RNA id: TCONS_00046140


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00046140
length 82
RNA type miRNA
GC content 0.56
exon number 1
gene id XLOC_023324
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 10948064 ~ 10948145 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAGTGCCCAGTGCTGTACCATGCTGGTAGCCAGTATGAAATAGGGCTTGCTGGTAACCAGCGTTGTGCCCCACTGGTTGCTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000168773

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00046847 lncRNA downstream 448162 10497369 ~ 10499902 (-) True XLOC_023320
TCONS_00047159 lncRNA downstream 672406 10269856 ~ 10275658 (-) True XLOC_023318
TCONS_00046846 lncRNA downstream 951586 9995132 ~ 9996478 (-) True XLOC_023313
TCONS_00047158 lncRNA downstream 964265 9982279 ~ 9983799 (-) False XLOC_023312
TCONS_00046845 lncRNA downstream 970061 9976629 ~ 9978003 (-) False XLOC_023312
TCONS_00046143 lncRNA upstream 100715 11048860 ~ 11051340 (-) True XLOC_023322
TCONS_00046848 lncRNA upstream 926192 11874337 ~ 11875212 (-) False XLOC_023335
TCONS_00047160 lncRNA upstream 926205 11874350 ~ 11874811 (-) True XLOC_023335
TCONS_00046160 lncRNA upstream 1180360 12128505 ~ 12129456 (-) True XLOC_023337
TCONS_00047161 lncRNA upstream 1648393 12596538 ~ 12601729 (-) True XLOC_023339
TCONS_00046138 mRNA downstream 28476 10907287 ~ 10919588 (-) False XLOC_023322
TCONS_00046139 mRNA downstream 30821 10907296 ~ 10917243 (-) False XLOC_023322
TCONS_00046128 mRNA downstream 50507 10792773 ~ 10897557 (-) False XLOC_023321
TCONS_00046127 mRNA downstream 50507 10792773 ~ 10897557 (-) False XLOC_023321
TCONS_00046130 mRNA downstream 50553 10897250 ~ 10897511 (-) True XLOC_023321
TCONS_00046144 mRNA upstream 110006 11058151 ~ 11068280 (-) False XLOC_023327
TCONS_00046145 mRNA upstream 110006 11058151 ~ 11069237 (-) True XLOC_023327
TCONS_00046146 mRNA upstream 121965 11070110 ~ 11076400 (-) True XLOC_023328
TCONS_00046147 mRNA upstream 163968 11112113 ~ 11325849 (-) False XLOC_023329
TCONS_00046148 mRNA upstream 176388 11124533 ~ 11127493 (-) False XLOC_023329
TCONS_00046137 other downstream 42778 10905172 ~ 10905286 (-) True XLOC_023323
TCONS_00046123 other downstream 571063 10349147 ~ 10377001 (-) False XLOC_023319
TCONS_00046122 other downstream 692034 10255914 ~ 10256030 (-) True XLOC_023317
TCONS_00046104 other downstream 998702 9898062 ~ 9949362 (-) True XLOC_023311
TCONS_00046100 other downstream 1235454 9712495 ~ 9712610 (-) True XLOC_023309
TCONS_00046141 other upstream 63291 11011436 ~ 11011551 (-) True XLOC_023325
TCONS_00046142 other upstream 100301 11048446 ~ 11048560 (-) True XLOC_023326
TCONS_00046151 other upstream 463677 11411822 ~ 11411941 (-) True XLOC_023331
TCONS_00046161 other upstream 1206962 12155107 ~ 12156644 (-) True XLOC_023338
TCONS_00046184 other upstream 2661453 13609598 ~ 13609714 (-) True XLOC_023354