XLOC_003816


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003816
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 1911551 ~ 1915454 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008732
atttactccCCCTCAAGTGAACACGagagaagacattttgaagaatgttggaaacctgtaaccattgatttcaattgtattattattattattattgttgttgttattattattattattattattattaatggtaatagtaataaaagcaataatgactgtgAAAATGGGCAAAATtcttacaaataataataataaatgaataatgatgtgTATATGGAGGGTCTCACTGCATCTCTTCCGGGTCAAAATGAGTGTCAAAAACAGGGTATTGGAAAACAAGGCTCCAAAATCTGCATAACAATAAAGCCAGTTGAGTTTCCTGTTCAGATGCTGTTctcctgcgtgtgtgtgtgtttaatgaacAACACAAGATTAATCTGAGAGAGAGATGAGTCTGACTCCAGATCAGCAGCTCTCTGCTCTCATCACTGTTTCTGATGCTACAAACCACTTAAAGTCACTTCCTCTACACTGGAAGACTAGCAAACACtatttacacgcacacacacacacacacacgcacacacacacacacacacacacacagattcaaaaCCTGAAATATTCTGGTGGAATTATATACACTAAAAGGTACAAAATCTCTGATTTCAGCTCTAGTAACAGCGCAGGACATGGAAGATTaatcattatacatttttaaaatagaaatgagcAGTCGGTAACTTTATTTTAAGGGTCcacaataatgcattagttaagcatttattaatgttaaaaaataagcATTAGTTAAAAACAGTTTTAGTCAATAAACTAGAATATTCCTCAATAAGTGGCATAATTCATGTGGATATCACCTTCACTTTAGCTCAAACTGCCTTTATTACCATGTAATAATGACTTTTAGCCTTAATTATTAGCTTGTTGTAATCAATAAACTTGAATATTCCCCAATAAGTGCCATATTTAATGTGGATATCACTTTCATTTTAGAATAGGGGTCAAATTGACTTTATTAACACAGTATTAATGACCTTTATGCCTAAATTATTAGCTTGTTTTAGTCAATAAACTTGAATATTCCTCAATAAGTGTCATAATTATTGTAGATATCATTTTCACTTTAGAATAGGGGGGCAAATTTCCTTCATTAGCACTGTATTAATGACCTTTCAGCCCTAATTATTACCTTGTTTTATTCAATAAACTAGAATATCCCTCAATAAGTGCCATAATTAATGTGGATATCACTTTCACTTTACAATAGGGGGTCAAATTTCCTTCATTAGCACTGTAATAATGACCTTTTAGCCTTAATTATTAGCTTGCTTTATTTAATAAACGTGATTATGCCTCAATAAGTGCCATAATTAATGTTGATTTTACTTTCACTTCAGTATAGAGAGTCAAATTTCCTTCATTAGCACTGTATTTATGACCTTTATAAATGTGGATATAACTTTAGAACATGAGATTAAACTGTGTTTATTACACTATTTCAGCTATAAATAATTACAAACCAGCAGTAATTAAACATAATTAGTAGCTTGTTGTTCAGTTAACTTACAAAGTGACTGAAGGAAATAATATATGGTGTATTAAACTGTAAATAATGGTTAAAGTGCCTTTACTATATGTTCAGTTATTCGTGAATGATGTGTTTGCTCATGCTGAACTGATGCATAACTCCATCAGTTTCCTTCAGCGTAGTTCCTTTgttctccacagtggaatgaaccgccaactattccagcatatgtttaacatatgtgcagcccagtactgggaaatgacGCATAAATGTGAGCTAATCATGATTTAACTAAGCTTAACTAATGCATAATTCGAGACCCTTAATATGTTAACCATTAATTACCAGTGCTCTTGTTTTTGACTATGAGCTGTTAATTAAtgcttaactaatgcattattttggACCCTTAAATTAAAGTGACTGATGCTAAACACTGTAATGTTAGGCACAGACTGTTTCACAGCTCATTATTAGATTAAAATGTCCCTCATTTAATCTATATACAGTCTATatgagtcagaattattcgccccctttgatttttttcttctttttttaatatttcccatatgatgtttaacagagcaaggaaattctcacagcatgtctgataatattttttcttccggaaaaagtcttacttgttttatttcggctagaataaaagcagtttttaattttttaaacatcattttagggacaatattattcgcccctttcagctgtatttttttttcgatagtctccagaacaaaccatcgttatacaataacttgcctaattacccttacctgcctaattaacctagttaagcctttaaatgtcactttaaacagtatagaagtgtcttgaggaatatctagttaattcaacagaaattgggggataaAAATAGgtggggtctaataattcaggggggctaataattctgactttaactgtatatcatttgttttgtttgtctaaaaaaattcagattttaataaaaaaattatatttacacacactttGATAGGACAGCATCGTATATTTGATCTATTTCTGCATCTAATATTTCATATGAACTTGTCCTGGCGTGCAccgaaaaacaaaagaaaagataaactctgcaataaataataagttaaagATTGTCTGCTGCAGGAGTTGAATTAGAGTGACCGGATCACTGTTAGTGATGTGAAGAAGTGGCTTTAAATGGTTTCCTCAGCAAAAAAATATCAAACCGCAAACACAAAAATGCACCTTAAATCTGTACAACAACACAGAATCTCTCGCTGCTGCTGACCCAAGAACAAATCCGAATAAAAGCTTGCatattttacacaaaaataagACACATGTTCAACGTTCTCTTTTTTTCATCCTCCCATAGTAAAGAATCGGTCGTTAACAATGAGCGCGGCGGTGTTTCCTCACCTCCTCCTGATCCTGCTGACTCTTGAGGCTTTTATTCCTGTTATTCAGTCTCCGCTGTGGGCTGAGTGACTCCTCAACACAAGATGAAGGATGAgtgtctgtgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtccacagcGGCTCCTCCATCCGCAGCACACACTGCAAAATCACATCCAGCAACATATACTCAGTAGCATATTCATTGGATATTTTCAGCATCAAACTAAaccttgacttctagctgatcatttggagAAGTGTCAGGAGGTGGATTTATCTCTGgggatctgcatcccaatcatcacaaatactgcagaagacccacaTGGAGCAaagattcacacagaaatcagtcaagtttggtgaaggagaaatcatggtttggggtcacattcagtatggagagatctgcagacatttacagcctgaggtatcaacacatttgtgctgccaaaccaaaggagagggacaattctccagcaggatagcgctcctgctcatacttcagcctccacatcaaagctcctgaaagcagagaaggccaagctgctccaggattggccagcccagtcaccagacatgaacatgattgagcatgtctgatgaagatgaaggaggaggcgttgaagatgaaaacaaagagtcttgatgaactctgggagtcctgcaagaccttactgtcctaatcaaatcattaataatcaaggcatga
>TCONS_00008733
atttattaatgttaaaaaataagcATTAGTTAAAAACAGTTTTAGTCAATAAACTAGAATATTCCTCAATAAGTGGCATAATTCATGTGGATATCACCTTCACTTTAGCTCAAACTGCCTTTATTACCATGTAATAATGACTTTTAGCCTTAATTATTAGCTTGTTGTAATCAATAAACTTGAATATTCCCCAATAAGTGCCATATTTAATGTGGATATCACTTTCATTTTAGAATAGGGGTCAAATTGACTTTATTAACACAGTATTAATGACCTTTATGCCTAAATTATTAGCTTGTTTTAGTCAATAAACTTGAATATTCCTCAATAAGTGTCATAATTATTGTAGATATCATTTTCACTTTAGAATAGGGGGGCAAATTTCCTTCATTAGCACTGTATTAATGACCTTTCAGCCCTAATTATTACCTTGTTTTATTCAATAAACTAGAATATCCCTCAATAAGTGCCATAATTAATGTGGATATCACTTTCACTTTACAATAGGGGGTCAAATTTCCTTCATTAGCACTGTAATAATGACCTTTTAGGCTTAATTATTAGCTGGTTTTAGTTAATAAACTAGAATATTCCCCAATAAGTGCCATAATTAATATGGATATCACTTTCAGTTTAGAATAGAAGGTCAAATTGTTTTTATTAGCACTGTATTAATGACCTTTAAGGCGTAATTATTAGGTTTTCTTAATCAATAAACTTGAATATTCCACAATAAGTGCCAAAACTAATGTGGATATCACTTTGAGTTTACAATAGTGTCCTTCATTAGCACAGTATTTATGACGTTTTAGCCTTAATTATTAGCTTGCTTTATTTAATAAACGTGATTATGCCTCAATAAGTGCCATAATTAATGTTGATTTTACTTTCACTTCAGTATAGAGAGTCAAATTTCCTTCATTAGCACTGTATTTATGACCTTTATAAATGTGGATATAACTTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008732 False 3643 lncRNA 0.35 2 1911551 1915454
TCONS_00008733 True 964 lncRNA 0.29 1 1913767 1914730

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003815 NA coding downstream 43626 1854431 ~ 1867925 (-)
XLOC_003814 NA coding downstream 306264 1603728 ~ 1605287 (-)
XLOC_003813 si:ch73-303b9.1 coding downstream 360842 1547226 ~ 1550709 (-)
XLOC_003812 phactr3b coding downstream 401778 1422737 ~ 1509773 (-)
XLOC_003811 si:ch211-266k22.6 coding downstream 502315 1403741 ~ 1409236 (-)
XLOC_003817 NA coding upstream 509 1915963 ~ 1920521 (-)
XLOC_003818 faim2b coding upstream 10350 1925804 ~ 1935883 (-)
XLOC_003819 nr1d4b coding upstream 29275 1944729 ~ 1967438 (-)
XLOC_003820 calcoco1b coding upstream 196128 2111582 ~ 2131280 (-)
XLOC_003821 NA coding upstream 295611 2211065 ~ 2222440 (-)
XLOC_003938 BX324177.10 misc upstream 9423350 11338804 ~ 11339100 (-)
XLOC_003942 BX324177.17 misc upstream 9452140 11367594 ~ 11367890 (-)
XLOC_003943 BX324177.3 misc upstream 9455001 11370455 ~ 11370653 (-)
XLOC_003944 BX324177.4 misc upstream 9465450 11380904 ~ 11381204 (-)
XLOC_003945 BX324177.6 misc upstream 9468379 11383833 ~ 11384130 (-)
XLOC_003806 NA non-coding downstream 822922 1065161 ~ 1088629 (-)
XLOC_003804 NA non-coding downstream 925811 931493 ~ 985740 (-)
XLOC_003803 CABZ01066384.1 non-coding downstream 931803 923795 ~ 979748 (-)
XLOC_003825 NA non-coding upstream 400042 2315496 ~ 2316213 (-)
XLOC_003826 NA non-coding upstream 531187 2446641 ~ 2448514 (-)
XLOC_003835 NA non-coding upstream 841439 2756893 ~ 2760366 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G247176 NA non-coding CI01000058 null 61870 ~ 62126 (+)
eurasian perch (Perca fluviatilis) G207175 NA non-coding NC_053131.1 CM020928.1 31034796 ~ 31035354 (-)