RNA id: TCONS_00040191


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00040191
length 4153
RNA type mRNA
GC content 0.33
exon number 4
gene id XLOC_020210
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 9871238 ~ 9880408 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGTCCGTGACTGAGGGAGAATCTGTCACTCTAAACACAGATATAAAGTTAAGTGGACAGATAGAGGAGATTGTGTGGACgcataaaatcaataatttagaCAATATTATAGCTGAAATCAAGGGGAAGAACATCAACATATATCCCAATGTGGTATATGGAGACAGACTGCAGATGGACAATCacactggatctctgaccatcagaAACATCACAACTGAACACTCTGGACTTTATAAACTCCTGATTCGCAACGACAGAGCACTCTCACAAAAGACTTTTACAGTTACAGTGTATGCTCATCTTCCTTTTCCTGTCATCAGCAGAAACTGTTcattatcatcatcttcatcatctgaaCGTTCATCAGTGTCCAGATTGTCAGTGTTGTGTTCAGTGTTGAATGTGAGtgctgtgagtctctcctggtacaaaggaaacagtgtattgtCCAACATCAGTGTGTCTAatctcagcatcagtctctctctacctctggaggtggaaTATCAGGATAACAACACCTACAGCTGTGTGGTCAACAATCCCATCACAAACCGCACCACACATCTGAATACAAGTCAAACCTGTCAGGAAAGATCAGaacCCCTGCAGAATTCACATTTGGTGGGAATAACAGTTAGTGTGATACTGGTTTTGGTTGTATCCAGTGCAGTACTGATATACTTTCATCAAAGAAAATGCAAATCGGCCAACTAATCAAGACGACCACATCATATACTCCAGCGTTAATGCAAGATGACATCGATCCCAGCTTTTATATGCAGTCAACAATAACAATAGCATATAAAAAGTCATACTGAAGTATTCATTTCAGGACTAAAAGTGCCTCTGCGCTGTAGTTTACCATGGTTATTAAGCATTTTCAACAGTAGCATAGCAAGTGGATAGAGCTGAATACAGTATTAAAGGGGGATGTTTTGTGCTTGTCTTAGTTTGATAATCTAAAGAGCTAGTTGAAAAAACACATTTGGTCATACTGCTTTTATTAATGTCAAACATTTCAGAATAATTTTTAACTCGGTAGAACTAACTTTGAAAAACATTTCATATatacagggtgtctgcggggtcttaaaaagtattataatttgataaatcaattatgagaacaactgtttattaagttaaaggtttgatactgattaagaacttgaagtggtgacgaggttaaaatattacaaggtctttaaaaaggtattgaaattttctttaggattcctgcatataccctgataTAGATGACTAAGGCGTTGCTGCACATTAGAGCTTGAATGTTTGACAGTTACATCAGTTAGTCTTAAAACCTGTTGATACTTGATTTGTGGGTAGTCGTGTATAAGAAATTTTGTCTAAGGCAAGACATGTTCTGACAAGCTCACCTGTGTTTCTGGATTATTTCTACTTTTAGTTTAGATTTAACAGAGAACTCAGGAAGACGTGTTGTAATAATTAGCAATATTGGGACCAATACACCAATCCAAGTCCAAAAATGTCATACTAAGTTCTAATTGTATACATATTTAGTATATTTCTACACTGTTTACATTGCtaagtatattttttttatattgcctTAAGTATTAACAAAAGCAATTCAAAAGGAGCTTATCAGTGTAAGGTGTCCTTTGACCAGTCTGACTGTTACTAAACGTGCTGTTAAAACCGTTGAGATTATCCTTTTGACAACGTCTTTTGTTCAGATGAATGGGAGTGTCAATAGTTAACTGACAGTTATTTTATGGGTTTCCTTCTTTCCAAACAGAACTTATTCCTGACATTTTGGCAGACCAATTGAATGCAGCTGTTAAACTTGCAAAATGGGAACTTTGTGCAGCTAATGCTGAAAATTTCcattgtatttaacattttagcTCTGAGCCTAAAACAGAAAACTTTGCATTACACAGCATTTTCCTTGTACTAATACTGTATTATGTAGCCTTATGGGAATTATTTTCGTAAAAGTCACAAGTAGAGTATTAACACAAAATGCCTCTTTGTTTTTATACagtcaattattttattatgacaTTTCACTGACCTCCACATGTTTACGTTAAGTGTTGCCTCAATAAAAATCGTTTcctctgacaaaaataattacTTATAGTTTACTCACGCCTTCACTTTCAGCAGCTAAACCATGTCATGTACTAAAGGGGAATGGCAGTATTTGTAGAACCAGGTCTGCCACATTGTAATGCCATTAgtgcaaataagcaaataaaaacctTTTGCTAAATGCAGTTTTTGAATGCCTTTTTGTTTGACCTAATacaattatcattttaaaaaagaaagtagttatTAACTGTTTAAATCTCACATTTTAGAACATCTAGGGTTTTATCAAATATTGTGTTtaatcattatattaaaaaattactTATCAAAGACATAAGCAGGTATGACTTTCTTACCTGACTTTCTTAGATAGGTAAGCTATCTGTCGTTTGCTTAGGATTATTAGGGTAATCTTGCATATATTTAGTAAAGAGCCACATTGGCACCTAGTGTGTATTTTATGGcattacaagttaaaaaaaattctccCTGTCGCAAAAATGGCCCTTGAATTCTCTTATCATACGAGTTTAAAACCCTTTCTGTATTTTAcctttaaaattatttgaatCCAATACTGCCAATTGTGGAGAAAAAATGTaacctttaaataaaagaaaataaggtAAAAATTTGTAAACGCTCACCGTttaaaccacactgtaaaaaaaaaaaaaagtggcctCAACTTTAAATTTTAcggcaacaaacttcaggaaacaattaattaatcataattattgcacaaataataGTCTATTTAGAAGCAAACAATCTCCtccaaatgctaaataaatatttctgaaatacaatataatatttctaTTATTGAAAAATGTCATTCGTTTGATAGCCCACATAAAGTAAAGGAGGTTAAATGCTGCCCTCTACAGTATACACAGTGCAACTGTTACAGTAATAACGGTAATAGATGATGTGATATGAATATGGATTTGTAGATTCCCTACTAAGACATTCGCTACAAAACCAGTAGTGCCTGGAGTGAGTGAAAAAACACATGCAAGAAACTCATTTTCACCTGAATGCCAGTGATATCGCTTCCTCATGTTAACTCTTCTATGTTTCTTTTTATTGTGCTTTATCACCTATTACTTAACAGCATTACAGCAATTTCTCTGAATGCATAAATGGACTTAGATCAGCTTGAGTAGACATTAGGACTTTCAAATACTATTGGGTAGACTAGCATTGTGGtgacttttaattaattttgacagcaatTTATGATTAATTTTTAGTCTCTTTACTAAAATGGCATTTAGTTTTAGTCTGTTGAATTCATTGTAATTatagtctagttttagtcaactaaatgTAATGTGATTTTAATCGACTAAATCTACTCTCAATTTAGTTGACTGAAATCTAACCAgtttagttaatttattaaagattaattaTGAATATATCTCAAATTTCTAAGCTCATTATATAGTCCTGAAGAACACACttgtaaataagaaaaaagtaTATTGAGGTTTGAACAATAAAGACCCAGATTTAACAGTTGTGATGTAACATTAGGCCTAAATTATAAGCTAAAAAATAACCTAAAATGCATTCTTCATAAAAATCCAGCTGTATATATCGTTCTTTCGTGTATCTATCGTATATCCAGCTGTATATAtcgttgtatatatatattcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattcataagtATATTCATTTGCATAATCTTTAATAGGCACAAAATCGAAAGTGAAAGTAAGAACATGTCTATGGAGGTTTAATTGAAAGTGTATTCAATCTGTGGGCATGTTAATAAAAGCAAATTGTCCTGTGAGGAAGAAGAGCTCTCTCAGTGTGATCATAACTGCTGCCATTTTGGCAAACAACATTTATCCTAAAAATAATTTCAAGTTTGTTTCAGACTTATTTATACCTGCTATTTAAGTGTATTAGGGCCAATAATTGAAGCAGTATGATAAAAtggtactttttaaaataagaagAGTATGccaaacagggaaaaaaaaaaaaaaatatat

