RNA id: TCONS_00036648


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00036648
length 530
lncRNA type sense_over
GC content 0.44
exon number 4
gene id XLOC_017555
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 40237441 ~ 40253682 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACTTCCAGAAAAACCTGAACCTGCTGAGAAGAAAACATCTGAAGAAACCAAAGAGAAACCAGCAGCCGAAGCACCGGCAGCAACCAAAGAGTTGAATGTGGAAGAGAATGTGACGGAGGGCAAAAAGCCAGGCAAGATACCATACTTCCAGTGTGTTTTAATGAGTTCGAAATCCGGTCAGTATCCACTGCGACCCATGTCCCCTGCTATGAGTCCAGCTATTAACCCCACCATGATGAGAGCCATGATGGAGCAGCGGGCAGCATTACTGCAGCAGAAAGCCAGAACAGGCGGTCAGTAGCTGGACGACAGACCTATCCAGCCCAggcattaaaaactgcttatgaACTGCTGTTGAGACAGAGCTGCTGCTGTTGTGCTCTCAAGAGCAATCCACTTAGACCATTACAGATACTTTAAAAATTATGGTTTTCCAGTCCTCCATCATGTGGCATTTGAAttaggtcatttttttttttaattttgctaaAAATTAACATCAAAACTAAATAATCAATGTACATTTGGGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00034879 lncRNA upstream 37489 40173379 ~ 40202673 (+) True XLOC_017554
TCONS_00034874 lncRNA upstream 319056 39920443 ~ 39921106 (+) True XLOC_017553
TCONS_00036407 lncRNA upstream 357802 39848711 ~ 39882360 (+) True XLOC_017552
TCONS_00034857 lncRNA upstream 1045045 39049174 ~ 39195117 (+) False XLOC_017541
TCONS_00036647 lncRNA upstream 1186696 39051580 ~ 39053466 (+) True XLOC_017541
TCONS_00034882 lncRNA downstream 209513 40457659 ~ 40462238 (+) False XLOC_017556
TCONS_00034883 lncRNA downstream 216598 40464744 ~ 40466906 (+) True XLOC_017556
TCONS_00036649 lncRNA downstream 239858 40488004 ~ 40493581 (+) False XLOC_017557
TCONS_00034884 lncRNA downstream 240630 40488776 ~ 40518327 (+) True XLOC_017557
TCONS_00036650 lncRNA downstream 621749 40869895 ~ 40888021 (+) True XLOC_017560
TCONS_00034877 mRNA upstream 8783 40150646 ~ 40231379 (+) False XLOC_017554
TCONS_00034878 mRNA upstream 32143 40150677 ~ 40208019 (+) False XLOC_017554
TCONS_00034876 mRNA upstream 61203 40150646 ~ 40178959 (+) False XLOC_017554
TCONS_00034875 mRNA upstream 75754 40150612 ~ 40164408 (+) False XLOC_017554
TCONS_00034872 mRNA upstream 550371 39685572 ~ 39689791 (+) False XLOC_017551
TCONS_00034881 mRNA downstream 209453 40457599 ~ 40472519 (+) False XLOC_017556
TCONS_00034885 mRNA downstream 491818 40739964 ~ 40740707 (+) False XLOC_017558
TCONS_00034886 mRNA downstream 491818 40739964 ~ 40774857 (+) True XLOC_017558
TCONS_00034887 mRNA downstream 518499 40766645 ~ 40840993 (+) False XLOC_017559
TCONS_00034888 mRNA downstream 521119 40769265 ~ 40840865 (+) True XLOC_017559
TCONS_00034862 other upstream 908070 39331969 ~ 39332092 (+) True XLOC_017544
TCONS_00034855 other upstream 1193982 38910241 ~ 39046180 (+) True XLOC_017540
TCONS_00034852 other upstream 1465075 38774972 ~ 38775087 (+) True XLOC_017538
TCONS_00034845 other upstream 1591272 38620666 ~ 38648890 (+) False XLOC_017535
TCONS_00034905 other downstream 2384839 42632985 ~ 42633105 (+) True XLOC_017575
TCONS_00034912 other downstream 2758158 43006304 ~ 43009613 (+) True XLOC_017581
TCONS_00034930 other downstream 3891599 44139745 ~ 44139861 (+) True XLOC_017600
TCONS_00034931 other downstream 3950552 44198698 ~ 44198815 (+) True XLOC_017601
TCONS_00034940 other downstream 4686893 44935039 ~ 44935155 (+) True XLOC_017608

Expression Profile

//