XLOC_004641 (msrb1b)



Basic Information


Item Value
gene id XLOC_004641
gene name msrb1b
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 18529228 ~ 18571563 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence


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AGCGCTTTCGTCTCGCTCAGGTAAGATTTACTGTAcgttatttttaaaatcatgtgTCTCAATGTTTATTTTAGACAATTTTTTCACGCTGAAAATTAATGTATAACTATGACAAGTGTTTAACGTCATTTATTTCTGTGCAACCACAGTTTAATCGTgctgcaaaaatataaataagctaTAGAAACTTCTATGTTAAAAGGTATTGATGTACATTTATACAATTTTGAACAAGCAGAGCTAAAACTAGGCATTCTTTCGCGTAGGTATCTTTAGGTCAGGACTGAGCAGAGCTGATCATGAATGTGAATCAAGGCACCGTCGGAAGTGACCCGGTGATTCTCGCCACCGCTGGTTATGACCACACCGTCAGATTCTGGCAGGCCCACAGCGGGATCTGTACGAGAACTGTCCAGCACCAGGACTCTCAAGTCAATTCTCTTGAAGTAACACCTGATAGGAGCATGATTGCTGCTGCTGGTTATCAACACATTCGCATGTATGACTTAAATTCAAATAATCCAAACCCTGTGATCAATTACGATGGAGTCAGCAAGAACATCACGTCTGTGGGCTTTCATGAGGATGGTCGGTGGATGTACACGGGTGGAGAAGACTGCATGGCTCGCATCTGGGACCTGAGGTCCCGAAATCTTCAGTGCCAAAGAATATTTCAAGTCAATGCACCTATTAATTGCGTGTGTCTTCATCCCAATCAGGCCGAACTAATCGTTGGGGACCAAAGTGGTGTTATCCATATCTGGGATTTGAAAACTGACCACAATGAACAACTCATCCCAGAGCCAGACGTCTCCGTCAATTCAGTCCATATCGATCCTGATGCCAGTTATATGGCTGCAGTCAACAGCTC
>TCONS_00009197
CAGGACTGAGCAGAGCTGATCATGAATGTGAATCAAGGCACCGTCGGAAGTGACCCGGTGATTCTCGCCACCGCTGGTTATGACCACACCGTCAGATTCTGGCAGGCCCACAGCGGGATCTGTACGAGAACTGTCCAGCACCAGGACTCTCAAGTCAATTCTCTTGAAGTAACACCTGATAGGAGCATGATTGCTGCTGCTGGTTATCAACACATTCGCATGTATGACTTAAATTCAAATAATCCAAACCCTGTGATCAATTACGATGGAGTCAGCAAGAACATCACGTCTGTGGGCTTTCATGAGGATGGTCGGTGGATGTACACGGGTGGAGAAGACTGCATGGCTCGCATCTGGGACCTGAGGTCCCGAAATCTTCAGTGCCAAAGAATATTTCAAGTCAATGCACCTATTAATTGCGTGTGTCTTCATCCCAATCAGGCCGAACTAATCGTTGGGGACCAAAGTGGTGTTATCCATATCTGGGATTTGAAAACTGACCACAATGAACAACTCATCCCAGAGCCAGACGTCTCCGTCAATTCAGTCCATATCGATCCTGATGCCAGTTATATGGCTGCAGTCAACAGCTCGGGCAACTGTTATGTGTGGAATTTGGCTGGAGGAATGGGGGATGAAGTGACGCAACTCATACCCAAGACAAAGATCCCAGCTCACAAACGCTACTCATTACGCTGCAAATTCAGCCCAGACTCCACATTGCTGGCCACATGCTCTGCTGACCAGACCTGTAAAATTTGGAGAACCTCAAACTTCTCACTGATGACAGAGTTGAGCATTAAGAGTAACAACCCAGGAGAGACGTCGCGAGGCTGGATGTGGGATTGTGCCTTTTCTGGAGATTCACAGTACATTGTCACAGCCTCCTCTGATAACCTTGCTCGTCTGTGGTGTGTGGAGACCGGAGAGATCAAGCGGGAGTACAGCGGCCATCAGAAGGCCGTTGTGTGTTTGGCCTTCAATGACAGTGTGCTTGGATAG

Function


symbol description
msrb1b Predicted to enable L-methionine-(R)-S-oxide reductase activity and peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity. Orthologous to human MSRB1 (methionine sulfoxide reductase B1).

GO:

id name namespace
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GO:0005575 cellular_component cellular_component
GO:0033743 peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040912-88 Predicted to enable L-methionine-(R)-S-oxide reductase activity and peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity. Orthologous to human MSRB1 (methionine sulfoxide reductase B1).
ZDB-GENE-030131-6176 Predicted to be involved in TOR signaling and regulation of actin cytoskeleton organization. Predicted to be located in cytoplasm. Predicted to be part of TORC1 complex and TORC2 complex. Orthologous to human MLST8 (MTOR associated protein, LST8 homolog).

RNA


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TCONS_00009187 False 465 mRNA 0.43 6 18532866 18534387
TCONS_00009188 False 198 mRNA 0.42 3 18532885 18533809
TCONS_00009189 False 1724 mRNA 0.42 14 18532886 18543726
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TCONS_00009191 False 1961 mRNA 0.43 10 18542954 18552343
TCONS_00009192 False 2107 mRNA 0.43 10 18542954 18560608
TCONS_00009193 False 1961 mRNA 0.43 10 18542954 18571563
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TCONS_00009195 False 584 lncRNA 0.39 2 18543792 18544621
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Neighbor


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XLOC_004644 AL772266.2 coding downstream 27287 18598850 ~ 18598964 (+)
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Expression



Co-expression Network