Function

GO:

id name namespace
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-050208-730 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000129240

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00040181 lncRNA upstream 80956 9782954 ~ 9791367 (+) False XLOC_020205
TCONS_00042066 lncRNA upstream 421097 9437629 ~ 9451226 (+) False XLOC_020198
TCONS_00042065 lncRNA upstream 436339 9429876 ~ 9435984 (+) False XLOC_020198
TCONS_00042064 lncRNA upstream 452921 9411608 ~ 9419402 (+) False XLOC_020198
TCONS_00042063 lncRNA upstream 488839 9359899 ~ 9383484 (+) False XLOC_020197
TCONS_00042067 lncRNA downstream 6337 9886745 ~ 9904498 (+) True XLOC_020211
TCONS_00042068 lncRNA downstream 17563 9897971 ~ 9904623 (+) True XLOC_020212
TCONS_00042069 lncRNA downstream 109497 9989905 ~ 9991494 (+) True XLOC_020216
TCONS_00042070 lncRNA downstream 138492 10018900 ~ 10049233 (+) True XLOC_020219
TCONS_00042071 lncRNA downstream 193012 10073420 ~ 10095290 (+) False XLOC_020221
TCONS_00040187 mRNA upstream 3616 9862243 ~ 9868707 (+) False XLOC_020209
TCONS_00040188 mRNA upstream 7055 9862466 ~ 9865268 (+) True XLOC_020209
TCONS_00040186 mRNA upstream 17053 9854088 ~ 9855270 (+) True XLOC_020208
TCONS_00040185 mRNA upstream 63529 9806946 ~ 9808794 (+) True XLOC_020207
TCONS_00040184 mRNA upstream 63984 9806867 ~ 9808339 (+) False XLOC_020207
TCONS_00040192 mRNA downstream 36599 9917007 ~ 9923692 (+) False XLOC_020213
TCONS_00040193 mRNA downstream 38464 9918872 ~ 9923691 (+) False XLOC_020213
TCONS_00040194 mRNA downstream 41893 9922301 ~ 9923218 (+) True XLOC_020213
TCONS_00040195 mRNA downstream 59493 9939901 ~ 9945637 (+) True XLOC_020214
TCONS_00040196 mRNA downstream 100671 9981079 ~ 9984032 (+) True XLOC_020215
TCONS_00040182 other upstream 82519 9787067 ~ 9789804 (+) True XLOC_020205
TCONS_00040167 other upstream 488839 9359899 ~ 9383484 (+) True XLOC_020197
TCONS_00040142 other upstream 1086030 8786167 ~ 8786293 (+) False XLOC_020180
TCONS_00040140 other upstream 1102930 8766367 ~ 8769393 (+) True XLOC_020179
TCONS_00040135 other upstream 1173090 8695096 ~ 8699233 (+) False XLOC_020176
TCONS_00040207 other downstream 278750 10159158 ~ 10164164 (+) False XLOC_020223
TCONS_00040218 other downstream 613847 10494255 ~ 10513982 (+) True XLOC_020229
TCONS_00040220 other downstream 673320 10553728 ~ 10558972 (+) True XLOC_020230
TCONS_00040228 other downstream 792743 10673151 ~ 10678490 (+) False XLOC_020234
TCONS_00040250 other downstream 1782209 11662617 ~ 11674637 (+) True XLOC_020251

Expression Profile

//