G214027


Basic Information

Item Value
gene id G214027
gene name NA
gene type unknown
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000050
NCBI id null
chromosome length 7556436
location 2557166 ~ 2572902 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU242787
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU242787 True 15713 TUCP 0.35 2 2557166 2572902

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000050_02503125_02509915 NA coding downstream 47128 2502592 ~ 2510038 (-)
CI01000050_02488032_02496421 STAMBPB coding downstream 59911 2487711 ~ 2497255 (-)
CI01000050_02449354_02450013 NA coding downstream 106544 2449336 ~ 2450622 (-)
CI01000050_02407311_02413917 NA coding downstream 143249 2406440 ~ 2413917 (-)
CI01000050_02393197_02400057 LMO4A, LMO41 coding downstream 157109 2392836 ~ 2400057 (-)
CI01000050_02752537_02755836 COX5B.1, COX5B1, COX5B coding upstream 179130 2752032 ~ 2755922 (-)
CI01000050_02785728_02797909 PHYHIP coding upstream 212654 2785556 ~ 2797909 (-)
CI01000050_02945824_02971282 GNA14, GNA14A coding upstream 372019 2944921 ~ 2971369 (-)
CI01000050_03142876_03156191 KLHL22 coding upstream 569909 3142811 ~ 3158564 (-)
CI01000050_03362364_03363241 NA coding upstream 789382 3362284 ~ 3364257 (-)
G214048 NA non-coding downstream 36451 2520290 ~ 2520715 (-)
G214036 NA non-coding downstream 108791 2448070 ~ 2448375 (-)
G214035 NA non-coding downstream 115325 2441547 ~ 2441841 (-)
G214034 NA non-coding downstream 116007 2440944 ~ 2441159 (-)
G214009 NA non-coding downstream 131697 2423605 ~ 2425469 (-)
G214054 NA non-coding upstream 35903 2608805 ~ 2609018 (-)
G214069 NA non-coding upstream 162085 2734987 ~ 2747189 (-)
G214064 NA non-coding upstream 176769 2749671 ~ 2751917 (-)
G214113 NA non-coding upstream 235635 2808537 ~ 2808738 (-)
G214017 NA other downstream 92468 2462176 ~ 2464698 (-)
G213948 NA other downstream 225850 2328513 ~ 2331316 (-)
CI01000050_02230904_02233429 NA other downstream 316277 2228865 ~ 2233429 (-)
G213704 NA other downstream 1240060 1312983 ~ 1317106 (-)
G213497 NA other downstream 1561507 983478 ~ 996539 (-)
G214314 NA other upstream 840546 3413448 ~ 3424257 (-)
CI01000050_03491159_03514757 NA other upstream 918434 3491088 ~ 3514757 (-)
G214436 NA other upstream 952914 3525816 ~ 3589057 (-)
CI01000050_04564233_04580815 KANSL3 other upstream 1990785 4563687 ~ 4581278 (-)
G215935 NA other upstream 2476014 5048916 ~ 5073109 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G2236793 NA non-coding NC_050570.1 CM025857.1 41937936 ~ 41938156 (+)