XLOC_006436 (mcfd2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006436
gene name mcfd2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 8682176 ~ 8692860 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00012460
TGTAATGAGATTGAGAGAAATATCTGGGCAGCTCAGATTATGGAGCTGGTTCCTGGTCTGCTCCGGCTGTATGCTGTCTGTATGGGCCCATGGAGGACAACATGGAGAAGCAGTTGGCTCAAATCAGGTGCCCCCACCAATCACCCGCTTGGACAGGAACATGGTTCAGGATAGAGAGCATATCATGGAGCATTTAGAAGGGATTGTTGAAAAGCAAGAGTCAGAAATGACACCTCAAGAGCTGCAGCTGCACTATTTTAAGATGCACGATTATGATGGCAACAATCTGCTGGATGGACTTGAGCTTGCCACTGCCATTACACATGTTCATAGGGAGGAAAGAGGAGGAGATAGCCAACCAATGAGGGAAGAAGATCTCATCAACCTTATTGATGATGTCCTCAGAGACGATGACAAAAACAATGATGGCTACATTGACTATGCAGAGTTTGCAACGTCTCTGGagtagtaaaaaaacaacaacaaatacaccAACAGCCTTACTGTGAATGCAGATTACCTCTGATGTACAAGTCTCCAGGACATTCCTCCGTGTGTGCGGTTTCACAGGCACAGTATAGTCATGCTTTAGTATATCCAGTATTAAATGTCATAAAATTAAATGGTAAGGGTCATCTCACTGATCAAAGGTGTTGTGTAGTCATGCCATCGTAACTTTTGCACTCACATTTGCGTATTTCCTGTCAGAATGGACTCTTGATGTATAAACTGCCTAAATTTGTCATCTGTAAAAATGGATATTATTGAATAAATACTTTGCggaaatgctcttctgcaaagCTGTTGTTTAAATGAAGCTGAAGTGCGACAAATTTGCTgctcatgaatgaatgaacttgctcTCTCTGCCTTAATGAGATCATCGTTGTgactgtcattttaaaatgccaatTTGGAAGTAAAACATCTCAAACAGTGTTTGAGAGAACATCTACCTATAAAGATTAAAGCTCATGTGTGCAATGTGCCTATTTGCAcctacagtataaaatataatttccCTATGTAGCTTTTCTTTACGGTTGCTTTTAATAACAGGCACCAGagattttgtgaagtttatttataaattatatataagatCATGTGCTTCTGATTGGTTGCATTTATTCCCGCGTTATTCaaattatgattcaccaatcagacgattcctgagCCACCATAAATAccttaagttccatataacagccgttttcgttttgaagaatcctcccttccacTCCTTACTCATCTTCCTTTTCCAGATGGGTGGCAGGGTGGCCCAGTGGTTTGctctgttgcttcacagcaagaacatcactggttctattCCTAACCAAgccagctgatgtttctgtgcggagtttacacattctccccttGCTCATGTGGGctttccccggtttcctcccacagtccaaaaacatgcaacgtatgttaattgactaatccaaatcagcaccatagacatgctcctagtaagtcggtatttcttaagagcaatcactatgttcattagctactatagCAGAGGAGCTCTCGAGATCTACCGGAGCTCAAACTCTTGCCTTGGGAGGGAATCCCCGGGCTTGAGAATCTTATGAGCTCATAGCTCTTACCCGGGACCGCatgtcaaacaagctttataatcaatcatcagctaagtgtgaagtcTTGAAAAGACAACAATCAGAACTTCATCATCCAAACAAAAAGTTTTAACTGATTTTCAACTTATTACATACACAAAATGTCATATGGGTCAATGTAATGCTTttctattaaattaataaaagtaatttaaaatgtgATTCATCCTAATACTCACTTAAATACTCGATTCTCAAGATTAGAAAACATTTAGAATGTTTTTGGGGTGAAGCAACTATAAACAATATCAGAATGAATGACgcctttgtctttttttttatctactaCTTTTGGAAAACCTTTATACATAAAACTAATAAAGCCAAACCTTTTCCTGTGTGatcaaaatgaaagtaaaaatagCAGCTTTGCAGGAAAACGGTATGAAAGTTTTCAGTCAGAACTGTTTTTAAGTGCCCATTATgtagtataataaataaaaactgttttttcacACGTTTTCAAGAAACTTAAAAGACTTTCATTGACCTGTGCATGTTCATTTTACATGGATAACATggcaaaaacaacacaatatttacataaaatgtcTAATTTGTTTTTACCAAAGCTGTTATTGATTACTTggagtaatgtatttcagatgtACATAGGGTCTGTTGTGCATTTCAATGGAGGAAATGACATTCATAATGGTCCTTATTTATAATCCTAAACATGTTCAGTGTTAAAAGAACCTAGTATAGTAGTCAAAGTaatcaatataaatgtaattatttttgtcTAAGATGCAATAAAAGTATGTTCTATGTGACTCCAAATGTAATAAAGAAGTAAAAATTAATATTGCTTTGTCTTTGAAAACTTTCTATTCTGTATACTTTATGTAGATTCTTGTACAAAAGGGAAGATAAAAATGTCAATCGTTACTAGTTCCAGTGACTAGTACTTTCCAGTCCTGGCACAGAGGCCAGTGAGAGCACTGAGGTGGGGGATGGCCCAATGTTGCGCAATTGATTGTACCAGTCATTAGGCTGTCTGTTGGCTTGTGATGGGAGAGAACCAGAAGGGCTGGAGAATTGACTGCCAGAAGACGGATGGGGTGGGTAGCCTCCAGGGGGCAGCACTGGAGAGAACTGCGGGACGTGAGGCAGGGAATGAGGACACTGGCACTGCCGCCCCATGGCAGAGGAAGACACGCACATGGTGCTAAAGAGAGGCCCTCGCACTGGCATCATGCTTACTGCCAGCGATTTTTGGGTTATACGGTCCTGCTTCCGCTGCTTGGCACGACGGTTCTGGAACCACACCTGTAGATTTAGCTAAAAGTCAGCTCAGGTAATCAAAATCAGTCAAGATTTGCCCAGTAACATGTAAAGTTATacacagtcaagcccaaaattattcctATCCCTGGCAAATACTGACTTGAAGTTATCTATATTcaacaaacacattttgttttgtttttgacattgaaatgacacaggcttctgcCAAAAGATAACAAGACATTTAAGAGACATCATTttggaaaaacaacaacattctccgcttttatttacctttaaacaaaaattgtcatgtttaaaatgataaataccATTTGAATAACGGTGAAATCCAAAGTTCTATACCATCACAAACAGTCCAAGCTGTTCTAAAGCAAACTAATTCATTAGGAACACTTTTAATCCAACAGGTGAAAACAGAAACAGTCAGACAAAGGAGTTTAGtgggtaataaataataataaaaggtaactttaagtcagaattttccaggggtatgaataattttgtgcTTGACtgtattacagttgaagtcagaattattagccccccctgaattattaccctccctgtttatttttttttccaatttctgtttaatggagaaaaaattttcagcacatttcataacataatagttttaataactcatttctaataactgatttattttatctttgccatgatgacagtaaataatatttgactagatatttttcaagacccttctatacagcttaaagtgacatttaaaggcttaactagattaactaggttaactaggcaggttagggtaattaggcaagttattgtatagtaatggtttgttctatagactatcgaaaagaaaaaaaaacagcttaaagaagctaataattttgaccttaaaatggttttaaaaattgtaaaagttttattctagctgaaataaaataaataagactttcttcagaagaaaaaatattatcagacatactgtgaaaatttccttcctctgttaaacatcatttggaa
>TCONS_00012461
