RNA id: TCONS_00003002


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003002
length 218
lncRNA type intronic
GC content 0.45
exon number 2
gene id XLOC_000011
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 156792 ~ 157282 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CACACTATTAAGGGTATATAGCACAAACAGCTGCCTACTGGTGAAACTATCGCATTAATGAGTCACCTGCACACTAGAGCTGAAAACACTACAATCCAAACAGCTAGGGTGTAAATGAAGCGTGCACACTGTTGAGGCAATACAGCAGAGATATGCCTACTGAGTACACTACCCGCACTAATGAGATCATACACCCATCACCTGCACACTAGAGCTGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000021 lncRNA upstream 23577 127266 ~ 133215 (+) False XLOC_000008
TCONS_00000023 lncRNA upstream 25571 130627 ~ 131221 (+) True XLOC_000008
TCONS_00000022 lncRNA upstream 27201 127300 ~ 129591 (+) False XLOC_000008
TCONS_00000017 lncRNA upstream 118346 36727 ~ 38446 (+) True XLOC_000005
TCONS_00003001 lncRNA upstream 124439 27814 ~ 32353 (+) False XLOC_000004
TCONS_00002801 lncRNA downstream 64103 221385 ~ 222804 (+) True XLOC_000014
TCONS_00002802 lncRNA downstream 69971 227253 ~ 235533 (+) False XLOC_000015
TCONS_00002803 lncRNA downstream 79118 236400 ~ 237423 (+) False XLOC_000015
TCONS_00002804 lncRNA downstream 80109 237391 ~ 241707 (+) True XLOC_000015
TCONS_00003003 lncRNA downstream 198199 355481 ~ 358562 (+) False XLOC_000018
TCONS_00000025 mRNA upstream 4794 144284 ~ 151998 (+) True XLOC_000010
TCONS_00000024 mRNA upstream 14323 135903 ~ 142469 (+) True XLOC_000009
TCONS_00000020 mRNA upstream 22713 127250 ~ 134079 (+) False XLOC_000008
TCONS_00000019 mRNA upstream 31546 119960 ~ 125246 (+) True XLOC_000007
TCONS_00000018 mRNA upstream 37646 109798 ~ 119146 (+) True XLOC_000006
TCONS_00000026 mRNA downstream 511 157793 ~ 158136 (+) False XLOC_000012
TCONS_00000027 mRNA downstream 752 158034 ~ 167398 (+) True XLOC_000012
TCONS_00000028 mRNA downstream 19301 176583 ~ 182258 (+) False XLOC_000013
TCONS_00000029 mRNA downstream 19304 176586 ~ 182258 (+) True XLOC_000013
TCONS_00000030 mRNA downstream 61242 218524 ~ 225137 (+) False XLOC_000014
TCONS_00000003 other upstream 143535 12129 ~ 13257 (+) False XLOC_000001
TCONS_00000036 other downstream 102758 260040 ~ 293894 (+) False XLOC_000017
TCONS_00000047 other downstream 356731 514013 ~ 515322 (+) True XLOC_000021
TCONS_00000052 other downstream 380307 537589 ~ 546217 (+) False XLOC_000023
TCONS_00000053 other downstream 419162 576444 ~ 576521 (+) True XLOC_000024
TCONS_00000060 other downstream 1061409 1218691 ~ 1218805 (+) True XLOC_000029

Expression Profile

//