RNA id: TU2014300


Basic Information

Item Value
RNA id TU2014300
length 1741
lncRNA type inter_gene
GC content 0.45
exon number 1
gene id G1759051
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 60470646 ~ 60472386 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

caacaacacagtcatcctcctggtaatacaacacagtcctccttctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctcctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtccttctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctccttctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccatctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctcctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccttctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccttctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccatctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccatctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctcctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccttctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccatctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccttctggtaatacaacacagtcctccttctggtaatacaacacagtcctccttctggtaatacaacacagtcctcctcctggtaatacaacacagtcctccttctggtaatacaacacagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacagagtcctTCTcatggtaatacaacagagtccttctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtcctcctcctggtaatacaacagagtgcttcaacaacacagtccttctcctggtaatacaacagagtcctcctcctggtaatacaacagagt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2014250 lncRNA upstream 41603 60400018 ~ 60429043 (+) True G1759007
TU2013947 lncRNA upstream 111901 60358349 ~ 60358745 (+) False G1758786
TU2013994 lncRNA upstream 117554 60352612 ~ 60353092 (+) True G1758818
TU2013995 lncRNA upstream 117612 60351646 ~ 60353034 (+) False G1758818
TU2014299 lncRNA downstream 1446 60473832 ~ 60482499 (+) True G1759050
TU2014298 lncRNA downstream 3816 60476202 ~ 60483619 (+) True G1759049
TU2014320 lncRNA downstream 32245 60504631 ~ 60505028 (+) True G1759064
TU2014325 lncRNA downstream 50475 60522861 ~ 60523086 (+) True G1759069
TU2014334 lncRNA downstream 63633 60536019 ~ 60536219 (+) True G1759078
XR_005038766.1 mRNA upstream 150936 60319603 ~ 60319710 (+) True LOC118943030
XM_036956529.1 mRNA upstream 162741 60284625 ~ 60307905 (+) True LOC118942814
XM_036958311.1 mRNA upstream 197838 60257181 ~ 60272808 (+) False LOC110500950
XM_036958312.1 mRNA upstream 197838 60257181 ~ 60272808 (+) True LOC110500950
XM_036958313.1 mRNA upstream 198959 60257181 ~ 60271687 (+) False LOC110500950
XM_036958319.1 mRNA downstream 141004 60613390 ~ 60629257 (+) True LOC110500797
XM_036958320.1 mRNA downstream 160026 60632412 ~ 60654106 (+) False LOC110500798
XM_036958321.1 mRNA downstream 160026 60632412 ~ 60654106 (+) False LOC110500798
XM_036958322.1 mRNA downstream 160026 60632412 ~ 60654106 (+) False LOC110500798
XM_036958323.1 mRNA downstream 160026 60632412 ~ 60654106 (+) False LOC110500798
TU2013946 other upstream 111295 60358830 ~ 60359351 (+) True G1758786
TU2013992 other upstream 117612 60351646 ~ 60353034 (+) False G1758818
TU2013967 other upstream 144026 60322215 ~ 60326620 (+) False G1758801
TU2014439 other downstream 249772 60722158 ~ 60722472 (+) True G1759168
TU2014559 other downstream 337816 60810202 ~ 60810620 (+) True G1759267
TU2016357 other downstream 2262665 62735051 ~ 62741819 (+) True G1760504
TU2016469 other downstream 2339389 62811775 ~ 62814241 (+) True G1760587
TU2016581 other downstream 2401295 62873681 ~ 62889038 (+) True LOC110500953

Expression Profile