AGTCAGAAAGCGCGGCGCTGAGTAAACAACAGCAGGAGTTCGTTGTTACTCCACTGTGGCTGAACAAACAGGACGAATATTTGCACGTCAACTGTGATTTATAACTTGTAATGAGATTGAGAGAAATATCTGGGCAGCTCAGATTATGGAGCTGGTTCCTGGTCTGCTCCGGCTGTATGCTGTCTGTATGGGCCCATGGAGGACAACATGGAGAAGCAGTTGGCTCAAATCAGGTGCCCCCACCAATCACCCGCTTGGACAGGAACATGGTTCAGGATAGAGAGCATATCATGGAGCATTTAGAAGGGATTGTTGAAAAGCAAGAGTCAGAAATGACACCTCAAGAGCTGCAGCTGCACTATTTTAAGATGCACGATTATGATGGCAACAATCTGCTGGATGGACTTGAGCTTGCCACTGCCATTACACATGTTCATAGGGAGGAAAGAGGAGGAGATAGCCAACCAATGAGGGAAGAAGATCTCATCAACCTTATTGATGATGTCCTCAGAGACGATGACAAAAACAATGATGGCTACATTGACTATGCAGAGTTTGCAACGTCTCTGGagtagtaaaaaaacaacaacaaatacaccAACAGCCTTACTGTGAATGCAGATTACCTCTGATGTACAAGTCTCCAGGACATTCCTCCGTGTGTGCGGTTTCACAGGCACAGTATAGTCATGCTTTAGTATATCCAGTATTAAATGTCATAAAATTAAATGGTAAGGGTCATCTCACTGATCAAAGGTGTTGTGTAGTCATGCCATCGTAACTTTTGCACTCACATTTGCGTATTTCCTGTCAGAATGGACTCTTGATGTATAAACTGCCTAAATTTGTCATCTGTAAAAATGGATATTATTGAATAAATACTTTGCggaaatgctcttctgcaaagCTGTTGTTTAAATGAAGCTGAAGTGCGACAAATTTGCTgctcatgaatgaatgaacttgctcTCTCTGCCTTAATGAGATCATCGTTGTgactgtcattttaaaatgccaatTTGGAAGTAAAACATCTCAAACAGTGTTTGAGAGAACATCTACCTATAAAGATTAAAGCTCATGTGTGCAATGTGCCTATTTGCAcctacagtataaaatataatttccCTATGTAGCTTTTCTTTACGGTTGCTTTTAATAACAGGCACCAGagattttgtgaagtttatttataaattatatataagatCATGTGCTTCTGATTGGTTGCATTTATTCCCGCGTTATTCaaattatgattcaccaatcagacgattcctgagCCACCATAAATAccttaagttccatataacagccgttttcgttttgaagaatcctcccttccacTCCTTACTCATCTTCCTTTTCCAGATGGGTGGCAGGGTGGCCCAGTGGTTTGctctgttgcttcacagcaagaacatcactggttctattCCTAACCAAgccagctgatgtttctgtgcggagtttacacattctccccttGCTCATGTGGGctttccccggtttcctcccacagtccaaaaacatgcaacgtatgttaattgactaatccaaatcagcaccatagacatgctcctagtaagtcggtatttcttaagagcaatcactatgttcattagctactatagCAGAGGAGCTCTCGAGATCTACCGGAGCTCAAACTCTTGCCTTGGGAGGGAATCCCCGGGCTTGAGAATCTTATGAGCTCATAGCTCTTACCCGGGACCGCatgtcaaacaagctttataatcaatcatcagctaagtgtgaagtcTTGAAAAGACAACAATCAGAACTTCATCATCCAAACAAAAAGTTTTAACTGATTTTCAACTTATTACATACACAAAATGTCATATGGGTCAATGTAATGCTTttctattaaattaataaaagtaatttaaaatgtgATTCATCCTAATACTCACTTAAATACTCGATTCTCAAGATTAGAAAACATTTAGAATGTTTTTGGGGTGAAGCAACTATAAACAATATCAGAATGAATGACgcctttgtctttttttttatctactaCTTTTGGAAAACCTTTATACATAAAACTAATAAAGCCAAACCTTTTCCTGTGTGatcaaaatgaaagtaaaaatagCAGCTTTGCAGGAAAACGGTATGAAAGTTTTCAGTCAGAACTGTTTTTAAGTGCCCATTATgtagtataataaataaaaactgttttttcacACGTTTTCAAGAAACTTAAAAGACTTTCATTGACCTGTGCATGTTCATTTTACATGGATAACATggcaaaaacaacacaatatttacataaaatgtcTAATTTGTTTTTACCAAAGCTGTTATTGATTACTTggagtaatgtatttcagatgtACATAGGGTCTGTTGTGCATTTCAATGGAGGAAATGACATTCATAATGGTCCTTATTTATAATCCTAAACATGTTCAGTGTTAAAAGAACCTAGTATAGTAGTCAAAGTaatcaatataaatgtaattatttttgtcTAAGATGCAATAAAAGTATGTTCTATGTGACTCCAAATGTAATAAAGAAGTAAAAATTAA

