RNA id: TCONS_00050195


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00050195
length 120
RNA type mRNA
GC content 0.32
exon number 5
gene id XLOC_025456
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 31851004 ~ 31870003 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gaaaacaaaaacacaaaagatgagaaatgtgtacaaaggggaaaaagttttagtttttcaaCCAtcaaacaaacatgTACTTTCAGACCAAAATTAGCTTACCCGCGTCAAAGAttagta

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000181422

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00050192 lncRNA upstream 130999 31717261 ~ 31720005 (+) False XLOC_025454
TCONS_00050190 lncRNA upstream 182158 31662245 ~ 31668846 (+) False XLOC_025453
TCONS_00052715 lncRNA upstream 611441 31231809 ~ 31239563 (+) False XLOC_025449
TCONS_00052716 lncRNA upstream 611441 31232133 ~ 31239563 (+) True XLOC_025449
TCONS_00052714 lncRNA upstream 680130 31169219 ~ 31170874 (+) True XLOC_025447
TCONS_00052717 lncRNA downstream 48159 31918162 ~ 31919131 (+) True XLOC_025458
TCONS_00052718 lncRNA downstream 229696 32099699 ~ 32100639 (+) False XLOC_025464
TCONS_00050208 lncRNA downstream 229696 32099699 ~ 32100639 (+) False XLOC_025464
TCONS_00050209 lncRNA downstream 229698 32099701 ~ 32100623 (+) True XLOC_025464
TCONS_00050213 lncRNA downstream 248674 32118677 ~ 32120093 (+) False XLOC_025467
TCONS_00050193 mRNA upstream 124055 31717291 ~ 31726949 (+) True XLOC_025454
TCONS_00050189 mRNA upstream 151706 31662126 ~ 31699298 (+) False XLOC_025453
TCONS_00050191 mRNA upstream 164146 31680592 ~ 31686858 (+) True XLOC_025453
TCONS_00050188 mRNA upstream 226791 31621774 ~ 31624213 (+) True XLOC_025452
TCONS_00050185 mRNA upstream 245673 31600593 ~ 31605331 (+) False XLOC_025451
TCONS_00050196 mRNA downstream 27026 31897029 ~ 31917390 (+) True XLOC_025457
TCONS_00050197 mRNA downstream 55064 31925067 ~ 31928639 (+) False XLOC_025459
TCONS_00050198 mRNA downstream 55064 31925067 ~ 31933774 (+) True XLOC_025459
TCONS_00050199 mRNA downstream 63890 31933893 ~ 31944709 (+) False XLOC_025460
TCONS_00050200 mRNA downstream 63892 31933895 ~ 31944709 (+) True XLOC_025460
TCONS_00050194 other upstream 62367 31788521 ~ 31788637 (+) True XLOC_025455
TCONS_00050187 other upstream 247300 31600648 ~ 31603704 (+) True XLOC_025451
TCONS_00050170 other upstream 1156132 30694783 ~ 30694872 (+) True XLOC_025435
TCONS_00050160 other upstream 1601968 30248739 ~ 30249036 (+) True XLOC_025429
TCONS_00050148 other upstream 2196079 29654160 ~ 29654925 (+) True XLOC_025418
TCONS_00050246 other downstream 662593 32532596 ~ 32535126 (+) False XLOC_025485
TCONS_00050254 other downstream 701306 32571309 ~ 32571371 (+) True XLOC_025487
TCONS_00050265 other downstream 791988 32661991 ~ 32663746 (+) False XLOC_025493
TCONS_00050268 other downstream 801187 32671190 ~ 32671963 (+) False XLOC_025494
TCONS_00050288 other downstream 972791 32842794 ~ 32848026 (+) False XLOC_025502