACAAAAGATCTTCAGAACAATGCTACAACagACTCAGCTAATGAAAAGAGCTGCTACACCTGCAACGGCACAGACTGCTCTCAGACAATGTCTTGTAAAGGTGATGAGACCAAGTGCATCACTGCAACAGGTGCCATCTACCCTACTTTAAAAGGATGTGCAAACCAAATTGTCTGTGCTAACACTACTGTAGTGGAACATTTCCTATCCCAGTATGGCTTTGCAAACACTAGTTTGTCATGTTGTGATGGAAACCTGTGTAATAACGGGTAAATTCTGAGGCAGGGAGCTGTGCTGCTGCTCATACCAGTGCTTTCTCTTCTTTTCTCCATCTGAGATCTATTTTTAggagatttttattattttgttataatttaaaTGCTTTTCTTTAAACTAACACTGaaccaattaattttttttgcaaatggaaactcattcaaatgttttaaatgactaTAGGATAAGTGTACTTTTGTGCTTCTAGTCATTTAAAAATAAGATGGTGTGTATAATACATAGctataaaaacatttacatatttttataggCATAATTTTGGTGAAACAAAATAATAGTTGACtcctaattaaaattttattaattaaatcaattttttttattcataaactatgTTGCCAAATGGTTTGGAACATCTGCACATGCACGTTAATGACATCCCAATCTTATTCAGTAGGGTTCAATATGGAGTAGGTCTAAATTTTGCAGCTGCAAACTGGCTTCAACTTATCTGGAAATTATTCCAACATGGTTTAAGAGTGAATGTTTCTAGAAATTTTGAACATTCTTCTTGAATAGCATTTGCGAAGTCAGACACTGAAATTGGGTGAGAAGGTCTGGTTCATCATCTCCGCTCTAATTTATCTCAAAAGTGTTTAGTTGGGTTGAGGTCAGGACTCTGTGCAGGCCGGTAAATTTTCTGGACACCAAACTTGCACATCCATTTTTGCTCATTCATTGCTCATTCTTCTTTATAGACTTTGCTTTGTGCAATGGTGTGCAGTCATGTTGAAACATGAAGTGGTCATTCCCAAACTTTTCCCACAAAGTCGGGACGGGAGCATGAAAATATACAgaaaggctgcgtccgaaaccacattCTTCCATACAATATAGTtctctaaaatcagtatgtgagccgagtagtatgtccgaattcaaagaattcgaaaatcagtatgcaagaagtacccggaagACTTACTAcatccggcgagattctggagtgtgcatcccatgcaccctgtgctatcccataatgccccgcgagagaattcatgaatggaagtgaagcgatgcaactgacgcagataggtcacgtgaccatgacaaaatggcggatgtagtacgtccaaattccattcatatttttcacattcacaccgtatagaacgtacttttctaatggccgagtagtacgtttaaaattaaatacagtacctcttgagtagtaggcggtttcggacgcagccaatgtcTTAGTATGCTTAAAGAGTGCCTTTCAGTAGAGCTGAAGGGCCAAGCCCAACCTTTTAAAAAACAACCTTACACCATAAGCCTCCTCTGATGCAATCTGGAACATACCGTTCTCATGGCAAACACCAAACCCAGATTTTTCCATTGGATCGCCAGACAGTGAAGAGTGGTTTGTCACTCCGGAGAGGGTTTACTCTGCTCTTGAGTGCAAGATGGCGGCATGCTttacaccagtgtttctcaaccacgttcctggaggaccaccagctctgcacattttccatgtttccttaaccaaacacacctgattcagatcatcagctcattagcagagactgaaagacctgtgatgggtgtaacagacaaaggagacatccaaaccatgaagtgttggtggtcctccaggaacctggttgagaaacactgctttacacCATTGCATCTGATGTTATGCATTGCACTTAGTGATGTAAGGCTTAGGTTTAAATGCTTACAGTTGAAACCTATTTAATTAAGCTTTCGACACCTGTTTTTTAGCTTATCTGAAGGCCACAAAATTTGGAGGTCTGTTGGAATTGACTCTGTAGAAAGCAAACGCAGACCCCActccattttttaaatttcaattcACAACATGCAGATGAATGCCAACAAACAAAATTGGTTAGGACTTGTTGAAACAATGTGTTACCCCTGTcagcattttaattaattaattaattaattaacatactTCATTTTTTACACATCTGGACATGGAAGGGATTGCAACATCGATTCAATGATTCGAAAAGGTGTCCCAAAATGGTTGGCAATTAGTGTATGTTTtagaaatatattgttttgtagcTCAGTAAAAATCATCATTTCTTTTGATCTCGCTTTATAGTAATGTACAACTCATGCTATtgataaaccattaactaagacttttagctttaTACACTAAGTTTGGGTTGGGTGGTGGGTAGAATTAGGCATTGTACTTTATGAGAAGaactaataataaacagttaatatcatAATAATAGACAAGTAATGAGTCAgtagttgtgtaaattgtttcTTATAATATTCTTTTTGCAGTGAACATGTTGTGTGATGTTGACGCTGTTTTAAATTCagtggattttattttatataattgttgAGAAATATTTTCATGACTGCTATACTGGTATATTCTCTTGtgtcatttatttgttatatttgttaaattaatcaaattaaacatTACTATGGCAAAGCACTTTTTAATATTAAGTCGGTTACGTTATTTAAAAATCCTTGTgacctaattaatattcatgaggaaTGCCGTTTTGTACTTGTGCTTACCTCCTTTTGTCTGTCTGAGATCTATCTATTTTTATGGTTTTGTTATAATATAGTTGCTTTTTTATACATGTAAAAGACTCTTAAAATTGAACTTCTTTAGTAAATGCTCTcgcataaaaatgttttaaatgactgCATTTCTAATATCAAATTAACTTTTGTGCTTATTATCATGTAGGCTAaattttggttgattttattttggttttattaaaatacatattatcACGATCACTAGATTGGCATATACTGCTGTGTAAt
>TCONS_00008650
GAACCATGGCGCTGCAAATCatctctgtgtttgtttttactcTGTTTTTTCCTAAAGGTATGTCGCACAAAATTGATTTCCAATAAATgcacttcttttttaaatacatttaatatatcactcttattttaatttcattgctATAGTTATAAAATCGCCTCATTCTTATCTTTTTATTGACTTACAGCGCTGACACTGAAGTGTTACAACTGTGACGTGCCATCTTCAAATTGCTCCCAAAAAACCTGCAATTCAAGCTCACATTGCTTCTCCAGTATCAAATATAGTAAGATCTGCATGACTGTAAAGTGTCTGGTAATGAATATGTTATTGACTTGGTTTGCTAatgaatctttattttttattgtttttcattgCAGTTGGTGGTATTGATAATGGTATTTTCACGTGGGATTGCGCAAATGCCCTTTATGATAATTGGACTGTAAATTTTGGAAAACTTGGATACACCATGAAAGTTTGTTCTTCAGATCTGTGACAAAAGATCTTCAGAACAATGCTACAACaggtaaaacaaaatacatacaaaaattgACTGTTCCAACTTATTTTATgtgtacacataaaaaaaaaagaagatttttgctgcttgtttaaactagtTTTTTAAATGAGCTAAAAACTCAATAAGatttgttgggacaacttaattgttttatgttcaatccacttaaatttgtaaagttgATTTAtcaaacttaatcgatttgtgttgagacaacgtcaatgaattgtgtggaagcctgcaTTTTGTATCTAATTTCTGTCTTTTCACAAGTGCAGCTGCTGGACAAGTCCAAAATTCTTTAGCTGAAAAACCtggttattatttaaaataactgaataaaaacataaataattgcTCTGTTTCTTTGAATTTTTACCTTGTATTTTCACAAACTGATTtctcaatatttttttctaaagcatGTGCAATTTCTTGAAAATTTTTTTACCTTCTTTagttgaaaaaaacatttatattgcaaaatatagcaaaaaataaataaaattactttgcTTTCCTGGATTGATTTATGCAGAACTGATGTGACGTATTTAAAgaaagtaactgtaattaaactACCTAAAACTGAAACGTCATCCCTTACTTAAATTTTTTCAGCAAAACATAATTTAAGAAACTAGTTcctttgtaactaattacacccaacatTGATTACAGTTCATAAAGTGCCTTTTCAAATATTACCTATTACCTTTCAGTGATATGTACTGTATTATGCGcagtgtaatgtagctgtttgcTAAAGGTAAAGGtctgtaaatgtttaaatatcaaaGTAATGGAAGTCTGCTAAAACAAGAATTCATTCTGAACTGCCGGAGTGCGTCGTCACAAATTGTTTCATCTCTATATCACATTTCTGAATACATTTgaataattgtttgtttatgcttGAACTATTCCAAATTATTTCTCCATTTAACTGTCTCTGCTTTTGTTGAACTGTGTAGACTCAGCTAATGAAAAGAGCTGCTACACCTGCAACGGCACAGACTGCTCTCAGACAATGTCTTGTAAAGGTGATGAGACCAAGTGCATCACTGCAACAGGTGATTCACAGCAAACACTTCTGAGTAATCTGCTAAACTGCTTCCTAAAGTTAATGAATCAAAgttcttgttatttatttgtgcttAACTTTCTACCATTTTCTTTTTCTCAGGTGCCATCTACCCTACTTTAAAAGGATGTGCAAACCAAATTGTCTGTGCTAACACTACTGTAGTGGAACATTTCCTATCCCAGTATGGCTTTGCAAACACTAGTTTGTCATGTTGTGATGGAAACCTGTGTAATAACGGGTAAATTCTGAGGCAGGGAGCTGTGCTGCTGCTCATACCAGTGCTTTCTCTTCTTTTCTCCATCTGAGATCTATTTTTAggagatttttattattttgttataatttaaaTGCTTTTCTTTAAACTAACACTGaaccaattaattttttttgcaaatggaaactcattcaaatgttttaaatgactaTAGGATAAGTGTACTTTTGTGCTTCTAGTCATTTAAAAATAAGATGGTGTGTATAATACATAGctataaaaacatttacatatttttataggCATAATTTTGGTGAAACAAAATAATAGTTGACtcctaattaaaattttattaattaaatcaattttttttattcataaactatgTTGCCAAATGGTTTGGAACATCTGCACATGCACGTTAATGACATCCCAATCTTATTCAGTAGGGTTCAATATGGAGTAGGTCTAAATTTTGCAGCTGCAAACTGGCTTCAACTTATCTGGAAATTATTCCAACATGGTTTAAGAGTGAATGTTTCTAGAAATTTTGAACATTCTTCTTGAATAGCATTTGCGAAGTCAGACACTGAAATTGGGTGAGAAGGTCTGGTTCATCATCTCCGCTCTAATTTATCTCAAAAGTGTTTAGTTGGGTTGAGGTCAGGACTCTGTGCAGGCCGGTAAATTTTCTGGACACCAAACTTGCACATCCATTTTTGCTCATTCATTGCTCATTCTTCTTTATAGACTTTGCTTTGTGCAATGGTGTGCAGTCATGTTGAAACATGAAGTGGTCATTCCCAAACTTTTCCCACAAAGTCGGGACGGGAGCATGAAAATATACAgaaaggctgcgtccgaaaccacattCTTCCATACAATATAGTtctctaaaatcagtatgtgagccgagtagtatgtccgaattcaaagaattcgaaaatcagtatgcaagaagtacccggaagACTTACTAcatccggcgagattctggagtgtgcatcccatgcaccctgtgctatcccataatgccccgcgagagaattcatgaatggaagtgaagcgatgcaactgacgcagataggtcacgtgaccatgacaaaatggcggatgtagtacgtccaaattccattcatatttttcacattcacaccgtatagaacgtacttttctaatggccgagtagtacgtttaaaattaaatacagtacctcttgagtagtaggcggtttcggacgcagccaatgtcTTAGTATGCTTAAAGAGTGCCTTTCAGTAGAGCTGAAGGGCCAAGCCCAACCTTTTAAAAAACAACCTTACACCATAAGCCTCCTCTGATGCAATCTGGAACATACCGTTCTCATGGCAAACACCAAACCCAGATTTTTCCATTGGATCGCCAGACAGTGAAGAGTGGTTTGTCACTCCGGAGAGGGTTTACTCTGCTCTTGAGTGCAAGATGGCGGCATGCTttacaccagtgtttctcaaccacgttcctggaggaccaccagctctgcacattttccatgtttccttaaccaaacacacctgattcagatcatcagctcattagcagagactgaaagacctgtgatgggtgtaacagacaaaggagacatccaaaccatgaagtgttggtggtcctccaggaacctggttgagaaacactgctttacacCATTGCATCTGATGTTATGCATTGCACTTAGTGATGTAAGGCTTAGGTTTAAATGCTTACAGTTGAAACCTATTTAATTAAGCTTTCGACACCTGTTTTTTAGCTTATCTGAAGGCCACAAAATTTGGAGGTCTGTTGGAATTGACTCTGTAGAAAGCAAACGCAGACCCCActccattttttaaatttcaattcACAACATGCAGATGAATGCCAACAAACAAAATTGGTTAGGACTTGTTGAAACAATGTGTTACCCCTGTcagcattttaattaattaattaattaattaacatactTCATTTTTTACACATCTGGACATGGAAGGGATTGCAACATCGATTCAATGATTCGAAAAGGTGTCCCAAAATGGTTGGCAATTAGTGTATGTTTtagaaatatattgttttgtagcTCAGTAAAAATCATCATTTCTTTTGATCTCGCTTTATAGTAATGTACAACTCATGCTATtgataaaccattaactaagacttttagctttaTACACTAAGTTTGGGTTGGGTGGTGGGTAGAATTAGGCATTGTACTTTATGAGAAGaactaataataaacagttaatatcatAATAATAGACAAGTAATGAGTCAgtagttgtgtaaattgtttcTTATAATATTCTTTTTGCAGTGAACATGTTGTGTGATGTTGACGCTGTTTTAAATTCagtggattttattttatataattgttgAGAAATATTTTCATGACTGCTATACTGGTATATTCTCTTGtgtcatttatttgttatatttgttaaattaatcaaattaaacatTACTATGGCAAAGCACTTTTTAATATTAAGTCGGTTACGTTATTTAAAAATCCTTGTgacctaattaatattcatgaggaaTGCCGTTTTGTACTTGTGCTTACCTCCTTTTGTCTGTCTGAGATCTATCTATTTTTATGGTTTTGTTATAATATAGTTGCTTTTTTATACATGTAAAAGACTCTTAAAATTGAACTTCTTTAGTAAATGCTCTcgcataaaaatgttttaaatgactgCATTTCTAATATCAAATTAACTTTTGTGCTTATTATCATGTAGGCTAaattttggttgattttattttggttttattaaaatacatattatcACGATCACTAGATTGGCATATACTGCTGTGTAAt