Function

symbol description
mcfd2 Predicted to enable calcium ion binding activity. Orthologous to human MCFD2 (multiple coagulation factor deficiency 2, ER cargo receptor complex subunit).

GO:

id name namespace
GO:0005575 cellular_component cellular_component
GO:0005509 calcium ion binding molecular_function

KEGG:

id description
ko04131 Membrane trafficking

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-041010-8 Predicted to enable calcium ion binding activity. Orthologous to human MCFD2 (multiple coagulation factor deficiency 2, ER cargo receptor complex subunit).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000039757

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00012460 False 3917 mRNA 0.37 3 8682176 8692432
TCONS_00012461 True 2561 mRNA 0.38 4 8683638 8692860

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006435 BX004962.2 coding downstream 26729 8655119 ~ 8655447 (-)
XLOC_006434 BX004962.1 coding downstream 32125 8649711 ~ 8650051 (-)
XLOC_006433 prkceb coding downstream 80992 8452354 ~ 8601184 (-)
XLOC_006432 epas1b coding downstream 235835 8375612 ~ 8446341 (-)
XLOC_006431 dhx57 coding downstream 328616 8320455 ~ 8353560 (-)
XLOC_006437 NA coding upstream 67834 8760694 ~ 8776477 (-)
XLOC_006438 calm2a coding upstream 84773 8777633 ~ 8785610 (-)
XLOC_006439 si:ch73-105b23.6 coding upstream 106308 8799168 ~ 8815530 (-)
XLOC_006440 si:ch73-105b23.1 coding upstream 132332 8825192 ~ 8829392 (-)
XLOC_006441 plekhh2 coding upstream 154561 8847421 ~ 8892514 (-)
XLOC_006338 rn7sk misc downstream 7855951 825904 ~ 826225 (-)
XLOC_006471 BX537274.2 misc upstream 1571881 10264741 ~ 10264905 (-)
XLOC_006428 NA non-coding downstream 452011 8168713 ~ 8230165 (-)
XLOC_006426 NA non-coding downstream 932975 7747111 ~ 7749201 (-)
XLOC_006421 NA non-coding downstream 1359500 7269212 ~ 7322676 (-)
XLOC_006458 NA non-coding upstream 808907 9501767 ~ 9558425 (-)
XLOC_006467 NA non-coding upstream 1384355 10077215 ~ 10118935 (-)
XLOC_006468 NA non-coding upstream 1458059 10150919 ~ 10232078 (-)
XLOC_006469 NA non-coding upstream 1557314 10250174 ~ 10253034 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000012_01197961_01202192 MCFD2 coding CI01000012 null 1197252 ~ 1202490 (+)