G109628


Basic Information

Item Value
gene id G109628
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035909.1
NCBI id CM008312.1
chromosome length 44161018
location 7948961 ~ 7952261 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU148100
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>TU148102
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>TU148105
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>TU148106
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>TU148107
GTCTGGTACTGTAAAGTGATGTCTGGTACTGTAAAGTGATGTCTGGTACTGTATAGTGATGTCTGGTTCTGTAAAGTGATGTTGGGTACTGTAACGTGATGTCTGGTACTGTAAAGTGATGTCTGGTATTGTTTAGCGATGTCTGGTACTGTATAGTGATGTGTGGTGCTGTAAAGTGATGTCTGGTACTGTAACATGATGCCTGGTACTGTAAAGTGATGTCTGGTACTGTAAAGTGATGTCTGGTACTGTAACGTGATGTCTGGTACTGGTCTGGAGCATCACGTGGTCGGGCTGGAAGGTAAGCTAGGTGCAGTTGGTGAGGCTGGAGATGGAGGTCCACTCTGATAGGCCCTCAGCAGGACCTTGTGTTTGGTGGCTGAGTCGAGGCGCCGGCGCTCGTACGCTCCGAGGAACTCCTTCAGTCGGGTGGTGGTGAAGGTCAGAGTCTGCCGGCGAAGCTTCATAAGATAAGAGTCCTGCAGCCAAGCGTGGCTGAAGCAGTCTTTAATGGTGGGTCGTGAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU148100 False 2334 lncRNA 0.36 4 7948961 7952261
TU148102 False 1748 lncRNA 0.32 3 7948961 7951247
TU148105 False 826 lncRNA 0.47 4 7950909 7952261
TU148106 True 2414 lncRNA 0.36 6 7948961 7952261
TU148107 False 525 lncRNA 0.50 2 7950909 7952261

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
obsl1 NA coding upstream 2822 7910585 ~ 7946139 (+)
slc19a1 slc19a1 coding upstream 94898 7843175 ~ 7854063 (+)
LOC103042636 rbm46 coding upstream 163867 7779301 ~ 7785094 (+)
LOC103044198 ccdc80,LOC108437683,LOC107565956 coding upstream 271874 7668378 ~ 7677087 (+)
LOC103031557 iqca1,LOC108437680,LOC107586319,LOC106590510 coding upstream 528622 7353459 ~ 7420339 (+)
inha inha,LOC107586362 coding downstream 68786 8021047 ~ 8024573 (+)
arpc2 arpc2,LOC106575630,LOC106574678 coding downstream 400915 8353176 ~ 8371385 (+)
LOC103042259 NA coding downstream 428859 8381120 ~ 8389184 (+)
LOC103041643 LOC108436449,LOC107749392,LOC107678319 coding downstream 466837 8419098 ~ 8502565 (+)
LOC103021389 LOC108436447,LOC103363665,LOC106926458,LOC106956952 coding downstream 652723 8604984 ~ 8610336 (+)
G109627 NA non-coding upstream 765 7947555 ~ 7948196 (+)
G109595 nomo,LOC108438153,LOC107677623,LOC107733372,LOC107688882,LOC107562229 non-coding upstream 178602 7769378 ~ 7770359 (+)
G109564 NA non-coding upstream 185201 7679881 ~ 7763760 (+)
G109561 psmb3,LOC102792592 non-coding upstream 252639 7692523 ~ 7696322 (+)
G109543 NA non-coding upstream 487089 7455161 ~ 7461872 (+)
G109642 NA non-coding downstream 56326 8008587 ~ 8095818 (+)
G109645 NA non-coding downstream 69571 8021832 ~ 8027794 (+)
G109650 NA non-coding downstream 94681 8046942 ~ 8048041 (+)
G109651 NA non-coding downstream 96231 8048492 ~ 8049386 (+)
G109661 NA non-coding downstream 152036 8104297 ~ 8152380 (+)
G109613 NA other upstream 87529 7860820 ~ 7861432 (+)
LOC103043571 NA other upstream 248655 7697110 ~ 7700306 (+)
gbx2 gbx2,LOC107596335,LOC103389863 other upstream 499971 7441969 ~ 7448990 (+)
G109527 NA other upstream 679369 7267871 ~ 7269592 (+)
blcap blcap,bc10 other upstream 963469 6944765 ~ 6985492 (+)
igfbp2 LOC108438161 other downstream 140018 8092279 ~ 8124872 (+)
G109669 LOC108438163 other downstream 244709 8196970 ~ 8199977 (+)
G109707 NA other downstream 597853 8550114 ~ 8561274 (+)
LOC103038228 pbx1,pbx1b,LOC108272157,LOC108443834,LOC104918287,LOC107677498 other downstream 1564214 9516475 ~ 9630237 (+)
G110492 trak2,LOC108430857,LOC107746594,LOC108271640,LOC107582328 other downstream 3012604 10964865 ~ 10973269 (+)

Expression


Co-expression Network