Function

GO:

id name namespace
GO:0140014 mitotic nuclear division biological_process
GO:0070925 organelle assembly biological_process
GO:0005876 spindle microtubule cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00007009 False 3508 lncRNA 0.36 5 35189723 35194538
TCONS_00008650 True 4675 lncRNA 0.34 1 35189864 35194538

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003589 mon1a coding upstream 4666 35171406 ~ 35185057 (+)
XLOC_003588 CT963136.1 coding upstream 96001 35093605 ~ 35093722 (+)
XLOC_003587 inka1a coding upstream 133116 35048642 ~ 35056607 (+)
XLOC_003586 gnai2a coding upstream 147529 34921492 ~ 35042194 (+)
XLOC_003585 slc38a3a coding upstream 274866 34824099 ~ 34914857 (+)
XLOC_003591 mst1rb coding downstream 2049 35196587 ~ 35238756 (+)
XLOC_003592 NA coding downstream 104305 35298843 ~ 35315234 (+)
XLOC_003593 camkvb coding downstream 169907 35364445 ~ 35441348 (+)
XLOC_003594 CR933559.1 coding downstream 858193 36052731 ~ 36146847 (+)
XLOC_003595 grm2b coding downstream 963596 36158134 ~ 36216651 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 19066641 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 22477727 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 22495460 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 22504124 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 22509695 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003583 NA non-coding upstream 628984 34551024 ~ 34560739 (+)
XLOC_003581 NA non-coding upstream 786916 34397567 ~ 34402807 (+)
XLOC_003579 NA non-coding upstream 1339434 33844208 ~ 33850289 (+)
XLOC_003576 BX119916.1 non-coding upstream 1760731 33428874 ~ 33428992 (+)
XLOC_003602 CU928222.1 non-coding downstream 1299556 36494094 ~ 36500806 (+)
XLOC_003603 CU928222.3 non-coding downstream 1311136 36505674 ~ 36515323 (+)
XLOC_003604 CU928222.2 non-coding downstream 1325433 36519971 ~ 36528422 (+)
XLOC_003575 NA non-coding upstream 1631630 33312576 ~ 33558093 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G419239 NA non-coding CI01000304 null 1317276 ~ 1317517 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G437702 NA non-coding CI01000308 null 226584 ~ 317938 (-)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G405909 NA non-coding NC_047623.1 CM018569.1 14688023 ~ 14720906 (-)